가. 청구법인(TV, 모니터 등을 제조하는 OOO 사업부, 이하 “OOO사업부”라 한다)은 2012년 4월～2012년 11월 중 OOO(주)(청구법인의 OOO사업부가 2012.4.1. 물적분할되어 설립되었으며, 이하 “OOO”라 한다)로부터 공급가액 OOO의OOO 모듈 제품을 공급(이하 “쟁점거래”라 한다)받았으나, 세금계산서가발행되지 않음에 따라 관련 매입세액공제를 하지아니하고 해당 과세기간부가가치세를 신고하였다.

나. OOO는 2013.3.27. 쟁점거래 관련 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급한 후 2013.3.29. 해당 과세기간 부가가치세를 수정신고하였고, 이를 수취한 청구법인은 2013.6.10. 처분청에 쟁점거래 관련 매입세액(2012년 제1기 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나,

처분청은 2013.7.4. 쟁점세금계산서는 거래시기가 속하는 과세기간이 경과한후수취한 매입세금계산서에 해당하여 매입세액 공제를 받을 수 없다는 이유로이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제1187호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제2호 단서 및 같은 법 시행령제60조 제2항 제2호는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우를 매입세액 공제대상으로규정하고 있는바, 2012.4.1. 청구법인의 내부조직이었던 OOO가 분사됨에 따라 청구법인은 OOO와의 거래를 OOO시스템(OOO 또한 같은 시스템 사용)상 세금계산서 수수거래인 것으로 변경하였으나, 원료과세라는 쟁점거래의 통관절차상 특수한 사정으로 인하여 OOO는 이를 미처 변경하지 아니하고 쟁점거래를 하게됨에 따라 세금계산서가 발급되지 아니하였는바, 비록 쟁점세금계산서 발급과정에서 작성연월일에 착오가 있었으나 쟁점세금계산서의 기재사항 및 거래내역 등에 의하여 거래사실이 확인되므로위 부가가치세법령에 의한 매입세액불공제 예외사유에 해당한다.

(2) 또한 세금계산서의 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되고 물품의 이동 및 대금의 수수도 정상적으로 이루어졌으나, 납세의무자의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정으로 인하여, 거래시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 교부받지 못한 경우에는 예외적으로 매입세액공제가 허용되어야 할 것인바,

쟁점세금계산서가 거래시기에 발급되지 아니한 것은 청구법인이 아니라 세금계산서 발급의무자인 OOO가, 매우 예외적인 통관방식인 원료과세를 적용 받으면서 물적분할 이후에도 사업부였던시절의 OOO시스템의 설정을 유지한 상태로 쟁점거래를 하였기 때문이고, 세금계산서 미발급사실을 사후 인지한 OOO가 관련 부가가치세 및 가산세를 모두 납부하여 매입세액의 공제를 하더라도 세수의 일실은 전혀발생하지 아니하며, 오히려 납세자간 상호검증이라는 세금계산서 제도의 본질적 기능을 저해하지 아니하였음에도 매입세액을 불공제하는 것은 납세의무자에게 지나치게 가혹한 결과를 초래하게되므로, 전단계세액공제제도, 실질과세의 원칙 등에 비추어 예외적으로이 건은 매입세액공제가 허용되어야 할 것이고, 처분청이 제시하고 있는 OOO 판결의 다수 의견은 악의적인 탈세행위자를 전제로 한 것으로서 사안을 달리하는 이 건에 직접 적용되기 어렵다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인은 거래처에서 세금계산서를 발급하는 과정에서 착오가 있었지만, 교부된 세금계산서의 기재사항 및 거래내역 등에 의해 거래사실이 모두확인되는 사항이므로「부가가치세법 시행령」(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이가 타다) 제60조 제2항제2호의 매입세액 불공제 예외사유에 해당한다고 주장하고 있으나,상기조항은 세금계산서가 재화의 공급시기에 맞춰 정상적으로 교부되었을 경우에만 적용되는 것이므로, 재화의 공급시기가 속하는 과세기간인2012년 제1기및 2012년 제2기가 지난 2013년 제1기에 쟁점세금계산서를 교부받았기 때문에 매입세액공제를 받을 수 없는 것이다.

(2)「부가가치세법」에서 세금계산서를 거래 시기에 맞춰 반드시 발행하도록 하고 이를 어길 경우에 가산세 부과(공급자), 매입세액불공제(공급받는 자)를 하는 이유는 세금계산서가 거래의 증빙서류로서 진실을담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계세액공제법을 채택하고있는 현행「부가가치세법」체계상 세금계산서는당사자 간의 거래를 노출시키도록 하여 부가가치세뿐만 아니라 나아가소득세와 법인세의세원포착을 용이하게 함으로써 납세자간 상호검증의 기능을 갖도록 해주는 아주 중요한 역할을 하고 있기 때문이며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적인 것이다.

따라서 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 설령 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도「부가가치 세법」제17조 제2항 제1호에서 규정하는 ‘필요적 기재사항의일부가사실과 다르게 기재된’ 세금계산서에 해당하기 때문에 매출세액에서 매입세액을 공제할 수 없다OOO.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

매입처 등의 사정에 따라 과세기간이 경과한 후 소급발급된 세금계산서에 의한 매입세액공제 가능 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)처분청의 경정청구검토서(2013.6.24.), 쟁점세금계산서 내역, 부가가치세 경정청구에 대한 거부통지OOO 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 OOO로부터 OOO 패널을 납품받으면서내부 전산시스템의 문제로 인하여 물적분할 직후인 2012년 4월부터2012년 11월까지의 거래분에 대하여 거래당시 세금계산서를 수취하지 아니하였으나, 사후 이를 인지하고 2013.3.27. OOO로부터 소급하여작성된 쟁점세금계산서를 수취한 후 2013.6.10. 관련 부가가치세의환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였는바,

쟁점세금계산서는 2012.4.15.～2012.11.30.을 작성일로 하여 2013.3.27. 발행·전송된공급가액 OOO의 전자세금계산서 15매이며,경정청구를 한 세액은 OOO가 2013.3.29. 수정신고·납부한 부가가치세 본세 상당액이다.

(나) 처분청은,세금계산서는 재화의 공급시기에 교부함이 원칙이나예외적으로매월 다수의 거래가 발생하는 거래처에 대해서는 공급시기가 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급가능하며,비록 매입자가 그 교부시기에 정상적으로 세금계산서를 수취하지못하였다 하더라도 공급시기가 속하는 과세기간 내에 세금계산서를 수취한 경우에는 매입세액공제를 받을 수 있으나,공급시기가 속하는 과세기간 이후에 세금계산서를 교부한 경우동 세금계산서는 「부가가치세법」제9조 및 제16조 등을 위반한것이므로, 같은 법 제17조 제2항에 해당하여 매입세액공제를 받을수 없는 것인바, 청구법인은 2012년 제1기 및 제2기 거래분에 대하여 2013.3.27. 매입세금계산서를 수취(곧, 거래시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 수취한 세금계산서)하였으므로 매입세액공제를받을 수 없는 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.

(2) 쟁점세금계산서 수취와 관련하여 청구법인이 제시하는 사실관계 및 주장은 다음과 같다.

(가) 우선 쟁점거래 과정 및 동 거래 중 세금계산서를 미수취하게 된 경위는 다음과 같다.

1)OOO(OOO사업부)가 생산한 OOO 모듈제품에 대하여「관세법」상 제품과세가 적용되어, 세관장은 OOO(OOO사업부)가 아닌 동 제품을 반입받은 거래 상대방에게 세금계산서를 교부하게 되지만, 원료과세를 신청하는 경우(쟁점거래 등 OOO사업부 혹은 청구법인과의 거래가 유일)는 세관장이 OOO(OOO사업부)에 세금계산서를 발행하며, 완성된 제품의 공급시OOO(OOO사업부)가 제품에 대하여 세금계산서를 발급하는 바,OOO의 2012.4.1. 물적분할이라는 사정이 발생함에 따라 쟁점거래 등에 대한 세금계산서 교부주체가 다음과 같이 변경되었다.

[물적 분할전] (OOO사업부의 원재료 보세공장 반입) 원재료에대하여 세관장이청구법인(OOO사업부)에 세금계산서 발행 →(제품의반출 ; OOO사업부 제조 → OOO사업부 사용) 사내거래로서세금계산서미발행

[물적 분할후] (OOO의 원재료 보세공장 반입) 원재료에 대하여 세관장이 OOO에 세금계산서 발행→(제품의 반출 ; OOO 제조 → 청구법인 사용) OOO의 세금계산서 발행

2) 동 거래과정에서 양 법인은 모두 동일한 OOO 시스템을 사용하여 거래하였는데, 동 시스템의 설계상 쟁점거래를 비과세거래로 인식하게 되었는바, 물적 분할전에는 OOO사업부와 OOO사업부 모두 청구법인내 사업부일 뿐이므로 그 거래를 과세거래로 인식하지 아니하였으나, 물적 분할후에는 청구법인은 과세거래로 인식하였음에도 OOO는 과세거래로 인식하지 아니하였고, 이러한 경우 거래상대방의 과세여부 인식에 의하도록 되어 있는 OOO 시스템의 설계상 최종적으로 과세거래로 인식하지 아니하게 되었다는 것이다.

이는 청구법인의 총 매입액이 월 OOO에 달하고, OOO사업부의 매입액만 매월 OOO에 이르러, 매 거래시 거래상대방과의 충돌 발생시 수동확인이 불가능할 뿐아니라, 같은 OOO 시스템을 사용함에 따른 거래상대방에 대한 신뢰, 거래상대방의 내용을 신뢰하는 것이 더 효율적인 점 등에 따른 것이라는 주장이다.

3) 이와 같이OOO의 물적 분할 전·후, 변경된 사실은 분할 후 법적인관점에서 거래단계가 하나 늘어났다는 점 외에 아무 것도 없었고,청구법인과 OOO의 담당자들은 체계적으로 구축되고자동화된 OOO 시스템을 신뢰하고기존과 동일한 방식으로 업무를 수행하였는바,청구법인(매입 : OOO) 및 OOO(매출 : OOO)의거래 중 쟁점거래와 같은 형태(원료과세)는 극히 미미하고, 청구법인과 OOO 간 거래 중 쟁점거래 이외에 원료과세가 적용된 경우는 전혀 없었으며, 이와 같은 소액거래에 따른 세금계산서 발급여부를 일일이 수동으로 확인하는 것은 사실상 불가능하였다는 것이다.

(나) 쟁점세금계산서는「부가가치 세법」제17조 제2항 제2호 단서 및 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에 따라 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있는바,

1)엄격해석원칙상 위「부가가치 세법 시행령」제60조 제2항 제2호는매입세액공제를 세금계산서가 동일 과세기간내에 발급된 경우로제한하거나 세금계산서의 필요적 기재사항 중 착오로 기재되는 항목에서 ‘작성연월일’을 제외하는 것으로 해석할 수 없으며,

「부가가치 세법」제17조 제2항은 악의적인 매출·매입누락을 막아적법한 거래질서를 확립하고 세수누락을 방지하기 위한 것이지, 세금계산서 발행에 단순착오가 있는 경우까지 매입세액을 불공제하기 위한 것은 아니므로, 거래사실이 확인되지만 납세의무자를탓하기 어려운 사정,단순한 실수나 착오 등으로 인한 지연발급을이유로 매입세액불공제까지 하는 것은 사실상 국가가 부당이득을취하는 것이라는 주장이다.

2) 다수의 사례(일정한 사업자의 경우 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 발급할 수 있도록 규정한 「부가가치세법 시행령」제54조 제1항 등)에서과세기간 내 발급되지 아니한세금계산서에 대하여 매입세액 공제를 허용하는 것을 볼 때 과세기간은 과세행정의 편의를 위한 것이며, 법인세의 경우에도 소득처분과 관련하여 사후 수정을 허용하고있으므로,처분청의 의견과 같이같이 과세기간을 절대적 기준을 적용할 경우, 과세형평에 어긋나거나헌법상 과잉금지원칙 및 비례의 원칙에 배치된다는 것이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서서가 비록 착오로 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 이후에 발급되기는 하였으나 그 기재사항 및 거래내역 등에 의해 거래사실이 모두확인되므로 해당 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나,

(가) 「부가가치세법」제9조 제1항 및 제16조 제1항은 사업자가 재화를 공급하는 경우 그 공급시기에 작성 연월일 등을 포함한 필요적 기재사항을 적은 세금계산서를 공급을 받은 자에게 발급하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 제2항 제2호 및 같은 시행령 제60조 제2항 제2호는 재화를 공급받는 자가 발급받은 세금계산서에 위 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하나, 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 그 밖의 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 등의 매입세액은 공제할 수 있도록 규정하고 있고,

위「부가가치 세법」제17조 제2항 제2호의 매입세액의 공제가 부인되는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성연월일이 사실과 다르게 기재된 경우라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 할 것이다OOO.

(나) 쟁점세금계산서는 과세기간이 경과한 후에 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성된 것인바, 위「부가가치 세법」제17조 제2항 제2호가 규정하고 있는 매입세액이 공제되지 아니하는 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하고, 같은 법 시행령 제60조 제2항 제2호에서 규정하고 있는 예외적으로 매입세액공제가 허용되는 경우에도 해당하지 아니한다고 할 것이다.

이외, 쟁점거래의 개별적 특수성을 고려하여 매입세액을 공제하여야 한다는 주장 등은 모두 법령에 근거하지 아니한 주장으로서 받아들이기 어려운 것으로 보인다.

(다) 따라서, 쟁점세금계산서의 매입세액이 매출세액에서 공제되지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 부가가치세법(2013.1.1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것)

제9조 [거래 시기] ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2.재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3.제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

제16조 [세금계산서] ① 납세의무자로 등록한사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다.

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.

⑤세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수입자에게 발급하여야 한다.

제17조 [납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.3.23. 대통령령 제24441호로 개정되기 전의 것)

제56조 [수입세금계산서] 법 제16조 제5항에 따라 발급하는 세금계산서는 법 제16조 제1항의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 따른다.

제60조 [매입세액의 범위] ② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제7조 제1항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조제3항에 따른 사업자등록증발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2.법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

4. 법 제16조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제16조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다), 그 거래사실도 확인되는 경우

(3) 관세법(2013.1.1. 법률 제11602호로 개정되기 전의 것)

제188조 [제품과세] 외국물품이나 외국물품과 내국물품을 원료로 하거나 재료로 하여 작업을 하는 경우 그로써 생긴 물품은 외국으로부터 우리나라에 도착한 물품으로 본다. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 세관장의 승인을 받고 외국물품과 내국물품을 혼용하는 경우에는 그로써 생긴 제품 중 해당 외국물품의 수량 또는 가격에 상응하는 것은 외국으로부터 우리나라에 도착한 물품으로 본다.

제189조 [원료과세] ① 보세공장에서 제조된 물품을 수입하는 경우 제186조에 따른 사용신고 전에 미리 세관장에게 해당 물품의 원료인 외국물품에 대한 과세의 적용을 신청한 경우에는 제16조에도 불구하고 제186조에 따른 사용신고를 할 때의 그 원료의 성질 및 수량에 따라 관세를 부과한다.

② 세관장은 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 보세공장에 대하여는 1년의 범위에서 원료별, 제품별 또는 보세공장 전체에 대하여 제1항에 따른 신청을 하게 할 수 있다.