가.청구법인은 2012년 6월OOO주식회사를 시공사로 하여 지하 7층, 지상 39층의OOO와 비주거용 건물 1개동을 준공하여 분양을 개시하였으나, 주택시장의 위축 등으로 분양률이 저조하자, 2012년10월부터는 수분양자가 계약금과 중도금을 납입하고 2년 동안 분양받은 아파트에서 거주하여 본 후 매입 또는 해제의 의사표시를 함으로써거래가 완성되는 것을 공급조건으로 하는 방식(After Living 방식 또는선입주 후등기 방식, 이하 “쟁점분양방식”이라 한다)으로 아파트 312세대의 분양계약을 체결한 후 수분양자가 계약금과 중도금을 납부한 때 및 입주한 때를 공급시기로 보아 세금계산서를 발급하고, 각 과세기간의 부가가치세를 신고‧납부하였다가, 수분양자가 매수 또는 해제 의사를 표시함으로써 거래가 확정되는 때가 공급시기라고 보아 2014. 8.6. 부가가치세 합계OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 쟁점분양방식을 중간지급조건부 판매로 보아 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기라 하여 2014.9.30. 청구법인에게 경정거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 미분양아파트의 분양을 촉진하기 위하여 2012년 10월부터 쟁점분양방식을 시행하였는바, 그 방식은 아파트 매매대금을 계약금, 1차 중도금OOO, 2차 중도금(OOO%, 대출, 잔금지급예정일까지는 청구법인이 대출이자 부담), 잔금OOO으로 구분하여 계약시 OOO원 범위내의 금액을 계약금으로 납입하고, 계약일부터 1개월 또는 2개월 이내에 1차 중도금과 2차 중도금을 납입하며, 계약금과 중도금이 완납된 경우 입주를 허용하고, 계약일부터 2년이 되는날을 잔금지급예정일로 하되, 잔금지급예정일 전에 소유권이전등기신청을 한 경우 매입의사가 있는 것으로 보고(추가로 잔금지급일을 1년간 연장), 신청을 하지 않은 경우 계약해제로 보아(청구법인은 계약해제 요구를 거부할 수 없음) 계약금을 위약금으로 수취하는 형태로서, 동분양방식은 수분양자가 매입의사를 표시하여야 거래가확정되는 동의조건부 계약방식이므로 수분양자가 아파트에 입주하여 거주에 사용하고 있다고 하더라도 조건이 성취되기 전까지는 소유권 이전이 유보되고 사용할 수 있는 권리만 부여된 것이어서 세금계산서의 발급의무가 없음에도 청구법인은 계약금과 1차 중도금을 납입한 때에 세금계산서를 각 발급하고, 2차 중도금과 잔금에 대하여는 입주시점에 세금계산서를 발급함에 따라 부가가치세를 과다하게 신고‧납부하였으므로 수분양자가 매입의사를 표시한 때를 공급시기로 보아 각 과세기간에 대한 부가가치세를 경정하여야 한다.

(2)처분청은 쟁점분양방식은 중간지급조건부 판매에 해당한다는 의견이나, 중간지급조건부 판매는 반드시 재화가 인도 또는 사용되기 전에 대가의 일부를 분할하여 받은 경우를 의미하고, 쟁점분양방식과 같이 이미 완성된 재화를 인도하고 그 대가의 일부를 받은 뒤에 2년 동안 사용하고 나서 분양계약 확정 여부를 결정하는 거래형태는 중간지급조건부 판매에 해당하지 않는다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점분양방식으로 아파트를 분양하면서 지급받은 계약금과 중도금에 대한 세금계산서를 발급한 후 부가가치세를 신고납부하였는바, 「부가가치세법」 제15조에서는 조건부로 재화를 공급하는 경우 조건에 따라 세금계산서를 교부하도록 하면서, 특례 규정인 같은 법 제17조 제1항(2013.6.7. 전부개정 전에는 같은 법 제9조 제3항)에서는 재화의 공급시기 전에 대가의 일부를 받고 세금계산서(선발행 세금계산서)를 발급하면 발급하는 때를 공급시기로 보도록 규정하고 있으므로 이 건 세금계산서는 특례규정에 따라 적법한 세금계산서에 해당한다.

(2) 「부가가치세법 시행규칙」 제18조에서는 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우를 중간지급조건부 판매로 규정하고 있는바, 쟁점분양방식과 같이 계약금을 받기로 한 날의 다음날부터 재화를 인도하는 날(소유권이전일)까지의 기간이 6개월 이상이고, 그 기간 이내에 중도금을 받았으며, 이에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없으므로 중간지급조건부 판매에 해당한다.

(3)쟁점분양방식을 「부가가치세법 시행령」에서 규정하는 동의조건부 판매라고 보아 조건이 성취되는 때를 공급시기라고 본다면, 부동산 임대업자가 실제로는 부동산 임대차계약을 체결하고 임대보증금을 지급받은 것임에도 쟁점분양방식의 형식을 취하여 분양계약을체결하고 계약금과 중도금을 지급받은 것으로 하였다가 실질적인 임대차기간이 종료하는 때에 분양계약을 해제하는 것으로 함으로써임대보증금에 대한 간주임대료 등에 대한 부가가치세 납세의무를회피하는 사례가 발생되는 문제점이 있으므로 쟁점분양방식을 동의조건부 판매로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점분양방식으로 아파트를 분양하는 경우의 공급시기

나. 관련 법령 등

(1)부가가치세법

제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우 : 재화가 인도되는 때

2.재화의 이동이 필요하지 아니한 경우 : 재화가 이용가능하게 되는때

3.제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우 : 재화의 공급이 확정되는때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제17조(재화 및 용역의 공급시기 특례) ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 재화 또는 용역의 공급시기라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제32조에따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

(2) 부가가치세법 시행령 제28조(구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기) ② 반환조건부 판매, 동의조건부 판매, 그 밖의 조건부 판매 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정되는 때를 공급시기로 본다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날 이후에 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날을 그 재화의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부판매의 경우

2. 완성도기준지급조건부로 재화를 공급하는 경우

3.기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우

4. 전력이나 그 밖에 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우

(3) 부가가치세법 시행규칙 제18조(중간지급조건부 재화의 공급) 영 제28조 제3항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하는 날 또는 재화를 이용가능하게 하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우

2. 「국고금 관리법」 제26조에 따라 경비를 미리 지급받는 경우

3. 「지방재정법」 제73조에 따라 선금급(선금급)을 지급받는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인의 부가가치세 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 부가가치세 신고 및 경정청구 내역

(2) 쟁점분양방식에 따라 체결된 분양계약서와 약정서의 세부 내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 분양계약 세부 내용

(3) 청구법인은 쟁점분양방식으로 분양계약을 체결하였던 수분양자 중 OOO와의 계약해제 합의에 관련된 합의서 등을 제출하였고, OOO 등의 등기신청서를 제출하였다.

(4) 1994.12.22. 대통령령 제4808호로 개정된 「부가가치세법 시행령」 제9조 제3항은 “사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다”라고 규정하고 있었으나, 2003.12.30. 대통령령 제7007호로 “사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.”로 개정되었고, 기획재정부에서 발간한 “간추린 개정세법 2003”에 의하면, 공급시기전 세금계산서의 교부는 계약 등 거래가 이루어진 경우에 한해 가능한 것이나 현행법에는 아무런 언급이 없어 논란의 소지가 있고, 공급시기 전에 세금계산서를 교부하여 세금은 납부하지 않고 부당환급만 받는 사례가 많으므로 재화와 용역의 공급시기 전에 대가를 받는 경우 각 대가에 대해서는 세금계산서를 교부할 수 있도록 하기 위해 개정한 것으로 나타난다.

(5)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점분양방식은 중간지급조건부 판매에 해당하므로 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기라는 의견이나, 부가가치세 과세대상인 재화의 공급이란 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도함으로써 실질적으로 재화를 사용‧소비할 수 있도록 소유권을 완전하게 이전하여야 하나, 쟁점분양방식은 수분양자가 계약금과 중도금을 납입하면 해당 아파트에 입주하여 계약일로부터 2년이 되는 시점까지 거주할 수는 있으나 계약일부터 2년 동안은 당사자 사이에 분양계약의 확정이 유보되어 있고, 수분양자가 잔금지급예정일(계약일부터 2년이 되는 날) 1개월 전부터 잔금지급예정일 사이의 기간 중에 매입의사를 표시(소유권이전등기를 신청)하여야만 판매가 확정되는 동의조건부 판매에 해당하므로 원칙적으로 쟁점분양방식에 따라 공급된 아파트의 공급시기는 수분양자가 매입의사를 표시한 때라고할 것이다.

한편, 쟁점분양방식에 따른 아파트의 공급시기가 원칙적으로 수분양자가 매입의사를 표시한 때라고 하더라도 「부가가치세법」 제17조 제1항에서는 재화의 공급시기가 되기 전에 재화에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급하면 그 때를 재화의 공급시기로 보도록 공급시기의 특례를 규정하고 있으므로선발행 세금계산서에 해당하는 부분의공급시기는 그 세금계산서가 발급된 때라고 할 것이다.

다만, 처분청은 쟁점분양방식으로 체결된 분양계약과 관련하여발급된 모든 세금계산서가 선발행 세금계산서에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 수분양자와 쟁점분양방식에 따라 분양계약을 체결한 후 계약금과 1차 중도금을 납입한 때에 세금계산서를 각 발급하고, 2차 중도금과 잔금에 대하여는 입주시점에 세금계산서를 발급한 것으로 나타나는바, 분양대금 중 잔금의 경우 청구법인은 실제로 그 대금을 지급받지 못하였음에도 세금계산서를 발급하고 이에 대하여 부가가치세를 신고‧납부한 것으로 나타나므로 모든 세금계산서를 선발행세금계산서라고 본 처분청의 의견을 받아들이기 어려운 측면이 있고, 수분양자 중 일부는 약정된 기간 중에 매입의사를 표시하지 아니하여동의조건을 충족하지 못하였음에도 청구법인은 세금계산서를 발급하고 이에 대하여 부가가치세를 신고‧납부한 것으로 나타난다.

따라서, 쟁점분양방식으로 체결된 분양계약과 관련하여 발급된 세금계산서 중 선발행 세금계산서에 해당하는 부분과 계약해제된 부분을 재조사하여 그 결과에따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.