가. 원고는 1978. 8. 30. 수원시 B 토지 외 7필지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 취득한 후 1997. 10.경 소외 C에게 임대하였다.

나. C은 자동차운전학원을 경영하기 위하여 1998. 2. 11. 이 사건 각 토지에 대한 형질변경허가를 받아 위 각 토지 위에 3동의 건물(이하 ‘이 사건 각 건물’이라 한다) 및 기능교습장(이하 ‘이 사건 교습장’이라 하고 이 사건 각 토지 및 이 사건 각 건물과 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신축하여 2000. 11. 2. 자신의 명의로 이 사건 각 건물에 관한 소유권보존등기를 마친 후 2000. 11. 30. 원고에게 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 그후 C이 차임지급을 연체하자 원고는 2004. 1. 31. 동인을 상대로 제기한 이 사건 부동산인도청구소송에서 승소하여 2005. 4. 11. 동인으로부터 위 부동산을 인도받았다. 라.

원고는 2007. 9. 3. 소외 용남고속 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)에 이 사건 부동산을 9,000,000,000원에 양도한 후, 같은 달 27. 피고에게 위 9,000,000,000원 중 이 사건 교습장 가액 300,000,000원을 제외한 8,700,000,000원을 이 사건 부동산의 양도가액으로 하여 양도차익 산출 후 이에 따른 양도소득세 1,798,000,000원을 신고납부하였다.

마. 그런데 피고는 이 사건 각 토지의 의제취득일인 1985. 1. 1.을 기준으로 이 사건 교습장을 포함하여 이 사건 각 토지의 취득가액을 산정하고 이 사건 교습장을 포함하여 이 사건 각 토지의 양도가액을 산정하여 이에 따른 양도차익을 산출한 다음 2008. 8. 10. 원고에게 2007년도 귀속분 양도소득세 83,028,600원 및 주민세 8,302,860원을 경정고지하는 이 사건 처분을 하였다.

바. 이에 대하여 원고는 이의신청을 거쳐 2009. 12. 7. 국세청장에게 심사청구를 하였으나...