가. 청구법인은 OOOO OOO OOOOO OOOO에서 운수업을 영위하는 법인으로, 2007년 제1기 부가가치세 신고 당시 「조세특례제한법」 제106조의4 소정의 ‘일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감’ 조항에 따라 45,342,486원의 부가가치세 납부세액을 공제(경감)받았다.

나. 처분청은, OO시장의 2007년 택시운송업에 대한 부가가치세 경감분 사용실태점검 결과 자료 등에 따라 청구법인이 「조세특례제한법」 제106조의4 규정에 따른 2007년 제1기 부가가치세 감면세액 중 18,325,230원(이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내에 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 아니하였다 하여 2008.11.17. 청구법인에게 2007년 제1기 부가가치세 24,547,470원을 경정·고지하였다(추후 처분청은 이 중 「조세특례제한법」 제106조의4 제3항 제3호에 따른 가산세 3,665,046원은 직권감액경정함).

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.12. 이의신청을 거쳐 2009.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 쟁점감면세액에 대하여 (법적 사용기한인) 6개월 이내에 미지급하였음을 이유로 이 건 처분을 하였는 바, 2008.11.15. 쟁점감면세액의 지급이 완료된 상태로서 부가가치세 경감액의 지급은 다소 늦어졌으나, 회사의 어려운 여건상 부득이 노조와 합의에 의하여 법적 기한내 상호연장조치를 취하여 지급이 이루어지고 있어 노조와의 연장합의를 새로운 채권채무관계로 보아 (실질적으로) 법적 기한내에 경감세액을 지급한 것으로 인정하여 이 건 처분을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 회사의 자금사정 및 노사합의하에 부가가치세 경감세액(쟁점감면세액)을 법적 기한 내에는 미사용하였으나 기한 후 이를 사용하였다며 이 건 처분의 취소를 청구하고 있으나, 청구법인은 법적 기한 내에 쟁점감면세액을 미사용하였고 그러한 미사용한 경감세액에 대하여 관련 「조세특례제한법」의 규정에 따라 추징하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부가가치세 경감세액을 신고납부기한으로부터 6개월 이내에 사용하지 아니하였다 하여 「조세특례제한법」 제106조의4 제3항에 따라 추징한 처분의 당부

나. 관련법령

조세특례제한법 제106조의4 【일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감】 ① 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 2008년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.

② 제1항에 의한 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.

③ 건설교통부장관은 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된 세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지 아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장에게 통보하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할 세무서장은 다음 각호의 규정에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다.

1. 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지 아니한 경감세액상당액

2. 다음 산식에 따라 계산한 제1호의 경감세액상당액의 이자상당액

이자상당액＝제1호의 경감세액상당액 × 제1항의 규정에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일의 다음날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000

3. 제1호의 경감세액상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세

다. 사실관계 및 판단

(1) OO시장의 2007년 택시 부가가치세 경감분 사용실태 점검결과 제출 공문(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO), 이 건 부가가치세 경정결의서 등 자료에 의하면, 청구법인은 2007년 제1기 부가가치세 신고 당시 「조세특례제한법」상의 ‘일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감’ 조항에 따라 44,811,580원의 부가가치세 납부세액을 공제(경감)받았고, 처분청은청구법인이 위와 같은 「조세특례제한법」 제106조의4에 따른 2007년 제1기 부가가치세 감면세액 중 쟁점감면세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일로부터 6개월 이내(2008.1.25.)에 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 아니하였다 하여 이 건 처분을 하였다.

(2) 이에 대하여 청구법인도 2007년 제1기 부가가치세 신고납부기한 종료일로부터 6개월이 되는 시점을 경과하여 2008.11.15. 쟁점감면세액을 지급함으로써 경감액 지급이 늦어졌다고 인정하고 있으나, 다만 노조와의 (부가가치세 경감액 지급 시기) 상호 연장에 관한 합의내용을 고려하여 (노조와의) 새로운 채권채무계약으로 보아 지급기한내 지급한 것으로 인정해 달라고 주장하면서 협의서, 확인서 등의 자료를 제출하고 있는 바 이에 대하여 본다.

(가) 근로자 대표 ‘OOOO 분회 위원장 OOO’, 사용자 대표 ‘청구법인 대표이사 OOO’ 간의 협의서(2006.9.1.)에 의하면, 택시운송사업의 부가가치세 경감분의 지급을 6개월 내에 하여야 하나 2006.1.1.부터 회사의 어려움으로 인해 시일 내에 지급하기 어려운 경제사정을 노사가 이해하여 지급시기를 회사의 사정으로 인해 연장할 수 있으며 경감액 활용은 종전의 협약에 따른다고 기재되어 있다.

(나) ‘(유)OOOO분회 위원장 OOO’의 확인서(2008.6.23.)에 의하면, 청구법인 운송노조원 일동은 운송사업자 부가가치세 경감세액에 대하여 2006.9.1. 체결된 노사간의 합의서에 의거 회사사정에 따라 연장지급을 승인하고 이에 따라 계속적으로 수령받아 왔음을 확인한다고 되어 있다.

(3) 「조세특례제한법」 제106조의4의 규정은 ‘일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감’에 대하여 규정하고 있는 바, 당해 조항은 택시기사의 처우개선 및 복지향상을 위하여 마련된 것으로, 2007.1.1. 이전에는 경감세액의 사용기간 및 사용기간 위반시의 추징에 대하여 규정하지 않고 있다가, 2006.12.30. 법률 제8146호에 따른 법률 개정시 일몰시한을 2008.12.31.까지 연장함과 동시에 경감세액의 투명한 사용을 보장하기 위한 사후관리 강화를 목적으로 제3항을 신설하여, 경감세액은 부가가치세 신고납부기한 종료일로부터 6개월 내에 사용하도록 하고 그 이행 여부를 건설교통부장관(현 국토해양부장관)이 국세청장 등에게 통보하며, 국세청장은 위반 결과 통보에 따라 경감세액(제1호), 이자상당액(제2호) 및 가산세(제3호)를 추징하도록 하였으며(구 재정경제부 발간 2006년 개정세법 해설 참조), 이 건 과세처분은 위 신설규정에 따라 이루어졌고 다만 가산세는 처분청이 직권감액경정하였다.

(4) 살피건대, 청구법인은 2008.11.15. 쟁점감면세액의 지급을 완료함으로써 2007년 제1기 부가가치세 신고납부기한 종료일로부터 6개월이 되는 시점(2008.1.25.)을 경과하여 그 지급이 늦어진 점을 인정하면서도, 노조와의 상호 (지급) 연장 합의내용을 고려하여 새로운 채권채무계약으로 보아 지급기한내 지급한 것으로 인정하여 이 건 처분을 취소해야 한다고 주장하고 있으나,

택시 운송업자들에 대한 세제 지원 제도의 일몰기한을 연장하면서 최종 수혜자인 운수종업원들에게 직접 혜택에 돌아가는지 여부를 사후관리하기 위하여 추징 조항인 「조세특례제한법」 제106조의4 제3항을 신설한 취지에 비추어 볼 때, 청구법인의 경우 법정 지급기한(2008.1.25.)을 경과하여 쟁점감면세액을 지급함으로써 위의 기한 이내에 이 건 경감세액을 운수종사자의 처우개선 및 복지향상 목적에 사용하지는 아니하였으므로, 처분청이 그 경감세액 및 이자상당액을 추징한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(OO OOOOOOO, OOOOOOOOOO OO)O

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.