처분청은 법인인 청구인이 2003.4.12. ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○번지 토지 648㎡와 같은 동 238-23번지 토지 599㎡의 2분의 1(이하 “이 사건 토지”라 한다)을 취득한 후 그 취득가격(275,421,000원)을 과세표준으로 취득세 등을 신고 납부하였으나, 세무조사 결과 이 사건 토지에 대하여 장부상 취득가격이 550,842,000원으로 확인되자 그 차액(275,421,000원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 6,610,100원, 농어촌특별세 605,920원, 등록세 9,915,150원, 지방교육세 1,817,770원, 합계 18,948,940원을 2004.11.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 공사비 전액을 부담하고 이 사건 토지의 소유주인 홍○○은 토지만 제공하나 원가 및 이익 등 제반 산출물은 양자가 같은 지분으로 나누어 계산하는 방식으로 아파트 및 상가를 신축분양하도록 되어 있는바, 이러한 방식에 따라 정산하는 과정은 공동사업자 간의 총 원가 및 이익의 정확한 산정은 물론 이들 사업자간의 회계처리를 원활하기 위하여 청구인의 장부에 일괄하여 기재하고 분양이 완료된 폐업 결산일에 토지가격을 포함한 공사비 전액의 1/2을 홍○○에게로 대체함으로서 청구인의 원가에서 차감하도록 하고 있어 이 사건 토지의 2분의 1을 공동사업자인 홍○○에게 취득한 것은 실질적인 매매행위가 아닌 상가 등의 분양자 보호를 위하여 부득이 공동사업자간의 형식적인 매매절차를 가진 것뿐이고, 특히 위 토지의 취득신고는 실질적으로 대금지급이 없기 때문에 단지 공시지가에 의한 가액으로 하여 위 신고금액과 장부상의 가액간에 면적계산상 구분이 가능한데도 처분청에서 세무조사시 확인한 일괄회계처리를 위하여 토지금액 전체를 기재한 장부상 가액이 실제의 취득가격이라고 간주하여 취득세 등을 부과한 처분은 실질과세의 원칙이나 근거 과세주의에 맞지 않으므로 이 사건 취득세 등의 취소를 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 부동산에 대한 취득가격을 법인장부상 가격으로 부과 고지한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제111조제2항에서 취득세의 과세표준으로 하는 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다고 하지만, 그 제5항제3호에서 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득(증여·기부 기타 무상취득을 제외한다)에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다고 하면서, 같은 법시행령 제82조의2제1항에서 법 제111조제5항제3호에서 "법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 그 제2호의 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서을 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2002.6.4. 건축물신축에 대하여 청구인은 건축물신축공사비를, 홍○○은 신축부지를 제공하고, 양자는 이익과 손실을 각각 50%로 분배하는 것으로 하는 동업계약을 체결하였으며, 2002.6.11. 청구인은 홍○○과 공동명의로 같은 구 ○○동 ○○-○○지외 2필지상 아파트 및 상가건축물에 대한 건축허가를 받고, 2003.4.7. 위 아파트 및 상가건축물이 같은 달 3일 사용승인됨에 따라 공사원가(1,838,111,002원)를 취득가액으로 신고하고 납부하였으며, 2003.4.12. 이 사건 토지에 대하여 사용승인된 건축물에 대한 건물보존등기와 분양자들에게 소유권이전등기를 원활이 하기 위하여 공시지가로 취득한다고 하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2003.4.14. 이 사건 토지에 대하여 공시지가(○○동 ○○-○○번지 공시지가 423,000원, 238-23번지 462,000원)로 취득신고 및 세액을 납부하였으며, 그 후 처분청은 세무조사시 청구인의 2003년기간중 법인장부상 건설용지 계정에 이 사건 토지의 취득가액이 550,842,000원으로 계상되어 있는 사실을 확인하자 2004.11.10. 부족된 취득세 등을 부과고지하였고, 한편 공동사업자간의 원가대체흐름사항은 청구인이 법인장부상 건설용지계정별원장에 토지매입원가로 669,601,460원으로 기재한 다음 공사원가명세서상 건설용지비로 위 금액으로 대체하였으며, 손익계산서의 매출원가로 위 토지를 포함한 건설비로 2,933,976,633원으로 기재한 후 정산시 위 매출원가 50%를 공동사업자인 홍○○의 손익계산서상에 매출원가로 대체한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 토지의 2분의 1을 공동사업자인 홍○○에게 취득한 것은 실질적인 매매행위가 아닌 상가 등의 분양자 보호를 위하여 부득이 공동사업자간의 형식적인 매매절차를 가진 것뿐인데도 처분청에서 세무조사시 공동사업자간 일괄회계처리를 위하여 토지금액 전체를 기재한 장부상 가액을 실제의 취득가격이라고 간주하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제111조제5항 등에서 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 하고, 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다고 하나 법인장부 중 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서에 의하여 취득가격이 입증되는 경우는 그 가격으로 한다고 하고 있는 바, 청구인의 경우 2003.4.12. 공동사업자인 홍○○의 소유였던 이 사건 토지 중 2분의 1을 공시지가의 금액(275,421,000원)으로 취득한 후 2003.4.14. 검인(접수번호 : 005107)받아 같은 날 취득세 등을 신고 납부한 사실은 제출된 매매계약서 등에서 알 수 있으나, 청구인에 대한 세무조사 결과 법인장부에 이 사건 토지의 취득금액이 550,842,000원으로 기재되어 있고, 청구인이 원가대체 이외에는 이 사건 토지의 취득금액이 550,842,000원이 아니라는 구체적인 반증을 제시하지 못하는 이상, 법인장부상 해당 금액을 기재하는 것이 법인을 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 것으로 보아 장부가액을 사실상의 취득가액으로 인정하고 있는 지방세법의 입법 취지에 비추어 이 사건 토지의 취득금액을 550,842,000원으로 보는 것이 타당하다고 하겠으므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 2.

행 정 자 치 부 장 관