가. 원고는 항만운송사업, 항만시설 유지 관리업 등을 목적으로 하는 회사이고, 피고 산하 군산지방해양수산청장은 군산항, 장항항을 관리하는 등 전북 지역의 해양수산 업무를 총괄하고 있다.

나. 군산항의 제4부두는 자동차 전용부두로 운영되고 있는데, 원고는 제4부두에 41선석만 설치되어 있던 2005. 8.경 위 41선석을 통하여 수출하는 자동차를 위한 야적장을 추가로 확보하기 위하여 군산지방해양수산청장과, 원고가 비관리청 항만공사로서 43선석 예정지 배후의 야적장(이하 ‘이 사건 야적장’이라고 한다) 포장공사를 하기로 협의하였다.

그 후 원고는 이 사건 야적장 포장공사를 진행하여 준공하였고, 위 포장공사의 총사업비 범위에서 이 사건 야적장을 무상으로 사용하고 있었는데, 원고는 당시 이 사건 야적장을 보조적으로 사용하고 있어서 야간작업이 필요하지 아니하였기에 조명탑을 설치하지 않고 사용하였다.

다. 그 후 자동차수출물량이 증가함에 따라 원고와 군산지방해양수산청장은, 원고가 비관리청 항만공사로 42선석을 건설하기로 협의하고, 2008. 4.경 실시계획에 대한 승인을 받아 42선석 건설공사를 진행하여 2011. 1.경 준공하였으며, 그 무렵부터 원고는 위 건설공사의 총사업비의 범위에서 42선석을 무상으로 사용하고 있었다. 라.

위 42선석이 신설되면서 수출 자동차를 위한 야적장을 추가로 확보할 필요가 생기자, 원고와 군산지방해양수산청장은 원고가 비관리청 항만공사로 이 사건 야적장 옆에 매립지 상태로 방치되어 있던 44야적장(67선석)에 대해서도 포장공사를 진행하기로 협의하였다.

이에 원고는 2010. 8. 18. 군산지방해양수산청장으로부터 비관리청 항만공사 시행허가 및...