가. 청구법인은 OOO라는 상호로 2014.1.2. 개업하여 견과류, 다류 제조 및 도․소매업을 영위하는 사업자로서, 주식회사 OOO(이하 “쟁점매출처”라 한다)에 2014년 제2기에 OOO(공급가액)의 상품을 매출하고 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청은 쟁점매출처에 대한 2017년 제1기 부가가치세 환급 현장확인 당시 청구법인이 2014년 및 2015년 쟁점매출처에 상품 OOO(공급가액)을 공급하고 세금계산서를 미발행하여 2017년 3월부터 발행하였다는 확인서(이하 “쟁점확인서”라 한다)를 징취하고, 쟁점매출처가 2014년 및 2015년에 청구법인 계좌에 입금한 금액과 위 세금계산서와의 차액을 소명받아 매출누락액을 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 하여 2019.6.10. 청구법인에게 법인세 합계 OOO및 부가가치세 합계 OOO을 각각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 대표이사 OOO의 부친OOO과 쟁점매출처의 대표이사 OOO은 죽마고우로서, 청구법인과 쟁점매출처 간의 2014〜 2015년 입․출금에는 회사운영자금 등 금전소비대차 거래가 포함되어 있음에도 순입금액이 단순히 당초 신고한 매출금액을 초과한다는 이유만으로 구체적인 확인 없이 쟁점금액을 매출누락액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 임가공업체로 견과류를 봉지에 담아 상품을 만들어 쟁점매출처에 납품하면, 쟁점매출처는 OEM 공급계약을 한 주식회사 OOO등 홈쇼핑 판매업자에게 그대로 공급하여 청구법인의 매출누락은 전혀 불가능함에도 불구하고 쟁점금액을 매출누락액으로 봄은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점금액에 금전소비대차가 포함되어 있다고 하나, 상세한 차입․상환 내역과 근거를 제시하지 못하고 있는 반면, 처분청의 현장확인 전 청구법인과 쟁점매출처가 주고받은 쟁점확인서에 의해 2014〜2015년에 매출누락이 있었음을 스스로 확인한 사실이 있고, 쟁점매출처는 당초 청구법인이 쟁점확인서에 기재한 매출누락액 OOO맞지 않는다면서 다시 세금계산서와 계좌송금내역을 비교하여 금전소비대차를 제외하고 매출누락액 산출내역를 제출하였으며, 처분청은 이를 기초로 쟁점금액을 매출누락액으로 산정한 것이므로 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액을 매출누락한 것으로 보아 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제16조[근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

(2) 부가가치세법

제57조[결정과 경정] ① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다.

(3) 법인세법

제66조[결정과 경정] ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출․매입처별 계산서 합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점매출처에 대한 2017년 제1기 부가가치세 환급 현장확인시 “청구법인은 2014〜2015년 쟁점매출처와의 거래내역에 의하여 미발행된 세금계산서를 2017년 3월부터 아래와 같이 발행합니다”라는 내용의 2017.3.17.자 쟁점확인서를 징취하였고, 쟁점매출처는 2017년 9월경 쟁점확인서에 기재된 관련 매입세액을 불공제하는 수정신고서를 제출하였으며, 청구법인은 2018년 1월경 쟁점확인서의 세금계산서를 전부 감액하는 수정세금계산서를 발행한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 쟁점매출처에 작성한 쟁점확인서는 쟁점매출처의 외상매입금 계정별원장 대변 합계액과 쟁점매출처가 청구법인에게 송금한 금액을 비교하여 그 차액을 세금계산서 미발행 금액으로 본 것으로서, 양자 간에 상계할 부분을 제외하지 아니한 단순 차액이며 청구법인은 확인서 내용대로 아래와 같이 사실과 다른 세금계산서를 발행해오다가 (-)수정세금계산서를 발행한 것으로 국세통합전산망에 나타난다.

＜청구법인의 세금계산서 및 수정세금계산서 발행 내역＞

(단위 : 원)

(3) 처분청은 쟁점확인서의 세금계산서 미발행 금액은 양자 간 상계할 부분(입금-출금)이 반영되지 않은 것으로 보아 청구법인 계좌의 순입금액을 기준으로 아래와 같이 현금매출 누락액(쟁점금액)을 집계하였고, 이는 쟁점매출처가 소명한 매출누락액과 일치한다.

(단위 : 원)

(4) 청구법인은 과세전적부심사청구 과정에서 2014〜2015년 기간 동안 청구법인의 통장 입출금 내역에는 거래대금 결제 외에 양 법인 사이에 운영자금이 필요할 때 발생한 금전소비대차 OOO백만원이 포함되어 있다고 주장하였으나, 처분청은 청구법인이 2015.5.11. 쟁점매출처부터 차입한 OOO백만원에 대해 이자 OOO백만원을 포함하여 2015.12.4. 쟁점매출처의 대표 개인통장으로 송금한 OOO백만원을 이미 순입금액 계산시 출금액과 입금액에서 각각 제외하여 쟁점금액을 산정한 것으로 확인되었다.

(5) 청구법인은 쟁점매출처의 상품 임가공업체이고, 쟁점매출처는 OEM 방식으로 주식회사 OOO등 홈쇼핑 판매업자에게 상품을 그대로 공급하므로 청구법인의 매출누락은 전혀 불가능하다고 주장하며, 청구법인과 쟁점매출처 간 OEM계약서, 쟁점매출처와 주식회사 OOO간 OEM계약서를 제출하고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액에 쟁점매출처와의 금전소비대차가 포함되어 있다고 주장하나, 쟁점확인서에서 청구법인이 2014〜2015년 매출분에 대해 세금계산서를 미발행하였다고 하며 2017년 3월부터 매출누락액 상당의 세금계산서를 발행한 것으로 나타나고, 쟁점매출처가 세금계산서 발행 금액 중 쟁점금액이 매출누락분이라고 소명한 점, 청구법인은 상품을 쟁점매출처에 공급하고 쟁점매출처는 OEM 방식으로 홈쇼핑 판매업자에게 공급하므로 매출누락이 발생할 여지가 없다고 주장하나, 청구법인과 쟁점매출처의 상품이 홈쇼핑 판매업체 외에 다른 업체로 판매되었을 가능성이 전혀 없다고 단정하기 어려운 점, 청구법인은 금전소비대차가 포함되어 있다고 주장할 뿐 이에 대한 객관적인 입증자료를 제시하지 못하고 있고, 처분청이 쟁점금액 산정시 금전소비대차는 이미 제외한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 매출누락분으로 보아 이 건 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.