1. 청구법인의 교내에 있는OOOO건물(연면적 69,431.98㎡)의 신축 관련 매입세액을 준공일(2010.12.24.)이 속하는 과세기간에 확정된 사용면적(과세면적 6,624.83㎡,면세면적 15,751.92㎡, 공통사용면적 47,055.23㎡)을 기준으로 안분계산한 후에과세사업 관련 매입세액에서 기 공제한 과세사업 관련 매입세액을 차감한 잔액을 매출세액에서 공제하고, 공통사용면적에 해당하는 공통매입세액에 대하여는 「부가가치 세법 시행령」제61조의2 제2호의 산식[(공통매입세액 × 6,624.83㎡/22,376.75 ㎡) - 공통매입세액 중 과세사업 관련 매입세액의 기공제세액]을 적용하여 산출한 과세사업과 관련한 공통매입세액을 2010년 제2기의 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가. 청구법인OOO은「사립학교법」에 따라 설립된 비영리법인인 학교법인 OOO의 지점법인이며, 업태(종목)는 비영리(학교)사업과 부동산(임대)사업으로 면세사업과 과세사업을 겸업하고 있는 사업자로, 과세기간별 부가가치세의 신고당시 청구법인 교내에OOOOOO(연면적 69,431.98㎡로, 이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하고, 총공급가액OOO 관련 매입세액인 OOO 포함, 이하 “전체매입세액”이라 한다)을 교육·연구시설용건물의 면세사업(교육) 관련 매입세액으로 보아 해당 과세기간의 부가가치세 신고당시 불공제대상으로 하였다가, 임시사용승인일(2010.7.7.) 이후 쟁점건물의일부 면적(69,431.98㎡ 중 6,281.79㎡와 주차장 22,667.93㎡)이 용도변경됨에 따라 2010.9.1. 이후부터 주식회사 OOOO(OOOOOOOOOOOOO) 등과 임대차계약을 체결하여 과세사업인 부동산임대용으로 사용하고 있다 하여 전체매입세액을 쟁점건물의 확정된 사용면적을 기준으로 과세사업과 면세사업으로 안분계산하여 2010.12.17. 처분청에게 신고·납부한 부가가치세 O,OOO,OOO,OOOO(OOOOO OOOO O,OOO,OOOO,OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOOO OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOOO OOOOO OOOO O,OOO,OOO,OOOO O OOOOO OOOO O,OOO,OOO,OOOOO OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOO)을 환급하는 것이 타당하다는 취지의 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 2011.1.10.부터 2011.2.11.까지 청구법인의 경정청구에 대한 현지확인을 실시하여, 전체매입세액 중 과세사업과 면세사업의실지귀속이 분명한 것은 그에 따르고, 쟁점건물 내에 신축된 지하 1층 내지 지하 4층의 주차장인 22,667.93㎡(지하 1층 2,269.87㎡, 지하 2층9,199.22㎡, 지하 3층 1,746.73㎡, 지하 4층 9,452.11㎡, 이하 “쟁점주차장 ”이라 한다)의 신축과 관련한 매입세액인 OOO(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 청구법인 전체의 과세사업(부동산임대사업 등) 및 면세사업(대학 등의 교육·연구사업)에 공통으로 사용되는 것으로보아 전체 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율을 기준으로 하여 안분계산하여서 2011.3.14. 청구법인이 경정청구를 제기한 부가가치세액(O,OOO,OOO,OOOO) O OOO,OOO,OOOO(OOOOO OOOO O,OOO,OOOO, OOOOO OOOO OO,OOO,OOOOO OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOOO OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOO O OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOOOO OOOO OO)O OOOO O OOOOO OOO OOOOO OO,OOO,OOOOO OOOOOOO, OOO O,OOO,OOO,OOOO(OOOOO OOOO O,OOO,OOOO, OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOOO OOOOOOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOOO OOOOO OOOO O,OOO,OOO,OOOO O OOOOO OOOO O,OOO,OOO,OOOOO OOOOO OOOO OOO,OOO,OOOO)의 경정청구에 대하여는 거부한다고 통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.5.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점건물은 배치계획서에서 보는 바와 같이 당초 수익사업을 목적으로 신축하고자 하였으나, 학교법인인 청구법인이 특성을 살려 교육시설을 확충하려는 명분으로 신축한 건물로 총 면적 중 과세사업 및 면세사업에 사용하는 면적이 명확히 구분되어 있고, 쟁점주차장의신축과 관련된 쟁점매입세액은 주식회사 OOOOO(OOOOOOOOO OOO OO)와 쟁점주차장을 수수료 방식으로 임대차하는 계약을 체결하고 임대하는 과세사업과 관련된 매입세액이므로 고유목적사업이자 면세사업인 교육·연구분야와 관계가 없어서 「부가가치 세법 시행령」제61조 제4항 제3호에 의거 전액을 매출세액에서 공제하여야 함에도, 처분청이 동 매입세액을 전체의 과세사업과 면세사업에 관련된 공통매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 본다 하여도, 쟁점주차장은쟁점건물에 신축된 것이고, 학교건물과 용도가 다른 영리목적의 독립된 건물이므로 청구법인의 교육사업 전체와 관련되는 것이 아니라 쟁점건물에 한정된 과세사업과 면세사업의 공통매입세액으로 보아야 하며,

따라서 쟁점매입세액 중 「부가가치 세법 시행령」제61조 제4항 제3호 및 같은 령 제61조의2 단서에 의하여 공급가액이 아니라 총예정사용면적에서 과세사업 예정사용면적이 차지하는 비율 또는 과세사업 및 면세사업에 따르는 기여도와 직접적인 인과관계가 있는 쟁점주차장의 이용자별 이용내역(유료주차 차량과 무료주차 차량의 이용시간 등)을 기준으로 하여 안분한 세액을 매출세액에서 공제한 후에 사용 면적이 확정된 과세기간에 정산하는 것이 적법·타당하다.

(3) 쟁점매입세액을 청구법인의 전체 교육사업과 관련된 공통매입세액으로 보더라도, 공급가액이 아니라 과세사업 및 면세사업에 대한 기여도와 직접적인 인과관계가 있는 쟁점주차장의 이용자별 이용내역(유료주차차량과 무료주차차량의 이용시간 등)에 의한 안분계산방법을 적용하여 해당 매입세액을 공제하는 것이 합리적이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점주차장의 신축과 관련한 쟁점매입세액은 OOO와 수수료 방식으로 계약을 체결하고 임대한 것이라 고유목적사업이자 면세사업인 교육·연구분야와 관계없는 과세사업에 귀속되어공제대상이라 주장하나, 주차관리운영계약으로 약정되어있어 실질적으로는 쟁점주차장의 주차관리 및 관련 시설물관리가 목적이라 일반적 임대차계약으로 볼 수 없으므로 쟁점매입세액 전부를 과세사업인 임대사업과 관련한 매입세액으로 하여 공제하여야 한다는 청구법인 주장은 받아들이기 어렵다(대법원 2001.7.13. 선고 99두11615 판결 참조).

(2) 쟁점주차장은 청구법인의 교육사업에 필수적으로 필요한 시설은 아니지만 공간적인 구분이 없이 한 울타리에 신축된 것이고, 이용객 가운데 학교 관계자로 확인되는 경우 일정한 시간은 무료주차를 허용하고 있는 점 등을 보면, 면세사업인 교육사업과 과세사업인 쟁점건물내의 임대사업과 관련 있는 부수시설이므로 쟁점매입세액을 쟁점건물의 과세사업과 면세사업에 한정되는 공통매입세액으로 인정할 수 없고, 또한 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율로 안분함이 타당하다.

(3) 위 (2)와 같이 하여 쟁점매입세액을 공제하여 경정청구를 거부한 처분은 정당하고 법적 근거가 없는 청구법인의 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점주차장을 부가가치세 과세사업장(주차장임대)으로 인정하여 쟁점매입세액 전액을 공제할 수 있는지 여부(주위적 청구)

② 쟁점매입세액을쟁점건물의 면세사업과 과세사업에 한정된 공통매입세액으로 보아 공제할 수 있는지 여부와 공급가액이 아니라 확정된 사용면적으로 안분할 수 있는지 여부(예비적 청구①)

③ 쟁점매입세액을 공급가액이 아니라 쟁점주차장의 사용자별 요인(차량, 시간, 요금)으로 안분하는 것이 타당하다는 주장의 당부

(예비적 청구②)

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

②사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.

③ 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

④ 제1항에 규정하는 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제12조【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 교육 용역으로서 대통령령이 정하는 것

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1.자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

(2) 부가가치세법 시행령

제19조【용역의 자가공급】① 법 제7조 제2항의 규정에 의하여 자가공급으로 과세되는 용역은 당해 용역이 무상으로 자가공급되어 다른 동업자와의 과세형평이 침해되는 경우의 재정경제부령이 정하는 용역에 한한다.

제30조【교육용역의 범위】법 제12조 제1항 제6호에 규정하는 교육용역은 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록 또는 신고된 학교·학원·강습소·훈련원·교습소 또는 그 밖의 비영리단체나 「청소년활동진흥법」제10조 제1호에 따른 청소년수련시설에서학생·수강생·훈련생·교습생 또는 청강생에게 지식·기술 등을 가르치는 것으로 한다. 다만, 다음 각 호의 학원에서 가르치는 것은 제외한다.

1.「체육시설의 설치·이용에 관한 법률」제10조 제1항 제2호의 무도학원

2. 「도로교통법」제2조 제30호의 자동차운전학원

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세공급가액

면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

③ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1.당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만，건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

제61조의2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝

과세사업과 면세사업의 공급가액이

확정되는 과세기간의 면세공급가액

{총 공통매입세액 × [1－ ─────────────────] － 기공제세액}

과세사업과 면세사업의 공급가액이

확정되는 과세기간의 총공급가액

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝

과세사업과 면세사업의 사용면적이

확정되는 과세기간의 면세사용면적

{총공통매입세액 × [1－ ───────────────── ] － 기공제세액}

과세사업과 면세사업의 사용면적이

확정되는 과세기간의 총사용면적

다. 사실관계 및 판단

(1) 주위적 청구에 대하여 본다.

(가)배치계획서에 의하면 수익사업을 목적으로 쟁점건물을 신축하고자 하였으나 청구법인이 학교법인이라는 특성상 교육시설을 확충하는 것을 명분으로 하였고, 동 건물에는 임대사업장 외에 교육시설 및 강의시설이 있고, 한편 지하층에는〈표1-1〉과 같이 쟁점주차장이 설치되어 있는 것으로 확인된다.

OOO-OOOOOO OOOO OO OOOOOO OO

(나) 청구법인은 배치계획서와 같이 쟁점건물의 전체신축면적 중 과세사업과 면세사업에 사용하는 면적이 명확히 구분되어 있으며, 보건복지부에서 매년 시행하고 있는 의료기관 핵심평가요소에 ‘주차장 관련 서비스’가 있어 종합병원 부설주차장은 의료업 등에 부수되는 필수시설이라 해당 용역 및 매입세액은 면세사업과 관련되는 것이나, 종합병원 부설주차장과는 달리 영리목적으로 신축된 쟁점주차장은 OOO와 수수료 지급방식으로 임대차계약을 체결하고 임대하는 과세사업장이고 청구법인의 고유목적사업이자 면세사업인 교육·연구와 관계없는 것이므로 「부가가치 세법 시행령」제61조 제4항 제3호에 의하여 쟁점매입세액 전액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하고 있다.

(다)청구법인은 비영리법인 중 학교법인으로 본관과 각 단과대학으로 구성되어 있고, 쟁점주차장이 설치된 쟁점건물은 청구법인과 같은 울타리 안에 신축된 것이며, 2007.7.25. 신축허가를 받아 2007.7.25. 착공하여 2010.7.7. 임시사용승인을 받았으나, 이후 일부의 용도를 변경하여 2010.9.1. 이후 OOO등에게 전체 69,431.98㎡ 중 6,624.83㎡(6,281.79㎡에서 일부 증가)를 임대하고, 또한 쟁점주차장과 학교 교내에 설치한 옥외주차장 전체를 OOO에게 위탁하여 관리운영하고 있는 사실이 처분청의 조사서에 나타난다.

OOO-OOOOOOO OOOO OO

(OO : O)

(라) 청구법인은 OOO(214-87-9****)와 쟁점주차장과 옥외주차장에 대하여 주차관리운영계약을 체결한 것으로 나타나고, 청구법인이 제시하는 2009.2.27. 약정된 주차관리위탁운영계약서에 의하면 1년 단위로 재계약을 체결(최근 것은 2010.2.25. 약정)하며, 보증금은OOO(부가가치세를 포함)이며 쟁점주차장에서 발생되는 수입금액은 약정된 비율(청구법인 8, OOO 2)에 따라서 수입금액을분배받는 형식으로 운영하고 있고, OOO는 쟁점주차장에서 발생되는수입금액의 전부에 대하여 부가가치세를 신고·납부하고, 청구법인은 OOO로부터 받은 수입금액(2010.7.부터 2010.12.까지 합계 주차장 수입금액 OOO만 과세대상 임대료로 보아 OOO에게 매출세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고 ·납부하고 있는 것으로 나타나고 있다.

(마) 처분청의 답변서에 의하면, 학교법인이나 산하대학이 조세상 불이익을 무릅쓰고 쟁점주차장을 유료화하지 아니하면「도시교통정비촉진법」에 의하여 교통유발부담금을 부담하여야 하고, 또한「주차장

법」제19조의3, 같은 법 제17조에서 주차관리자의 무과실책임이 인정되도록 규정하고 있어 학교법인이 주차장의 관리와 관련하여 사고가 발생하는 경우 거액의 손해배상책임을 부담할 수 있으므로 직영하지 아니하고 위탁하여 운영하는 것이며, 그러한 사정을 아는 청구법인도 OOO에게 주차장관리를 위탁한 것이라고 답변하고 있다.

(바) 위 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점주차장을 과세사업자인 OOO에게 임대한 사업장이므로 관련된 쟁점매입세액 전액을 공제하여야 한다고 주장하나, 쟁점주차장은 임대료수입 자체를 목적으로 타인에게 임대한 것이 아니라 효율적으로 운영하기 위하여 제3자에게 위탁한 것으로 나타나는 점, 당해 주차장 이용객이 대부분 교직원과 학생 및 학교 내방객이며 일정한 시간동안 주차료를지급받지 아니하는 것을 고려하면 교육목적에 제공하는 것으로 보이는점, 쟁점건물 이용현황에 의하면 과세사업인 부동산임대와 면세사업인 교육·연구에 공통적으로 사용되고 있어 실지귀속을 구분하기 곤란한 점 등을 감안하면, 쟁점주차장의 신축과 관련된 쟁점매입세액은 결국 과세사업과 면세사업에 공통되는 매입세액으로 인정되므로 그와 같이 보아 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없으며 동 세액 전부를 공제하여야 한다는 청구법인 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 예비적 청구①에 대하여 본다.

(가) 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 현지확인한 결과, 1단계로 임대용면적(과세사업면적), 강의실면적(면세사업면적), 쟁점주차장면적(과세사업과 면세사업의 공통사용면적), 지하철 연결통로면적(공통사용면적으로, 기부채납한 가액은 면세 관련한 매입세액으로 보아 불공제)으로 구분한 후, 전체매입세액 중 지하철연결통로면적에 해당하는 매입세액 OOO은 공통매입세액으로 분류하고, 나머지 OOO은 임대면적(과세사업면적), 강의실면적(면세사업면적), 쟁점주차장면적(과세사업과 면세사업의 공통사용면적)으로 안분하여 쟁점주차장면적에 해당하는 매입세액을 제외한 OOO은 위 면적을 기운으로 안분된 결과대로 과세사업 및 면세사업에 귀속시킨 후, 2단계로 쟁점주차장면적에 해당하는 공통매입세액OOO과 지하철연결통로에 해당하는 공통매입세액OOO을 청구법인 전체의 고유목적사업인 면세사업과 임대사업 등 과세사업에 공통되는 매입세액으로 보아 각 과세기간별로 청구법인 전체의 과세사업과 면세사업에 관련된 공급가액 비율로 안분계산하여 경정청구한세액 OOO은 면세사업 관련 매입세액으로 불공제하여 경정청구를 거부하였다.

(나) 청구법인은 비영리법인이자 학교법인 OOO의 지점법인이며, 사업자등록증상 업태(종목)는 비영리(학교)와 부동산(임대)으로 등록하여 면세사업(교육사업)과 과세사업(주차장임대업)을 겸업하고 있는 것으로 나타나며, 법인등기부등본에 목적사업이 교육사업으로 등재되어 있고, 이를 위하여 OOOOO, OOOOOOOO, OOOOOOOO를 설치·경영한다고 등재되어 있으며, 쟁점건물의 신축 전에 학교 내에 설치된 옥외주차장과 이후 설치된 쟁점주차장을OOOOO가 위탁관리하게 하고〈표2-1〉과 같이 임대사업장 및 주차장의 수입금액에 대하여 부가가치세를 신고·납부한 것으로 확인된다.

OOO-OOOOOOO OOOO OOOO

(OO : OOO, O)

(다) 쟁점건물은 설계경기지침서(2004년 10월 작성)와 같이 지하철역에 연접한 곳에 “학교법인 OOO라는 특별지구를 지정하여 수익사업을 목적으로 신축하였으나, 청구법인의 주요한 사업이 학교법인이라는 특성상 교육시설을 확충하는 명분으로 교육기본시설(도서관, 학생회관 등)을 포함하면서 부속시설로 유치원, 컨벤션센터,스카이라운지, 종합검진센터, 스포츠시설, 수익시설, 체육관, 각 시설에대한 차량접근의 편의성을 위하여 서로 연결되게 설계한 쟁점주차장을 신축하는 것으로 계획한 사실이 있으므로 당해 건물은 일반적인 종합복지관과 같이 주로 청구법인의 수익사업용으로 사용될 것으로 예정된 것임을 알 수 있고, 실제 당해 건물에는 교육시설과 강의시설이 설치되어 있으나 종합복지관의 형식과 같이 5층과 7층은 예식장업을 주업으로 하는 OOO가, 지상 1층의 일부와 지하 1층에서 지하 3층의 일부 면적까지는 부동산 분양 및 중개를 하는 OOO(임차한 면적을 30개의 소규모로 분할하여 각 점포별로 소매업 입주자를 모집하여서 임대하는 사업)가, 지상 1층의 일부에는 금융기관OOO과 우체국이 각각 임차하여 영업하고 있으며, 쟁점건물의 지하층에는 위 임대사업장들의 편의시설인 쟁점주차장이 설치된 것으로 확인된다.

(라) 청구법인이 제시하는 2010년 동안 쟁점주차장을 이용한 차량대수를 보면,〈표2-2〉와 같이 유료차량(과세사업 이용차량)이 무료차량(면세사업 이용차량)에 비하여 10배 이상 많은 사실이 나타난다.

OOO-OOOOOOO OOOOO OO OOOO

(OO : O, O)

O OOOO OOO OOOOO OOO OOO OOOOOO OOO

(마) 「부가가치 세법 시행령」제61조 제1항에 사업자가 과세사업과면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라서 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 공통매입세액으로 하되, 당해 공통매입세액은 「부가가치 세법 시행령」제61조 제4항에서 정한 바와 같이 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 또는 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호(총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율)를 제1호[총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율] 및 제2호(총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율)보다 우선 적용하여 안분하도록 규정하고 있다.

(바) 청구법인은 비영리 학교법인으로 본관과 각 단과대학으로 구성되어 있으며, 쟁점주차장이 설치된 쟁점건물은 2007.7.25. 신축허가를 받아 2007.7.25. 착공하여 2010.7.7. 임시사용승인을 받았으나, 승인일 이후 일부 면적의 용도변경을 통하여〈표1-2〉와 같이 2010.9.1. 이후 OOO 등에게 쟁점건물의 전체면적 69,431.98㎡중 6,624.83㎡를 임대사업에 사용하고, 15,751.92㎡는 교육사업에, 나머지 쟁점주차장 면적이 포함되어 있는 47,055.23㎡는 공용시설로 사용하고 있음이 2012.1.27. 주식회사OOO사무소가 제시하는 쟁점건물 준공면적현황 제출서에 의하여 확인된다.

(사) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 쟁점건물은형식적으로는 교육사업을 위한 시설이나 실질적으로는 청구법인의 수익구조를 개선하여 수익사업을 활성화하는 목적으로 지하철역과 연계된 청구법인 정문 옆의 역세권지역에 OOO라는 특별한 구역을 설정하고 신축한 계획된 건물이고, 신축한 후에 실제 일반인에게 예식장 등의 수익사업용으로 임대하고 있어서 쟁점주차장이 비록 청구법인의 교내에 설치되어 있어 명목상 학생 및 교직원 등에게 편의를 제공하나 역세권에 위치하여 수익사업용 임대면적이 점차로 증가하여 이용자의현황에 따르면 무료차량보다 유료차량의 숫자가 10배 정도 많은 것으로 나타나고 있어 학생보다는 일반인이 주로 사용하는 것으로 보이는 점,동 주차장을 청구법인 교내에 설치하였다 하여 청구법인의 수입금액이 편의시설의 확충에 따르는 백화점이나 병원의 경우와 같이 증가되는 효과는 없는 점 등을 감안할 때, 쟁점건물은 청구법인 소속의 교육용 건물의 부속시설물이라기 보다는 독립되어 있는 상업용 건물로 인정되므로 쟁점주차장의 신축과 관련된 쟁점매입세액은 쟁점건물에 한정되는 시설물로 보는 것이 합리적인 점,

위 (마), (바)와 같이 공급가액이 없고 건물을 신축하여과세사업 및 면세사업에 제공하는 예정면적을 구분할 수가 있는 이 건은 「부가가치 세법 시행령」제61조 제4항에 따라 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 해당 매입가액의 비율 및 예정공급가액의 비율에 우선하여서 적용하여야 하고, 공통매입세액의 안분기준으로 적용하는과세사업에 사용하는 면적과 면세사업에 사용하는 면적은 실측을 하여 구분하는(조심 2011중869, 2011.10.11. 같은 뜻임) 점 등을 감안하면,

청구법인의 교내에 있는 쟁점건물(연면적 69,431.98㎡)의 신축 관련 각 과세기간별 매입세액을 과세사업과 면세사업 및 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용될 예정면적을 기준으로 안분한 후 해당 과세기간별 과세사업 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 공통사용면적에 해당하는공통매입세액은 과세사업 및 면세사업의 예정사용면적으로 안분하여 과세사업에 해당하는 공통매입세액을 해당 과세기간의 매출세액에서 공제한 후에, 사용면적이 확정된 과세기간(2010.12.24. 준공일이 속하는 2010년 제2기)에 쟁점건물의 총매입세액을 확정이 된 사용면적(과세사업6,624.83㎡, 면세사업 15,751.92㎡, 공통사용면적 47,055.23㎡)을 기준으로 안분계산한뒤에과세사업 관련 매입세액에서 기공제세액을 차감한 잔액을 매출세액에서 공제하고, 공통사용면적에 해당하는 공통매입세액에 대하여는 「부가가치 세법 시행령」제61조의2 제2호의 산식[(공통매입세액 × 6,624.83㎡/22,376.75㎡) - 공통매입세액중 과세사업 관련 매입세액의 기공제세액]을 적용하여 산출한 과세사업 관련 공통매입세액을 2010년 제2기 매출세액에서 공제하여 정산하는 것이 타당하다고 판단된다.

(3) 예비적 청구②에 대하여 본다.

쟁점매입세액을 공통매입세액으로 보는 경우 쟁점매입세액은과세사업 및 면세사업의 공급가액이 아니라 해당 사업에 대한 기여도와 직접적인 인과관계가 있는 주차장 이용자별 이용내역(유료주차차량과무료주차차량의 이용시간 등)으로 안분계산을 하여야 한다고 주장하나, 「부가가치 세법 시행령」제61조 제4항에서 위 (2)의 (마)와 같이 규정하고 있을 뿐이며, 청구법인이 주장하고 있는 안분기준은 없고, 또한 제시하는 자료에 따르면 쟁점주차장의 이용자가 면세사업장을 이용한것인지 과세사업장을 이용한 것인지 여부가 불분명한 것으로 나타나는 만큼, 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.