청구법인은 부가가치세 과세기간 1990년 제1기부터 1991년 제2기까지 경남 남해군 고현면 OO리 OO에 신축한 건물 및 기계장치 관련매입세액으로서 184,644,649원 전부를 환급받았다.

처분청은 청구법인이 과세사업과 면세사업을 겸업하는 것으로 보아 위 관련 매입세액을 재계산하고 1993.6.16. 청구법인에게 이에 따라 경정한 1991년 제2기분 부가가치세 72,663,500원을 부과하였다.

청구법인은 위 처분에 불복하여 1993.6.25. 이의신청, 같은해 9.14. 심사청구를 거쳐, 같은해 12.6. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장과 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자로서 위 건물신축 및 기계장치 설치시에는 과세사업자로서 위 감가상각 자산에 관련된 매입세액을 전액 환급받았는데, 그후 이를 추징한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인은 당초 과세사업자로 사업자등록하고 건물신축 등에 관련된 매입세액을 전액 공제받았으나 그 후 사업개시후 면세사업을 차지하는 비중이 40.74%에 달하게 되어 관련규정에 따라 환급세액을 재계산하고 추징한 것이므로 위 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

부가가치세법 제17조 제4항에서는 “매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산할 수 있다”고 규정하고 동법시행령 제63조 제1항에서는 “법 제17조 제4항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세되는 공급가액의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다”고 규정하고 있다.

한편 청구법인의 경우 위 건물 및 기계장치 취득일이 속하는 과세기간에 있어서 과세사업만을 영위하는 것으로 하여 사업자 등록하고 매입세액을 전액 공제받았으나 사업개시후인 1991년 제2기 과세기간의 총공급가액 중에는 면세되는 공급가액의 비율이 40.74%에 이르게된 사실에 대하여 다툼이 없다.

그렇다면 이 사건 취득당시에는 청구법인의 신고에 의하여 면세되는 공급가액이 전혀 없는 것으로 되어 있었으나 그후에 그 비율이 위와 같이 증가된 것이라고 할 것이어서 위 관련규정에 의하여 청구법인이 환급받은 매입세액을 재계산하고 위와 같이 과세한 처분에는 잘못이 없다.

따라서 이 심판청구는 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.