청구법인은 엽연초를 가공하여 수출하는 업체로서 88년 1기중 부가가치세를 면제받아 공급받은 잎담배에 대한 의제매입세액을 88년 1기분 부가가치세 예정신고 시에는 공제하지 아니하였으나 88.7.25. 확정 및 수정신고시에는 의제매입세액 82,161,568원을 공제함으로써 80,593,840원의 환급세액을 신고한 사실이 있는 바,

처분청은 당해 신고에 대하여 의제매입세액공제를 배제하여 매출세액 2,797,350원에서 매입세액 1,229,622원을 공제하고 가산세 156,728원을 가산하여 1,724,450원의 세액을 청구법인에게 고지한 사실이 있다.

2. 청구법인 주장

청구법인은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물인 잎담배를 원료로 하여 부가가치세가 과세되는 엽연초를 제조하여 수출하고 있는 법인인바, 부가가치세법 제17조 제3항에서 제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 부가가치세가 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다라고 규정하고, 같은법시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물가액에서 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하고 있는데도 처분청은 모법인 부가가치세법 및 동 시행령에 위임근거도 없이 제정하여 무효인 부가가치세법시행규칙 제19조 제1항 단서의 규정을 근거로 하여 이 건 의제매입세액공제를 배제한 처분은 부당하다고 주장한다.

3. 국세청장 의견

부가가치세법 제17조 제3항은 제조업을 영위하는 자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다라고 규정하고 같은 법 시행령 제62조 제1항은 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다라고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제19조 제1항은 령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의 5로 하되 다만, 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다라고 규정하고 있는 바, 동 시행규칙 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화 제3호에는 잎담배등을 원료로 하여 제조가공된 특용작물류로 규정하고 있다.

청구법인은 잎담배등(농산물등) 부가가치세가 면세되는 재화를 원재료로 사용하여 부가가치세가 과세되는 재화인 특용작물류(엽연초)를 제조하고 있는 바,

청구법인은 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항의 규정이 모법의 위임근거가 없는 무효의 규정이라고 주장하고 있으나, 전시한 바와 같이 부가가치세법 제17조 제3항에 의한 의제매입세액공제규정은 대통령령이 정하는 바에 의하도록 되어 있고, 위 법조의 위임을 받은 같은법 시행령 제62조 제1항의 규정이 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액의 계산방법을 다시 재무부령에 위임하고 있으므로 이에 근거한 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항의 규정 본문에서는 의제매입세액공제율을 105분의 5로서 일반적인 경우를 규정하고 동항 단서에서 특별한 경우에는 0%, 즉 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화를 규정하였는 바,

이는 청구법인이 주장하는 바와 같이 모법의 위임범위를 벗어났다든가 또는 상위법과 상반되는 규정이라고 볼 수는 없으므로 동 시행규칙을 적용하여 이 건 의제매입세액공제를 배제한 처분은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점

부가가치세를 면제받아 공급받은 잎담배를 엽연초로 가공하여 수출하는 경우 당해 원재료에 대한 의제매입세액의 공제여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다.

5. 심리 및 판단

관련법령규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항은 제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다고 규정하여 의제매입세액공제의 대상이 될 재화의 종류를 정하면서 그 세액산출의 계산방법만을 시행령에 위임하고 있고, 이 규정에 따라 동법시행령 제62조 제1항에서도 의제매입세액으로 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 “율”을 곱하여 계산한 금액으로 한다고 규정하여, 의제매입세액계산의 기준이 되는 농산물등의 가액에 곱할 “율”만을 재무부령(부가가치세법 시행규칙)에 위임하고 있음에도 불구하고 동법 시행규칙 제19조 제1항 단서에서 그 소정의 제조업에 대하여는 동항 본문이 정한 원칙적인 공제율을 적용하지 아니한다고 규정함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고 나아가 의제매입세액공제를 할 수 없도록 하였으니 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 위 시행령에 위배되는 무효의 규정이라 할 것이다(국심 87부 2025, 88.5.4 : 대법원판결 84누384, 85.3.26, 84누539, 85.3.12. 동지).

따라서 처분청이 이 건 의제매입세액 82,161,568원을 공제하여 아니한 처분은 위법하다 할 것이다.

6. 결론

이 건 심판청구는 이를 심리한 결과 청구법인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.