청구법인은 1970.1.30 설립된 비영리법인(농지개량조합)으로서 수익사업신고나, 사업자등록 정정 신고 없이 1995.1.25부터 1996.12.4까지의 기간동안 부동산임대사업용 건물을 신축하면서 이에 따른 세금계산서를 교부받은 바, 부가가치세 확정신고기한내에 부가가치세를 신고하지 아니하였음에도 불구하고 1997.7.25 처분청에 1996년 제2기에 수취한 세금계산서에 대하여 매입세액(환급세액)을 231,291,989원으로 하는 부가가치세 수정신고서를 제출하였다.

처분청은 청구법인의 수정신고를 국세기본법 제45조의 2에서 규정하고 있는 경정청구로 보아 당초 청구법인이 부가가치세 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출하지 아니하였으므로 청구인의 경정청구(수정신고)는 적법한 경정청구가 아니라 하여 1997.9.22 환급이 불가함을 통지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1997.11.10 심사청구를 거쳐 1998.2.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인은 1994.12.15 임대사업용 건물의 건축허가를 받아 1995.1.25부터 1996.12.4까지 건물을 신축하면서 공사와 관련된 세금계산서를 교부받아 매입처별세금계산서합계표를 처분청에 제출하였으므로 이는 부가가치세 과세표준신고를 한 것으로 보아야 할 것으로서 1997.7.25자 청구법인의 수정신고는 적법한 것임에도 불구하고 매입세액을 환급하지 아니한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인이 1997.7.25 제출한 부가가치세 수정신고는 국세기본법 제45조의 2의 규정에 의한 경정 등의 청구로 보이는데, 그 경정청구권자는 과세표준신고서를 법정기한내에 제출한 자에 한하는 것이 법문O 명백하고 매입처별세금계산서합계표를 제출하였다 하여 달리 볼 바 없으므로 이 건 수정신고는 경정청구권이 없는 자가 제출한 부적법한 경정청구라 할 것이고, 따라서, 처분청이 97.9.22 청구법인에게 이 건 수정신고가 적법한 경정청구에 해당되지 아니한다고 통지한 것은 청구법인에게 어떠한 의무를 지우거나 권리를 설정한 처분이 아닌 단순한 통지행위로서 국세기본법 제55조 제1항의 규정에 의한 불복청구의 대O이 될 수 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

비영리법인인 청구법인이 수익사업신고나 사업자등록 정정 신고를 하지 아니하고 임대사업목적의 건물신축과 관련하여 세금계산서를 교부받은 후 처분청에 매입처별세금계산서합계표를 제출한 것을 부가가치세 과세표준신고를 한 것으로 보아 청구법인의 경정청구(환급)를 받아들일 수 있는지를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제18조 및 제19조에 사업자는 각 과세기간중 또는 과세기간종료후에 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 사업장 관할세무서장에게 예정신고 및 확정신고를 하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제64조 및 제65조의 규정에 의하면 예정신고 및 확정신고시에는 (1) 사업자의 인적사항, (2) 납부세액 및 그 계산근거, (3) 가산세액·공제세액 및 그 계산근거, (4) 매출·매입처별세금계산서합계표 제출내용, (5) 기타 참고사항을 기재한 신고서를 제출하도록 규정하고 있다.

또한, 같은법 제20조 및 같은법시행령 제67조에는 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 사업자는 물론, 세금계산서를 교부한 세관장과 세금계산서를 교부받은 국가·지방자치단체·지방자치단체조합 기타 특별법에 의하여 설립된 법인 등 부가가치세 납세의무가 없는 경우에도 매출·매입처별세금계산서합계표를 관할세무서장에게 제출하도록 규정하고 있다.

한편, 국세기본법 제45조의 2에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있도록 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 1993.7.30 처분청으로부터 교부받은 사업자등록증(법인사업자용)에 의하면 등록번호는 OOOOOOOOOOOOO, 사업의 종류(업태)는 비영리로 되어 있고, 1997.7.18 위 사업자등록증과 대체하여 교부받은 고유번호증(수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등)에 의하면 고유번호는 위 등록증O의 등록번호와 같은 OOOOOOOOOOOOO으로 되어 있으며, 한편 이 건 임대용건물의 건축주인 청구법인의 지점(대전광역시 서구 OO동 OOO 소재)이 1997.7.18 서대전세무서장으로부터 교부받은 사업자등록증(법인사업자용)에 의하면 등록번호는 OOOOOOOOOOOOO, 사업의 종류(업태 및 종목)는 부동산임대로 되어 있다.

(2) 청구법인(지점)이 임대목적으로 대전광역시 서구 OO동 OOOOO에 신축한 건물의 일반건축물대장에 의하면 1994.12.15 건축허가를 받아 1995.1.25 착공하여 1996.12.4 준공한 것으로 되어 있고, 건물의 규모는 지O9층, 지하2층, 연면적 4,148.48㎡로서 그 용도는 일반업무시설 및 근린생활시설로 되어 있으며, 청구법인이 처분청에 제출한 매입처별세금계산서합계표에 의하면 청구법인은 건물신축과 관련하여 1995.1월부터 1996.12월까지 총 44매(공급가액 3,897,589,770원, 세액 389,758,974원)의 세금계산서를 교부받아 각 과세기간별로 매입처별세금계산서합계표를 처분청에 제출하였음이 확인되고 있다.

(3) 청구법인이 1997.7.25 처분청에 제출한 1996년 제2기분 부가가치세 수정신고서에 의하면 건물신축 관련 매입세액(환급세액)을 231,291,989원으로 하여 수정신고를 하였고, 이에 대하여 처분청은 청구법인의 수정신고를 국세기본법 제45조의 2에서 규정하고 있는 경정청구로 보고, 청구법인이 당초 적법한 신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니하였으므로 적법한 경정청구가 아니라 하여 1997.9.22 환급이 불가하다는 통지를 청구법인에게 하였음을 알 수 있다.

(4) 청구법인은 임대사업용 건물의 건축허가를 받아 건물을 신축하면서 공사와 관련된 세금계산서를 교부받아 매기별로 매입처별세금계산서합계표를 처분청에 제출하였으므로 이를 부가가치세 과세표준신고를 한 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 부가가치세 신고납부의무는 납세자의 신고에 의하여 납세의무를 확정짓도록 하기 위한 것으로 조세채권을 확정시키는 효력이 있는 반면 세금계산서합계표의 제출의무는 부가가치세 납부세액 및 환급세액의 계산근거로 활용하기 위한 세금계산서 교부(수취)기관의 협력의무로서 세금계산서합계표는 부가가치세 납세의무자는 물론 국가기관 및 비영리법인 등 신고납부의무가 없는 자에 대하여도 제출토록 하고 있는 점으로 볼 때 부가가치세 과세표준신고와 세금계산서합계표의 제출은 엄연히 구분되는 것으로서 매입처별세금계산서합계표를 제출한 것을 부가가치세 과세표준신고를 한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다 하겠다.

(5) 위 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인은 특별법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 관할세무서장에게 수익사업신고나 사업자등록의 정정을 하지 아니한 O태에서 건물신축에 따른 세금계산서를 교부받은 후 매기별로 매입처별세금계산서합계표를 처분청에 제출하였는 바, 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 매입처별세금계산서합계표를 제출한 것을 부가가치세 과세표준신고를 한 것으로 볼 수 없고, 따라서 과세표준신고를 하지 아니한 자가 청구한 경정청구는 적법한 경정청구로 볼 수 없다 할 것이며, 더욱이 건물의 수익사업을 위한 임대사업자등록(1997.7.18)을 하기 전인 1995.1월부터 1996.12월까지의 기간 중에 교부받은 이 건 관련 매입세액은 사업자등록전 매입세액으로서 공제대O에도 해당되지 않는다 할 것이다(국심 98서 438, 1998.5.28 및 국심 93경 1538, 1993.9.8 같은 뜻).

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.