2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 9. 12. 원고에게 한 양도소득세 경정거부처분을 취소한다.

가. 원고는 주식회사 KKK이 발행한 주식 43,400주(이하 '이 사건 주식'이라 합니다)를 취득・보유하다가 2016. 1.경 이를 양도하였다.

나. 원고는 2016. 5. 25. 피고에게 이 사건 주식의 양도가액을 656,615,300원, 취득가액 1,690,000원으로 한 양도소득금액 652,857,045원에 세율 20%를 적용하여 양도소득세 130,071,409원을 예정신고・납부하였다.

다. 원고는 2016. 8. 1. 이 사건 주식에 관한 양도소득세율이 10%에 해당한다고 주장하며 양도소득세 65,035,700원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고는 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 일부 개정된 것, 이하 '개정 소득세법'이라 한다) 제104조 제1항 제11호(이하 '이 사건 법률조항'이라 한다)에 따른 양도소득세율이 20%에 해당함을 이유로 2016. 9. 12. 원고의 경정청구를 거부하는 내용의 경정청구 처리결과(이하 '이 사건 처분'이라 한다)를 통지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2016. 11. 14. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나2017. 3. 30. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없음, 갑 1, 2, 을 1 내지 3(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

2016. 1. 1.부터 시행된 개정 소득세법의 이 사건 법률조항은 중소기업의 대주주가

주식을 양도할 경우 적용되는 양도세율을 종전의 10%에서 20%로 상향 조정하였고, 같은 법 부칙 제12조(이하 '이 사건 부칙조항'이라 한다)는 한국예탁결제원이 관련 법률에 따라 의무적으로 보호예수중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우에는 이 사건 쟁점조항의 개정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. 이러한 부칙조항의 취지는 소액투자자 보호를 위해 대주주의 양도를 제한하는 의무적 보호예수제도에 의하여 주식의 양도가 제한되었던 대주주의 종전 양도소득세율에 대한 신뢰와 기득권을 보호하기 위한 것이다. 원고와 같이 개정 소득세법 시행 직전에 의무보호예수기간이 종료되어 법 시행 이후 주식을 양도할 수밖에 없는 대주주에 대하여 경과규정을 적용하지 않고 종전 2배의 양도세를 부과하는 것은, 그들로 하여금 원하지 않는 시기에 주가의 폭락을 감수하고 주식을 매도하도록 사실적・법적으로 강제하는 것이고 법 시행 후 의무보호예수기간이 종료되는 대주주와 차별하는 것으로써 조세공평주의와 헌법상 평등원칙에 현저히 위반되고 신뢰보호 원칙에도 위배된다. 따라서 위헌・무효에 해당하는 이 사건 부칙조항에 근거한 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

원고가 양도한 이 사건 주식은 2015. 12. 16. 의무보호예수기간이 종료된 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없는바, 위 주식은 개정 소득세법 시행일인 2016. 1. 1. 현재 보호예수중인 중소기업 주식에 해당하지 아니하므로 이 사건 부칙조항 및 법률조항에 따라 개정된 20%의 양도소득세율을 적용하는 것이 맞다. 다만 원고는 위 부칙조항이 위와 같은 이유로 위헌에 해당한다고 주장하므로 이에 관하여 본다.

1) 조세공평주의나 헌법상 평등원칙에 위반되는지 여부

조세평등주의는 헌법 제11조 제1항에 의한 평등의 원칙 또는 차별금지의 원칙의 조세법적 표현으로서 이는 국민에 대하여 절대적인 평등을 보장하는 것이 아니라 합리적인 이유 없이 차별하는 것을 금지하는 취지이므로, 규율하고자 하는 대상의 본질적 차이에 상응하여 법적으로 차별하는 것은 그 차별이 합리성을 가지는 한 조세평등주의에 위반된다고 볼 수 없다. 한편 정책의 변경에 따라 조세법규가 개정된 경우라도 그 법령에서 정한 과세요건이 개정 전에 완성되었다면 법령에 특별한 규정이 없는 한 그에 대하여 개정 전의 법령을 적용하는 것이 당연하고, 동일한 조세법규가 과세요건 완성당시의 납세의무자들을 차별 취급하는 것으로 규정하고 있다면 이는 평등의 원칙 또는 조세공평의 원칙에 어긋날 여지가 있지만, 법규가 개정된 결과 그 개정전후의 납세의무자 사이에 불균형한 결과가 초래된다고 하더라도 이를 평등의 원칙에 어긋난다고 할 수는 없다(헌법재판소 1995. 2. 23. 선고 93헌바24 결정 등 참조).

위와 같은 법리에 따라 이 사건을 본다. 이 사건 법률조항의 개정 이유는 대주주 양도소득세율 단일화 등을 통하여 자본소득 과세 형평성 및 과세의 실효성 제고에 있는바, 그 적용시기는 2016. 1. 1. 이후 양도하는 분부터 적용하되, 이 사건 부칙조항은 개정 소득세법 시행 당시 보호예수 중인 주식의 경우 양도소득세율 변경 전에 주식을 처분할 수 없음을 감안하여 의무보호예수기간 종료일 이후 6개월이 되는 날까지 양도하여도 종전의 규정을 적용하도록 경과규정을 설정한 것이다. 이러한 이 사건 부칙조항의 취지에 더하여 원고의 경우 개정 소득세법 시행되기 전에 이미 이전 법령에서 정한 과세요건이 완성된 사람에 해당하고, 개정 소득세법 시행 직전에 보호예수기간이 종료된 원고와 그 시행 후 보호예수기간이 종료된 사람 사이의 양도소득세율의 차이는 개정 소득세법이 시행된 결과 그 개정 전후의 납세의무자 사이에 불균형한 결과가 초래된 경우에 해당되는 것이지 과세요건 완성 당시의 납세의무자들을 차별 취급하는 것이 아닌 점, 원고와 같은 중소기업 대주주들은 개정 소득세법의 입법예고나 국회 법률안가결 무렵에 이미 이 사건 주식의 의무보호예수기간의 종료일을 인지하고 있었을 것으로 예상되는 점, 원고의 주장대로라면 세율의 상향과 관련하여 종전 규정을 적용하도록 규정한 부칙조항을 적용받지 못하는 개정 법률 시행 직후의 납세의무자들에 대해서는 대부분 그 기득권을 인정해 주어야 하는 결론에 이르는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부칙조항이 개정 소득세법 시행 직전에 의무보호예수기간이 종료되어 법 시행 이후 주식을 양도한 대주주와 법 시행 후 의무보호예수기간이 종료되는 대주주를 합리적인 이유 없이 차별한다고 보기는 어려우므로 조세공평주의나 헌법상 평등원칙에 위반된다고 볼 수 없다.

2) 신뢰보호원칙에 위반되는지 여부

법률의 개정시 구법질서에 대한 당사자의 신뢰가 합리적이고도 정당하며 법률의 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 입법으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 당사자의 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면 그러한 새 입법은 신뢰보호의 원칙상 허용될 수 없다. 그러나 사회환경이나 경제여건의 변화에 따른 필요성에 의하여 법률은 신축적으로 변할 수밖에 없고, 변경된 새로운 법질서와 기존의 법질서 사이에는 이해관계의 상충이 불가피하므로, 국민이 가지는 모든 기대 내지 신뢰가 헌법상 권리로서 보호될 것은 아니고, 신뢰의 근거 및 종류, 상실된 이익의 중요성, 침해의 방법 등에 의하여 개정된 법규 ・ 제도의 존속에 대한 개인의 신뢰가 합리적이어서 권리로서 보호할 필요성이 인정되어야 한다(헌법재판소 1992. 10. 1. 선고 92헌마68결정 등 참조). 더구나 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세・재정정책을 탄력적・합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규・제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법질서에 의거한 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다든지 하는 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 세율 등 현재의 세법이 변함없이유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없다(헌법재판소 1998. 11. 26. 선고 97헌바58 결정 참조). 결국 신뢰보호원칙의 위배 여부를 판단하기 위하여는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 새 입법을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교・형량하여야 한다(헌법재판소 2004. 7. 15. 선고 2002헌바63결정 등 참조).

위와 같은 법리에 따라 이 사건을 보건대, 일반적으로 새로운 과세대상을 설정하거나 세율의 인상 또는 과세표준 산정방법을 변경하는 경우 법령이 개정되기 이전에재산을 취득하여 개정 후 양도한 자가 취득 당시의 법령이 계속 바뀌지 않을 것이라는 기대를 가졌다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어렵고, 원고의 경우에도 개정 전 소득세법에 따라 이 사건 주식 양도시 10%의 세율을 적용받아 양도소득세를 부담하게 된다는 기대 내지 신뢰를 가졌다고 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없는 점, 원고의 양도소득세 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않았던 점(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 등 참조), 원고가 양도한 이 사건 주식은 2015. 12. 16. 의무보호예수기간이 종료되는 주식이었으므로 2015. 12. 17.부터는 원고의 자유로운 의사결정에 따라 양도할 수 있었고 그 이전부터 보유하고 있다는 사실에 기반하여 과세상 불이익(세율 인상)을 받은 것도 아닌 점에 더하여 앞서 본 바와 같이 이 사건 법률조항의 개정 취지는 대주주 양도소득세율 단일화 등을 통하여 자본소득 과세형평성 및 과세의 실효성 제고에 있는 점을 보태어 보면, 이 사건 부칙조항이 헌법상 신뢰보호원칙에 위반된 것이라고 볼 수도 없다.

3) 따라서 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결 론

원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

◈ 국세기본법

—제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. (단서 생략)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

◈ 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정된 것)

—제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 75의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 인하할 수 있다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등(대주주가 아닌 자가 양도하는 경우로 한정한다)

양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 20

▣ 부칙〈제13558호, 2015. 12. 15〉

—제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제84조 및 제156조의7의 개정규정은 2016년 7월 1일부터 시행하고, 제12조, 제14조, 제21조, 제73조, 제80조, 제145조의3, 제155조의6, 제164조 및 제170조의 개정규정은 2018년 1월 1일부터 시행한다.

—제2조(일반적 적용례)

① 이 법은 이 법 시행 이후 발생하는 소득분부터 적용한다.

② 이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 자산으로부터 발생하는 소득분부터 적용한다.

—제12조(중소기업 주식양도세율 조정에 따른 경과조치) 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원이 법 시행일 현재「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」,「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 의무적으로 보호예수중인 중소기업 주식을 보호예수기간 종료일로부터 6개월이 되는 날까지 양도하는 경우에는 제104조 제1항 제11호의 개정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.