가. 청구인은 2008년도에 OOO(대지 면적 281㎡, 건축면적 150.65㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다) 외에 같은 동 1575(대지 면적 319.1㎡, 건축면적 179.27㎡, 쟁점건물을 포함하여 이하 “2008년 신축건물”이라 한다), 2009년도에 같은 구 OOO 및 같은 OOO에 2개동(이하 “2009년 신축건물”이라 한다) 등 4개동(이하 “전체건물”이라 한다)의 오피스텔을 신축하고 매도하였으며, 2008년 신축건물(쟁점건물 포함 2개동)을 매도한 것에 대하여는 부가가치세를 무신고하고, 2009.5.31. 양도소득세를 신고․납부하였다.

나. 처분청은 2009년 12월 과세쟁점자문회의의 자문을 거쳐 건물신축판매업자인 청구인이 전체건물 중 쟁점건물을 제외한 3개동을 다가구주택(원룸주택)으로 신축하여 임대하던 중 매매한 바, 부가가치세 면제대상으로 보아 종합소득세만 과세하는 것으로 판단하였으나, 쟁점건물에 대하여는 오피스텔로 신축하였다가 공급한 것으로 보아 2010.2.16. 청구인에게 2008년 제2기 부가가치세 80,296,770원을 결정․고지하였다.

다. 청구인은 위 과세쟁점자문회의의 결과에 따라 2008년 양도분으로 기 양도소득세 신고․납부한 2008년 신축건물에 대하여는 2010년 2월 종합소득세 과세대상으로 경정청구를 하는 등 전체건물 매도분 모두에 대하여 사업소득으로 종합소득세를 신고․납부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점건물 등 전체건물을 오피스텔로 허가를 받아 신축하였으나 실제로는 다가구주택(원룸)으로 불법개조하여 상시주거용으로 임대하다가 매매한 바, 이에 대하여는 OOO지방검찰청 OOO지청으로부터 건축법 위반 등의 혐의로 불구속기소되어 처벌을 받았으며, 처분청이 과세쟁점자문위원회의 의결을 거쳐 청구인이 오피스텔로 신축한 전체건물 중 쟁점건물 외에 다른 3개동을 실제로는 원룸으로 임대하다가 매도한 사실을 인정하여 부가가치세를 면제한 사실이 있고, 위 3개동과 같은 목적으로 신축한 쟁점건물에 대하여는 동 위원회 개최시 청구인이 부동산임대차계약서 등을 제출하지 못하여 원룸으로 인정받지 못하였을 뿐, 실제로는 원룸으로 사용한 것이 사실이므로 실질과세의 원칙에 따라 쟁점건물의 공급에 대하여도 부가가치세를 면제하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점건물을 실제 원룸으로 개조하여 임대하다가 판매하였다고 주장하나, 쟁점건물을 2007.5.9. 오피스텔 용도로 건축허가를 받아 2008.7.16. 사용승인을 받았으며, 쟁점건물 양도일 현재 관계법령에 의하여 허가를 받아 원룸으로 용도변경을 하지 아니한 것이 쟁점건물의 일반건축물대장에 의하여 확인되며, 과세쟁점자문위원회의 결과, 청구인이 쟁점건물을 제외한 다른 3개동은 오피스텔로 신축한 후에 주거용으로 임대한 사실이 임대차계약서 등에 의하여 확인되고, 임대용역에 대하여 면세수입금액으로 신고하였으며, 신축한 후에 매입세액 공제 등을 받지 아니하여 부가가치세를 면세함이 타당하다고 판단하였으나, 쟁점건물에 대해서는 부가가치세 수시조사시 청구인이 부동산임대계약서 등의 증빙자료를 제시하지 아니하였고, 임대용역에 대한 면세사업자 수입금액 신고내용이 전혀 없었으며, 심판청구시 제출한 부동산임대계약서 등의 진위를 판단하기 어려운 바, 청구인이 쟁점건물을 오피스텔로 신축하여 판매한 것에 이를 건물신축판매업자의 재화의 공급으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

건축법상 오피스텔로 허가를 받아 신축되었으나 실제로는 국민주택규모의 원룸으로 임대․공급된 것으로 보아 실질과세의 원칙에 의하여 부가가치세를 면제할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것)

제12조【면세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

11. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역으로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

(2) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)

제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의 2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2010년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다.

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(3) 조세특례제한법 시행령(2009.1.14. 대통령령 제21263호로 개정되기 전의 것)

제106조【부가가치세의 면제 등】④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역" 이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제51조의 2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

제51조의 2【자기관리부동산투자회사등에 대한 과세특례】③ 법 제55조의 2 제4항에서 “대통령령이 정하는 규모”라 함은「주택법」에 따른 국민주택 규모(기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다)를 말한다.

(4) 주택법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것)

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “국민주택”이란 제60조에 따른 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 “주거전용면적”이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택( 「수도권정비계획법」제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다. 이하 "국민주택규모" 라 한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토해양부령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 부가가치세 조사결과(2009년 12월)에 따르면, 청구인은

2008년에 쟁점건물 등 2개동을 신축, 양도 양도소득세 신고․납부하였으나, 사업자등록을 하지 아니하여 부가가치세 및 종합소득세 신고를 하지 아니한 바, 처분청이 부동산임대업으로 직권으로 사업자등록 후 직권폐업처리하였으며, 전체건물 중 2009년 신축건물 2개동을 2009년에 신축․판매하면서 건물신축판매업으로 사업자등록한 후, 부동산임대소득에 대하여 부가가치세 면세사업수입금액으로 신고하고, 종합소득세 를 신고․납부한 것으로 조사되었다.

(2) 2009년 신축건물에 대한 과세쟁점자문회의 결과, 처분청은 청구인이 신축건물의 호수(방수)를 늘리기 위하여 오피스텔로 허가를 받은 사실은 인정하나, 신축 후 임차인들에게 일시적으로 상시 주거용으로 임대하였으며, 그 실질이 주거형 원룸(다가구주택)으로 되어 있고, 신축 후에도 오피스텔 건설에 대한 매입세액 공제 등을 받지 아니한 점으로 보아 주택신축판매업으로 보아 부가가치세를 면제함이 정당한 것으로 판단하였으며, 2008년 신축건물 2개동 중 쟁점건물OOO을 제외한 OOO의 오피스텔도 신축 후 상시 주거용으로 임대하다가 판매한 바, 위 2009년 신축건물에 대한 과세쟁점자문회의 결과를 준용하여 부가가치세 면제하였다.

(3) 처분청이 청구인으로부터 받은 문답서(2009.12.11.)에 의하면, 청구인은 당초 임대할 목적으로 쟁점건물의 오피스텔을 신축하였다가 자금사정이 여의치 않아 판매하였으며, 임대가 되지 아니한 상태이었기 때문에 부동산임대업으로 사업자등록을 하지 아니하였고, 쟁점건물을 양도한 것에 대하여 주변사람들에게 자문을 구하여 부가가치세 신고는 하지 아니하고 양도소득세를 신고․납부하였다고 진술한 것으로 되어 있으나, 우리 원에서 직권으로 조사한 바, 문답서 작성당시에 쟁점건물 중 일부(26호 중 8호)를 청구인이 원룸으로 임대하고 있었던 사실이 부동산임대차계약서 등에 의하여 확인되었다.

(4) 청구인은 건설업면허를 대여받아 쟁점건물 등을 오피스텔로 신축허가를 받았으나, 불법으로 개조하여 원룸으로 임대하다가 양도한 것에 대하여 OOO지방검찰청 OOO지청으로부터 건축법 위반 등의 혐의로 처벌을 받았으며, 청구인이 임대한 전체건물의 각 호실은 국민주택(1호당 85평방미터 이하) 규모인 바, 전체건물 중 쟁점건물을 제외한 나머지 3개동에 대하여는 처분청도 실지 주거용으로 임대된 것으로 보아 부가가치세 면세로 판단하였으므로 쟁점건물 또한 실지 주거용으로 임대하다가 매도한 것이 확인되는 이상 다른 3개동과 마찬가지로 부가가치세가 면제되어야 한다고 주장한다.

(가) OOO지방검찰청 OOO지청의 공소장(2009.7.10.)에 의하면, 청구인의 남편인 청구외 OOO은 쟁점건물 소재 OOO 일대에서 건설업면허를 대여받아 높은 임대수익을 올리기 위한 목적으로 오피스텔(적은 수의 세대 및 주차장 대수)로 사용승인을 받은 후 최초 설계내용과는 달리 이른 바 ‘투룸’을 ‘원룸’으로 무단으로 대수선하여 적게는 50%, 많게는 130%까지 많은 세대수가 거주하도록 가구수를 늘렸으며, 부실한 건물을 임대함으로써 서민들에게 피해를 입히고, 세입자들은 주차공간을 확보하지 못하여 마찰이 발생할 우려가 있는 것으로 기재되어 있다.

(나) 쟁점건물 등의 신축공사는 청구인의 남편 OOO이 하였으나, 청구인이 2008.7.16. 쟁점건물OOO의 사용승인시 소유자로 등록하였고, 2008.7.31.자로 소유권보전등기를 하였다가 2008.9.30. 매매를 원인으로 청구외 OOO에게 양도한 사실 및 2008년 신축건물 중 다른 1개동OOO도 청구인이 같은 날 소유권보전등기를 하였다가 같은 날 매매를 원인으로 청구외 OOO에게 양도한 사실이 일반건축물대장 및 등기부등본에 의하여 확인된다.

(다) 청구인은 처분청의 부가가치세 조사 및 과세쟁점자문회의시 전체건물 중 쟁점건물에 대하여만 부동산임대계약서 등의 증빙자료를 제시하거나 소명하지 아니한 이유에 대하여 쟁점건물의 양도시 양수자 OOO에게 소유권이전과 함께 임대차계약서 원본도 넘겨주어 세무조사시 동 임대차계약서를 요청하였으나, OOO이 임대소득 노출을 염려해 협조해주지 아니하여 제출하지 못하다가 심판청구시 제출하게 된 것이며, 임대차계약서만 제출하지 못하였을 뿐 통장사본, 이자지급내역 및 부동산매매계약서 등 다른 증빙은 이미 처분청에 제출하여 , 2008년 종합소득세는 장부에 의하여 결정․고지되고 이에 따라 이미 동 세액을 납부한 사실이 있다고 답변한 바,

청구인이 제출한 부동산계약서 26매(원본 5매, 사본 21매)를 보면, 쟁점건물의 총 26호 원룸 중 8호는 쟁점건물 양도전에 청구인이 임대하고, 나머지 18호는 양수인 OOO이 임대한 것으로 나타나는 바, 청구인이 임대한 쟁점건물 202호의 부동산임대계약서(전세)에는 쟁점건물의 신축사용전인 2007.7.16.부터 2009.7.15.까지 보증금 30백만원에 임대하는 것으로 계약되어 있으며, 쟁점건물 206호의 원룸월세계약서에는 2008.9.20.부터 12개월간 용도를 주거로 하여 보증금 3백만원, 월 임대료 35만원에 임대하는 것으로 계약되어 있는 등 임대계약서상의 용도가 대부분 주거용 또는 다가구로 기재되어 있으나, 26매의 계약서 중 유일하게 쟁점건물 505호의 오피스텔 월세계약서에는 오피스텔 용도로 2008. 9.22.부터 12개월간 보증금 30백만원, 월 임대료 5만원에 임대하는 것으로 계약되어 있어, 우리 원에서 당시 임차인 OOO에게 전화로 확인한 바, OOO은 당시(2008.9. 22.～2009.9.21.) 직장이 OOO에 있어 동 원룸을 주거용으로 사용한 사실이 있다고 구두로 답변하였다.

(라) 청구인이 쟁점건물 등 전체건물을 촬영한 사진 34매를 제출한 바, 쟁점건물명이 ‘OOO’으로 되어 있는 등 전체건물 모두 건물명이 ‘****빌’이라고 표시되어 있고, 각 호별로 화장실, 주방용 씽크대, 도시가스 계량기 및 전력사용계량기가 별도로 설치되어 있는 것으로 나타난다.

(마) 처분청은 청구인이 쟁점건물에 대하여 관계법령에 의하여 원룸으로 용도변경을 한 사실이 없다는 이유를 들어 과세하였으나, 건축물관리대장 및 등기부등본에 의하면, 전체건물 중 처분청이 부가가치세 면제대상으로 판단한 쟁점건물 외에 나머지 3개동도 모두 주거용 원룸으로 용도변경을 하지 아니한 것으로 나타난다.

(5) 살피건대, 주택이라 함은 공부상 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말하는 것인 바, 사업자가 오피스텔을 신축하여 면세사업(상시 주거용으로 임대)에 사용하던 오피스텔을 양도하는 경우 당해 오피스텔은 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것인 바,

이 건은 청구인이 2008년 및 2009년에 신축․판매한 전체건물 모두에 대하여 당초 건축허가를 받은 오피스텔에서 주거용으로 용도변경을 하지 아니하였고, 2008년 신축건물 중 쟁점건물 외에 OOO 건물에 대하여도 쟁점건물과 마찬가지로 청구인이 사업자등록을 하지 아니하여 임대용역에 대한 면세사업수입금액을 신고를 하지 아니하였을 뿐만 아니라, 동 건물을 매도한 것에 대하여 양도소득세로 신고․납부한 사실이 쟁점건물의 건축물대장 및 부가가치세 신고서 등 심리자료에 의하여 확인되고, 쟁점건물을 신축한 것에 대하여 부가가치세 매입세액 공제를 받은 사실이 없음에도 불구하고, 처분청이 과세쟁점자문회의 결과를 토대로 전체건물 중 쟁점건물을 제외한 3개동에 대하여만 실지 주거용으로 임대하고 사용한 것으로 보아 부가가치세 면세대상으로 판단한 사실이 있으며,

청구인이 제출한 쟁점건물의 각 호에 대한 부동산임대계약서에 대부분 그 용도가 주거용으로 기재되어 있고, 쟁점건물 등 전체건물의 내외부를 촬영한 사진자료를 보면, 쟁점건물이 실제 주거용으로 사용된 것이라는 청구주장이 일응 신빙성이 있다고 할 것이므로, 쟁점건물의 양도는 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 등에서 규정하는 바, 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급에 해당되는 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점건물의 양도에 대하여 일반건축물대장 등에 기재된 대로 청구인이 오피스텔로 신축하였다가 공급하였으므로 위 관련법률에서 규정하는 부가가치세 면제대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 부가가치세를 결정․고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.