처분청은 청구인이 1993년도～1996년도 종합토지세 과세기준일(6.1) 현재ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지토지(임야) 30,018㎡(1995.12.12. 분할되어 26,891㎡로 됨. 이하 “이건 제1토지”라 한다)를 사실상 소유하고 있었는데도 1993년도～1996년도분 종합토지세 등을 착오로 청구외 ㅇㅇㅇ에게 부과 고지한 사실이 확인되고, 청구인이 1993년도～1996년도 종합토지세 과세기준일(6.1) 현재 소유하고 있는 같은구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지(임야) 40,783㎡(1993.12.15. 분할되어 40,733㎡로 되고 1994.5.26. 분할되어 37,480㎡로 됨. 이하 “이건 제2토지”라 한다)는 학술사업에 직접 사용되고 있지 아니하므로 종합토지세 비과세 대상토지에 해당되지 아니하는데도 1993년도～1996년도분 종합토지세 등을 착오로 비과세한 사실이 확인되므로 이건 제1,2토지의 과세표준액(1993년 530,673,720원, 1994년 718,712,920원, 1995년 2,017,666,500원, 1996년 2,004,226,800원)에 지방세법 제234조의16제1항의 세율을 적용하여 산출한 1993년도～1996년도분 종합토지세 75,741,460원, 교육세 15,148,270원, 농어촌특별세 7,921,760원, 합계 98,811,490원을 1997.12.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 제1,2토지중 56,900㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다)를 1992.9월 비영리사업자인 청구외 학교법인 ㅇㅇ학원(1992.3.13. 설립, 이사장 : 청구인)에 무상 출연하여 청구외 ㅇㅇ학원이 1992.9.8. 교육부장관으로부터 전문대학교(ㅇㅇ예술학교)설립계획을 승인받고, 1993.3.2. 대전광역시장으로부터 도시계획사업 시행자로 지정 및 실시계획인가를 받아 1993.4.1. 도시계획사업(ㅇㅇ예술학교 부지조성공사)을 착공하여 추진중에 있었으나, 도시계획구역안에서 임야의 분할은 토지형질변경을 수반하여야 가능하고, 토지형질변경이 이루어지기 전에는 분할하여 등기를 할 수 없어 쟁점 토지 출연에 따른 등기를 하지 못한 것으로서 비록 쟁점토지가 청구인 명의로 되어 있다 하더라도 사실상 소유자는 청구외 ㅇㅇ학원이므로 청구인은 종합토지세 등의 납세의무가 없다고 할 것인데도 쟁점토지의 소유권 변동 사실을 신고하지 아니하였다는 이유로 청구인을 종합토지세 납세의무자로 보아 청구인에게 1993년도～1996년도분 종합토지세 등을 부과 고지한 처분은 부당하며, 또한 청구외 ㅇㅇ학원이 1993.4.1. 쟁점 토지에서 공사착공을 하고 진입로 개설 및 포장, 사토제거 및 운반, 옹벽 설치, 배수시설 설치, 운동장 및 교사 대지조성, 조경, 울타리 공사 등 학교시설 공사를 계속해 왔고, 쟁점토지(임야)를 학교용지로 지목변경하기 위한 토지형질변경 허가를 받아야 하고, 토목공사를 시행하여 준공을 받은 후에 비로소 건축을 할 수 있는 것이므로 쟁점토지상에서 건축물을 건축중인 경우로 보아 지방세법 제234조의12제2호의 규정에 의거 종합토지세 등을 비과세 하여야 할 것인데도 처분청은 1993년도～1996년도 종합토지세 과세기준일 현재 건축물을 건축중인 경우가 아니라고 보아 쟁점토지에 대한 종합토지세 등을 비과세하지 아니하고 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 종합토지세 납세의무 여부 및 비과세대상 토지에 해당되는지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제234조의8에서 “종합토지세의 과세대상은 모든 토지로 한다”라고 규정하고, 같은법 제234조의9제1항에서 “종합토지세 과세기준일 현재 제234조의8의 규정에 의한 토지를 사실상으로 소유하고 있는 자는 종합토지세를 납부할 의무가 있다...”라고 규정하며, 제2항에서 “제1항의 규정에 불구하고 종합토지세 과세기준일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 종합토지세를 납부할 의무가 있다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “공부상의 소유자가 매매 등의 사유로 소유권에 변동이 있었음에도 이를 신고하지 아니하여 사실상의 소유자를 알 수 없는 때에는 공부상의 소유자”라고 규정하고, 같은법 제234조의21제1항에서 “토지소유자는 토지소유권 또는 과세대상토지의 변동 등의 사유가 발생된 토지로서 그 등기가 이행되지 아니한 경우에는 과세기준일로부터 10일 이내에 당해 토지의 소재지를 관할하는 시장·군수에게 이를 신고하여야 한다”라고 규정하는 한편, 같은법 제234조의12에서 “다음 각호에 규정하는 토지(...)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만, ...당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제2호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우 ...의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다”라고 규정하고, 지방세법시행령 제194조의6제2항에서 “법 제234조의12제2호에서『대통령령으로 정하는 비영리사업자』라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하며, 같은법시행령 제79조제1항제2호(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것)에서 “교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인”이라고 규정하고, 같은법시행령 제79조제1항제2호에서 “교육법에 의한 학교를 경영하는 자...”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 1993년도～1996년도 종합토지세 과세기준일 현재 이건 제1토지를 사실상 소유하고 있었는데도 착오로 청구외 ㅇㅇㅇ에게 부과 고지하였고, 이건 제2토지는 학술사업에 직접 사용되고 있지 아니하므로 종합토지세 비과세대상 토지에 해당되지 아니하는데도 종합토지세 등을 착오로 비과세하였다고 보아 이건 제1,2토지에 대한 1993년도～1996년도분 종합토지세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 이건 제1,2토지중 쟁점토지를 1992.9월 청구외 학교법인 ㅇㅇ학원에 무상 출연하여 청구외 ㅇㅇ학원이 도시계획사업(ㅇㅇ예술학교 부지조성공사)을 착공하여 추진중에 있어 사실상 소유자는 청구외 ㅇㅇ학원이므로 청구인은 종합토지세 등의 납세의무가 없으며, 건축물을 건축중인 경우로 보아 지방세법 제234조의12제2호의 규정에 의거 쟁점토지에 대한 종합토지세 등이 비과세 되어야 한다고 주장하고 있다.

살피건대, 지방세법 제234조의8, 제234조의9제1항 및 제2항제1호, 제234조의21제1항의 규정을 종합하여보면, 종합토지세 과세기준일 현재 토지를 사실상 소유하고 있는 자를 종합토지세 납세의무자로 규정하는 한편, 공부상의 소유자가 매매 등의 사유로 소유권에 변동이 있었음에도 이를 신고하지 아니하여 사실상의 소유자를 알 수 없는 때에는 공부상의 소유자를 종합토지세 납세의무자로 규정하면서 토지소유자는 토지소유권 또는 과세대상 토지의 변동 등의 사유가 발생된 토지로서 그 등기가 이행되지 아니한 경우에는 과세기준일로부터 10일 이내에 당해 토지의 소재지를 관할하는 시장·군수에게 이를 신고하여야 한다고 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 1992.9월 청구외 학교법인 ㅇㅇ학원에 쟁점토지를 무상 출연하여 쟁점토지의 사실상 소유자가 청구외 ㅇㅇ학원이므로 청구인은 1993년도～1996년도분 종합토지세 등의 납세의무가 없다고 주장하지만, 청구인이 제출한 재산출연증서에 의하면 청구인 소유의 쟁점토지를 ㅇㅇ전문대학교를 설립하기 위하여 청구외 학교법인 ㅇㅇ학원 이사장(청구인)에게 재산출연용 인감증명서를 첨부하여 무상출연한다는 내용으로 되어 있으나 재산출연일자가 표시되어 있지 아니하고, 서대전세무서장의 출연재산명세서 내역통보 공문(1998.2.24. 법인 46220-249)에서도 청구인이 쟁점토지를 청구외 ㅇㅇ학원에 출연한 사실이 나타나지 아니하고 있으며, 1993년도～1996년도 종합토지세 과세기준일(6.1)을 경과한 1997.10.21.이 되어서야 쟁점토지중 일부인 30,982㎡에 대하여 증여계약서를 작성하여 1997.10.28. 청구외 ㅇㅇ학원 명의로 소유권 이전등기를 하였고, 또한 쟁점토지의 소유자인 청구인이 쟁점토지를 청구외 ㅇㅇ학원에 무상출연함으로써 토지소유권 또는 과세대상토지의 변동 사유가 발생되었는데도 그 등기가 이행되지 아니하였다면 청구인이 과세기준일로부터 10일 이내에 처분청에 이를 신고하였어야 함에도 1993년도～1996년도 종합토지세 과세기준일 현재 청구인이 이를 신고하지 아니하여 처분청은 사실상의 소유자를 알 수 없는 것이므로 쟁점토지의 공부상 소유자인 청구인을 종합토지세 납세의무자로 보아 청구인에게 1993년도～1996년도분 종합토지세 등을 부과 고지한 처분은 적법하다고 하겠으며,

또한 지방세법 제234조의12제2호, 지방세법시행령 제194조의6제2항 및 제79조제1항제2호에서 교육법에 의한 학교를 경영하는 자(1994.12.31. 개정되기 전까지는 교육을 목적으로 하는 학교법인 및 재단법인)가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 비과세한다고 규정하면서 그 단서에서 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 지방세법 제234조의12제2호에서『사업에 직접 사용하는 토지』 또는『건축물을 건축중』이라 함은 현실적으로 목적사업에 직접 사용되고 있거나 건축물을 건축중인 경우를 뜻하고 목적사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 경우까지 포함한다고 볼 수 없으므로 건축허가신청의 전단계로서 건축계획심의신청을 하여 심의중이었다 하더라도 이는 사업에 직접 사용될 건축물을 신축하기 위한 준비작업을 하고 있는 것에 불과하고 현실적으로 토지를 사업에 직접 사용하고 있다거나 건축물을 건축중이었다고 볼 수 없으며(같은 취지의 대법원 판결 1993.6.8. 92누14809), 지방세법 제234조의8 등 관계법령의 규정에 비추어 보면 비영리사업자가 토지를 그 사업에 직접 사용하고 있지 아니하고 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축하고 있지도 아니하는 한 비영리사업자가 정당한 사유가 있어서 토지를 그 사업에 직접 사용하지 못하거나 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축하지 못하고 있다고 하더라도 지방세법 제234조의12제2호에 따른 종합토지세 비과세대상이 될 수 없다고 보아야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 1994.2.8. 93누22081)으로서 청구인의 경우 청구외 ㅇㅇ학원이 1993.4.1. 도시계획사업(ㅇㅇ예술학교 부지조성공사)을 착공하여 진입로 개설 및 포장, 사토제거 및 운반, 옹벽설치, 배수시설 설치, 운동장 및 교사 대지조성, 조경, 울타리 공사 등을 하였다 하더라도 이는 학교 건축물을 신축하기 위한 준비작업을 하고 있었던 것에 불과하고, 1997.8.29. 현재까지 건축허가를 받지 아니하였고 착공신고도 하지 아니한 사실이 처분청 세무담당공무원의 현지조사보고서에 의거 입증되고 있어 정당한 사유 유무에 불구하고 현실적으로 쟁점토지를 청구외 ㅇㅇ학원의 학술사업에 직접 사용하고 있다거나 건축물을 건축중이었다고 볼 수 없다 하겠으므로 종합토지세 비과세 대상에 해당되지 아니하여 쟁점토지에 대한 종합토지세를 비과세하여야 한다는 청구인의 주장을 받아들일 수 없으며 처분청이 쟁점토지를 포함한 이건 제1,2토지에 대하여 1993년도～1996년도분 이건 종합토지세 등을 청구인에게 부과 고지한 처분은 적법하다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 7. 29.

행 정 자 치 부 장 관