청구인은 ‘93.5.11 일반사업자로 부동산임대업 등록을 하고 부산광역시 부산진구 OO동 OOOOO 대지 334.90㎡ 위에 건물 767.90㎡(지하 1층, 지상 3층으로서 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 ’94.7.25 신축준공하였는데 ‘94년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 신고시 건물신축에 따른 부가가치세를 환급받은 후 95년 제1기 과세기간부터 부동산임대 용역을 공급하였다.

처분청은 청구인이 신고한 95년 제1기분 부가가치세의 1역년의 공급대가 가 3,600만원에 미달되며 청구인이 과세특례포기의 신고를 한 바도 없으므로 청구인은 ‘96.1.1부터 일반사업자에서 과세특례자로 전환되었다고 하여 같은법시행령 제74조의 4 제3항의 규정에 의하여 재고납부세액을 산출, ’96년 제1기분 부가가치세 16,030,300원을 ’97.12.16 청구인에게 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 ‘97.2.13 심사청구를 거쳐 ’98.6.10 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

부가가치세법시행령 부칙(‘95.12.30 대통령령 제14863호로 개정된 것) 제4조 제1항은 직전연도에 신규로 사업을 개시한 자의 경우에는 같은법 제25조 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액이 제74조 제1항의 개정규정에 의한 금액에 미달하는 자는 96년도 제2기 과세기간부터 과세특례에 관한 규정을 적용하게 되어 있고, 부칙 제6조에 의하면 ’96.7.1자로 일반과세자로부터 과세특례자로 변경되는 자는 같은법 제26조의 2의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

또한 부가가치세법 제25조 제1항 단서는 대통령령이 정하는 사업은 과세특례의 적용을 제외한다고 규정하고 있는데 이와 관련하여 같은법시행령 제74조 제2항 제2호의 (마)목은 부동산임대업으로서 총리령이 정하는 것으로 되어 있고, 같은법시행규칙 제23조의 2 제3항은 특별시 및 광역시 지역에 소재하는 부동산임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모 이상의 사업을 말한다고 규정하고 있다.

그런데 여기서 특별시 및 광역시 지역을 정하면서 구체적인 규모 등을 정하지 아니하므로서 같은법시행령 제74조 제5항에 따라 마치 국세청 고시 제95-23호(과세특례 배제기준) 중 부동산임대업에 대한 과세특례 배제기준을 적용하는 것으로 보이고, 또 일선 세무서에서 동 기준을 적용하여 과세특례를 배제하고 일반사업자로 분류하고 과세를 하고 있으므로 법에서 위임하고 있는 것을 구체적으로 정하지 아니함으로서 입법취지를 살리지 못하고 2가지 형태로 업무를 집행하여 결국 납세자만 피해를 입고 있는 바, 과세특례자로 유형전환시 재고매입세액을 납부세액에 가산하여 추징하는 경우는 결정일 이후에 과세특례자로 신고하여야 하므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견

청구인은 부동산임대업을 영위하기 위하여 ‘93.5.11 일반과세자로 사업자등록을 하고 쟁점부동산을 신축하여 이에 따른 부가가치세 매입세액을 환급받은 후 95년 제1기 과세기간부터 부동산임대용역을 제공하고 동 기간에 대한 부가가치세 공급가액을 5,660,136원으로 신고한 사실이 부가가치세 세적관리카드에 의하여 확인되고 있으며, 청구인이 신고한 쟁점부동산 임대용역의 최초 과세기간인 95년 제1기의 공급가액을 연간 공급대가로 환산하면 3,600만원에 미달된다.

그런데 부가가치세법(‘95.12.29 법률 제5032호로 개정된 것) 제25조 및 같은법시행령(’95.12.30 대통령령 제14863호로 개정된 것) 제74조 및 제74조의 2는 관련 부칙에 의하여 ‘96.7.1부터 시행하므로 처분청이 95년 제1기의 공급가액을 연간 공급대가로 환산하면 4,800만원에 미달하여 96년 제1기부터 과세특례의 적용을 받게 된다고 한 것은 잘못이나 개정전의 법령에 의하여도 96년 제1기부터 과세특례의 적용대상이라는 점에서는 결론을 같이한다.

그러하다면 청구인은 일반과세자의 과세유형을 계속 유지하기 위하여는 전시한 부가가치세법 제30조 제2항의 규정에 의하여 ‘95.12.20까지 과세특례포기 신고를 하여야 함에도 신고를 하지 아니하였는 바, 쟁점부동산 임대용역의 최초 과세기간인 95년 제1기분 과세기간에 대한 부동산 임대용역의 공급대가를 1역년으로 환산한 공급대가가 3,600만원에 미달하고, 청구인이 ’95.12.20까지 과세특례포기 신고를 하지 아니한 이 건의 경우 처분청에서 최초 과세기간의 신고일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간인 96년 제1기 과세기간에 청구인의 과세유형을 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환하면서 쟁점부동산에 대한 재고매입세액을 납부세액에 가산하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 심판청구의 다툼은 일반사업자로 부동산임대업 등록을 한 청구인이 공급한 1역년의 공급대가가 3,600만원 미만이며 과세특례포기신고를 한 바 없으므로 과세특례자로 전환되었다고 하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1). 부가가치세법(‘95.12.29 법률 제5032호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항(본문) 제2호 및 부가가치세법시행령(’95.12.30 대통령령 제14863호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호는 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 개인사업자의 직전 1역년의 공급대가의 합계액이 3,600만원에 미달하는 때에는 과세특례자로서 부가가치세를 부과징수한다고 규정하고 있으며,

부가가치세법 제25조 제1항 단서와 같은법시행령 제74조 제2항 제5호 및 같은법시행규칙(‘95.12.30 총리령 제536호로 개정되기 전의 것) 제23조의 2 제3항은 부동산임대업으로서 특별시 및 광역시 지역에 소재하는 부동산임대사업장을 영위하는 사업으로서 국세청장이 정하는 규모 이상의 사업(국세청장이 고시하지 아니하였음)에 대하여는 과세특례의 적용을 배제한다고 규정하고 있다.

(2). 부가가치세법 제25조 제2항과 제3항 및 같은법시행령 제74조 제5항은 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용하며,

신규로 사업을 개시하는 개인사업자는 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가의 합계액이 제1항 및 제2항에 규정된 금액에 미달될 것으로 예상되는 때에는 제5조 제1항의 규정에 의한 등록과 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 정부에 신고하여야 하고,

신고를 한 경우에 당해 사업자의 사업장 소재지역·사업의 종류·규모 등을 감안하여 국세청장이 정하는 기준(국세청장이 고시하는 과세특례배제 기준에 해당)에 해당하는 때에는 과세특례를 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

(3). 부가가치세법시행령 제74조의 2 제1항 단서는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다고 규정하고 있으며, 동 시행령 부칙 제4조 제1항은 이 영 시행일 직전 1역년의 재화 또는 용역의 공급대가(직전연도에 신규로 사업을 개시한 자의 경우에는 법 제25조 제2항의 규정에 의하여 계산한 금액)가 제74조 제1항의 개정규정에 의한 금액에 미달되는 자에 대하여는 1996년도 제2기 과세기간부터 과세특례에 관한 규정을 적용한다고 규정하고 있고, 부가가치세법 제30조 제1항은 간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 제25조 제1항의 규정에 불구하고 일반과세자의 규정을 적용받을 수 있으며, 이 경우 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

(4). 부가가치세법 제26조의 2는 일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한함)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다고 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

(1). 청구인의 95년 제1기분 부가가치세 신고과세표준에 의한 1역년 공급대가의 환산금액(11,320,272원)이 부가가치세법시행령 제74조 제1항 제1호에서 규정한 금액(3,600만원)에 미달하며, 청구인이 부가가치세법 제30조 제2항에 따른 과세특례포기의 신고를 법정기한(‘95.12.20)내에 하지 아니하는 등 사실관계에 있어서는 다툼이 없는 것으로 보인다.

(2). 전시법령에 의하면 일반과세자로 사업자등록한 청구인의 최초 과세기간은 95년 제1기분으로 동 기간의 부가가치세 신고과세표준에 대한 1역년의 공급대가 환산금액(11,320,272원)이 부가가치세법시행령 제74조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 금액(3,600만원)에 미달하므로 청구인은 부가가치세법시행령 제74조의 2 제1항 단서에 의하여 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간인 ‘96.1.1부터 과세특례자로서 유형전환이 된다.

따라서 청구인이 부가가치세법 제30조 제1항에 따라 계속하여 일반과세자에 관한 규정을 적용받기 위하여는 과세특례자 포기신고기한인 ’95.12.20까지 과세특례포기를 하였어야 함에도 포기신고를 하지 아니하였으므로 처분청이 청구인을 과세특례자라고 하여 이 건 과세한 처분은 정당한 것으로 보인다.

(3). 또한 청구인은 부가가치세법시행령 부칙(‘95.12.30 대통령령 제14863호로 개정된 것) 제4조에 따라 청구인의 경우 96년도 제2기분 과세기간부터 과세특례에 관한 규정을 적용받아야 한다고 주장한다. 그러나 위에서 본 바와 같이 신규사업자인 청구인의 최초 과세기간은 95년 제1기로서 위 부칙의 적용대상이 아니므로 청구인은 96년도 제1기 과세기간부터 과세특례규정을 적용받아야 한다고 할 것이다.

(4). 한편 청구인은 부가가치세법상 부동산임대업에 대하여는 과세특례를 배제하는 것처럼 규정되어 있다고 주장한다. 그러나 부가가치세법 제25조 제1항 단서와 같은법시행령 제74조 제2항 제2호의 (마)목 및 같은법시행규칙 제23조의 2 제3항 중 부동산임대업자와 관련된 부분은 국세청장이 해당 사업을 고시하지 아니하여 이들 조항에 의하여 부동산임대업을 영위하는 청구인이 과세특례자로 전환되지 아니하였다는 청구인의 주장을 받아 들이기는 어렵다.

라. 결 론

그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정한다.