처분청은 청구인과 (주)ㅇㅇ가 1991.11.12. 공동으로 공유수면 매립허가를 받아 1998.7.20. 취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 4필지 토지 (29,700.1㎡)중 청구인의 소유지분 토지 10,234.4㎡(이하 “제1토지”라 한다) 및 국가와 교환 취득한 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 11,739.1㎡중 청구인의 소유지분(2분의 1지분, 이하 “제2토지”라 한다)에 대하여 취득세와 등록세를 신고 납부하였으나, 확인 결과 공사비 등의 일부를 누락하거나 취득세 등을 신고 납부하지 아니함은 물론, 장부가격으로 등록세를 신고 납부하지 아니하고 시가표준액으로 하여 과소 신고 납부하였으므로 그 과소 신고한 가액(6,731,604,305원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호 내지 제5호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 68,760,220원, 농어촌특별세 6,303,010원, 등록세 17,472,130원, 교육세 3,203,210원, 합계 95,738,570원(가산세 포함)을 1999.8.18. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 첫째, 이건 매립토지에 대한 총공사비에는 부가가치세와 이중 계상된 공사비(공사비중 대물변제분)가 포함되어 있는데도 이를 취득가격에 포함하여 취득세를 부과 고지한 처분은 부당하며,

둘째, 제1토지중 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 2필지 토지(11739.1㎡)의 경우는 공용 또는 공공용에 사용할 목적으로 해양수산부로 귀속하는 조건으로 매립면허를 받아 공사를 시행하여 준공인가를 받고 해양수산부로 귀속하였으므로 기부채납 조건으로 취득하는 토지로 보아 취득세를 비과세하여야 하고,

셋째, 공유물 분할에 따른 등기는 새로운 취득이 아니라 지분이전에 따른 형식적인 등기에 불과하므로 그 과세표준을 적용함에 있어서는 시가표준액으로 하여야 함에도 장부가격으로 하여 등록세를 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 취득세와 등록세 과세표준 적용이 적법한지와 기부채납 조건으로 취득하는 토지로 볼 수 있는지 그리고 공유물분할에 따른 등기에 대하여 법인장부 가격으로 등록세를 부과 고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제111조제5항 본문 및 제3호, 제130조제3항, 같은법시행령 제82조의2제1항제2호 및 제99조의2에서 법인이 작성한 원장·보조장·출납부 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에는 그 사실상의 취득가격을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하며, 같은법시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가액은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용〔소개수수료, 설계비, 연체료 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세 제외)을 포함〕을 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 이건의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1998.7.20. 공유수면을 매립하여 취득한 제1토지 및 국가로부터 교환 취득한 제2토지에 대하여 취득세와 등록세를 신고 납부하였으나, 확인 결과 공사비 등의 일부를 누락하거나 취득세 등을 신고 납부하지 아니함은 물론 장부가격으로 하여 신고하지 아니하고 시가표준액으로 하여 과소 신고 납부하였으므로 그 과소 신고한 부분에 대하여 취득세와 등록세를 추징한데 대하여, 청구인은 첫째, 이건 매립토지에 대한 총공사비에는 부가가치세와 이중 계상된 공사비(공사비중 대물변제분)가 포함되어 있고, 둘째, 공용 또는 공공용에 사용할 목적으로 준공인가시 국가에 귀속하는 조건으로 매립면허를 받은 토지에 대하여는 기부채납 조건으로 취득하는 토지로 보아 취득세를 비과세 하여야 하며, 셋째, 공유물 분할에 따른 등기는 새로운 취득이 아니라 지분이전에 따른 형식적인 등기에 불과하므로 그 과세표준을 적용함에 있어서는 시가표준액으로 하여야 한다고 주장하고 있다.

청구인의 주장을 차례대로 살펴본다.

첫째, 부가가치세 등이 과세표준에 포함되는지 여부를 살펴보면, 지방세법시행령 제82조의3제1항에서 부가가치세는 취득세 과세표준이 되는 취득가격에서 제외하도록 규정하고 있는 바, 제출된 관계증빙자료(세금계산서, 법인장부 등)에 의하면 청구인의 경우 이건 공유수면 매립공사를 시행하면서 부가가치세 3,440,363,636원을 지급한 사실이 확인되고 있으므로 이 부분에 대하여는 취득가격에서 제외하여야 할 것이나, 이중 계상된 공사비(공사비중 대물변제분)는 당해 금액을 이중으로 기장했다거나 이중으로 계상하였다고 볼만한 입증자료를 달리 제출하지 아니하고 단지 대체전표만으로 이중으로 계상되었다고 보기 어려우므로 이에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 하겠다.

둘째, 국가에 기부채납을 조건으로 취득하는 토지로 볼 수 있는지 여부를 보면, 지방세법 제106조제2항에서 국가·지방자치단체 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으나, 제1토지중 국가에 귀속된 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 2필지 토지의 경우는 청구인이 공유수면 매립허가를 받아 준공인가를 받은 후 국가의 소유 토지와 서로 교환한 사실이 확인되고 있으므로, 당해 토지가 해양수산부에 귀속되었다고 하더라도 국가에 기부채납 조건으로 취득하는 토지로 볼 수 없으므로 이 부분에 대한 청구인의 주장도 받아들일 수 없다 하겠다.

셋째, 공유물 분할에 따른 등기에 대하여 장부가격을 과세표준으로 하여 등록세를 부과 고지한 처분이 적법한지 여부를 보면, 지방세법 제111조제5항제3호, 제130조제3항, 같은법시행령 제82조의2제1항제2호 및 제99조의2에서 법인이 작성한 원장·보조장·출납부 등 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에는 그 사실상의 취득가격을 등록세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있으므로, 법인의 경우에는 공유물 분할에 따른 등기를 하더라도 등기(1998.12.10.) 당시의 장부가격을 적용하여야 하므로 이에 대한 청구인의 주장도 받아들일 수 없다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 10. 31.

행 정 자 치 부 장 관