가. 청구인은 1998.10.1.부터 석유류 도·소매업 및 해상급유업을 영위하여 온 법인으로, 2003～2006사업연도 당시 불법 해상면세유(소위 ‘뒷기름’)를 무자료로 구입하여 판매한 까닭에 청구인의 실제 경영자 박정하는 2006.6.8. 부산지방법원 동부지원에서 장물취득죄 및 석유및석유대체연료사업법위반죄로 징역 2년에 집행유예 3년을 선고받았는데, 청구인은 뒷기름 무자료 매입액 40억7,065만원(이하 “쟁점매입액”이라 한다)을 아래 표와 같이 각 사업연도의 매출원가 및 판매관리비로 계상하여 각 사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은, 부산지방국세청장이 부산지방검찰청 동부지청장의 통보에 따라 청구인에 대한 통합세무조사를 실시한 후 청구인이 증빙 없이 40억7,065만원을 손금산입한 사실을 확인하고 이를 통보하자, 이 중 위 표와 같이 박정하에 대한 형사재판 과정에서 드러난 뒷기름 매입액 8억1,204만원만을 매입액으로 인정하고 나머지 32억5,561만원은 이를 부인하여, 그 상당액을 손금불산입하고 대표이사 이영애에게 상여로 소득처분한 후, 2007.11.20. 청구인에게 법인세 2003사업연도분135,912,860원, 2004사업연도분 174,843,990원, 2005사업연도분 719,197,940원, 2006사업연도분 130,197,450원 합계 1,160,152,240원을결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008. 2. 18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 인적사항 불명의 해상면세유 판매업자로부터 유류(뒷기름)를 구입한 것은 사실이나, 부산지방검찰청, 해양경찰청 및 부산지방국세청의 각 조사에 의하면 청구인에게 가공매출과 가공매입은 없는 사실이 확인되므로 매출액은 진실된 매출액으로 보아야 할 것인데 만약 청구인이 주장하는 무자료 유류구입액을 인정하지 않으면위 매출은 도저히 이루어질 수 없는 점, 이러한 사실은 청구인의 원시장부인 매출·매입거래명세표상 경유 및 벙커C유 등의 판매수량과 매입수량의 차이가 확인되고 있고 그 수량차이를 금액으로 환산할 경우 약 50억원에 달하여 청구인이 40억원 상당의 뒷기름을 매입하였다는 사실을 뒷받침하고 있는 점, 현재, 청구인의 연도별 부가가치율이 석유류 판매법인이 절대 달성할 수 없는 수치인 23%(전국 평균의 3.5배)에 달하여 추가 매입액을 인정함이 합리적인 점 등을 종합하면, 비록 뒷기름 매입액이긴 하나 이를 청구인의 손비로 인정해 주는 것이 타당하다.

처분청은 청구인의 무자료 유류구입대금 40억7,065만원 중 박정하에 대한 부산지방법원 동부지원의 판결문(2006고단339, 2006.6.8.)에 언급된 8억1,204만원만을 손비로 인정하였으나, 청구인의 대표이사가 사무실 근처 은행에서 현금 인출한 금원을 뒷기름의 매입대금으로 지급한 사실이 통장사본 등에 의하여 확인되고, 장부상으로도 그 지출이확인되고 있으므로, 청구인이 주장하는 매입액은 전부를 손비로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인의 유류매입사실을 확인할 수 있는 원시자료인 유류 수불부 및 매출·매입거래명세서 등이 검찰청 및 해양경찰청 등에 의한 조사시 분실된 까닭에 처분청의 세무조사 당시에는 세금계산서 및 회계사무소 장부 외에는 사업관련 장부가 없어 매입여부를 확인할 수 없었고, 청구인이 매입증빙으로 제시한 법인 및 대표이사 명의의 부산은행 등의 거래내역에 의하면 현금인출내역은 확인되나, 구체적인 무자료 매입을 확인할 수 있는 다른 객관적인 증빙(거래처 인적사항 등)이 없으며, 대체 회계처리 하였다는 계정별 일자별 금액과 현금출금된 일자가 일치하지 않고 있는 바, 현금 출금사실만으로 위 금원이 유류대금으로 사용된 것을 인정하기는 어려우며, 특히, 불법 거래에 대하여 거래상대방이 드러나지 않는 것까지 매출원가로 인정하는 것은 불법을 조장할 우려가 있으므로, 결국 형사재판과정에서 확인된 8억1,204만원만을 매입액으로 인정함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

현금인출내역 등으로 확인되는 부정유류 매입액을 손비로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제4조【실질과세】① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

18. 그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 실운영자 박정하에 대한 형사판결문 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구인은 1998.10.1.부터 석유류 도·소매업 및 해상급유업을 영위하여 온 법인인데, 청구인의 실운영자 박정하(청구인의 대표이사 이영애의 남편이다)는 “2004.11.～2006.3.18.까지 49회에 걸쳐 횡령한 면세 해상경유 7,269드럼(드럼당 200ℓ) 합계 금 812,045,000원을 매수하였다”는 이유로, 2006.6.8. 장물취득죄 및 석유및석유대체연료사업법위반죄로 징역 2년에 집행유예 3년을 선고(부산지방법원 동부지원 2006.6.8. 선고 2006고단399 판결)받았다.

(나) 부산지방국세청장은 부산지방검찰청 동부지청장으로부터 위 사실을 통보받은 후 청구인에 대한 세무조사를 실시하여 청구인이 증빙 없이 40억7,065만원 상당을 손금산입한 사실을 확인하였고, 이러한 사실을 통보받은 처분청은 박정하에 대한 형사재판 과정에서 확인된 뒷기름 매입액 8억1,204만원만을 청구인의 매입액으로 인정하고 나머지 32억5,561만원은 이를 부인하여 이 건 과세처분을 하였는데, 부산지방국세청장의 ‘조사종결보고서(2007년 9월)’에 의하면 처분청이 적출한 청구인의 증빙 없는 경비 및 업무무관경비 내역은 아래 표와 같다.

(다) 청구인의 당초 법인세 신고 및 처분청 결정의 구체적 내역은 아래 표와 같은데, 이에 의하면 청구인의 평균 신고소득율은 약 6.0%, 처분청의 평균 결정소득율은 약 11.2%인 것으로 나타난다(동종업계의 평균신고소득율은 1.9%이다).

(2) 이에 대하여 처분청은 불법 거래의 상대방이 드러나지 않는 부분은 손비로 인정할 수 없으므로 청구인의 실운영자 박정하가 형사처벌 받은 금액에 한하여 매입액을 인정함이 타당하고, 아래 (3)항 기재의 청구인 주장은 받아들이기 어렵다는 의견이다.

(가) 즉, 처분청은, 통장사본 및 장부 등으로 뒷기름 매입대금의 현금 지급 사실이 확인되므로 동 매입액이 손비로 인정되어야 한다는 청구인의 주장에 대하여, 2003년～2006년 기간 동안 청구인 등의 은행계좌에서 출금된 금액과 청구인의 장부에 매출원가 및 판매관리비로 계상한 금액을 일자별로 대사해 본 결과, 당일 100% 현금 거래의 특성을 가진 뒷기름 거래임에도 불구하고 그 일자 및 금액이 일치하지 않고 있고, 특히 매입처가 구체적으로 기재되어 있지 않으므로, 현금인출 금액 전부를 매입액으로 인정하기는 어렵다는 의견이다.

(나) 또한 처분청은, 거래명세표를 근거로 한 정상 매출량에서 기초재고, 당기매입 및 기말재고 등을 바탕으로 계산한 당기 매입량을 차감하고 남은 수량이 뒷기름 매입량이고, 청구인 주장의 매입액을 인정하지 않으면 청구인의 부가가치율이 지나치게 높아 부당하다는 청구인 주장에 대하여, 위 매입량의 경우 단순계산에 의한 추정수치에 불과하여 이를 근거로 쟁점매입액을 인정하기는 어렵고, 특히 평균 부가가치율은 정상사업자를 기준으로 계산된 부가가치율이므로 부정 유류를 거래하여 원래부터 부가가치율이 높은 청구인에게는 적용할 수 없는 것이라는 의견이다.

(다) 참고로, 처분청은 이 건 과세처분 과정에서 ‘과세쟁점자문위원회’에게 관련 자문을 요청하였는데, ‘과세쟁점자문위원회(2007.8.22.)’는 청구인 등의 통장에서 아래 표와 같이 현금인출된 사실은 인정하면서도(부산지방국세청장의 ‘조사종결복명서’ 참조),무자료 유류매입을 확인할 수 있는 다른 객관적인 증빙 제시가 없고, 대체회계 처리하였다는 계정별·일자별 금액과 현금인출된 일자가 일치하지 않고 있어 현금인출된 금액이 유류 구입 대금으로 사용되었다고 보기 어렵다는 이유로, 법원판결문에서 확인되는 유류 구입 금액만을 매출원가로 인정하여야 한다고 결정한 바 있다.

(3) 그러나 청구인은 여러 가지 증빙자료를 종합하면 청구인이 쟁점매입액을 지출한 사실이 확인되고, 아울러 현금인출을 통한 구체적인 지급내역 및 장부 계상내역도 합리적인 범위 내에서 증명되고 있으므로, 쟁점매입액은 손금으로 인정되어야 한다며 다음과 같이 주장하고 있다.

(가) 청구인은 1993년 개업한 이후 육·해상을 통하여 석유류 판매업을 영위하여 오다, 2003년～2006년 당시 러시아 선박 등에서 불법으로 빼돌린 해상 운송유(속칭 뒷기름)를 정상품보다 드럼당 6～7만원 상당 저렴하게 구입하고는 하였는데, 이는 부산 지역 일대에서오랜 기간 관행적으로 이루어져 온 거래형태의 하나이다.

(나) 청구인에게는 가공매출·가공매입 혐의는 없으므로, 매출·매입 거래명세표에 따라 정상적인 매출을 기준으로 계산할 경우 최소 1,943만ℓ의 매입물량이 부족한데, 위 부족 물량을 금액기준으로 환산하면 55억1,477만원 매입액이 부족한 것으로 나타나고, 부산지방검찰청과 부산지방국세청도 당초 청구인이 약 40억원 상당의 ‘뒷기름’을 매입하였을 것으로 추정하고 조사를 벌였으며, 청구인의 쟁점매입액을 부인할 경우, 청구인의 매매총이익율(정상거래하여 부가가치세 신고된 것 기준)이 20%～27%에 달하여 동종업계 평균 8.07%에 비하여 지나치게 높아 불합리한 점 등을 종합하면, 청구인이 쟁점매입액 상당의 ‘뒷기름’을 매입한 것으로 봄이 타당하다.

(다) 또한, 처분청도 인정하는 바와 같이 청구인은 ‘뒷기름’ 매입대금을 모두 현금인출하여 지급한 것으로 확인되고, 특히 매입액에 대한 구분을 위하여 통장에 ‘(해)’라고 표시하여 두었으며, 다만 장부처리에 있어 위 매입액 전부를 ‘유류매입액’으로 처리하면 장부상으로도 무자료 거래임이 드러날 우려가 있어, 일부는 ‘유류매입액(매출원가)’으로 나머지는 여러 가지 종류의 판매관리비(선박유류비, 복리후생비, 선박소모품비 등)로 분산 회계처리 하였는 바, 판매관리비로 처리한 부분의 경우 연간 매입액을 법인세 신고 직전 각 월말로 일괄 분산 처리한 까닭에 현금인출내역과 장부계상내역이 정확히 일치하지 않는 측면은 있으나, 전체적으로 합리적인 범위 내에서 현금인출 지급내역과 장부 계상 내역이 일치함이 확인되고 있으므로, 청구인의 쟁점매입액은 손금으로 인정되어야 한다.

(라) 덧붙여, 처분청은 청구인에 대한 세무조사 당시 사업장 내에 원시자료를 확인할 수 있는 유류수불부, 매입·매출거래명세서 등을 비롯한 회계 관련 장부가 일체 없었다고 주장하나, 청구인은 연도별 매입·매출에 관한 거래명세표를 빠짐없이 보관하고 있었던 점에 비추어 이는 조사소홀에 대한 처분청의 변명에 불과하다 할 것이고, 이 건을 처리함에 있어서는 철저한 점조직을 통한 유통으로 100% 현금거래로 이루어지는 해상면세유 거래의 특성상 개별 매입처를 밝히기 어려운 측면이 있음이 고려되어야 한다.

(4) 위 주장에 따라 청구인이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구인의 매출·매입 거래명세표에 의하면, 아래 표와 같이 2003년～2006년 기간동안 매출 대비 매입 물량이 약 1,943만ℓ가 부족한 것으로 나타나는데, 위 부족 물량을 금액으로 환산(매입액으로 정유사 면세유 판매단가의 80% 수준을 적용할 경우, 경유는 ℓ당 2003·2004년 298.84원, 2005년 349.14, 2006년 452.46원이고, 벙커C유는 ℓ당 2003·2004년 223.44원, 2005년 236.54원, 2006년 294.00원이다)할 경우, 청구인의 매입부족액은 55억1,477만원 상당에 해당한다.

(나) 청구인의 부가가치세 신고·납부 내역 및 ‘뒷기름’ 매입액의 장부 계상 내역은 아래 표와 같은 바, 청구인의 ‘뒷기름’ 매입액을 부인할 경우 매매총이익율(정상거래하여 부가가치세 신고·납부된 것 기준이다)이 20%～27%에 달하여,동종업계 평균 8.07%에 비하여 지나치게 높은 것으로 나타난다.

(다) 부산지방국세청장의 ‘조사종결복명서(2007년 9월)’ 등에 의하면, 당초 부산지방국세청의 조사담당자는 검찰청 조사 결과를 근거로 2005년～2006년 기간 동안 청구인의 무자료 매입액이 아래 표와 같이 41억원 상당에 달할 것으로 추정하였다.

(라) 2006.3.23.자 및 2006.4.10.자 박정하에 대한 각 ‘피의자신문조서’에 따르면, 검찰 조사관은 청구인의 2003년 1월부터 2005년 12월까지 매출·매입계산서를 종합한 결과, 청구인의 매출이 매입 대비 89억원이 많으므로 정상적인 이윤을 제외하더라도 한달에 최소 1,000드럼 이상의 뒷기름을 구입하였을 것이라 보고 박정하를 추궁하였고, 또 청구인의 에스케이 주식회사 및 현대오일뱅크 주식회사로부터의 고유황경유 구입내역 등을 확인한 결과 매입량에 비하여 19,404드럼(3,880,767리터)이 초과 판매된 것으로 확인되므로 이 부분 전부가 뒷기름 매입분으로 보고 박정하를 추궁하였는데, 실제 공소가 제기된 부분은 7,269드럼(드럼당 200ℓ) 합계 금 8억1,204만원에 불과하다.

(마) 위 검찰조사 당시 박정하는 뒷기름의 구입경위 등에 대하여, “청구인은 1993년 개업하여 육·해상을 통한 석유류 판매업을 영위하여 왔는데, 2003년～2006년 러시아 선박 등에서 불법으로 빼돌린 해상 운송유를구입하여, 청구인 소유 선박에 저장하였다가 매출하였는 바, 뒷기름은 정상품보다 드럼당 6～7만원 상당이 저렴하여, 이를 이용한 거래는 부산지역 일대에서는 오랜 기간 관행적으로 이루어져 왔는데, 청구인도 일부 뒷기름을 매입하고, 대금지급은 청구인의 대표이사가 직접 사무실 근처 은행에서 현금 인출하여 판매상에게 전달하는 방법으로 거래를 하였다”라고 진술하였고, 또한“정품의 경우드럼당 17만～18만원인데 반하여, 뒷기름은 10만원～12만원에 구입이 가능하고, 월 평균 500드럼 정도를 구입하였다”라고 진술한 반면, 청구인 소유 선박 ‘해안2호’의 선장 강남석은 "청구인이 2003.7.1.부터 32개월간 월 4-5차례 뒷기름을 매입하였다"고 진술한 것으로 확인된다.

(바)부산일보(2003.5.17.자, 2005.7.22.자, 2006.4.18.자 및 2007.6.5.자)등의 관련 신문기사를 종합하면, 부산 지역 일대에서는 지역적 특성(바다)을 이용하여 오랜 기간 음성적인 뒷기름 거래가 성행하여 왔고, 그에 따라 관할 수사기관이 정기적으로 집중적인 단속을 벌여 왔지만, 뒷기름 거래가 점조직을 바탕으로 100% 현금거래 형태로 이루어지는 까닭에, 그때그때 일부 중간판매상들만 형사처벌을 받을 뿐, 근본적인 해결은 못하고 있는 상태인 것으로 확인된다.

(사) 한편, 청구인의 예금 통장을 살펴보면, 각 통장에서현금인출된 금액 중 일부에는 ‘해’라고 기재되어 있는데, 이와 같은 형태의 현금인출액 합계는 아래 표와 같이 39억원 상당에 달하는 것으로 확인된다.

(아) 그리고2003년～2006년 기간 동안의 매입액 기장내역(총괄표, 일자별 대금지급 내역, 제조원가 등 계상액 등)에 의하면, 청구인은 위 (사)항 기재의 현금인출액을 위 표와 같이 매출원가 및 판매관리비로 각각 장부에 계상하였는데, 이 중2005사업연도에 매출원가로 계상한 14억8,739만원의 경우 예금 통장의 현금인출내역과 장부처리내역이 정확하게 일치하고 있으며, 나머지 판매관리비로 처리한 현금인출액은 정형화된 금액을 매월 말 기준으로 일괄 배분하여 처리한 것으로 나타난다.

(자) 참고로, 이 건 관련 ‘과세쟁점자문위원회’ 개최시 제출되었던 조사부서의 의견 중 일부 내용은 청구인 주장에 신빙성이 있다는 취지인 바, 구체적인 내용은 “청구인의 법인세 매출원가 계상을, 1) 법인이 무자료 매입이라 주장하는 현금인출분 전부 35억1,200만원으로 하는지, 2) 법인이 무자료 구입시 장부상 매출원가로 계상한 17억3,500만원으로 하는지, 3) 법원판결문에 따른 8억1,204만원을 원가로 하는지 여부가 쟁점으로, 청구인의 무자료 매입에 따른 매출액은 72억원 정도로 추정되고, 이에 의할 경우 매입 추정액은 41억원 정도일 것을 보이는데, 청구인이 무자료 매입금액을 장부에 매출원가 등으로 계상한 사실은 면세유 구입경위, 대금지급내역 등으로 보아 신빙성이 있어 보이고, 무자료, 매입금액을 손금으로 인정되어야 한다는 납세자 주장은 일리가 있는 것으로 보이고, 청구인은 면세유를 무자료로 구입하고 대금은 법인통장에서 인출하여 그때마다 현금 지출하고, 현금출납부 등 장부상 지출한 내용대로 계상하였으며, 법인통장 등에서 확인되는 해상면세유 매입금액은 최소 35억1,200만원으로 보임”과 같다.

(5) 이상의 사실관계와 청구인 주장 및 처분청 의견을 종합하여 이 건 과세처분에 대하여 살펴본다.

(가) 우선, 업종의 특성상 수입금액이 발생하면 달리 반증이 없는 한 그에 대응되는 손금이 있을 것으로 추정되는 경우 수입금액에 상응하는 손금을 인정하여 주는 것이 타당하다 할 것(국심 2005서3580, 2006.1.27., 같은 뜻임)인 바, 이 건의 경우 여러 가지 정황상 매출량(액)에 대비하여 추가적인 매입량(액)을 인정하는 것이 합리적인지, 만약 그러하다면 청구인이 구체적으로 수용 가능한 범위 내에서 매입대금의 지출 내역 및 그에 따른 장부 처리 등을 입증하고 있는지 여부에 따라 추가적인 매입액 인정여부가 결정된다 할 것이다.

(나) 그에 따라 청구인에게 쟁점매입액을 인정하여 줄 필요성이 있는지 여부에 대하여 살펴보건대, 처분청도 인정하는 바와 같이 청구인에게는 가공매출 및 가공매입 혐의가 없어 청구인의 신고된 매출은 모두 정상매출로 보아야 할 것이고 그렇다면 정상매출에 상응하는 매입이 있어야 할 것인데, 청구인의 매출·매입 거래명세표(이는 ‘뒷기름’ 매입과 무관하게 정상적으로 신고·납부된 부가가치세를 기준으로 작성된 것이므로 일응 진실된 자료인 것으로 보인다)에 의할 경우 매출량 대비 매입량이 약 1,943만ℓ가 부족한 것으로 확인되므로 이에 상응하는 부분의 매입이 실제 있었던 것으로 보이는 점, 위 부족 물량을 금액으로 환산하면 55억1,477만원이어서 청구인이 주장하는 쟁점매입액 40억원 상당이 특별히 과도하다거나 불합리한 것으로 보이지 않는 점, 부산지방국세청도 조사 당시 청구인의 2005년～2006년 무자료 매입액이 41억원 상당에 달할 것으로 추정하였고, 부산지방검찰청 역시 박정하를 조사하면서 청구인의 3년간 무자료 매입액을 40억1,700만원 이상으로 추정하였던 점 및 청구인의 ‘뒷기름’ 매입액을 무조건 부인할 경우 청구인의 부가가치율이 20%～27%에 달하여 동종업계 평균 8.07%에 비하여 지나치게 높아 불합리한 점 등을 종합하면, 특별한 사정이 없는 한 청구인에게 40억원 상당의 매입액을 인정해 줄 여지가 큰 것으로 보인다.

(다) 게다가 이 건의 경우 청구인 예금 계좌 등에서 매입대금 지급에 사용된 구체적인 현금인출 내역이 확인되고 있고, 이러한 현금인출 사실을 처분청도 인정하고 있는 점, 청구인이 여러 현금인출 내역 중 일부에 ‘해’라고 기재하여 ‘뒷기름’ 매입대금을 구분 표시해 둔 까닭에 실제 지출내역을 확인하기 용이한 점, 위 현금인출 지급부분을 손비로 인정받기 위하여 ‘매출원가’와 ‘판매관리비’로 분산 회계처리하였다는 청구인의 주장이 2005년 매출원가로 계상한1,487,390,000원이 그 일자 및 금액에 있어 현금인출 내역과 정확히 일치하고 있으므로 상당한 신빙성을 가지는 점 및 비록 ‘판매관리비’로 회계처리한 부분은 그 일자 및 금액 등에 있어 현금인출 내역과 정확히 부합하지 않는 측면은 있으나, 정형화된 금액이 매월 말 일정하게 배분되어 있는 점에 비추어, 법인세 신고 직전 연간 현금인출액을 일괄하여 각 월말로 분산 처리하여 불일치가 발생하였다는 청구인의 주장에 설득력이 있는 점 등을 종합하면, 결국 쟁점매입액 상당의 ‘뒷기름’을 매입하고 그 대금은 예금통장에서 현금인출하여 지급하였다는 청구인의 주장은 수긍할 수 있다 할 것이고, 그렇다면 이 부분에 대하여 추가적인 손금산입을 인정함이 타당한 것으로 보인다.

(라) 이에 대하여 처분청은 청구인의 실운영자 박정하의 형사처벌 당시 인정된 매입액이 8억1,204만원에 불과한 이상 청구인 주장의 쟁점매입액 전부를 손금산입할 수는 없다는 의견이고, 이러한 의견은 관련 형사사건의 판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 민사재판 등에서도 유력한 자료가 되는 것임에 비추어 일응 타당성이 있다 할 것이나, 다른 한편으로는 제출된 다른 증거내용 등에 비추어 형사판결의 사실판단을 채용하기 어렵다고 인정될 경우에는 이를 배척할 수도 있는 것이어서 반드시 관련 형사판결의 사실인정에 기속되어야 하는 것은 아니라 할 것(대법원1996.11.12. 선고 95누17779 판결 참조)인 바, 이 건은 보통의 경우와는 달리 검찰 조사에 따른 박정하의 형사절차가 먼저 진행된 후 청구인에 대한 세무조사 및 과세처분이 이루어진 특징이 있고, 검찰 조사 당시 작성된 피의자신문조서 등에 의하면, 검찰 조사관은 청구인이 2년간 최소 19,000드럼 이상의 ‘뒷기름’을 구입하였을 것이라는 혐의를 두고 청구인을 추궁하였으나, 청구인이 ‘뒷기름’ 매입사실은 시인하면서도 구체적인 매입량(액)을 밝히지 않자, 중간판매상과 청구인 소유 선박 선장의 진술 등을 토대로 산정한 7,269드럼(약 8억1,204만원)만을 청구인의 매입액으로 보아 공소를 제기한 것으로, 검찰의 입장에서는 엄격한 입증책임을 요구하는 형사재판의 특성상 명확하게 확인되는 매입액에 한하여 공소를 제기할 수 밖에 없었기에 청구인의 매입액을 8억1,204만원으로 본 것이므로 이를 두고 청구인의 매입액을 무조건 8억1,204만원으로 단정할 수는 없으며, 박정하는 검찰 조사과정에서 소극적으로 매입사실을 인정하였을 뿐이지 8억1,204만원이 매입액이라고 적극적으로 진술한 것으로 나타나지 않을 뿐만 아니라, 개인의 인신구속에 관한 문제가 걸려 있는 이상 심판청구시와는 달리 형사재판 과정에서는 청구인의 매입액을 소극적으로 인정한 것을 두고 박정하를 비난하기 어려운 측면이 있는 점 등을 종합하면, 이 건의 경우 박정하에 대한 형사재판 결과에 무조건 기속될 것이 아니라 심판청구시 제출된 모든 증빙자료를 종합하여 실제 매입액을 확인한 후, 이를 손금산입하는 것이 보다 합리적이라 할 것이다.

(마) 다만, 이 건의 경우 당초 부산지방국세청 및 과세쟁점자문위원회에서 인정한 청구인의 현금인출금액(35억1,200만원 상당)과 청구인이 이 건 심판청구서에서 주장한 현금인출금액(39억1,000만원 상당)에 일부 차이가 확인되고 있고[청구인이 심판청구시에 통장을 추가 제출(농협 484-01-003538)하였기 때문인 것으로 보인다], 또한 청구인이 세무조사 당시 작성하여 제출한 장부 내역(40억7,065만원)과 재확인 과정을 거친 후 심판청구시 제출된 실제 장부 기재 내역(39억3,789만원)간에도 일부 차이가 확인되고 있으므로, 정확한 매입액 산정을 위하여 현금인출내역 및 회계 처리 부분에 대하여 재조사한 후, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2009. 2. 4.

주심조세심판관 이 영 우

배석조세심판관 이 광 호

이 전 오

박 요 찬