2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2009. 11. 18. 농·축산물의 생산, 유통 및 가공 등을 목적으로 설립된 농업회사법인으로 합병 전 청주시 청원구(구 상당구) (주소 3 생략) 답 572㎡, (주소 4 생략) 답 4,446㎡, (주소 5 생략) 전 684㎡, (주소 6 생략) 답 1,025㎡, (주소 7 생략) 답 3,123㎡ 합계 9,850㎡[이후 (주소 5 생략) 토지를 제외한 나머지 토지는 (주소 3 생략) 답 9,166㎡로 합병되었음. 이하 통칭하여 ‘이 사건 토지’라 한다]에 관한 청주지방법원 2011타경4288호 임의경매절차에서 2011. 11. 14. 대금 2,230,000,000원을 납입하여 그 소유권을 취득하였다.

나. 원고는 이 사건 토지가 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득한 부동산에 해당한다고 하면서 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제11조 제1항 에 따라 취득세를 면제받았고, 농업법인이 영농에 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 하면서 위 지방세특례제한법 제11조 제2항 에 따라 2012년 귀속 재산세의, 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2항 에 따라 2013년 귀속 재산세의 100분의 50을 감면받았다.

다. 한편 피고는 이 사건 토지에 대한 2012. 11. 14.자 및 2014. 8. 12.자 현지조사 와 2012년 항공사진 판독결과 원고가 이 사건 토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 그리고 위 각 재산세 과세기준일(2012. 6. 1., 2013. 6. 1. 이하 ‘이 사건 재산세 과세기준일’이라 한다) 현재 정당한 사유 없이 영농에 직접 사용하지 않았다고 보아 감면된 세액으로 원고에게 2014. 11. 5. 2012년 귀속 재산세 4,597,600원, 지방교육세 695,170원 및 2013년 귀속 재산세 4,642,210원, 지방교육세 702,030원을, 2017. 3. 8. 2012년 귀속 취득세 94,148,370원, 지방교육세 5,830,550원, 농어촌특별세 6,276,550원(각 가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 20, 26, 27호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2012년 초부터 이 사건 토지에서 농토 개선 등 각종 기초작업을 하였고, 2012. 6.경부터 본격적으로 농작물을 경작하여 위 토지를 영농에 직접 사용하였는데 피고는 현지조사를 한 특정시점(2012. 11. 14. 및 2014. 8. 12.)에 위 토지를 관찰한 모습에만 근거하여 영농을 하지 않았다고 단정하였다. 설령 원고가 영농에 직접 사용한 부분이 이 사건 토지의 일부에 불과하다고 하더라도 영농에 직접 사용하지 않은 부분에 한하여 추징하지 않고 위 토지 전체를 기준으로 부과한 것은 위법하다.

나아가 영농에 직접 사용하지 아니한 부분이 있더라도 이 사건 토지를 취득할 당시 주식회사 그린(이하 ‘그린’이라 한다)이 위 토지를 무단 점유·사용하고 있어 이를 해결하는 동안 불가피하게 사용할 수 없었던 점, 위 토지의 통행로 2개가 주위 토지 소유자들의 방해로 농기계 등의 출입이 불가능하게 된 점, 위와 같은 장애사유를 해소하기 위하여 진지한 노력을 다하였고 농기계 등의 출입이 안되는 상황에서도 위 토지에 관하여 기초작업을 한 뒤 수작업으로 현재까지 농사를 짓고 있는 점 등을 고려하면 원고가 영농에 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1호 에 의하면 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것과 2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2항 에 의하면 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

2) 우선 이 사건 토지를 영농에 직접 사용하였는지 보건대, 갑 제9, 10, 15, 19호증, 을 제3호증의 각 기재 또는 영상에 의하면 원고는 취득일부터 1년 이내에 이 사건 토지의 일부를 개간하여 그 위에 농작물을 경작하였고 이 사건 재산세 과세기준일 무렵까지도 경작한 사실을 인정할 수 있으므로, 해당 면적을 특정하여 제외하지 아니한 채 이 사건 토지 전체를 영농에 직접 사용하지 아니하였다고 보는 전제에서 내려진 이 사건 처분은 위법하고, 경작한 면적이 일부에 지나지 아니하고, 원고가 농작물 수익금내역을 제출하지 못하였다거나 취득세 감면신청 당시 제시한 영농의 형태와 다른 형태의 영농을 하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3) 나아가 영농에 직접 사용하지 아니한 부분에 관하여 ‘정당한 사유’가 있는지 보건대, 구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1호 에서 정하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 농업법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 농업법인에 의하여 수행되는 영농사업의 성격을 감안하여 취득세를 부과하지 아니하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 해당 용도에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 해당 용도에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 부동산을 해당 용도에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다.

살피건대, 갑 제5 내지 13, 20 내지 25호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상에 의하면 이 사건 토지 취득 당시 그린이 위 토지를 무단으로 주차장 및 적치장으로 점유·사용하고 있어 원고의 민원 제기로 청주시에서 그린에게 2012. 2.경 원상복구명령을 하였고, 원고는 청주지방법원에서 그린을 상대로 2012. 2. 14.자 부동산점유이전금지가처분, 2012. 3. 15.자 부동산인도명령을 받은 사실, 이 사건 토지에는 그린 대표이사 소외인 소유토지와 주식회사 우양상사(이하 ‘우양상사’라 한다) 소유토지를 지나는 2개의 통행로가 있었는데 소외인 소유토지의 통행로는 2012. 3.경 1m 이상 성토되어 사실상 통행로가 폐쇄되었고 우양상사 소유 토지의 통행로는 우양상사가 2012. 6.경 통행로 위에 컨테이너를 설치하여 폐쇄된 사실, 이에 원고는 우양상사를 상대로 주위토지통행권확인을 구하는 소를 제기하여 청주지방법원(2013가단8458) 에서 2014. 2. 7. 원고의 청구가 인용되었다가, 항소심( 2014나1394 )에서 2017. 1. 31.까지 원고의 무상통행권을 인정하는 화해권고결정이 2015. 1. 28. 내려져 그 무렵 확정된 사실, 원고는 2014. 1. 20. 이 사건 토지 내에 농산물판매장 등으로 사용할 지상 2층 근린생활시설을 건축하는 건축허가를 받은 후 위 토지와 공로를 연결하는 다리를 건설한 사실, 원고는 이 사건 토지 내에 지하수개발을 하여 2012. 7. 11. 청주시청으로부터 지하수시설 준공확인을 받은 사실을 인정할 수 있다.

그러나 을 제3, 6호증, 갑 제15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 토지를 취득할 당시 위 토지 위에 주차장과 적치장이 존재하여 당장 경작하기 어렵다는 사정을 이미 알고 있었던 점, ② 위 적치물을 수거한 2012. 5.경 이후에는 위 토지의 경작이 가능했음에도 2014. 8.경까지도 여전히 상당한 부분에서는 경작이 이루어지지 않은 것으로 보이는 점, ③ 설령 원고 주장과 같이 2012. 6.경 우양상사가 통행로 위에 컨테이너를 설치한 후 이 사건 토지에 농기계 등의 출입이 불가능해졌다고 하더라도 원고와 우양상사 사이의 소송경과나 원고가 2014. 1. 20. 이후에 비로소 공로로 통하는 다리를 건설한 것 등을 보면 원고가 즉시 통행로를 확보하여 위 토지를 영농에 사용하기 위한 진지하고 충분한 노력을 다한 것으로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 앞서 인정한 사실만으로는 원고가 이 사건 토지 중 영농에 직접 사용하지 않은 부분에 대하여 영농에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 그러므로 이 사건 처분 중 영농에 직접 사용한 부분에 대한 부과처분은 위법하고, 직접 사용하지 아니한 부분에 대한 부과처분은 적법하나, 제출된 자료만으로는 영농에 직접 사용하지 아니한 부분의 면적이 특정되지 아니하여 정당한 부과금액을 산출할 수 없으므로 결국 이 사건 처분 전체를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 양태경(재판장) 김주식 김기홍

심급 사건

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