원심판결은 그 이유설시에서, 원고는 사립학교법의 규정에 의하여 설립된 학교법인으로서 1981.12.1. 소외 영생학원과 사이에 원고소유의 수익용 기본재산인 전주시 (주소 1 생략) 대 361평을 위 영생학원 소유의 전주시 (주소 2 생략) 등 2필의 대지 73평과 그 지상건물 건평 174.51평 및 현금 49,000,000원과 교환한 후 교환취득한 위 부동산들은 원고의 수익용 기본재산으로 편입시키고, 현금중 금 14,193,137원은 교환취득한 위 부동산의 등기이전비용으로 사용하고, 나머지 현금은 이를 판시 은행에 금전신탁을 하여 놓은 사실을 당사자간에 다툼없는 사실로 인정한 다음 학교법인이 수익용 기본재산과 같은 교육목적에 직접 사용하지 아니하는 재산을 양도하여 양도차액이 발생하였다 하더라도 그 양도금액을 보유하고 있는 한 적어도 그 양도일로부터 3년내에는 그에 대한 법인세 특별부가세를 부과할 수 없다고 전제하고 원고가 위와 같이 그 소유의 수익용 기본재산을 다른 수익용 기본재산 및 현금과 교환한 것이나 혹은 교환취득한 현금을 위와 같은 용도로 사용한 것은 그 양도금액을 그대로 보유하고 있는 것으로 볼 것이지, 이를 교육사업 이외의 목적에 사용한 것으로 볼 것이 아니라는 해석하에, 원고의 위 교환취득에 대하여 그 양도금액을 교육사업 이외의 목적에 사용한 것으로 인정하여 위 교환일로부터 3년이 경과되기 이전에 그 양도차익에 대하여 법인세 특별부가세를 부과한 피고의 이 사건 과세처분이 위법하다고 판단하였다.

살피건대, 이 사건 과세요건 성립당시에 시행되던 법인세법(1981.12.31 법률 제3473호로 개정되기 이전의 것) 제59조의 2 제1항 , 제2항 , 제59조의 3 제1항 제12호 , 같은법시행령(1981.12.31 대통령 제10666호로 개정되기 이전의 것) 제124조의 4 제7항 , 제124조의 8 의 각 규정에 의하면 사립학교법의 규정에 의하여 설립된 학교법인이 사립학교법시행령 제12조 에서 규정하고 있는 재산이외의 기본재산 즉 교육목적에 직접 사용하지 아니하는 토지등을 양도(매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다)하여 소득이 발생한 경우 그 양도금액을 양도일로부터 3년내에 교육사업에 사용하는 경우에는 법인세법 소정의 특별부가세를 부과하지 아니하고, 그 양도금액을 교육사업 이외의 목적에 사용하거나 양도금액을 위 기간내에 사용하지 아니한 때에는 면제받은 위 특별부가세액을 추징하도록 규정하고 있으므로 학교법인이 교육목적에 직접 사용하지 아니하는 수익용 기본재산을 양도하여 소득이 발생하였다 하더라도 그 양도금액을 사용하지 아니하고 그대로 보유하고 있는 한 이에 대하여는 그 양도일로부터 3년내에는 위 특별부가세를 부과할 수 없다함은 원심판시와 같다.

그러나 학교법인이 교육목적에 직접 사용하지 아니하는 토지 등의 양도대금을 교육사업에 사용하는 경우에 그에 대한 특별부가세를 비과세하도록 규정한 것은 비과세의 혜택을 통하여 학교법인으로 하여금 교육목적에 직접 사용하지 아니하는 토지등을 양도한 경우 그 양도금액을 그 설치, 경영하는 사립학교에 필요한 시설과 설비를 확보하고 학교경영에 필요한 운영비등으로 사용하도록 유도함으로써 사립학교의 건전한 발달을 도모하자는데 그 입법취지가 있는 것이므로 이에 비추어 볼 때 원고가 그 소유의 수익용 기본재산의 양도금액을 금전신탁하여 놓은 부분은 그 양도금액을 그대로 보유하고 있는 것으로 볼 것이고, 따라서 이 부분에 대한 피고의 이 사건 과세처분이 위법하다고 판단한 원심조치는 정당하고 거기에 소론과 같은 법리오해의 위법이 있다 할 수 없으나, 원고가 그 소유의 수익용 기본재산을 다른 수익용 기본재산으로 교환취득한 부분과 수익용 기본재산의 양도금액을 다른 수익용 기본재산의 취득등기 비용으로 사용한 부분은 그 양도금액을 그대로 보유하고 있다거나 혹은 그 양도금액을 교육사업에 사용한 것으로 볼 수는 없고, 이는 그 양도금액을 교육사업 이외의 목적에 사용한 것으로 볼 것이니, 원심이 이 부분 역시 그 양도금액을 그대로 보유하고 있는 것이라고 단정하여 이 부분에 대한 피고의 이 사건 과세처분이 위법하다고 판단한 것은 필경 법인세 특별부가세의 비과세대상이 되는 양도금액의 보유방법에 관한 법리를 오해한 잘못이 있고 그 위법은 판결결과에 영향이 있다 할 것이므로 이를 탓하는 상고논지는 이유있고, 기록에 나타난 자료만으로는 당원이 위 설시의 비과세대상을 제외한 나머지 부분에 대한 특별부가세액을 산정하여 피고의 이 사건 과세처분의 당부 부분을 가려내는 것이 적합하지 아니하므로 이점에서 원심판결은 그 전부에 대한 파기를 면할 수 없다 할 것이다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.