처분청은2004.4.12청구외 (주)○○텍(이하 피합병법인 이라 한다)이 ○○시○○구○○동○○번지상에 공장용건축물(A동 8,231.05㎡, B동 446.4㎡, C동 51.75㎡, D동 1,208.62㎡, E동 50㎡, F동 36㎡, 이하 "이 사건 부동산"이라 한다) 중에서 A동을 경락·취득하고, B동, C동, D동, E동을 증축한 후, 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항의 규정에 의하여 창업중소기업의 사업용재산으로 보아 취득세 등을 면제 하였으나, 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 취득일부터 2년 이내인 2005.1.6 청구인에게 흡수합병으로 매각됨에 따라 기 면제한 취득세 46,275,060원, 등록세 30,832,790원, 지방교육세 5,675,460원, 농어촌특별세 4,053,380원, 합계 86,836,690원(가산세 포함)을 2005.8.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 자동차 및 특장차의 부품 제조판매업 등을 목적사업으로2000.5.19. 설립하여 경영규모의 적정화와 합리화를 기하기 위하여 2005.1.6. (주)○○텍을 흡수합병 하였으며 피합병법인은 공장정비 및 증축을 하고 새로운 설비라인의 구축 등 정상적인 공장 가동을 위한 건설중에 있었고 피합병법인의 경락대금 지급은 정상적인 금전소비대차약정에 의한 것인데도, 처분청은 피합병법인이 이 사건 부동산에 대해 물품을 제조한 사실없이 청구인에게 합병되어 유예기간내 정당한 사유없이 매각하였다는 이유로 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 사업용재산을 감면받은 후 2년 이내에 공장설비라인 등을 건설중에 합병된 경우가 정당한 사유에 해당되는지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 조세제한특례법 제120조제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제하되 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다라고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제119조제3항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 면제받은 세액을 추징한다라고 규정하면서, 그 제1호에서 창업중소기업이 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기라고 규정하고 있고, 동법 제120조제3항에서 창업중소기업이 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다라고 규정하고 있고, 지방세법 제15조에서 법인이 합병한 때에 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금을 납부 또는 납입할 의무를 진다라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면,청구인은 자동차 및 특장차의 부품제조 판매업 등을 목적사업으로 2000.5.19. 설립하여 경영규모의 적정화와 합리화를 기하기 위하여 2005.1.6. (주)○○텍(피합병법인)을 흡수합병 하였으며 피합병법인은 2004.4.12. 이 사건 부동산 중에서 A동을 경락 취득하고, B동, C동, D동, E동을 증축한 후 조세특례제한법 제119조제3항 및 제120조제3항의 규정에 의하여 창업중소기업의 사업용재산으로 보아 취득세 등을 면제받은 사실과, 이후 공장정비 및 새로운 설비라인의 구축 등 정상적인 공장가동을 위한 건설중에 있었다는 사실은 부가가치세 신고서 등 제출된 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은자동차 및 특장차의 부품 제조판매업 등을 목적사업으로 2000.5.19. 설립하여 경영규모의 적정화와 합리화를 기하기 위하여 2005.1.6. (주)○○텍을 흡수합병 하였으며 피합병법인은 공장정비 및 증축을 하고 새로운 설비라인의 구축 등 정상적인 공장 가동을 위한 건설중에 있었고 피합병법인의 경락대금 지급은 정상적인 금전소비대차약정에 의한 것이라고 주장하고 있고, 처분청은 청구인이 피합병법인의 과점주주로써 이 사건 건축물을 취득하는데 있어서 소요되는 제반비용 등을 지급하였으며 피합병법인의 경우에도 법인설립 후 자동차부품사업 등 목적사업을 수행한 사실 없이 청구인에 합병된 점 등을 들어 이 사건 부동산을 처분한 정당한 사유로 인정 할 수 없다고 주장하고 있는 것에 대해 살펴보면, 피합병법인인 (주)○○텍의 2004년 제2기 부가가치세신고서의 매입처별세금계산서합계표, 건물등감가상각자산 취득명세서, 공장기계장치 취득내역 등을 볼 때 이 사건 부동산 취득 후 공장정비 및 새로운 설비라인 구축 등 정상적인 공장가동을 위해 건설 중에 있었다는 점이 인정되고, 청구인이 피합병법인의 경락대금을 지급하였다는 점은 청구인의 2004년도 법인장부상의 건물계정, 구축물계정, 기계장치계정, 단기차입금계정과 2004.4.12. 체결된 금전소비대차약정서로 볼 때 정상적인 금전소비대차 약정에 의해 지급된 것으로 보여지고, 이 사건 부동산 처분은 합병으로 인한 것으로써 정당한 사유에 해당되는 것이므로 처분청에서 이 사건 부동산에 대해 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005. 11. 28.

행 정 자 치 부 장 관