가. 청구법인[당초 상호는 (주)OOO이었고 2004.10.11. OOO주식회사와 합병]은 1999.6.23. OOO(주)(이하 “OOO”이라 한다)와 체결한 거래이행약정에 따라 OOO으로부터 청구법인 주식 OOO주를 OOO에 취득한 후, 2005사업연도에 위 자기주식 중 OOO주(이하 ‘쟁점주식’이라 한다)를 OOO에 처분하고 위 각 거래가액에 의하여 취득가액과 양도가액을 계산하여 그 차액을 자기주식처분손실로 회계처리하였다.

나. 감사원은2011.2.7.～2011.2.25. OOO지방국세청에 대한 감사를 실시한 후 청구법인과 OOO이 체결한 거래이행약정이 투자손익분배약정이고 이에 따라 주식취득일 현재 종가(OOO원)를 초과하여 지급한 금액은 손해배상금이므로 이를 쟁점주식 취득가액에 산입할 수 없어서 쟁점주식 양도시 관련하여 발생한 자기주식처분이익 OOO을 청구법인이 신고누락한 사실을 통보(OOO)하였다.

다.처분청은 이에 따라 위 자기주식처분이익을 익금에 산입하는 등 하여2011.3.31. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「법인세법」제41조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제72조 제1항 제1호 등에 의하면,타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액이며, 취득당시의 시가를 자산의 취득가액으로 계상하는 경우는 부당행위계산부인 등에 한정한다고 할 것인바, 청구법인은1999.12.30. 쟁점주식을 포함한 자기주식 OOO주를 OOO측으로부터 OOO원에 매입하였고 동 가액이 주식의 취득가액(주당 OOO원)이 되는 것이며, 취득 당시의 시가(주당 : OOO원)를 취득가액으로 볼만한 아무런 사정이 없다.

쟁점주식 등은 OOO측의 풋옵션 행사에 따라 취득하게 된 것으로서 그러한 경우 당해 주식의 취득가액은 일정액의 프리미엄을 포함한 재매입가액 전부로 보아야 하는 것이 과세관청의 일관된 해석(OOO)이며, 청구법인과 OOO이 1999.6.23. 체결한 거래이행약정의 실질적 내용은 주식의 주가가 OOO원 미만으로 떨어질 경우 청구법인이 이를 OOO원에 연 3%의 수수료를 합한 금액으로 매수하고 이를 초과하는 수익을 얻게 될 경우에는 초과수익상당액을 청구법인이 회수하여 결국 청구법인이 OOO에게 주식매입금액 기준 3%의 확정적 수익을 보장하는 것이지 투자손익분배를 약정한 것이 아니며, 동 약정에 따라서 OOO의 풋옵션행사에 따라서 자기주식을 취득하게 된 것이고 이를 과세관청의 유권해석이나 조세심판원의 선결정례(조심 2009중2343, 2011.6.14.)와 달리 볼 이유가 없다.

따라서,쟁점주식 취득가액은 실제로 재매입한 가액인 주당 OOO원으로 보아야 할 것이므로 이와 달리 보아 자기주식처분이익 OOO원을 익금산입하여 과세한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점약정은 청구법인과 OOO 사이의 쟁점주식을 매개로 한 투자손익분배약정이 아니고 OOO측의 풋옵션 행사에 따라 쟁점주식을 포함한 자기주식을 매입한 것이므로 그 취득가액은 1주당 OOO원이어야 한다고 주장하고 있으나,

이 건 과세와 관련한 거래이행약정에 따른 손익의 정산방식을 보면 OOO측이 동 주식을 유가증권 상장시장 내에서 보장가격보다 고가로 처분하여 이익이 발생할 경우에는 금융비용 등 제비용을 공제한 후의 이익을 청구법인과 OOO이 80%와 20%로 나누되 당초 인수가액보다 저가로 처분하여 매매손이 발생하면 금융비용 등 제비용과의 합계를 손익정산에 따른 손해배상금으로 지급하는 내용이므로 이는 단순한 풋백옵션계약이 아닌 청구법인이 OOO과 쟁점주식 등을 매개로 한 투자손익분배 약정을 체결한 경우에 해당하므로, 1999.12.30. 청구법인이 OOO측으로부터 주식(OOO주) 취득대가로 지급한 OOO원에는 당일 종가인 OOO원에 따른 매입시의 양수대가 OOO원 외에 원금보장 약정에 따른 손실정산 명목으로 OOO측에 추가로 지급한 손해배상금 OOO이 포함되어 있으며, 위 OOO원은 투자손익 분배 약정에 의한 손해배상금의 지급금액이므로 지급당시 당기 비용에 해당하고 「법인세법」 제41조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제72조 제1항 제1호에 규정한 매입자산의 부대비용에 해당하지 아니하다.

따라서, 청구법인이 지급한 270억원 중 17,887,981,500원은 투자손익분배약정에 따른 손해배상금의 지급금액이어서 매입자산의 부대비용에 해당하지 아니므로 동 가액을 주식의 취득가액에서 제외하고 쟁점주식 처분이익을 계산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 쟁점주식을 취득하는 과정에서 취득일 현재의 종가를 초과하여 지급한 금액을 주식취득가액으로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2008.12.26 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

(2) 법인세법 시행령(2006.2.9 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제72조【자산의 취득가액 등】① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2.자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한자산 : 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다.

4. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등 : 취득당시의 시가. 다만, 합병 또는 분할(물적 분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.

5. 제1호 내지 제4호외의 방법으로 취득한 자산 : 취득당시의 시가

(3) 국세기본법 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 감사원의 감사결과 처분요구서, 국세청장의 과세전적부심사결정서, 처분청의청구법인 차명주식 매도금액 상세명세 및 자기주식 처분이익 검토조서 등의 심리자료에 의하여 나타나는 청구법인의 쟁점주식 경위는 다음과 같다.

(가) 청구법인, OOO(주)(OOO으로부터 단기자금을 지원받은 형식적 인수 주체)는 1999.6.23. 향후 2년을 대상으로 하는 거래이행약정을 체결하고 OOO(주)로 하여금 청구법인의 유상증자 신주 OOO주를 주당 OOO원씩 OOO원에 전량 인수하게 하였다.

(나) 약정시 청구법인은 유상증자 시 OOO측의 주식 인수가액 OOO의 원금을 보장하되 약정기간(1999.6.23.∼2001.6.22) 중 해지되는 경우에는 위 유상증자 신주를 OOO보험측이 시장을 통해 매각하거나 청구법인이 환매(풋백옵션)하기로 하였고, 당초 OOO(주)가 인수한 주식은 OOO(1999.8.2), OOO(1999.9.3)가 순차 인수하였다.

(다) OOO의 부채비율 악화우려 및 청구법인 주가하락에 따라 OOO은 1999.12.30. 당초 보유기간보다 빠르게 주식의 인수를 요구(풋백옵션 행사)하였고, 이에 따라서 청구법인은 당초 약정을 해지하면서 주식 중 OOO주를 장외에서 OOO억 원에 매입하는 형태로 환매하되, 나머지 OOO주는 OOO에서 재차 운용하면서 원금보장 및 손익을 정산하는 2차 거래이행약정을 체결하였다.

(라) 청구법인은 1999.12.30. 자기주식 OOO주를 장외에서 OOO 원에 매입하여, OOO주를 OOO에 무상증여한 후 차명관리하던 잔여주식 중 OOO주를 2004년 중 OOO원에 매각하고, 쟁점주식OOO을 2005년 중 OOO원에 양도하였다.

(마) 처분청은 쟁점주식의 주당취득가를 취득일(1999.12.30) 현재의 종가 OOO원에 의하여 OOO원으로 산정하고, 차액 OOO원을 자기주식 처분이익으로 하여 이 건 과세를 하였다.

(2) 청구법인이 쟁점주식을 취득하게 된 원인이 된 OOO, 청구법인 및 청구법인의 자회사 OOO(주)(이하 “OOO”이라 한다) 3자간 1999.6.23. 체결된 거래이행약정을 보면 다음과 같다.

(가) 거래약정의 주요한 내용은,

1) OOO은 OOO 또는 OOO이 지정하는 자를 통해 청구법인의 주식을 OOO원의 범위 내 주당 OOO원에 매입하고, 청구법인은 주식매입대금 OOO원 중 OOO원으로 OOO의 직장인파워재테크보험에 가입하며, OOO원으로 OOO을 통해 OOO의 증자에 참여하기로 하였고(제1조),

2) OOO 및 OOO은 인수한 주식을 OOO의 주식매입일(1999.6.23.)부터 2년간 보유하기로 하며, OOO이 인수한 청구법인 주식 중 OOO원은 그 보유기간 동안 매입가 이상으로 주식시장에서 매각하는 것을 원칙으로 하되, 주식매각시 그 주식매입가에 해당하는 금액의 직장인파워재테크보험을 해약하고 상호손익을 정산하고, 약정을 해지하는 경우 OOO이 보유하고 있는 청구법인의 주식을 청구법인의 요청에 의거 시장을 통해 매각하거나 청구법인 또는 청구법인이 지정하는 제3자가 환매하기로 하며(제2조),

3) 본 약정이 종료될 때 OOO은 청구법인에게 다음과 같이 손익을 정산하는 것이었다(제3조).

- 다 음 -

① 매매익 발생시 : 해약일자 환급금 + (매매이익 - 주식매매거래세 및 매매비용) × 80% - (기납입보험료를 초과하는 해약환급금 + OOO의 청구법인 주식매입금액 기준 3%의 수수료) - 소정의 금융비용

② 매매손 발생시 : 해약일자 환급금 - (매매손 + 주식매매거래세 및 매매비용) - (기납입보험료를 초과하는 해약환급금 + OOO의 청구법인 주식매입금액 기준 3%의 수수료) - 소정의 금융비용

③ OOO이 청구법인 주식을 매각하는 것이 불가능할 때에는 OOO은 청구법인의 주식시가를 0으로 하고 해약환급금으로 OOO의 손실부분을 정산

4) 이외, OOO과 OOO은 각자 보유한 주식에 대한 의결권, 배당청구권 등 주주로서의 일체의 권한을 청구법인과 OOO에게 위임하였다(제4조).

(나) 당시 OOO 재무팀 과장으로 근무하면서 청구법인의 유상증자에 관여하였던 윤OOO의 검찰진술조서(2005.9.5.)를 보면, 위 약정에 대한 검사의 질문에 윤OOO은 ① OOO은 우회적 간접적인 방법으로 청구법인의 OOO원 증자에 참여하고, 청구법인은 직장인 파워재테크보험에 OOO원을 가입하고 OOO이 요청하는 시점에 대원실업 명의로 OOO원 유상증자에 참여해주기로, OOO 명의로 청구법인이 증자하는 주식을 인수하였다가 나중에 손실이 발생되게 되면 OOO은 청구법인이 가입한 파워재테크보험을 해약하여 매매손, 주식매매거래세 및 매매비용에 충당하기로 한 것이며, ② 요약하면 OOO은 청구법인 주식을 주당 OOO원에 인수하되 2001.6.30.경 주당 주가가 OOO원에 미치지 못할 경우라도 OOO원에 인수해주고, 총액의 3%를 수수료로 지불하고 청구법인이 인수해 가는 조건이었다고 진술하였다.

(3) 감사원의 감사결과 사실통보(OOO), 감사결과처분요구서(시정요구) 등에 나타나는 이 건 과세이유는 다음과 같다.

(가) 거래이행약정 상 손익의 정산방식을 보면 OOO이 쟁점주식을 보장가격보다 고가로 처분하여 이익이 발생할 경우에는 금융비용 등 제 비용을 공제한 후의 이익을 청구법인과 OOO이 80%와 20%의 비율로 나누되 당초 인수가액보다 저가로 처분하여 매매손이 발생하면 금융비용 등 제 비용과의 합계를 청구법인이 손익정산에 따른 손해배상금으로 지급하는 내용이므로 청구법인은 OOO과 쟁점주식을 매개로 한 투자손익분배약정을 체결한 것이고,

(나) 따라서, 1999.12.30. 현재 청구법인이 쟁점약정을 조기 해지하면서 자기주식 OOO주를 OOO으로부터 장외매입 형식으로 환매하면서 지급한 OOO원에는 위 주식을 시장을 통해 당일 종가(주당 OOO원)에 매입할 때 지급하여야 할 양수대가 OOO원 외에 원금보장 약정에 따라 OOO에 추가로 지급한 손해배상금 OOO원이 포함되어 있으며, 이를 제외할 경우 환매한 자기주식 OOO주의 취득가액은 OOO원이어서 양도차익이 발생하기 때문이다.

(4) 이에 대하여 청구법인이 주장하는 내용은 다음과 같다.

(가) 주식을 양도한 이후 양수자의 풋옵션행사에 따라서 재취득하게 되는 경우 그 취득가액은 추가지급금액을 포함한 재매입가액이라는 취지의 과세관청의 유권해석(OOO)을 제시하면서 당초 청구법인이 신고한 쟁점주식 취득가액이 정당하다는 주장이다.

(나) 아울러, 거래이행약정 제3조는 ① 청구법인의 주가가 OOO원 미만으로 떨어질 경우 청구법인이 이를 OOO원+연 3%의 수수료 상당액으로 매수하여 OOO에게 연 3% 상당의 확정적 수익을 얻고, ② 주가가 OOO원 이상이 되어 OOO이 위 확정적 수익을 초과하는 수익을 얻게 될 경우에 초과수익 상당액을 청구법인이 회수하는 내용으로서 투자손익의 분배가 아니라 청구법인이 OOO에게 주식매입금액을 기준으로 한 연 3% 상당액의 확정적 수익을 보장하는 것이라는 주장이다.

(5) 한편, 청구법인이 국세청장에 제기한 과세전부심사결정서(2010.5.4.), 윤OOO의 검찰진술조서(2009.9.5.) 내용 등에 의하면,

(가) 1990년대 말 IMF관리 체제하에서 정부는 기업에게 자기자본대비 부채비율이 200% 이하가 유지되도록 권고하는 한편, 금융기관은 위 기준비율에 못 미칠 경우 대출금의 상환압력은 물론 만기연장을 거부하는 입장이었는데, 청구법인은 유상증자 전 1999.3월 현재 부채비율이 338.3%에 달해 200% 이하로 유지하지 않으면 자금운용의 위기에 처하게 되는 상황이었는데, OOO이 인수해주는 조건으로 OOO원 상당의 유상증자(입금시 부채비율이 203%로 전망)를 결정하고 동 증자대금이 입금되어 부채비율을 개선함에 따라 부도위기를 벗어나 생존하게 되었고,

(나) 당시 OOO도 7～8년간 누적결손으로 인한 지급여력비율이 낮아서 퇴출될 위기에 처했는데, 이를 막기 위하여 증자를 할 필요성이 있어서 부채비율을 낮추기 위하여 증자를 하려던 청구법인과 접촉하여 거래약정을 하게 된 것이다.

(6) 살피건대, 청구법인은 쟁점주식은 OOO측과 체결한 거래이행약정상의 풋옵션행사에 따라 취득한 것이므로 그 재매입가액이 취득가액이라는 주장이나, 동 이행약정의 기재내용 및 관련자의 검찰진술내용을 보면 청구법인은 OOO에게 주당 OOO원의 가액을 보장하되 위 보장가격보다 고가로 처분되어 이익이 발생할 경우에는 금융비용 등 제 비용을 공제한 후의 이익을 청구법인과 OOO이 80%와 20%의 비율로 나누며, 이보다 낮은 가액으로 처분할 경우에도매매손에 금융비용 등을 포함한 가액을 청구법인이 지급하기로 하였으며, 이러한 내용의 약정을 체결하게 된 것은 당시 청구법인이 부채비율을 낮출 필요가 있어서 형식상 증자라는 형식을 취하였으나 이는 사실상 자금대여의 성격을 가지고 있었다고 보여지고 그 자금대여의 결과에 따라 발생하는 수익을 사전에 약정한 것으로 판단된다.

따라서, 청구법인이 동 이행약정에 따라서 쟁점주식을 장외에서 환매하는 과정에서 취득일 현재의 종가를 초과하여 지급한 금액은 주식의 취득가액이라기 보다는 청구법인이 대여받은 자금에 대한 투자결과(손해발생)에 따른 손해배상금이라 보는 것이 보다 합리적이라고할 것이므로 이를 쟁점주식 취득가액에 포함할 수 없다고 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.