가. 청구인은 2006.4.13. OOO 답 1,578㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 경작하다가 2008.7.28. OOO에 양도(수용)하고 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 2008.10.13. 양도소득과세표준 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 3년 미만의 기간 동안 보유하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 2014.4.10. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실 가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2014.4.22. 이의신청을 거쳐 2014.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다.

「조세특례제한법」 제70조 및 같은 법 시행령 제67조 제3항에 따른 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 중 “3년 이상 종전의 농지 소재지에 거주하면서 경작한 자”라 함은 종전농지를 3년 이상 보유하여야 한다는 명문규정이 없는 점에 비추어 ‘종전농지의 보유기간이 3년 이상이라 하더라도 농지소재지에서 3년 이상 거주하지 않은 자’는 감면대상이 아니나, ‘종전농지의 보유기간이 3년 미만이라 하더라도 종전농지의 소재지에서 종전농지 이외의 농지를 경작하면서 3년 이상 거주한 자’는 감면대상에 해당한다고 보아야 하고, 같은 법 시행령 제67조 제4항에서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다고 규정한 입법취지에 비추어 종전의 농지도 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 유추해석하는 것이 합리적이므로, 쟁점토지 소재지에서 3년 이상 거주하면서 경작하였다면 쟁점토지를 3년 이상 보유·경작하지 아니하였다고 하더라도 농지대토에 의한 양도소득세 감면대상이라고 보아야 한다.

(2) 쟁점토지의 양도(수용)에 대한 양도소득세 부과제척기간이 지났으므로 양도소득세를 부과할 수 없다.

처분청은 쟁점토지의 양도소득세 부과제척기간의 기산일을 양도소득과세표준 확정신고기한(과세기간의 다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지)의 다음날인 2009.6.1.로 보았으나, 쟁점토지는 양도소득과세표준 확정신고 대상이 아니므로 2009.6.1.을 양도소득세 부과제척기간의 기산일로 볼 수 없다.

쟁점토지의 양도소득세 부과제척기간의 기산일은 양도소득과세표준 예정신고기한(양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내인 2008.9.30.)의 다음날인 2008.10.1.이며, 이 건 처분일이 위 기산일로부터 5년이 되는 날인 2013.9.30.을 경과하여 양도소득세를 부과할 수 없다고 할 것이다.

또한, 「조세특례제한법」 또는 「민법」상 소멸시효의 기산일은 양도소득과세표준 예정신고 마감일 다음날인 2008.10.1.로 보아야 하므로, 2013.9.30. 소멸시효가 완성된 것으로 보아야 한다.

(3) 청구인은 세무서 직원의 안내에 따라 2008.10.8. 양도소득과세표준 예정신고를 하고 확정신고 기간 전인 2008.10.13. 양도소득세를 납부하였으므로, 납부일로부터 5년 5개월이 경과한 2014.4.10. 청구인에게 납부불성실 가산세까지 적용하여 양도소득세를 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 3년 이상 종전의 농지소재지에서 거주하면서 경작한 자가 종전농지의 양도일로부터 1년 이내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 경작한 경우에는 감면요건에 해당되나, 쟁점토지는 3년 이상 재촌자경한 농지가 아니므로 농지대토 감면대상에 해당하지 아니한다.

(2) 국세부과의 제척기간은 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간이고, 국세를 부과할 수 있는 날은 과세표준신고기한(예정신고기한은 과세표준신고기한에 포함하지 아니함)의 다음날이므로, 이 건 양도소득세 부과처분은 국세부과제척기간 내의 적법한 처분이다.

(3) 세무공무원의 상담안내는 단순한 상담 내지 안내수준의 서비스일 뿐 이를 과세관청의 공식적인 견해표명으로 볼 수 없으므로 청구인이 세무공무원의 상담안내를 받아 양도소득세를 과소신고하였다고 하더라도 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점토지가 농지대토에 대한 감면대상에 해당하는지 여부

(2) 이 건 양도소득세 부과처분이 국세부과의 제척기간을 경과한 처분인지 여부

(3) 세무서 직원의 안내에 따라 양도소득세를 신고·납부한 것이 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】 ①법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 거주자"라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것

나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

④ 제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

(3) 국세기본법(2013.1.1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것)

제26조의2【국세 부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

⑤ 제1항 각 호에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

제48조【가산세 감면 등】 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(4) 국세기본법 시행령

제12조의3【국세 부과 제척기간의 기산일】 ① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세( 「종합부동산세법」 제16조제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

(5) 소득세법

제105조【양도소득과세표준 예정신고】 ① 제94조 제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.

제110조【양도소득과세표준 확정신고】 ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 확정신고를 하는 경우 그 신고서에 양도소득금액 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비 계산에 필요한 서류로서 대통령령으로 정하는 것을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 납세지 관할 세무서장은 제5항에 따라 제출된 신고서나 그 밖의 서류에 미비한 사항 또는 오류가 있는 경우에는 그 보정을 요구할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면, 청구인은 2006.4.13. 쟁점토지를 취득하여 보유하다가 2008.7.28. 쟁점토지를 포함한 같은 곳의 다른 농지(8필지) 등을 OOO에 양도(수용)하고, 2008.10.8. 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액으로 하여 다음과 같이 양도소득세 신고를 한 것으로 나타난다.

<표1> 양도소득세 신고내역

(2) 농지원부, 주민등록표 등에 따르면, 청구인은 1969.1.30. OOO에 전입한 이후 심리일 현재까지 거주(1986.6.5.부터 1987.9.30.까지는 같은 군 OOO에 주소지를 이전)하고 있고, 쟁점토지의 양도(수용)일 이후 아래의 농지를 취득한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 양도부동산 10필지 중 9필지는 신고내용을 인정하였으나, 쟁점토지에 대하여는 3년 미만의 기간동안 보유하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 감면적용(양도소득세의 100%)을 배제하고 공익사업용 토지에 대한 감면(양도소득세의 10%)을 적용하여 2014.4.10. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원(양도소득세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원)을 경정·고지하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 청구인은 쟁점토지가 농지대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 주장하나, 「조세특례제한법 시행령」 제67조 제3항 제1호의 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 중 ‘3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자’는 종전농지를 3년 이상 보유하면서 경작하는 것을 의미한다 할 것인 바(조심 2010중3313, 2010.12.16. 같은 뜻임), 청구인은 쟁점토지를 2006.4.13. 취득하여 약 2년 3개월간 보유 및 경작하다가 2008.7.28. 양도(수용)하였으므로 종전농지를 3년 이상 보유하면서 경작한 자에 해당하지 아니하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보인다.

(나) 청구인은 이 건 과세처분은 국세부과의 제척기간이 도과된 후의 처분이어서 부당하다고 주장하나, 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제3호는 국세부과의 제척기간을 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 ‘중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.’라고 규정하고 있는바, 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 부과제척기간의 기산일은 「소득세법」 제110조 제1항에 따른 과세표준신고기한(과세기간의 다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지)의 다음날인 2009.6.1.이고, 이로부터 5년이 경과하기 전인 2014.4.10. 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 것은 국세부과의 제척기간내의 적법한 처분으로 판단된다.

(다) 청구인은 세무서 직원의 안내에 따라 이 건 양도소득세를 신고·납부하였으므로 납부불성실가산세까지 가산하여 양도소득세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 세무공무원의 상담안내는 단순한 서비스의 한 방법일 뿐 이를 과세관청의 공식적인 견해표명으로 볼 수 없고, 납부불성실가산세는 양도소득세 납부의무해태에 대한 제재적 성격 외에도 지연납부에 따른 이자의 성격도 포함되어 있다고 할 수 있으므로 납부불성실가산세를 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

(라) 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도(수용)에 대하여 농지대토에 따른 감면을 적용하지 아니하고 납부불성실가산세를 가산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.