가. 청구법인은 2013.9.4. 설립되어 산업폐기물 및 지정폐기물에 대한 운반, 처리 및 소각사업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2013.11.12. OOO 주식회사(당시 청구법인의 발행주식 100%를 소유, 이하 “OOO”라 한다)에게 OOO원의 후순위 전환사채(만기의 장기성, 이자지급의 임의성 등의 성격으로 부채와 자본의 중간적 성격을 갖는 신종자본증권, 이하 “쟁점신종자본증권”이라 한다)를 발행하면서 OOO(OOO의 약어로 ‘법인세ㆍ이자ㆍ감가상각비 차감전 영업이익’을 의미함)에 연동한 변동이자율로 이자를 지급하기로 약정한 후, 2014사업연도부터 2018사업연도까지 OOO 등(당시 OOO 발행주식의 96.9%를 보유하고 있던 OOO 유한회사가 2016.8.29. 쟁점신종자본증권을 전부 양수하였음)에게 이자명목으로 합계 OOO원(연평균 이자율 10.54%에 해당하는 금액)을 지급하고 전액을 손금산입하여 각 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.4.3.부터 2019.5.17.까지 청구법인에 대한 법인통합조사(이하 “이 사건 당초조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구법인이 2016사업연도부터 2018사업연도까지 특수관계법인들인 OOO 등에게 쟁점신종자본증권에 대한 이자를 과다지급한 것으로 보아 당좌대출이자율(4.6%∼6.9%)을 초과하여 지급한 이자 합계 OOO원이 「법인세법」제52조 제1항에 따른 부당행위계산부인 대상이라는 조사결과를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2019.7.4. 청구법인에게 2016사업연도부터 2018사업연도까지 법인세 합계 OOO원(2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원, 2018사업연도 OOO원)을 경정ㆍ고지(이하 “이 사건 당초처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.23. 심판청구(이하 “이 사건 당초심판청구”라 한다)를 제기하였고, 이에 대하여 우리 원은 2020.2.10. 쟁점신종자본증권의 적정이자율(시가)을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 내용의 재조사결정(이하 “이 사건 재조사결정”이라 한다)을 하였다.

라. 조사청은 2020.3.6.부터 2020.5.8.까지 쟁점신종자본증권의 적정이자율에 대한 재조사(이하 “이 사건 재조사”라 한다)를 한 결과, 쟁점신종자본증권의 적정이자율이 7.317%라고 보아 2020.5.22. 청구법인에게 2016사업연도부터 2018사업연도까지 법인세 합계 OOO원을 감액한다는 내용의 재조사결과(이하 “이 사건 재조사결과”라 한다)를 통지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대법원은 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율의 시가를 과세관청이 증명하여야 하여야 한다OOO는 입장인데, 조사청은 쟁점신종자본증권의 적정이자율을 계산하면서 해당 증권의 신용등급을 ‘A+’로 산정한 구체적 근거를 제시하지 못하고 있고 후순위 위험프리엄 또한 정확하게 반영하고 있지 못한 오류를 범하고 있으므로 이 사건 재조사결과가 정당하다고 볼 수 없다.

(2) 대법원은 주식거래가 비록 특수관계에 있는 자와의 거래라고 하더라도 제반 사정을 고려하여 객관적 교환가치가 반영된 정상적인 거래가격이라면 그 가액을 시가로 볼 수 있다OOO는 입장인데, 쟁점신종자본증권과 동일한 유형의 신종자본증권을 발행한 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다) 역시 채권자에게 연평균 이자율 11.52% 상당의 이자를 지급하였고, 이 사건 재조사결정 이후 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 쟁점신종자본증권의 적정이자율이 11.0203%라는 감정평가를 받았으므로 청구법인이 연평균 이자율 10.54%로 이자를 지급하였다고 하여 적정이자율 대비 과다하게 지급한 것이라고 볼 수 없고, 따라서 이 사건 당초처분을 전부 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 조세심판원은 청구법인의 이 사건 당초심판청구에 대하여 쟁점신종자본증권과 동일하거나 유사한 조건으로 발행된 신종자본증권의 시가가 존재하는지 여부, 쟁점신종자본증권 발행시점에 적정이자율과 관련한 외부기관의 평가액이 존재하는지 여부, 쟁점신종자본증권의 발행시점에 공시된 신용등급별 무보증 사모사채 기준이자율에 위험프리미엄을 가산하는 방법 등을 고려하여 쟁점신종자본증권의 적정이자율을 재조사하라고 결정하였고, 이에 따라 조사청은 이 사건 재조사를 한 결과 적정이자율에 대한 매매사례가액 및 외부기관의 적정이자율에 대한 평가를 찾을 수 없어 학계와 신용평가기관의 조언을 바탕으로 청구법인이 2013년 경 신용평가기관인 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 신용평가등급을 ‘AA-’로 받은 사실에 따라 기준수익율을 산정하고 여기에 후순위 위험프리미엄 및 만기 위험프리미엄을 가산하여 쟁점신종자본증권의 적정이자율을 7.317%로 도출하였다.

(2) 쟁점신종자본증권과 OOO가 발행한 신종자본증권은 모두 OOO투자전문회사(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제249조의10에 따른 경영참여형 사모집합투자기구로 이하 “쟁점사모펀드”라 한다)가 투자한 회사에게 발행한 것으로 결국 쟁점사모펀드의 사업목적을 위해 발행되었다는 동일한 배경을 가지고 있으므로 OOO가 지급한 이자율이 시가라고 할 수 없고, OOO이 한 시가평가는 소급감정이고 위 법인은 채권평가에 전문성이 없는 감정평가법인에 불과하므로 평가결과를 신뢰하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점신종자본증권의 적정이자율을 7.317%로 보고 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)

제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 "가중평균차입이자율"이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 "당좌대출이자율"이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

1의2. 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우 등 기획재정부령으로 정하는 경우 : 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다.

2. 해당 법인이 법 제60조에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우 : 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 사건 재조사결정의 결정서, OOO의 OOO보고서, OOO의 감정평가보고서 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점신종자본증권의 발행경위는 다음과 같다.

1) 쟁점사모펀드는 투자목적회사인 OOO 유한회사(이하 “OOO”이라 한다)를 통하여 2013.4.4. OOO의 지분 96.9%를 인수하였고, OOO는 2013.9.4. 청구법인을 설립(지분 100% 보유)하였다.

2) 청구법인은 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)의 OOO소각장을 인수하는데 필요한 인수자금을 마련하기 위하여 2013.11.12. OOO와 ‘제1회 사모 전환사채 발행계약서’를 작성ㆍ체결하고 쟁점신종자본증권을 발행하였는데, 위 계약서(아래 ＜표1＞ 참조)에 따르면 쟁점신종자본증권의 발행금액은 OOO원(권면금액), 만기는 30년(연장가능), 지급이자는 1년에 2차례에 걸쳐 청구법인의 OOO에 연동된 변동이자율에 따라 정한다고 규정하고 있다.

OOO

3) 쟁점사모펀드는 OOO으로 하여금 2016.8.29. OOO가 보유하고 있는 청구법인의 지분 및 쟁점신종자본증권 전부를 양수하도록 하였고, 2019.1.31. 쟁점신종자본증권 전부에 대하여 주식전환권을 행사하게 한 후 2019.2.25. OOO 주식회사에게 청구법인 발행주식 100%를 양도하였다.

(나) 이 사건 당초처분 및 이 사건 재조사결정의 내용은 다음과 같다.

1) 청구법인은 2014년부터 2018년까지 OOO 및 OOO에게 위 ＜표1＞의 이자율 지급조건에 따라 계산한 이자 합계 OOO원(아래 ＜표2＞ 참조)을 지급하였다.

OOO

2) 조사청은 이 사건 당초조사 당시 당좌대출이자율을 쟁점신종자본증권의 적정이자율로 보아 이를 초과하여 지급된 금액OOO이 부당행위계산부인 대상이라는 조사결과를 통보하였고, 이에 따라 처분청이 이 사건 당초처분을 하였다.

3) 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.23. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 아래 ＜표3＞과 같은 내용으로 쟁점신종자본증권의 적정이자율(시가)을 재조사하라는 결정을 하였다.

OOO

(다) 조사청은 이 사건 재조사결정에 따라 ‘신용등급별 무보증 사모사채 기준이자율에 위험프리미엄을 가산하는 방법’을 사용하여 쟁점신종자본증권의 적정이자율을 7.317%로 결정하였는데 그 구체적인 산출내역은 다음과 같다.

1) 조사청은 청구법인이 2013년 12월 경 신용평가기관인 OOO로부터 신용등급을 ‘AA-’로 평가받은 사실, 조달청으로부터 청구법인의 신용평가등급이 ‘AA-’라고 회신받은 사실, OOO의 2013년 경 보고서 상 청구법인이 인수한 OOO의 신용등급이 ‘A+’라고 되어 있었던 사실 등을 근거로 쟁점신종자본증권의 발행 당시 청구법인의 신용등급을 ‘A+’라고 판단하였다.

2) 조사청은 쟁점신종자본증권의 발행 당시 청구법인의 신용등급을 ‘A+’로 결정한 후, 쟁점신종자본증권의 후순위성에 따른 위험프리미엄을 반영하기 위하여 쟁점신종자본증권의 신용등급을 청구법인의 신용등급 ‘A+’에서 두 단계 낮은 ‘A-’ 등급으로 정하고 신용등급 ‘A-’의 10년 만기 무보증 사모사채 이자율(6.738%)을 적정이자율 산정을 위한 기준이자율로 결정하였다.

3) 조사청은 만기 위험프리미엄을 반영하기 위하여 10년 만기 국채 수익률(3.590%)과 30년 만기 국채 수익률(3.9%)의 비율(1.086)을 위 기준이자율에 곱하는 방식(7.317% = 6.373% × 1.086)으로 쟁점신종자본증권의 적정이자율을 결정하였다.

(라) 청구법인은 조사청이 쟁점신종자본증권의 적정이자율을 7.317%로 결정한 것이 부당하다고 주장하고 있는데, 그 구체적인 내용은 다음과 같다.

1) 청구법인은 OOO이 2013년 12월 경 청구법인에 관하여 작성한 OOO보고서가 공공기관 적격심사용 등 상거래를 위한 신용능력 평가시에만 참고자료로 사용될 수 있을 뿐 유가증권 발행 등 기타용도로는 사용될 수 없는 것이므로 이를 근거로 쟁점신종자본증권의 적정이자율을 산정하는 것은 부당하고, 기업신용조사ㆍ평가 기관이 OOO㈜가 아래 ＜표4＞와 같이 청구법인의 신용등급을 ‘BB-’로 평가하였으므로 이를 근거로 쟁점신종자본증권의 신용등급 및 적정이자율을 산정하여야 한다고 주장한다.

OOO

2) 청구법인은 후순위 위험프리미엄을 반영하기 위하여 조사청이 사용한 방식은 근거가 없는 것이고, 채권손실가능성 등을 고려하지 않고 막연히 30년 만기 국채수익률과 10년 만기 국채수익률의 비율차이만을 반영한 것은 위험프리미엄을 과소반영한 것이라고 주장한다.

(마) 또한, 청구법인은 다음과 같은 이유에서 쟁점신종자본증권의 적정이자율이 9.922%∼11.52%사이라고 주장한다.

1) 청구법인은 조사청의 방식에 따르더라도 아래 ＜표5＞과 같이 쟁점신종자본증권의 적정이자율이 9.922%∼10.908%라고 주장한다.

OOO

2) 청구법인은 OOO(투자자산운용업을 영위하기 위하여 설립된 유한회사)가 운용하고 있는 사모펀드의 피투자회사들이 쟁점신종자본증권과 동일한 형태의 신종자본증권을 발행하고 있고, 특히 위 피투자회사들 중 OOO는 아래 ＜표6＞과 같이 청구법인과 설립연도, 신종자본증권발행규모 및 발행연도, 업종, 자산규모 등에서 가장 유사한 기업인데, OOO가 연평균이자율 11.52%로 신종자본증권에 대한 이자를 지급하였으므로 청구법인이 쟁점신종자본증권에 대하여 OOO 등에게 연평균이자율 10.54%의 이자를 지급한 것이 과다하지 않다고 주장한다.

OOO

3) 청구법인은 이 사건 재조사결정 이후 OOO로부터 쟁점신종자본증권의 적정이자율이 11.0203%이라는 평가를 받았다고 주장하면서, 위 평가보고서(아래 ＜표7＞ 참조)를 제출하였음

OOO

(바) 한편, OOO㈜의 보고서 등에 따르면 신용평가기관들은 원칙적으로 신종자본증권의 신용등급을 기업신용등급 대비 2단계 하향하여 평가하고 있는 것으로 보이고, 실제로 OOO㈜OOO의 회사채 및 쟁점신종자본증권에 대한 신용평가등급을 보면 신종자본증권의 경우 선순위 회사채 대비 2∼3단계 낮은 등급을 부여하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「법인세법」 제52조 제2항은 같은 조 제1항에 따른 부당행위계산의 부인을 적용함에 있어서 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율 기타 이에 준하는 것을 포함한다)인 시가를 기준으로 한다고 규정하고 있고, 위 조항의 위임에 따라 시가의 범위 등에 관하여 규정한 같은 법 시행령 제89조 제2항은 시가가 불분명한 경우 감정평가액 또는 「상속세 및 증여세법」에서 규정한 보충적 평가방법에 의한 가격을 따르도록 규정하면서도, 같은 조 제3항은 “금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 가중평균차입이자율이나 당좌대출이자율을 시가로 한다”고 규정하고 있다.

(나) 위 「법인세법 시행령」제89조 제3항의 규정은 이자율이 채무액, 채무의 만기, 채무의 보증 여부, 채무자의 신용 정도 등 여러가지 사정에 따라 달라질 수 있으므로 실제로 거래한 이자율이 부당행위계산에 해당하여 부인할 수 있는지 판단하기 어렵다는 점을 고려하여 마련된 것으로 보이지만 부당행위계산의 부인을 둔 취지나 「법인세법」제52조 제2항 등에 의하면 이자율의 시가 역시 일반적이고 정상적인 금전거래에서 형성될 수 있는 객관적이고 합리적인 것이어야 하므로 위 조항이 정한 당좌대출이자율 등을 시가로 볼 수 없는 사정이 인정된다면 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있을 것이고 다만 그에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다고 할 것이다OOO

(다) 이러한 법리에 비추어보면, 청구법인은 이 사건 재조사결정에 따라 조사청이 쟁점신종자본증권의 적정이자율(시가)을 산정한 방식 등이 부당하다고 주장하고 있으나, 조사청이 OOO의 2013년 12월경 보고서 및 조달청의 청구법인에 대한 신용평가등급 등을 근거로 쟁점신종자본증권 발행 당시 청구법인의 신용등급을 ‘A+’로 결정한 것이 특별히 부당하다고 보이지 않고(청구법인이 제시하고 있는 OOO㈜의 평가등급은 신고된 재무제표만을 기준으로 한 모형등급으로 신용평가기관이 비재무적 사항까지 고려하여 평가한 평가등급에 비하여 신뢰성이 높다고 보이지 않는다), 신용평가기관들이 일반적으로 신종자본증권에 대한 평가와 관련하여 발행회사의 신용등급에서 1∼2단계 낮은 등급을 부여하는 방식으로 후순위에 따른 위험프리미엄을 반영하고 있으므로 조사청이 청구법인의 신용등급에서 2단계 낮은 등급을 쟁점신종자본증권의 등급으로 결정한 것 또한 특별히 부당하다고 보이지 않는 반면, OOO가 발행한 신종자본증권은 쟁점사모펀드의 방침에 따라 쟁점사모펀드가 투자한 회사를 상대로 발행한 것이고 쟁점신종자본증권 역시 결국 쟁점사모펀드의 방침에 따라 발행된 특수한 사정을 감안하면 OOO가 신종자본증권에 대하여 지급한 이자를 쟁점신종자본증권의 시가라고 보기 어렵고, OOO의 쟁점신종자본증권에 대한 감정평가보고서는 청구법인의 신용평가등급 등에 대한 구체적 근거를 제시하고 있지 못하고 단순히 청구법인의 주장을 반영하여 작성된 것으로 보이는 바, 비합리적이고 주관적인 방식으로 쟁점신종자본증권의 적정이자율(시가)이 산정되었다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.