가. 원고는 반도체소자 제조 및 판매 등을 영위하는 법인으로, 중화인민공화국(이하 ‘중국’이라 한다)에서 2006년경 SK hynix Semiconductor (shanghai) Co.,Ltd.(이하 ‘HSCS'라 약칭한다)의 지분 100%를 취득하였고, 2009년경 지분 45%를 투자하여 Hitech Semiconductor(Wuxi) Co.,Ltd.(이하 ’HITECH‘라 약칭하고, 이하 위 두 회사를 합하여 ’이 사건 자회사‘라 한다)를 설립하였다.

나. 원고는 이 사건 자회사로부터 2008. 1. 1. 이후 발생한 잉여금을 재원으로 하여 2009 사업연도에 4,153,956,018원, 2011 사업연도에 8,838,075,118원, 2012 사업연도에 17,804,092,760원, 2013 사업연도에 15,032,637,394원의 배당금(이하 ‘이 사건 배당금’이라 한다)을 각 수령하고, 이 사건 자회사가 원천징수하여 중국에 납부한 이 사건 배당금의 5% 상당 금액을 ‘직접외국납부세액’으로 공제하여 피고에게 2009, 2011 내지 2013 사업연도 법인세를 신고납부하였다.

다. 원고는 2015. 1. 5. 피고에게, ‘대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정’(이하 ‘이 사건 조약’이라 한다) 제23조 제3항 및 이를 대체하는 ‘대한민국과 중화인민공화국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정의 제2의정서’(이하 ‘이 사건 의정서’라 한다) 제5조 제1항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따르면 이 사건 배당금에 대한 5% 상당액을 간주외국납부세액으로 추가 공제하여야 한다고 주장하면서, 2009 사업연도 귀속 법인세 415,395,602원, 2011 사업연도 귀속 법인세 441,903,752원, 2012 사업연도 귀속 법인세 890,204,631원, 2013 사업연도 귀속 법인세 713,193,473원 합계 2,460,697,458원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구 이하 '이 사건...