가. 청구법인은 2016년 제1기∼2017년 제1기 부가가치세 신고시 (주)OOO 및 (주)OOO(이하 “쟁점매출처”라고 한다)에 고비철을 매출하였다는 내용의 매출세금계산서 합계 OOO원(이하, “쟁점매출세금계산서”라 한다)을 교부하고 그 공급가액을 과세표준에 산입하였다.

청구법인은 같은 과세기간 중 (주)OOO, (주)OOO, OOO(이OOO) 및 (주)OOO(이하, “쟁점매입처”라 하고, 쟁점매출처와 통칭하여 “쟁점거래처”라 한다)로부터 고비철을 매입하였다는 매입세금계산서 합계 OOO원(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다. 이하, 쟁점매출세금계산서와 쟁점매입세금계산서를 통칭하여 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하고 관련 매입세액을 공제하였으며, 2016.12.2. 이후에는 「조세특례제한법」제106조의9(스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례)에 따라 쟁점매출세금계산서와 관련된 거래대금 및 부가가치세는 쟁점매출처의 스크랩등거래계좌에 지급하고, 쟁점매입세금계산서와 관련한 거래대금 및 부가가치세는 청구법인의 스크랩등거래계좌로 입금받았다.

OOO

나. OOO지방국세청장(이하, “조사관서”라 한다)은 2017.10.16.～2017.12.22. 청구법인의 부가가치세에 대한 세무조사를 실시하고, 청구법인은 고비철 거래에 있어 매입 없이 매출만을 발생시키는 이른바 폭탄업체와 고비철을 최종적으로 소비하는 제련업체의 사이에서 쟁점매출세금계산서와 쟁점매입세금계산서만을 교부하거나 수취하는 이른바 간판업체의 역할을 하였으며 「조세범처벌법」위반 혐의를 받은 (주)OOO이 직권폐업된 후 그 역할을 이어서 대행하였다고 보아 쟁점세금계산서가 가공의 세금계산서에 해당한다는 내용의 세무조사 결과를 처분청에 통보하였다.

이에 처분청은 쟁점매출세금계산서의 공급가액을 과세표준에서, 쟁점매입세금계산서의 매입세액을 공제세액에서 제외하고 쟁점세금계산서와 관련하여 「부가가치세법」제60조 제3항에 따른 가산세(이하, “세금계산서발급수취가산세”라 한다)와 신고․납부불성실가산세를 포함하여 2018.1.11. 2016년 제1기～2017년 제1기 부가가치세 합계 OOO원(2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원 및 2017년 제1기분 OOO원)을, 같은 날 쟁점매입세금계산서 중 (주)OOO으로부터 교부받은 매입세금계산서 OOO원과 관련하여 청구법인이 재화 또는 용역을 공급받고 사실과 다른 증명서류를 받은 것으로 보아 「법인세법」제76조 제5항에 따른 가산세(이하, “증빙수취관련가산세”라 한다)를 부과하여 2016사업연도 법인세 OOO원(이하, “쟁점법인세처분”이라 한다)을 경정․고지처분(이하, 쟁점부가가치세처분과 쟁점법인세 처분을 합하여 “쟁점처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점세금계산서 관련거래는 사실에 부합하는 정상거래이므로 과세처분을 취소하여야 한다.

(가) 처분청은 쟁점매입처가 매출세금계산서를 작성·교부하고 관련 부가가치세 상당액을 납부하지 않는채 폐업하는 수법으로 부가가치세를 탈루하는 이른바 ‘폭탄업체’라는 전제 하에 그들로부터 매입한 비철스크랩의 매입을 부인하고 그에 따른 매출도 부인하였으나 과거 스크랩시장에서 폭탄업체를 매개로 하는 부가가치세 탈루행위가 성행하여 이를 방지하기 위하여 2015.12.15. 법률 제13560호로 신설되어 2016.1.1.부터 시행된 「조세특례제한법」제106조의9 ‘스크랩 등에 대한 부가가치세 매입세액 특례’ 규정에 따라 그 매입자가 부가가치세를 신고·납부토록하여 부가가치세 탈루가 불가능하게 되어 폭탄업체를 이용한 부가가치세 탈루행위는 이루어질 수 없게 되었다.

따라서 위 규정이 시행된 2016.1.1. 이후에 이루어진 이 건 거래에 대하여 폭탄업체를 이용한 부가가치세 탈루가 만연하던 시기와 동일하게 취급하는 것은 부당하고, 어떤 거래가 폭탄업체를 이용한 거래에 해당한다고 한다면 이는 과세관청이 그 사실을 입증하여야 할 것이다.

(나) 청구법인은 지역경제에서 중추적 역할을 담당하면서 독자적 노력으로 비철스크랩을 가공하는 기술을 보유하고 있고, 1,909㎡의 야적장을 임차보증금 OOO원과 임차료 월 OOO원에 임차하여 사업장으로 사용하고 있고, 스크랩 상하차 등의 목적으로 OOO원에 매입한 집게차, OOO원에 매입한 포크레인, 계근대 등 시설을 보유하고 있으며, 직원 2명 등과 대표이사 급여 등으로 월 약 OOO원〜OOO원의 인건비와 차량 등 유류비로 약 OOO원〜OOO원을 지출하는 등 월 지출경비가 약 OOO원〜OOO원에 달하는 바, 청구법인이 자료상이라면 이러한 고액의 경비를 실제 지출할 리가 없고 무엇보다 청구법인은 실제 사업을 영위하면서 부가가치세와 법인세를 신고·납부하였다.

또한 청구법인은 무질서한 비철스크랩 시장에서 엄격한 구매절차를 거쳐 비철스크랩을 매입하고 있다. 쟁점매입처와 거래를 시작할 때에는 관할세무서 담당자와의 사전 논의하고 주로 법인업체와 거래하였으며 구매매뉴얼을 작성하고 이에 따라 거래개시시에 청구법인의 구매팀에서 구매관리규정에 따라 대표자의 직접 방문을 요구하고 대표자의 방문시 대표자의 인감증명서 등 관련서류의 제출 및 사진촬영을 요구하였으며, 청구법인의 담당직원이 거래처의 일반사업자 여부를 확인하고 현장 확인 등 자체심사를 거쳐 물품공급계약서를 작성하고 거래를 시작하였다. 거래 과정에서도 입고 당시 운송차량의 정보, 중량 및 계근시간 등이 기재된 계근표를 작성, 관리하였고, 이를 거래처에 팩스로 통보한 후 이의가 없을 시에만 하역하고 이에 따라 매입세금계산서를 교부받고 스크랩등거래계좌에 그 대금을 입금하였으며, 그 이후에도 불시에 현장방문을 실시한바, 이러한 과정은 쟁점매출처에 대하여도 동일하게 실시하였다.

(다) 처분청은 쟁점매입처가 모두 자료상으로 확정되거나 청구법인이 전자세금계산서 발행시 사용한 컴퓨터의 IP주소가 쟁점거래처의 것과 같다는 등의 이유를 들어 쟁점세금계산서를 모두 사실과 다른 세금계산서로 보았으나 이는 아래의 사정에 비추어 사실과 다르다.

1) 쟁점매입처 중 OOO(주)는 1,000여평의 사업장을 월 OOO원의 임대료를 지급하고 임차하였고, 스크랩운반차량을 매입하여 실제 운행하였으며 위 사업장에서 스크랩 운반을 위한 압축시설을 월 평균 3,385kwh(전기료 약 OOO원 상당)의 전기를 사용하여 가동하는 등 사업을 위해 매월 OOO원 이상의 비용을 지출해 왔으며, 폐기물처리 위반사건으로 벌금을 부과 받은 적이 있는 등 사업을 영위한 증거가 충분하여 폭탄업체의 특성이 없이 오히려 실제 사업을 영위한 명백한 제반 증거가 있음에도 처분청은 OOO(주)이 폭탄업체에 해당한다는 입증을 제시하지 않은채 자의적으로 폭탄업체에 해당한다고 판단하였다. 한편 처분청은 OOO(주)를 「조세범처벌법」위반 혐의로 고발하여 현재 검찰이 수사 중이나 화성경찰서장로부터 이미 ‘혐의없음’으로 통보 받은 바 있다.

2) 쟁점거래처중 ㈜OOO은 한때 OOO 등지에서 스크랩 거래를 활발하게 하였으나 거래처의 부도로 사업을 지속하지 못한 사업자로 처분청은 청구법인과 ㈜OOO이 같은 IP주소의 컴퓨터로 세금계산서를 발급하고 대금을 이체하여 자료상에 해당한다고 보았으나, 청구법인이 위 컴퓨터를 이용한 기간은 2016년 10월∼2017년 3월 약 5개월로 ㈜OOO이 거래처 부도로 매입자금이 필요하자 ㈜OOO 대표자 정OOO가 청구법인 대표이사 서OOO에게 자금대여를 요청하여 2016.7.4. 개인자금 OOO원을 대여하였는데 ‘서OOO이 ㈜OOO 소유의 시설 집기 등을 매수하였다가 대여금을 회수하면 이를 반환하는 것’이 그 대여조건으로 그 기간 중 사용수익권은 서OOO에게 있다고 보는 것이 타당하고 청구법인이 위 컴퓨터를 사용하였다고 하여 자료상으로 판단하는 것은 억측에 불과하다.

처분청은 마치 청구법인과 쟁점매입처 중 ㈜OOO과 OOO(주)이 마치 하나의 실체인 것처럼 의심하고 있으나 청구법인과 정OOO가 경영한 ㈜OOO과 OOO(주)의 사업기간은 서로 겹치고 있어 경쟁관계에 있는 사업자를 하나의 실체로 의심하는지 알 수 없다. 비록 ㈜OOO과 ㈜OOO을 운영하던 정OOO와 청구법인 대표이사 서OOO은 금전거래가 있는 지인관계이나 이는 서OOO이 부친이 경영하던 OOO(주)를 퇴직하고 사업을 모색하던 중 정OOO를 일시적으로 도와준 적은 있으나 서OOO이 사업을 시작한 이후에는 사업상 경쟁관계를 유지하면서 사업을 영위하였다.

또한 처분청은 정OOO가 이용하던 스크랩 운수업체가 그 매출처가 유사하다는 이유로 청구법인이 정OOO가 운영하던 회사의 후신으로 의심하고 있으나, 이는 청구법인이 취급하던 거래품목이 스크랩 중 ‘스텐’ 계열인 것에 따른 것이지 청구법인과 정OOO가 경영한 회사들은 각각 독립적으로 사업을 영위하였다. 한편 OOO세무서장은 ㈜OOO 대표이사 정OOO를 자료상 행위자로 보아 「조세범처벌법」위반 혐의로 고발하였으나 OOO지방검찰청 순천지청은 2020.1.2. 혐의없음으로 통지한 바 있다.

3) 처분청은 쟁점거래처중 ㈜OOO과의 거래에 대하여 청구법인이 ㈜OOO 폐업 직후 동일한 용차를 이용하여 ㈜OOO의 매출처로 스크랩을 판매하고 ㈜OOO과 동일한 IP주소로 세금계산서를 발급하여 청구법인이 자료상 업체인 ㈜OOO의 매출을 대행한 것에 불과하다고 답변하고 있으나 OOO세무서장은 ㈜OOO을 실제 거래 없이 세금계산서만을 발행한 자료상으로 판단하고 과세처분을 하였고, 처분청은 청구법인을 자료상으로 보아 그 매입과 매출을 모두 부인하였는데, 자료상인 청구법인이 어떻게 자료상인 ㈜OOO의 매출을 대행하였는지 알 수 없고 이 건 과세처분을 합리화하기 위한 것에 불과하다 할 것이다.

4) 쟁점매입처 중 ㈜OOO에 대하여, 처분청은 청구법인 대표이사 서OOO이 ㈜OOO 대표이사 서OOO과 스크랩을 직접 거래하였다고 진술한 반면 ㈜OOO 대표이사 서OOO은 서OOO을 명확하게 기억하지 못한다고 진술하였다 하여 간판업체(도관업체)에 해당한다고 보았으나, 서OOO이 세무조사시 서OOO과 직접 거래하였다고 진술한 것은 지인의 소개로 ㈜OOO을 처음 방문하여 통성명을 할 때 자신을 대표이사 서OOO이라 하면서 명함을 건네주었기 때문에 그를 서OOO으로 알고 여러차례 스크랩을 매입한 것이지 허위진술한 것이 아니고, 무엇보다 청구법인은 ㈜OOO으로부터 실제 스크랩을 매입하였다.

(라) 처분청은 쟁점매출처에 대한 매출액 역시 부인하였는데 청구법인이 교부받은 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 입증책임은 사업자가 아닌 과세관청에 있고 청구법인은 쟁점매입처가 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무가 없고 조사관서는 쟁점거래처에 대한 조사를 실시하지 않았음에도 쟁점거래처의 자금원천, 거래대금 사용처 등을 밝히지 않았다는 사유로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 단정하였는바, 이는 부당하고 적어도 화물운송확인장과 공인계량소의 계근자료 등에 의하여 입증되는 매출거래에 대하여는 정상적인 매출로 인정하여야 할 것이다.

1) 쟁점매출처 중 OOO(주)는 OOO에 소재하면서 ㈜OOO에 대한 납품권을 가진 대상(특정 제련업체에 대한 납품권을 가지고 소상, 중상을 거쳐 매입한 스크랩을 판매하는 사업자)으로 실제 매출에 대한 근거가 있음에도 처분청은 청구인의 매입을 부인하면서 합리적 이유나 근거 없이 매출을 부인한 것에 불과하다.

2) 쟁점매출처 중 ㈜OOO은 청구법인과 같은 중상이나 업체에서는 상당한 규모를 가진 회사로, 운반비를 절감할 목적으로 실제 ㈜OOO에 대하여 매출하였음에도 처분청은 합리적 이유나 근거 없이 매출을 부인한 것이다.

상기와 같이 이 건 거래의 실제 거래처는 쟁점거래처임에도 그에 대한 아무런 입증을 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 세무조사시 제출한 증빙은 모두 진실한 것이며, 쟁점매출처와 쟁점매입처는 자료상이라기보다 청구법인과의 거래 시에는 정상사업자였으나 그 이후 부가가치세 신고납부의무를 해태하였거나 그 전 단계에서 비철 등을 매입하고 교부받은 세금계산서 등이 사실과 다른 것으로 보는 것이 타당함에도 아무런 책임이 없는 청구법인의 정당한 거래의 모두 부인하는 것은 부당하므로 쟁점세금계산서를 거래 당시 사실에 부합하게 기재된 세금계산서라 할 것이다.

(마) 「법인세법」제76조는 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고도 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에 한하여 가산세를 부과할 수 있도록 규정하고 있는바, 처분청은 쟁점매입세금계산서와 관련하여 이를 자료상으로부터 받은 것으로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보더라도 처분청이 실제 거래처를 밝히지 아니한채, 또 청구법인은 쟁점매입세금계산서와 관련하여 선량한 관리자로서의 의무를 다하였음에도 청구법인에게 증빙수취관련가산세를 과세한 처분은 잘못되었다.

(2) 청구법인은 선의의 거래당사자로서의 주의의무를 다하였다.

(가) 사업자가 다른 사업자와의 거래를 개시하기 전에 선량한 관리자로서 주의의무를 다하여 거래상대방을 확인한 것으로 인정된 경우 이후 그 다른 사업자가 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 선의의 거래당사자로 보아 관련 매입세액을 공제되어야 할 것인데, 상기와 같이 청구법인은 쟁점거래처가 정상적인 사업자인지 여부를 거래개시와 거래과정에서 자발적·적극적으로 사기업이 할 수 있는 평균적 이상의 주의의무를 기울여왔고, 처분청은 2016년 12월 부가가치세 세무조사를 실시하여 이를 모두 정상거래로 인정한바 있다.

비철금속 거래업의 낮은 이익률에 비추어 자료상과의 거래시 매입세액 불공제 등으로 회사의 존폐가 위태로워질 수 있는 구조로 성실하게 부가가치세와 법인세를 신고하여 왔고 어떠한 조세회피행위 등도 한 사실이 없는 청구법인이 자료상 등과 거래할 이유가 없으므로 청구법인은 쟁점세금계산서의 교부·수취에 있어 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 할 것이다.

(나) 2017.12.19. 법률 제15227호로 신설된 「조세특례제한법」제106조의9 제11항, 같은 법 시행규칙 제48조의6 제1항 및 부칙 제32조에 따라 2018.1.25. 제정된 국세청장의 ‘매입자납부특례 과오납금 환급 처리지침’에 따르면 스크랩등거래계좌를 통하여 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 과오납한 금액은 공급받은 자에게 환급하도록 명확하게 규정하고 있고, 이는 상기 법령의 시행 전에 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 부분에 대하여도 적용하도록 규정하고 있다.

또한 국세청장의 상기 지침에는 ‘가공매입에 대한 부가가치세액을 매입자납부특례 기납부세액에 가산하여 공제하고 초과금액은 환급’하도록 명시적으로 규정하고 있다. 따라서 쟁점매입처로부터 교부받은 쟁점매입세금계산서와 관련하여 청구법인이 쟁점매입처의 스크랩등거래계좌에 입금한 매입세액 상당액 합계 OOO원(2016년 제2기 OOO원과 2017년 제1기 OOO원)은 「국세기본법」제51조에 의한 과오납금으로 청구법인에게 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서 관련거래는 가공거래이다.

(가) 청구법인은 2016년 제1기∼2017년 제1기 중 전체매입금액 OOO원 중 OOO원(91%)을 매입 없이 매출만 발생시키는 폭탄업체[(주)OOO 및 자료상인 ㈜OOO, ㈜OOO]로부터 매입하여 (주)OOO, ㈜OOO 등 제강업체의 전단계인 대고물상에 매출하고 있어 청구법인의 매입 중 대부분은 그 출처가 전혀 확인되지 않고 있다.

청구법인을 통해 쟁점매입세금계산서와 관련한 고비철 OOO원 상당액이 양성화되어 쟁점매출처가 부가가치세 매입세액 공제 및 법인세 손금을 인정받은 사실이 있고 그 과정에서 최초 고비철 판매업자의 관련제세는 전부 탈루되었다 할 것이며, 스크랩등거래계좌제도의 도입 이후에도 최초 무자료인 고비철이 양성화 되는 과정에서 폭탄업체가 필연적으로 생겨나게 되고, 이러한 폭탄업체와 수요업체 사이에 청구법인과 같은 간판(도관)업체가 생겨나게 된 것이다.

(나) 청구법인의 쟁점세금계산서 관련거래는 가공자료수취자로 확정되어 폐업한 (주)OOO의 거래를 대행한 것으로, (주)OOO의 폐업 직후부터 청구법인은 (주)OOO이 기존에 거래하던 운송업자를 통해 (주)OOO의 기존 매출처에 대량의 물량을 매출하였고, 이 시점부터 OOO[이후 ㈜OOO]으로부터 고액의 매입이 발생하기 시작하였다.

더욱이 청구법인은 2016.10.17.∼2017.5.29. (주)OOO의 사업장에서 (주)OOO의 PC를 사용하여 ㈜OOO, ㈜OOO에 OOO원의 세금계산서를 발급한 사실이 확인되나, 청구법인의 대표이사 서OOO은 조사관서의 세무조사시 청구법인의 세금계산서는 본인이 직접 청구법인 사업장에서만 발급한다고 진술하였다가 전자세금계산서가 발급된 IP주소의 중복 이유를 묻자 본인이 바쁠 때 배우자가 (주)OOO 사업장에 방문하여 세금계산서를 발급하였다고 진술을 번복하였는데, (주)OOO·(주)OOO의 대표는 모두 정OOO이고 (주)OOO의 사업장 소재지는 2016.5.27.까지 (주)OOO의 사업장이었으며, 사업장 이전 전후 모두 같은 IP주소에서 (주)OOO, (주)OOO의 세금계산서가 같이 발급되었고, 서OOO의 배우자는 어린이집에서 근무하고 있는 자로서 다른 사업이력도 없는 자임에도 고비철 유통업체를 방문하여 세금계산서를 발급하였다는 진술은 신빙성이 없을 뿐만 아니라 청구법인은 세금계산서 발급이외에도 인터넷 뱅킹시에도 (주)OOO PC를 사용한 사실이 있고 서OOO은 이에 대해서도 친형인 서OOO의 집에서 이체했다고 진술하였다가 추후 (주)OOO 사업장에서 이체하였다고 진술을 번복한 사실이 있다.

(주)OOO 대표 정OOO는 고비철 유통업체 OOO도 운영하였고, OOO에는 청구법인의 대표 서OOO의 친형 서OOO이 이사로 등재되어 있으며, 서OOO은 OOO사업장 임대차 계약서 작성시 대리인으로 계약서에 서명한 사실이 있음에도 조사관서가 서OOO이 대리인으로 작성한 임대차 계약서를 보여주기 전까지는 서OOO은 정OOO와의 관계를 부인하는 듯한 진술을 하는 등 쟁점매입처에서 청구법인을 통해 쟁점매출처로 이어지는 일련의 거래의 고비철 물량의 실제 거래주체를 청구법인으로 볼 수 없고, ㈜OOO 또는 고비철을 유통시키기 위한 불상의 거래처로 보는 것이 타당하다 할 것이다.

(다) 또한 청구법인은 고비철 거래시 엄격한 심사 및 거래처 관리를 하였다고 주장하나, 청구법인은 대표이사 서OOO 외에 상시 고용직원은 1인으로 별도의 구매팀 등의 부서가 구분되어 있지 않고 자금관리 직원도 별도로 없으며, 그 사업장에는 도난방지 등을 위해 고비철 유통업체에 일반적으로 설치되어 있는 CCTV도 설치되어 있지 않아 청구주장과 같이 철저한 관리가 이루어지는지 의문이다. 또한 청구법인은 현장실사를 통해 정상적인 영업을 하지 않는 경우 거래를 취소하여 위장·가공거래를 방지하고 있다고 주장하나 이 역시 확인 가능한 근거를 제시하지 못하고 있고 청구법인 대표이사 서OOO 역시 엄격한 감량 등을 하지 못하고 있다고 진술한바 있어 엄격한 검수·하역이 이루어졌다는 청구주장과 차이가 있다. 이외 청구법인이 제출한 세금계산서, 계근표, 계근사진 등은 정상매출을 위장하기 위해 조작된 증빙으로 품목 중 스텐스크랩(분철)의 매출량이 매입량보다 과다하였고, 쟁점매입처 중 ㈜OOO의 차량의 매입횟수로 계산한 주행거리가 실 주행거리보다 과다한 등 이를 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 청구주장을 인정하기 어렵다.

(라) 청구법인은 2016.5.4.∼2016.6.30. 자료상으로 확정된 (주)OOO으로부터 매입세금계산서 OOO원를 수취한바, 조사관서는 해당매입은 가공매입에 해당하나, 해당기간 매출은 정상적으로 이뤄진 것으로 보아 그에 상당하는 별도의 무자료 매입이 있을 것이라 판단하고 해당 매입액을 원가로 인정하는 한편 적격증빙을 수취하지 않은 것으로 보아 증빙수취관련가산세를 부과한 것이다.

청구법인은 조사관서에서 해당 매입에 대한 실거래처를 밝히지 못한다면 증빙수취관련가산세를 부과할 수 없다고 주장하나, 청구법인은 실제 매입에 대한 어떠한 자료도 제시하지 않고 있고 청구법인이 실제 매입에 대한 자료를 제시하지 못하는 상황에서 조사관서가 실제 매입처를 밝히지 못하였다 하여 증빙수취관련가산세를 부과할 수 없다면 필요경비 공제에 관한 입증의 필요성은 납세의무자에게 있으므로 조사관서로서는 매입 입증이 없는 매입원가를 전액 부인하여 재경정해야 할 것인 점 등에 비추어 청구법인은 「법인세법」제76조에 따른 사업자로부터 고비철을 매입하였음에도 적격증빙을 수취하지 않은 것으로 보아 증빙수취관련가산세를 부과한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당한다는 등의 주장은 다음과 같이 받아들일 수 없다.

(가) 청구법인 대표이사 서OOO은 고비철 유통업 경력이 15년 이상으로 고비철 거래흐름을 누구보다 잘 알고 있었고, 쟁점거래처에 대한 청구법인 대표이사 서OOO은 조사관서에서의 진술(2017.11.29.)시 개업초기에 고비철 업종경력이 없는 ㈜OOO으로부터 단기간에 OOO원 이상의 고비철 매입물량이 발생한 것에 대하여 이상하진 않았냐는 세무공무원의 질문에 대하여 이상하게 생각했다고 진술한바 있음에도 아무런 조치 없이 계속거래를 하였고, ㈜OOO의 컴퓨터에서 청구법인의 세금계산서를 발급한 것으로 볼 때, 일련의 무자료 거래에 깊이 관여한 자로 판단되고, 청구법인이 제시한 서류는 모두 실거래를 가장한 명목상의 거래형식을 빌린 것에 불과한 점 등에 비추어 청구법인이 선의의 거래당사자로서의 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다.

(나) 청구법인은 쟁점매입처로부터의 매입이 가공매입이라면 스크랩등거래계좌로 납부한 매입세액을 자신에게 환급하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 쟁점매입처의 스크랩등거래계좌에 납부한 매입세액에 대해 이미 전액 매입세액 공제를 받았고, 조사관서의 세무조사 결과 쟁점매입세금계산서는 가공거래로 확정되어 관련한 매입세액이 불공제 대상으로 확인되었으므로 이에 따라 기납부한 매입세액은 기납부세액에 가산하고, 기공제받은 매입세액은 공제액에서 차감하여 그 결과 청구법인의 납부세액과 불공제금액이 서로 상계되어 청구법인에 환급할 세액은 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세(세금계산서발급수취가산세 포함) 및 법인세(증빙수취관련가산세)를 부과한 처분의 당부

(2) 청구법인은 선량한 관리자의 주의의무를 다하였으므로 과세처분을 취소하여야 하고, 청구법인이 쟁점매입처의 스크랩등거래계좌에 입금한 매입세액을 청구법인에게 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것)

제106조의9 (스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 “스크랩등”이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 “스크랩등사업자”라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 스크랩등 거래계좌(이하 “스크랩등거래계좌”라 한다)를 개설하여야한다.

3. 「관세법」제84조에 따라 기획재정부장관이 고시한 「관세·통계통합품목분류표」중 철의 웨이스트와 스크랩, 철강의 재용해용 스크랩 잉곳 또는 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 물품

② 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 「부가가치세법」제31조에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.

③ 스크랩등사업자가 스크랩등을 다른 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 때나 세금계산서를 발급받은 때에 스크랩등거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 스크랩등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 스크랩등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.

1. 스크랩등의 가액

2. 「부가가치세법」제29조에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다)

④ 스크랩등 수입에 대한 부가가치세는 「부가가치세법」제50조에도 불구하고 스크랩등거래계좌를 사용하여 대통령령으로 정하는 방법으로 납부할 수 있다.

⑤ 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항 제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 「부가가치세법」제38조에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.

⑥ 제3항에 따라 스크랩등거래계좌를 사용하지 아니하고 스크랩등의 가액을 결제받은 경우에는 해당 스크랩등을 공급하거나 공급받은 스크랩등사업자에게 제품가액의 100분의 10을 가산세로 징수한다. 다만, 제1항 각 호의 물품과 제106조의4 제1항 제3호의 제품이 혼합된 물품을 공급하거나 공급받으려는 사업자가 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 금거래계좌를 사용하는 경우에는 가산세를 징수하지 아니한다.

⑦ 관할 세무서장은 스크랩등을 공급받은 스크랩등사업자가 제3항에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 스크랩등을 공급받은 날(스크랩등을 공급받은 날이 세금계산서를 발급받은 날보다 빠른 경우에는 세금계산서를 발급받은 날을 말한다)의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날( 「부가가치세법」제48조, 제49조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한을 한도로 한다)까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수한다.

⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 스크랩등을 공급한 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.

⑨ 관할 세무서장은 해당 예정신고기간 및 확정신고기간 중 스크랩등의 매출액이 스크랩등의 매입액에서 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우에는 환급을 보류할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 환급받을 세액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우

2. 체납이나 포탈 등의 우려가 적다고 인정되는 대통령령으로 정하는 경우

⑩ 제3항에 따라 부가가치세를 입금받은 제3항 본문에 따른 대통령령으로 정하는 자는 제8항에 따라 공제하거나 환급받을 세액에 가산한 후의 부가가치세액을 매 분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 국고에 납부하여야 한다.

⑪ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 「국세기본법」제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다.

⑫ 스크랩등거래계좌 사용 대상 스크랩등사업자의 범위, 스크랩등거래계좌 입금 방법, 입금된 부가가치세액의 처리, 스크랩등 품목을 취급하는 사업자의 부가가치세, 소득세 및 법인세의 신고·납부에 관한 관리 등 제1항부터 제11항까지의 매입자 납부제도를 운영하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부 칙

제32조 (스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례에 관한 적용례) ① 제106조의9 제7항의 개정규정은 이 법 시행 이후 징수하는 경우부터 적용한다.

② 제106조의9 제11항의 개정규정은 이 법 시행 전에 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 분에 대해서도 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행규칙

제48조의6 (스크랩등에 대한 부가가치세 매입자납부 특례) ① 영 제106조의13 제4항에 따라 국세청장으로부터 지정받은 자는 법 제106조의9 제3항에 따라 매입자가 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 해당 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 국세청장이 정하는 바에 따라 해당 사업자에게 환급할 수 있다.

③ 스크랩등 수입업자가 제2항에 따른 수입을 할 때에 세관에 납부한 부가가치세액을 환급받으려면 스크랩등 수입업자 부가가치세 환급신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 사업자가 스크랩등 수입에 대한 부가가치세를 납부한 사실이 확인되는 경우에는 환급신청서를 제출하지 아니할 수 있다.

④ 제3항에 따라 제출받은 관할세무서장은 부가가치세액의 납부 여부를 확인하여 납부한 경우에는 제1항의 국세청장으로부터 지정받은 자에게 그 사실을 통보하여야 한다.

(3) 부가가치세법

제39조 (공제받지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금 계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제60조 (가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우

④ 사업자가 아닌 자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받으면 사업자로 보고 그 세금계산서에 적힌 공급가액에 2퍼센트를 곱한 금액을 그 세금계산서를 발급하거나 발급받은 자에게 사업자등록증을 발급한 세무서장이 가산세로 징수한다. 이 경우 제37조 제2항에 따른 납부세액은 0으로 본다.

(4) 법인세법

제76조 (가산세) ⑤ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 같은 항 단서를 적용받는 경우를 제외하고는 그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련한 쟁점거래처와의 거래가 실제 거래에 해당한다고 주장하면서 아래와 같은 증빙을 제출하였다.

(가) 청구법인은 자신의 사업장과 관련하여 자신의 사업자등록증 사본(2016.4.19. 개업), 사업자등록상 소재지인 ‘OOO’ 토지 및 지상에 대한 ‘부동산(공장) 월세계약서’(2016.1.25. 청구법인 대표이사 서OOO이 이OOO과 체결한 것으로 계약기간 24개월, 보증금 OOO원·월세 월 OOO원) 및 포털사이트(OOO 등)의 지도 검색화면에서 청구법인 사업장을 촬영한 것을 제출하였다.

(나) 청구법인은 비철 등 거래개시·과정에서 선량한 관리자의 주의의무를 다하고 있다고 주장하면서 2016.5.1. 작성하였다는 ‘스크랩 위장거래방지를 위한 관리수칙’을 제시한바, 동 문서에는 최초 거래시에는 사업자등록증의 기재내용 등을 주민등록증 등과 비교하고, 납세완납증명서 등을 수취하며, 거래 방문 시에는 주소, 상호, 야적장 등의 실제 여부 등을 확인하며, 물건 입고 시에는 입고된 품목의 품질적합성, 공제중량 및 계근표 등을 확인한 후 매입을 승인한다는 내용이 기재되어 있다.

(다) 청구법인은 2017년 1월∼6월간 합계 20,308kwh의 전기를 사용하였는데 압축작업에 소요되는 시간(3.5분/1개당)과 스크랩 덩어리 1개의 평균무게(750kg) 및 1시간 당 압축기의 사용전력량에 비추어, 청구법인은 합계 8,703,000kg의 스크랩을 처리하여 7,708,903kg를 매출하는 등 정상적인 사업을 영위하였다는 주장이다.

(2) 쟁점거래처와 관련하여 청구법인이 제출한 증빙 등과 전자세금계산서 발급경위는 아래와 같다.

(가) 쟁점매입처 중 ㈜OOO과 관련하여 아래와 같은 증빙을 제출하였고, OOO과 OOO 등에 대하여도 동일하게 거래와 관련한 증빙 등을 제출하였다.

1) ㈜OOO의 사업자등록증 사본(2017.1.4. 개업)과 OOO은행 계좌사본, 사업자등록증상 소재지(OOO)의 ‘임대차(월세)계약서’[(주)OOO이 OOO와 2016.12.29. 체결한 것으로 보증금 OOO원·월세 OOO원], 포털사이트의 지도화면에서 상기 소재지를 촬영한 것, 그 사업장을 촬영한 동영상, 인감증명서, ㈜OOO 대표이사의 명함 및 진술서 등

2) ㈜OOO과의 거래 중 일부인 2016.12.5.∼2017.11.1. ‘OOO’ 아이디를 사용하는 자와의 카카오톡 대화내용을 갈무리한 것과, 2017.2.8.과 2017.2.9. ㈜OOO이 청구법인에게 교부한 전자세금계산서를 출력한 3매, 이와 관련한 계량표·거래명세서 및 운송용 차량을 촬영한 것과 2017.2.9. 청구법인 계좌에서 OOO원이 ㈜OOO 계좌로 입금된 내역

(나) 청구법인은 쟁점매출처 중 ㈜OOO과 관련하여 아래와 같은 증빙을 제출하였고, ㈜OOO에 대하여도 동일하게 거래와 관련한 증빙 등을 제출하였다.

1) ㈜OOO의 사업자등록증 사본(2015.4.14. 개업)과 OOO은행 계좌사본, 포털사이트의 지도화면에서 상기 소재지를 촬영한 것, 인감증명서, ㈜OOO 대표이사의 명함 및 사진 등

2) ㈜OOO과의 거래 중 일부인 2016.12.26., 2016.12.28. 청구법인이 ㈜OOO에 교부한 전자세금계산서를 출력한 3매, 이와 관련한 계량표, 계량확인서, 스텐고철 검수결과표 및 운송용 차량을 촬영한 것, 청구법인 계좌에 ㈜OOO이 2016.12.26. OOO원, 2016.12.28. OOO원 및 2016.12.30. OOO원을 입금한 내역 및 화물운송확인장 등

3) 청구법인 대표이사와 ㈜OOO간의 2016.12.21.∼2017.12.31. 문자내역, ㈜OOO간의 2016.12.24.∼2017.11.15. 문자내역

(다) 청구법인은 ㈜OOO과 청구법인이 전자세금계산서를 쟁점거래처에 발행한 IP주소가 동일한 것에 대하여, 청구법인 대표이사 서OOO이 ㈜OOO과 ㈜OOO을 운영하던 정OOO에게 ‘(주)OOO 소유의 시설집기 등을 매수하였다가 반제하면 이를 반환하는 조건’으로 금전 OOO원을 대여하여 청구법인이 이를 사용하였고, 간혹 청구법인 경리담당이 부재할 때 정OOO에게 부탁하여 청구법인의 전자세금계산서를 발급한 사실이 있다고 주장하면서 공증받은 청구법인 대표이사와 정OOO간의 OOO원의 현금차용증서(2017.2.24.)와 OOO원의 차용증(2016.12.31.) 등과 청구법인 대표이사가 자신의 배우자에게 2017.3.28.〜2017.3.27. ㈜OOO에 대한 세금계산서 발급을 요청한 휴대전화 문자내역 등을 제출하였고, 이후 정OOO가 2016년 12월경 사업을 폐업하자 청구법인이 위 채권의 회수 목적으로 컴퓨터 등을 인수하여 IP주소가 동일하게 되었다는 주장이다.

(3) 청구법인은 ㈜OOO과 ㈜OOO을 운영하던 정OOO에 대하여 OOO세무서장은 자료상 행위를 한 것으로 보아 「조세범처벌법」위반으로 고발하였으나 2020.1.2. OOO지방검찰청 순천지청은 2020.1.2. ‘혐의없음(증거불충분)’으로 통지한 ‘피의사건 처분결과 통지서(2019년 형제18277호)’를 제출하였다.

이외에도 청구법인은 성명불상의 고비철 2개 업체에 대하여 무자료로 고철을 매입하였음에도 다른 업체로부터 세금계산서를 교부 받은 것에 대하여 OOO지방국세청장과 OOO지방국세청장이 「조세범처벌법」등 위반으로 고발한 사건에 대하여 ‘혐의없음(증거불충분)’으로 불기소 결정을 받은 것을 제출하면서 그들의 거래는 청구법인과 쟁점거래처간의 거래와 유사한 것이라는 주장이다.

(4) 조사관서는 2017.8.8.∼2017.10.18. 청구법인에 대하여 부가가치세 세목별조사를 실시하였는데, 조사내용은 아래와 같다.

(가) 조사관서가 2017.10.16. 청구법인의 사업장 방문한바, 사무실 용도의 컨테이너 1동과 대지 1,909㎡ 야적장으로 이루어져 있으며, 컨테이너와 조금 떨어진 앞쪽으로 계근대가 설치되어 있고, 마당 구석에 스크랩 일부 등이 놓여 있었으며, 번호판이 부착되지 않은 포크레인 1대가 있었으나 사업장 내부 및 대문 등에 고비철 유통 업자가 통상적으로 설치하는 경비용 감시카메라 및 감지설비 등은 없었다.

(나) 청구법인 사무실에는 청구법인 대표이사 서OOO과 상하차 업무를 담당하는 직원 1명만이 있었고, 별도 경리 업무 등을 보는 직원은 없었으며, 거래처와의 세금계산서, 계량표 등은 보관하고 있었으나, 실제 거래사실 등을 확인할 수 있는 거래 당시 사진 등의 자료는 보관하고 있지 않았다. 계근 내역이 표시되는 PC가 1대 있었으나 계근시스템에 입력된 자료 이외에 정산 및 거래명세서, 비용지출 내역, 급여지급 내역 등 그 사업관련 자료는 저장되어 있지 않았다.

(다) 청구법인 대표이사 서OOO은 세무조사시 2002∼2011년 OOO(개인사업)을 운영하다가 2012∼2015년 부친이 운영하던 ㈜OOO에서 근무하였고 사업자등록 없이 고비철을 중개·알선하는 것보다 직접 매매하는 것이 좋을 것 같아 자신의 자금 OOO원과 차입금 OOO원을 2016년 3월부터 청구법인을 설립·운영하고 있다고 진술하였다.

서OOO은 최초 청구법인 사업장에서 자신만 전자세금계산서를 발급하였다고 진술하였다가 조사관서가 다른 장소의 IP주소에서 전자세금계산서가 발급된 내용을 제시하자 자신 이외에도 배우자 김OOO이 전자세금계산서는 쟁점매입처 중 ㈜OOO의 사업장에 소재한 PC에서 인터넷 뱅킹은 OOO에 소재한 자택 근처의 친형 서OOO의 집에 소재한 PC를 사용하였다고 진술하였으나 전자세금계산서와 인터넷 뱅킹에 사용된 IP주소는 동일하다.

또한 서OOO은 쟁점매입처에 대한 대금 지급시 본인 또는 배우자 김OOO이 이체하고, 늦은 시간에 대금을 지급할 때에 김OOO이 친형 서OOO의 집에서 인터넷 뱅킹을 한다고 진술하나, 실제 출금시간은 오전·오후로 다양하고, 청구법인 계좌에 고액의 현금인출이 수회 반복되는 것은 무자료로 물품을 매입하기 위한 것으로 자신 또는 청구법인 주주 박OOO이 인출하였다고 진술하였다.

(라) 청구인의 친형 서OOO은 종전 2개 업체의 실사업자로 세금계산서 수수위반 혐의로 3차례 고발된 이력이 있고, 자료상인 ㈜OOO의 주주이고, 청구법인과 ㈜OOO은 동일한 IP주소로 전자세금계산서 발급 및 인터넷 뱅킹을 하였다. 2016.4.5. ㈜OOO이 사업장 임대차계약을 체결할 때 청구법인 대표이사 서OOO이 대리인으로 서명하였다. ㈜OOO은 그 실제 대표자가 ㈜OOO의 실제 대표자인 정OOO인데 ㈜OOO이 2016.12.6. 폐업하자 동일한 장소에서 쟁점매입처 중 ㈜OOO이 고비철 유통업을 개시하였다.

(마) ㈜OOO은 2차례 OOO지방국세청장의 세무조사를 받아 가공매입세금계산서 수취자로 확정된 후 2016.12.6. 직권으로 폐업된 업체로, (주)OOO은 자료상인 (주)OOO, (주)OOO, OOO으로부터 고철을 매입하여 쟁점매출처에 고철을 매출하였다. ㈜OOO의 직권폐업이후 아래 ＜표2＞와 같이 OOO, ㈜OOO(OOO이 2016.12.23. 법인전환)에서 청구법인을 거쳐 쟁점거래처로 이어지는 거래선으로 변경되었다.

OOO

(바) 청구법인으로부터 대금이 입금되면 즉시 ㈜OOO 및 ㈜OOO을 거쳐 폭탄업체인 OOO에 입금되었다가 현금으로 출금되거나, ㈜OOO에 입금되었다가 현금으로 출금되었다. 청구법인이 보관하고 있는 계근표에 따른 청구법인과 ㈜OOO간의 거리와 거래횟수에 비추어 그 운행거리는 최소 3,260km로 보이나, 운송차량의 차량등록원부상 운행거리가 1,567km에 불과하다. 또한 청구법인 대표이사 서OOO의 휴대폰에 기록된 화물차량의 사진도 그 차량번호가 계근표상 차량번호와 일치하지 않고 고철 적재 여부 등을 확인할 수 없으며, 세무조사 종결 직전에서야 제시한 다량의 사진도 차량 일부만이 촬영되어 고철 적재 여부 등을 확인할 수 없다.

(사) 위 사정에 비추어 조사관서는 청구법인이 ㈜OOO과 같이 매입 없이 매출만 발생시킨 후 폐업하는 이른바 폭탄업체로부터 고비철을 소비하는 제조업체가 세금계산서를 수취하는 경우 매입세액이 추징되는 위험이 따르므로 폭탄업체가 교부한 세금계산서가 경유하는 이른바 간판업체에 해당한다고 판단하였다.

또한 ㈜OOO과 청구법인이 전자세금계산서를 쟁점거래처에 발행한 IP주소가 동일한 것에 대한 청구법인 주장에 대하여, 청구법인이 쟁점매출처에 발급한 전자세금계산서 33매 중 32매가 ㈜OOO의 사업장에서 발급된 것이고 2017.1.11. OOO세무서장의 세무조사 당시 정OOO는 전자세금계산서 발급에 필요한 홈텍스 로그인도 하지 못하는 사람으로 확인되었으며, 일반적인 인터넷 사용자의 IP주소는 장소의 이동에 따라 변동되는 유동IP로 그러한 IP주소가 동일한 것은 쟁점매출세금계산서가 ㈜OOO의 사업장에서 발급되었다는 것이지 청구주장과 같이 컴퓨터를 인수하였다 하여 같아질 수 없는 것이다.

(5) 쟁점매출처에 대한 조사관서의 세무조사 내용은 아래와 같다.

(가) ㈜OOO : (주)OOO의 기존 매출처로 (주)OOO 폐업이후 청구법인이 (주)OOO에 고액의 세금계산서를 발급하기 시작하였다.

(주)OOO은 청구법인과 최초 거래부터 월 OOO원 이상의 고액 거래를 하면서 물량공급에 대한 기본 거래계약서도 작성하지 않았고, 감량에 대한 사전 약정 또한 없었고 ㈜OOO에서 청구법인에게 이체된 금액은 ㈜OOO 계좌에 다시 이체된 후 현금으로 출금되어 금융거래 추적이 불가능하였다. 청구법인이 ㈜OOO에 발급한 세금계산서(17매 OOO원 전액)이 (주)OOO PC에서 발급되었다.

(나) ㈜OOO : ㈜OOO과 같이 (주)OOO의 기존 매출처로 (주)OOO 폐업이후 청구법인은 (주)OOO에 고액의 세금계산서를 발급하기 시작하였다.

청구법인은 매입한 대부분의 분철을 (주)OOO에 매출한 것으로 신고하였으나, 청구법인의 분철 매입·매출 계근 내역을 검토한 바, 2017년 제1기 기간 중 매입량보다 매출량이 약 319톤 더 많고, 2016년 중 청구법인의 매입·매출 계근내역을 보면 청구법인이 매입처인 OOO 사업장으로 (주)OOO이 직접 용차를 보내 (주)OOO 사업장으로 물량을 운반해 가는 형태로 OOO과 (주)OOO 사이에 불필요한 유통단계(청구법인)를 더 거치게 되는 등 일반적인 거래와는 다소 차이가 있다. 청구법인이 (주)OOO에 발급한 세금계산서(23매 OOO원)는 (주)OOO PC에서 발급되었다.

(6) 쟁점매입처에 대한 조사관서의 세무조사 내용은 아래와 같다.

(가) ㈜OOO : 2017년 10월 OOO세무서장 세무조사결과 가공세금계산서를 발행한 것이 확인되어 자료상으로 고발된 업체로, 그 세무조사 결과에 따르면 대표이사 이OOO은 이전에 고비철 업종에 종사한 이력이 없고 소득금액과 보유재산에 비추어 사업초기에 상당한 사업자금이 필요한 고비철 도매업을 운영할만한 자금능력이 없는 자이다.

㈜OOO은 청구법인으로부터 대금을 입금 받는 즉시 현금으로 전액 인출하여 금융거래추적을 불가능하게 하는 전형적인 자료상의 금융거래 형태를 보이고 있으며, 매출에 상당하는 실제 물량을 매입한 증빙이 없어 매출 또한 실물 없는 가공거래로 확인된다.

(나) ㈜OOO : 2016년 OOO지방국세청(조사3국), OOO지방국세청(조사2국)의 자료상 조사결과 자료상으로 확정되어 고발된 업체로, 대표이사 서OOO은 고철 유통업 관련 경력이 전혀 없는 사람으로 조사되었다.

그 대표이사는 자료상행위로 이미 고발된 유OOO의 제안에 따라 ㈜OOO을 설립하였고 서OOO이 법인통장, 법인카드 및 체크카드 등을 만들어 유OOO에게 전달하여 자금관리도 유OOO 측에서 하였다는 취지로 진술한바, 무자료 고철 유통조직이 제철·제강업체에 대한 납품권을 가지고 있는 고철 도매상에 고철을 매각하기 위해 일정한 수수료를 지급하고 법인 설립하도록 한 후 사업자등록증 등을 인계 받아 ㈜OOO이 고철을 매매하는 것처럼 위장한 업체로 판단된다.

또한 청구법인 대표이사는 ㈜OOO과 거래시 수시로 사업장을 방문하고 서OOO과만 업무를 하였다고 진술하였으나 서OOO은 청구법인 대표이사를 명확히 기억하지 못하는 등 ㈜OOO은 무자료 물량을 유통할 목적으로 폭탄업체로부터 세금계산서를 수취하고 형식적인 거래증빙을 갖추고 세금계산서만 발급하는 도관업체로 판단된다.

(다) OOO : 2016.12.23. ㈜OOO으로 법인전환하기 전의 개인사업자이자 ㈜OOO의 폐업과 동시에 같은 사업장에서 개업한 사업자로, 2016년 제2기 청구법인에 OOO원의 매출세금계산서를 발급하였으나 적격증빙으로 확인되는 매입은 OOO으로부터 수취한 것이다.

(라) ㈜OOO : 2017년 1월 OOO세무서의 자료상 조사결과 자료상으로 확정·고발된 업체로, 대표이사 정OOO는 (주)OOO을 운영한 사실이 있고, 청구법인 대표이사 서OOO의 친형 서OOO이 이사이다.

2017년 제1기 청구법인은 ㈜OOO로부터 OOO원의 세금계산서를 수취하였으나, 같은 기간 ㈜OOO은 매입이 거의 없이 매출세금계산서만 발행하였고, ㈜OOO이 청구법인에게 전자세금계산서를 발급할 때 사용한 IP주소는 청구법인에서 쟁점매출처에 전자세금계산서를 발급할 당시 사용한 IP주소와 동일하며, 동일한 IP주소에서 ㈜OOO이 쟁점매출처에 전자세금계산서를 발행하였다.

(7) 청구법인은 자신의 스크랩등거래계좌에서 쟁점매입처의 스크랩등거래계좌를 통해 납부한 매입세액은 아래 ＜표3＞과 같으므로, 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다면 자신이 납부한 관련 매입세액은 과오납금에 해당하고 2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 「조세특례제한법」제106조의9 제11항 등에 비추어 청구법인 자신에게 환급되어야 한다는 주장이다.

OOO

처분청은 청구법인이 상기 매입세액에 대하여 이미 공제를 받았다가 세무조사에 따라 상기 매입세액이 불공제 대상이 되었으므로, 이미 공제 받은 매입세액은 공제액에서 차감함과 동시에 스크랩등거래계좌에 납부한 매입세액이 기납부세액에 가산되어 상계되므로 청구법인에 환급할 세액은 없다는 의견이다.

(8) 2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 「조세특례제한법」제106조의9에는 제11항이 신설되어 스크랩등거래계좌를 통한 거래시 부가가치세 과오납금이 발생하여 이를 환급하는 경우 그 납세의무자가 아닌 실제 납부자인 매입자(공급받는 자)에게 환급토록 한바, 그와 관련한 국세청장의 ‘2017 개정세법 주요내용’은 아래 ＜표4＞와 같다.

OOO

청구법인은 고비철 금속 거래업자와 자료상 거래와 관련한 고지세액 정정에 대한 OOO지방국세청장의 ‘조특법 개정에 따른 추징세액 정정’에는 아래 ＜표5＞와 같이 기재되어 있으므로 이에 비추어 상기 개정규정에 대하여 국세청장은 과거분에도 소급하여 적용하도록 하는 처리지침인 ‘매입자납부특례 과오납금 환급 처리 요령’을 내렸다는 주장이다.

OOO

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 조사관서의 조사내용에 따르면 청구법인이 고비철을 매출하였다는 쟁점매출처는 조사관서의 세무조사 이후 2016.12.6. 직권폐업된 ㈜OOO의 매출처와 동일하고 청구법인이 쟁점매출처에 교부한 전자세금계산서 33매 중 32매가 ㈜OOO·(주)OOO이 전자세금계산서를 발급한 것과 동일한 IP주소에서 발급된 것으로 조사되었으며, 이에 ㈜OOO은 자료상으로 확정된 바 있는 점(조심 2017중1490, 2017.6.30. 참조) 등에 비추어 쟁점매출세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 보인다.

쟁점매입처는 과세관청의 세무조사 결과 자료상으로 조사되어 고발된 업체이고 ㈜OOO이 우리원에 청구법인에 대한 매출이 실지 거래에 해당한다는 취지의 심판청구를 제기하였으나 이를 기각 결정(조심 2018중1102, 2019.12.19.)하였으며 쟁점매출처에서 입금된 판매대금은 청구법인으로 이체되었다가 쟁점매입처로 다시 이체된 후 곧바로 현금으로 인출된 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점매입처의 사업자등록증 사본, 임대차계약서, 각 대표이사의 명함 및 진술서, 거래와 관련하여 제출한 거래명세서, 계량표 및 운송차량을 촬영한 사진 등으로는 쟁점매입세금계산서 역시 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 보인다.

따라서 청구법인이 쟁점거래처에 교부하거나 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

또한 「법인세법」제76조 제5항은 법인이 사업과 관련하여 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받았음에도 같은 법 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 ‘그 받지 아니한 금액 또는 사실과 다르게 받은 금액의 100분의 2에 상당하는 금액’을 가산세로 징수한다고 규정하고 있는바, 처분청은 청구법인이 쟁점매입처 중 (주)OOO으로부터 교부받은 세금계산서(공급가액 OOO원)와 관련하여 이는 가공매입에 해당하나, 해당기간 매출은 정상적으로 이뤄진 것으로 보아 그에 상당하는 별도의 무자료 매입이 있을 것이라 보아 그 상당액을 손금으로 인정하되 적격증빙을 받지 않은 것으로 보아 증빙수취관련가산세를 부과한 것으로 판단된다.

이에 청구법인은 조사관서에서 상기 매입에 대한 실제 거래처를 밝히지 못한다면 증빙수취관련가산세를 부과할 수 없다고 주장하나 상기 「법인세법」제76조 제5항에서 그 가산세 부과대상을 ‘실제 거래처를 밝힌 경우’로 한정하고 있지 아니하므로 증빙수취관련가산세를 부과한 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이어서 쟁점②와 관련하여 살피건대, 청구법인 대표이사는 고비철 유통에 대한 상당한 경력을 가진 자이나, 청구법인의 개업 직후 ㈜OOO으로부터 단기간에 OOO원 이상의 고비철 매입물량이 발생하였음에도 이에 대한 확인 없이 계속 거래를 하였고, 쟁점매출처에 대한 전자세금계산서 발급과정에서도 이미 직권폐업된 ㈜OOO이 전자세금계산서를 발급하였던 IP주소와 동일한 것에서 전자세금계산서가 발급되었음에도 이에 대한 합리적인 설명을 다하지 못하고 있는 측면에 비추어 청구법인이 제시한 증빙 등으로는 청구법인이 선의의 거래당사자로서의 주의의무를 다하였다고 보기 어렵다고 판단된다.

또한 청구법인은 쟁점매입처에 대한 쟁점매입세금계산서상 매입세액을 스크랩등거래계좌에 납부하였으므로 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다면 상기 매입세액은 과오납한 금액에 해당하고 공급받는 자인 청구법인에게 환급되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점매입세금계산서와 관련하여 스크랩등거래계좌에 납부한 매입세액은 조특법 제106조의9 제8항에 따라 청구법인이 납부하여야 할 세액에서 전액 기공제 받은 것으로 확인되므로 이를 과오납금이라 보기 어려운 점, 위 매입세액을 기납부세액에 가산한 것은 최종고지세액에서 위 매입세액만큼 차감되어 결과적으로 청구법인에게 위 매입세액을 환급한 것과 동일한 결과가 되는 점 등에 비추어 위 매입세액 상당액을 청구법인에게 환급하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.