가. 청구법인은 OOO 설립되어 OOO에서 골프장, 콘도미니엄업 등을 영위하는 법인으로, 처분청은 OOO으로부터 OOO 통보받은 청구법인 소유 부동산에 대한 재산세 변동내역자료에 따라 2011년 ∼ 2015년 귀속 종합부동산세 경정시 토지분 종합합산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 과세대상 토지분에 대해 재산세 표준세율로 계산한 재산세액 상당액을 (종합․별도)합산과세대상 토지분 과세표준[종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상 토지의 공시가격의 각 합계액에서 OOO(종합합산과세대상 과세기준금액) 또는 OOO(별도합산과세대상 과세기준금액)을 각 차감한 금액에 「종합부동산세법 시행령」제2조의4에 따른 종합부동산세 공정시장가액비율을 각 곱한 금액]에 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 재산세 공정시장가액비율을 각 곱하고, 이에 재산세 표준세율을 적용하는 방법으로 계산하여 종합부동산세의 추가고지세액 및 환급세액을 계산하여 이를 상호 차가감하여 ＜별지1＞ 기재와 같이 종합부동산세 추가고지분 OOO, 농어촌특별세 OOO을 각 경정․고지하였다.

나. 청구법인은 처분청이 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 중복하여 적용한 것에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 토지분 종합합산세액에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 (종합․별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대해 표준세율로 계산한 재산세액을 과세기준금액 초과분 공시지가합계액 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율의 산식으로 계산하였으나, 대법원은 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결로 종합부동산세 계산에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 위의 산식의 방법으로 산정한 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분은 위법하다고 판결하였다.

따라서, 위 대법원 판결의 취지에 비추어 공제되는 재산세액을 위의 산식으로 계산하여 과세한 이 건 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

종합부동산세는 합산과세대상 토지에 대하여 종합부동산세가 부과되지 않는 부분, 즉 과세기준금액을 초과하는 부분 중 공정시장가액비율을 곱함으로써 과세표준에서 제외된 부분OOO에 대한 재산세액은 종합부동산세를 계산함에 있어 공제할 필요가 없다.

따라서 「종합부동산세법」에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 종합부동산세의 경정결의서에 의하면, 처분청은 과세대상 토지분 종합합산세액에서 공제되는 재산세액을 다음과 같은 산식으로 계산하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로, 「종합부동산세법 시행령」제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “(종합․별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 (종합․별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 하겠다.

따라서, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 것은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2015중5450, 2016.2.29. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 처분내역

＜별지2＞ 관련 법령 등

(1) 종합부동산세법(2015.12.29. 법률 제13499호로 일부개정되기 전의 것)

제3조(과세기준일) 종합부동산세의 과세기준일은 「지방세법」 제114조에 따른 재산세의 과세기준일로 한다.

제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하 "종합합산과세대상"이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 "별도합산과세대상"이라 한다)으로 구분하여 과세한다.

제12조(납세의무자) ①과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.