2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. ○○기업 합자회사에 대한 세무조사 등

○○기업 합자회사(이하 '○○기업'이라 한다)는 1973. 10. 16. 설립되어 여객자동차 운수사업법에 따라 택시운수업을 영위하는 사업자이다.

피고는 2012. 9. 3.부터 2012. 9. 21.까지 ○○기업에 대한 세무조사(조사대상기간 2009. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지, 조사대상세목 법인세 및 부가가치세, 이하 '1차 조사'라 한다)를 실시한 다음, ① ○○기업이 택시운수종사자(이하 '운수종사자'라 한다)에게 급여를 지급하면서 실제로는 기준수입금액(사납금) 미달액, 연료비 초과사용액, 업무 관련 범칙금(과태료)을 급여에서 공제하였으면서도 정하여진 급여를 전액 지급한 것으로 회계처리하였다고 보아 위 공제 금액을 익금에 산입하고, 운수종사자에게 실제로는 기준수입금액 초과액, 연료비 미달사용액을 성과급 형태로 지급하였으면서도 정하여진 급여만을 지급한 것으로 회계처리하였다고 보아 위 성과급 형태의 지급 금액을 손금에 산입하고, 2011 사업연도의 매출액 34,179,881원(운휴차량 운행)이 신고누락되었다고 보아 이를 익금에 산입하는 등으로 법인세 과세표준을 경정하고, ② 위 익금과 손금의 차액 상당액을 ○○기업의 대표자인 원고에 대한 상여로 소득처분하는 등의 내용으로 ○○기업에 아래와 같이 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지를 하였다.

1. 수입금액: 과세표준 및 세액의 산출내역(단위: 원)

세목

사업연도

수입금액

과세표준

고지세액

법인세

2009

4,587,797,559

-16,723,590

302,534

2010

4,656,526,979

-36,695,345

1,809,953

2011

4,863,220,442

-247,867,933

2,988,682

2. 소득금액 변동내역(단위: 원)

소득종류

귀속자

귀속연도

소득금액

상여

15,126,713

피고는 1차 조사 이후 ○○기업이 추가로 제출한 급여대장 등 과세자료와 소명자료 등을 검토(이하 '2차 조사'라 한다)한 다음, 2013. 4. 1. ○○기업에 아래와 같이 2009 ~ 2011 사업연도 각 법인세를 경정ㆍ 고지하고, 2009 ~ 2011 사업연도에 ○○기업의 대표자인 원고에 대해 상여의 소득처분을 하는 내용의 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지'라 한다)를 하였고, 같은 날 원고에게 그와 같은 내용의 소득금액변동통지를 하였다.

1. 수입금액: 과세표준 및 세액의 산출내역(단위: 원)

세목

사업연도

수입금액

과세표준

고지세액

법인세

2009

4,587,797,559

1,812,630

2010

4,656,526,979

1,529,225

2011

4,863,220,442

-26,626,004

1,022,680

2. 소득금액 변동내역(단위: 원)

소득종류

귀속자

귀속연도

소득금액

상여

201,610,660

2010

94,510,261

2011

177,158,236

나. 원고에 대한 종합소득세 부과처분 등

피고는 ○○기업이 이 사건 소득금액변동통지에 따른 원천징수의무를 이행하지 않음에 따라 2015. 11. 5. 원고에게 2010년 귀속 종합소득세(가산세 포함, 이하 같다) 45,478,670원을, 2015. 11. 6. 2011년 귀속 종합소득세 75,560,680원을 각각 경정ㆍ 고지하였고, 이후 ○○기업이 원천징수세액을 납부함에 따라 이를 원고의 기납부세액으로 공제하여 2017. 3. 27. 2010년 귀속 종합소득세 중 42,380,170원을, 2011년 귀속 종합소득세 중 70,008,530원을 각각 감액하였다(이하 그 감액에 따른 나머지 세액인 2010년 귀속 종합소득세 3,098,500원 부분 및 2011년 귀속 종합소득세 5,552,150원 부분을 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 갑 제1 내지 11호증, 을 제2 내지 5, 7, 8호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고가 ○○기업에 대한 1차 조사 이후 다시 2차 조사를 하여 중복세무조사를 하는 등으로 피고의 ○○기업에 대한 2차 조사는 위법한 세무조사에 해당하므로, 이와 같이 위법한 2차 조사를 기초로 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) ○○기업이 운수종사자들에게 급여를 지급하면서 공제한 기준수입금액(사납금) 미달액은 사외유출된 것이 아니라 사내유보된 것이므로, 그 기준수입금액(사납금) 미달액이 사외유출되었음을 전제로 ○○기업의 대표자인 원고에 대한 상여로 소득처분하여 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 각 처분이 위법한 세무조사에 기초한 것인지 여부

세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 보아야 하지만, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 볼 것은 아니다. 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여야 하고, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실ㆍ 사업장ㆍ 공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부ㆍ서류ㆍ물건 등을 검사ㆍ조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보아야 한다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

앞서 든 증거와 변론 전체의 취지로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 피고는 ○○기업의 법인세 등의 탈루 혐의를 조사하는 1차 조사 과정에서 ○○기업에게 조사대상기간의 급여대장의 제출을 요구하였으나, ○○기업은 2009 ~ 2010 사업연도 급여대장에 관하여는 부정확한 자료를 제출하고, 2011 사업연도 급여대장은 제출하지 않은 점, ② ○○기업은 2차 조사 무렵인 2012. 12. 7.에 이르러서야 피고에게 2009 ~2011 사업연도의 급여대장을 모두 제출하였고, 피고는 그와 같은 급여대장과 ○○기업이 스스로 제출한 소명자료 등에 대한 검토를 거쳐 원고에 대한 상여처분액 등을 경정한 점(피고는 1차 조사 이후 ○○기업에 대하여 추가로 질문을 하거나 장부ㆍ 서류ㆍ 물건 등을 검사ㆍ조사한 바가 없다), ③ 피고의 2차 조사는 ○○기업의 사정으로 나중에 제출된 과세자료 및 소명자료 등에 관한 사실관계 확인이나 분석을 통하여 ○○기업의 기존 신고내용에 오류가 있음을 발견하고 ○○기업에 자발적인 자기 시정의 기회를 주고자 한 것으로 보이고, 피고가 ○○기업에 수인의무를 부과한 바가 없으며, 이러한 과정에서 ○○기업의 영업에 별다른 지장을 초래한 것으로도 보이지 않는 점 등을 종합하면, 피고의 2차 조사가 '재조사가 금지되는 세무조사'에 해당한다고 볼 수 없다.

따라서 이 사건 각 처분이 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 기초한 것이라고 볼 수 없다.

2) 기준수입금액(사납금) 미달액이 사외유출되었다고 본 것이 위법한지 여부

앞서 든 증거와 변론 전체의 취지로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① ○○기업은 운수종사자들에게 급여를 지급하는 과정에서 기준수입금액(사납금) 미달액을 그 급여에서 차감하여 지급하지 않았으면서도 그 급여 전액을 지급한 것처럼 회계처리하고 그 급여 전액을 손금에 산입한 점, ② ○○기업은 기준수입금액(사납금) 미달액과 관련하여 이를 운송수입액이나 대표자 가지급금 등으로 회계처리하지 않았고, 그 회계장부에도 기준수입금액(사납금) 미달액 관련 계정이 존재하지 않는 점, ③ 기준수입금액(사납금) 미달액의 사용처나 귀속자에 관하여 아무런 자료가 없는 점 등을 종합하면, 기준수입금액(사납금) 미달액은 사외유출된 것으로 봄이 타당하고, 이는 그 사용처가 분명하지 않아 그 귀속이 불분명한 이상 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 ○○기업의 대표자인 원고에게 귀속된 것으로 보아야 하므로, 피고가 기준수입금액(사납금) 미달액 부분이 사외유출된 것으로 보아 ○○기업의 대표자인 원고에 대한 상여로 소득처분한 것은 적법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것)

제81조의4(세무조사권 남용 금지)

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의8(세무조사 기간)

① 세무공무원은 조사대상 세목・업종・규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다.

1. 납세자가 장부・서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우

2. 거래처 조사, 거래처 현지확인 또는 금융거래 현지확인이 필요한 경우

3. 세금탈루 혐의가 포착되거나 조사 과정에서 「조세범 처벌절차법」 제1조에 따른 조세에 관한 범칙사건으로 조사유형이 전환되는 경우

4. 천재지변이나 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사 기간을 정할 경우 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억 원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다.

③ 제2항에 따라 기간을 정한 세무조사를 제1항 단서에 따라 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 세금계산서에 대한 추적조사가 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제2항의 세무조사 기간의 제한 및 이 항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다.

⑥ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 제4항 및 제5항에 따라 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다.

제81조의12(세무조사의 결과 통지)

세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사 결과를 서면으로 납세자에게 통지하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

구 국세기본법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정되기 전의 것)

제63조의2(중복조사의 금지)

법 제81조의4 제2항 제5호에서 대통령령으로 정하는 경우 란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 법 제81조의5 및 제81조의12에 따른 부과처분을 위한 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우

구 법인세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제66조(결정 및 경정)

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

제67조(소득처분)

제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여・배당・기타사외유출・사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것)

제106조(소득처분)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것