청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO에 본점을 두고 종합건설업을 영위하는 법인으로 인천직할시 북구 OO동 OOOOO 대지 97㎡ 및 같은 곳 OOO O 대지 321㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 92.8.20 청구법인의 주주인 OOO의 가수금 50,801,575원과 상계정리하고 92.1.1～12.31 사업년도의 법인세과세표준 및 세액의 신고서에 쟁점토지를 취득가액과 동일한 50,801,575원에 양도한 것으로 하여 신고하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점토지의 양도가액을 취득가액과 동액으로 신고한 데 대하여 양도가액을 92.8.20 개별공시지가를 적용하여 227,295,000원으로 하여 부당행위계산부인하고 청구법인이 신고한 양도가액과의 차액 176,493,425원을 법인소득금액에 익금산입하고 회장인 OOO에게 상여처분하여 93.10.16 청구법인에게 92.1.1～12.31 사업년도의 법인세 76,471,307원 및 특별부가세 57,360,362원을 계산한 합계금액의 법인세 133,831,660원을 결정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.12.10 심사청구를 거쳐 94.4.7 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지의 거래는 청구법인과 OOO간의 거래로 보는 것이 타당하고 처분청이 부당행위계산부인한 처분은 부당하다.

청구법인의 주식을 전체 보유한 청구외 OOO이 89.2.1 주식전체를 양도하면서 건설업면허권과 건설공제조합 출자좌를 양도하고, 기타자산을 전 소유자 소유로 한다는 약정에 따라 쟁점토지를 양도한 것이고, 89.2.1 쟁점토지의 기준시가가 장부가액보다 낮으므로 92.8.20 기준시가를 적용하여 부당행위계산부인한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점토지의 양도시기는 89.2.1이다.

쟁점토지의 양도시기는 구체적 잔금청산일이나 실질적 소유권이 이전되었다고 보는 시기이므로 92.6.25 확정판결일이 아니라 당초 주식 양도·양수일인 89.2.1 또는 판결내용에서 양도약정원인일인 90.6.21로 보아야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인의 쟁점토지에 대한 양도는 청구법인의 전·현 지배주주간의 개인적인 약정에 의한 것이고,

(2) 92년도에 현재 지배주주인 OOO에 대한 가수금반제로 쟁점토지 양도가액을 정리한 것으로 보아 청구법인이 OOO에게 일단 양도하고 이를 다시 OOO에게 양도한 것으로 판단되며,

(3) 89.2.1 전·현 지배주주간에 회사 양수도 계약을 체결하고 89.3.10자로 이미 현 지배주주인 OOO가 대표이사로 취임하여 회사인수가 끝났다고 보여지므로 이 건 양도시기인 판결확정일에는 OOO는 청구법인의 지배주주로서 특수관계자에 해당되며,

(4) 쟁점토지의 토지가액(공시지가금액)과 청구법인의 양도가액과의 차액이 30%를 초과하므로 그 차액을 법인세법 제20조 및 같은 법 시행령 제46조의 부당행위 계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 주식을 100% 양도 양수하면서 작성된 약정서에 의하여 쟁점토지를 취득가액인 장부가액으로 양도한 것으로 신고한 데 대하여 처분청이 부당행위계산부인한 처분이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

법인세법 제20조 및 같은법시행령 제46조 제1항 제1호와 제2항 제4호을 모아보면 내국법인이 그 출자자와의 거래에 있어서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우로서 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있다.

다. 사실관계

(1) 청구법인의 전 대표자인 청구외 OOO과 현 회장인 OOO는 89.2.1 회사의 양도·양수계약을 체결한 바 동 계약서 2항에서 각인은 청구법인을 양도·양수하고, 동 3항에서 청구법인의 채무는 주식대금조로 양수자인 OOO가 승계하고, 4항에서 청구법인의 자산과 부채는 건설공제조합 출자좌(270좌)를 제외하고는 없는 것으로 하고, 출자좌는 무상양도키로 하고, 기타재산은 양도자인 청구외 OOO 소유로 한다고 하였다.

(2) 청구외 OOO은 청구법인이 쟁점토지를 소유권이전해주지 않은데 대하여 청구법인을 피고로하여 소송을 제기한 바, 91.4.3 서울민사지방법원 제18부 판결(90가 합60872, 91.4.3)에서는 “피고는 원고에게 쟁점토지에 관하여 90.6.21 양도약정을 원인으로 하는 각 소유권이전등기절차를 이행하라”고 하고 서울고등법원 제8민사부의 판결(91나 21079, 92.6.25)에서는 “피고의 항소를 기각한다”라고 하여 원심판결이 확정되었다.

(3) 서울민사지법 및 서울고등법원의 판결에서 “90.6.21 약정을 원인으로” 한데 대하여 청구법인은 당심판소의 자료요구에 대한 답변에서 “서면약정한 것이 아니고 전 주주인 OOO이 쟁점토지의 소유권이전에 대한 필요한 서류를 전화로 부탁하자 청구외 OOO가 필요한 서류를 가져오면 이행해줄 것을 구두로 전한 날이다”고 하고 있다.

(4) 청구법인은 92.8.20 청구법인의 주주이고 회장인 청구외 OOO의 가수금 50,801,575원과 쟁점토지의 장부가액인 같은 금액을 상계처리하고 쟁점토지를 취득가액과 동액으로 양도한 것으로 하여 법인세신고를 하였음이 청구법인의 92.1.1～12.31 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액신고서에 의하여 확인된다.

라. 쟁점토지를 누구에게 언제 양도한 것으로 볼 것인지에 대하여

(1) 청구법인은 청구법인의 전 주식소유자인 청구외 OOO이 89.2.1 청구법인의 주식전체를 양도하면서 청구법인의 소유부동산인 쟁점토지를 포함한 기타재산을 전 소유자인 OOO으로 한다고 하고 주식의 양수자가 이를 수락하였고, 서울민사지방법원 및 서울고등법원의 판결을 이유로 하여 양도시기는 주식매매계약서 작성일인 89.2.1이고 청구법인이 청구외 OOO에게 양도한 것으로 보아 부당행위계산이 되지 않는다고 주장하고 있으나,

위의 사실관계에 의하여 보면, 청구외 OOO과 OOO간의 회사 양도 양수계약서는 개인간의 거래일 뿐 청구법인의 의사는 반영된 바 없다.

또한, 청구법인이 쟁점토지의 대가를 92.8.20 청구외 OOO의 가수금과 상계정리한 것은 쟁점토지의 대가를 같은날 입금처리한 것으로 쟁점토지의 거래자 및 거래시기는 쟁점토지의 대가를 수령한 날인 92.8.20 가수금의 지급자인 OOO와 거래한 것으로 보는 것이 합당하다 할 것이다.

이것은 청구법인의 주식을 양도 양수할 때에 주식의 양수대가로서 주식의 양수자가 청구법인의 쟁점토지를 청구법인으로 부터 취득하여 소유권을 이전하여 줄 의무를 부담한 것으로 보는 것이 법인실체설을 인정하고 있는 현행 세법의 올바른 해석이라 할 것이고, 지배주주의 의견이 법인의 의견이기 때문에 회사의 양도 양수계약한 약정서에 의하여 쟁점토지를 전 소유자의 소유로 하여야 한다는 청구주장은 법인실체설을 부인한 것이고, 법원의 판결내용에서 “90.6.21 약정을 원인으로 하여”한 것도 청구법인의 현 주주 및 전 주주의 새로운 약정에 의한 사실을 인정한 것일 뿐이고 89.2.1 계약을 원인으로 소유권이전절차를 이행하라고 한 것이 아닌 점을 볼 때 동 판결도 개인간의 주식거래에서 의무부담에 대한 계약을 인정하였을 뿐이라고 해석되므로 청구법인의 주장은 관련법리를 오해한 것이라고 판단된다.

마. 부당행위계산 부인한 처분이 타당한지에 대하여

92.8.20의 쟁점토지에 대한 개별공시지가는 처분청이 조사한 바와 같이 227,295,000원임이 확인되고 있고, 위의 사실판단에서 청구법인은 청구법인의 주주인 청구외 OOO에게 쟁점토지를 양도한 것이므로,

위의 관련법령과 사실관계에 의하여 보면, 청구법인은 청구법인의 주주에게 쟁점토지를 거래당시의 개별공시지가보다 낮은 가액으로 양도한 것이므로 처분청이 이를 부당행위계산부인하고 이 건 처분한 것은 적법하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.