가. A 주식회사(이하 ‘A’이라 한다)는 2006. 7. 4.부터 충남 당진군 C에서 비철금속 제조업을 영위하던 중 2012. 1. 17. 대전지방법원 2011회합41호로 회생절차개시결정 및 대표이사 B에 대한 관리인 선임결정이 이루어져 2012. 1. 26. B이 관리인으로 등기되었다.

나. A은 2007년 제1기부터 2008년 제1기 과세기간에 이르기까지 아래 표 기재 각 매입거래처(이하 일괄하여서는 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 폐동 등을 매입하면서 각 기재 매입내역에 해당하는 세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 교부받아, 위 각 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 피고에게 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

(단위 : 원) 순번 이 사건 각 거래처 2007년 제1기 매입내역 2007년 제2기 매입내역 2008년 제1기 매입내역 합계 1 D 주식회사 1,439,344,450 469,038,000 1,908,382,000 2 주식회사 E 14,833,839,520 744,336,900 17,135,991,000 합계 1,439,344,450 15,302,877,520 744,336,900 19,044,373,000

다. 피고는 2010. 7. 5. A에 대하여, 이 사건 각 거래처가 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 위장사업자[이른바 ‘자료상(資料商)’]에 해당하므로 A이 위 각 거래처로부터 교부받은 이 사건 각 세금계산서도 사실과 다른 내용의 세금계산서라는 이유를 들어 매입세액 공제를 부인하고, 이에 더하여 A이 2007년도 제1기 과세기간에 누락한 F회사 등에 대한 55,779,300원의 매출을 계상하고 G회사로부터 받은 사실과 다른 245,318,540원의 세금계산서에 대한 매입세액 공제를 부인하며, 2007년 제2기 과세기간에 누락한 F 등에 대한 5,225,760원의 매출을 계상한 후, 2007년도 제1기분 부가가치세 311,252,840원, 2007년도 제2기분 부가가치세 2,648,277,320원 및 2008년도...