2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1997. 11. 6. 서울 은평구 OO동 소재 빌라(이하 '이 사건 구주택'이라 한다를 취득하였고 ) , 이 사건 구주택의 재건축으로 2002. 12. 20. 같은 동 OOOO아파트 0000호(이하 '이 사건 신축주택'이라 한다)를 취득(사용승인)한 후, 2007. 5. 31. 이를 양도하였다.

나. 원고는 이 사건 신축주택을 그 취득일로부터 5년 이내에 양도하였으므로「조세특례제한법」(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라고 한다)

제99조의3 제1항이 규정하는 양도소득세 전액 감면 대상에 해당한다고 신고하였다.

다. 이에 대하여 피고는 이 사건 구주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 소득에 대한 양도소득세는 면제되지 않는다는 이유로, 2012. 7. 9. 양도소득세 0000원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다). 이때 피고는 이 사건 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득세액을 계산함에 있어서, 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 과세대상 소득금액에서 차감하는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하는 방법인「조세특례제한법」시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라고 한다) 제99조의3 제2항, 제40조 제1항을 준용하였다.

[인정근거] 갑 1-2, 3, 을 1, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는 감면할 양도소득세액을 계산함에 있어서 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하였는바, 시행령 제40조 제1항의 계산식은 신축주택 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우에 적용되는 것일 뿐임에도 피고가 아무런 법적 근거 없이 원고가 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도한 이 사건에 위 규정의 계산식을 적용하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지와 같다.

다. 판단

법 제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 '세액을 감면하는 방식'에 의하여 산정하도록 규정하고 있는 반면, 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에는 '양도소득금액을 차감하는 방식'에 의하여 산정하도록 규정하고 있다. 그러므로 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에 적용되는 '양도소득금액을 차감하는 방식'으로 계산할 수 없다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두3725 판결참조). 법 제99조의3 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 '신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항본문의 규정을 적용함에 있어서 '당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 여기서 '당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'이란 법 제99조의3

제1항의 후문, 즉 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 양도소득금액을 의미하는 것이다. 따라서 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어서는 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용할 아무런 법령상 근거가 없는 것으로 보인다. 따라서 법적 근거 없이 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 계산한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 한다.