청구법인은 경기도 고양시 OO동 OOOOO에서 금융·소매업을 영위하는 OO협동조합으로서 94.7.1자로 소매업부분이 면세사업에서 과세사업으로 전환된 후 재고품매입세액 2,797,323원을 처분청에 신고하였고 94년도 제2기분 부가가치세 예정 및 확정신고시 위 재고품매입세액과 동과세기간의 환급세액 57,111,781원, 합계 59,909,104을 환급신고하였다.

처분청은 당초 청구법인이 신고한 세액 전액을 환급하였으나 면세사업에서 과세사업으로 전환한 후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 한도내에서 재고품매입세액을 공제하는 것이므로 납부할 세액이 없는 경우에 재고품매입세액은 환급되지 아니한다고 보아 95.3.16 청구법인에 94년 제2기분 부가가치세 3,070,050원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 95.4.25 이의신청, 95.6.30 심사청구를 거쳐 95.9.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

부가가치세법의 개정으로 과세사업자로 전환된 94.7.1 현재 시점에서는 일반 과세사업자가 신규로 사업을 개시하는 경우와 다름이 없으므로 94.7.1 현재 보유하고 있는 재고자산은 일반과세사업자가 신규로 매입하는 재고자산과 동등하게 매입세액을 공제(환급) 받아야 하므로 신고세액을 환급하여야 한다.

나. 국세청장 의견

면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우 면세사업자로서 취득한 상품 등 재고품매입세액은 전환 후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액의 범위내에서 공제하는 것이므로 미공제재고품매입세액을 환급신고한 것에 대하여 처분청이 환급하지 아니한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

면세사업에서 과세사업으로 전환한 경우 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하는 재고품매입세액을 공제할 수 있는지를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 제1항과 제1호에 의하면 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(납부세액)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하고 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다고 규정하고 있고, 같은법시행규칙부칙(재무부령 제1957호, 93.12.31) 제6조 제1항은 제11조의5 제1항의 규정에 의한 별표 5 중 제5호 등의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품(세금계산서 수수분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 94년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고, 같은조 제2항은 제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 계산하여 이 규칙 시행후 6월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

다. 사실 및 판단

청구법인이 영위하는 소매업부분이 부가가치세법 시행규칙 제11조의5(93.12.31 개정)와 동규칙별표5 제5호 및 부가가치세법시행규칙 부칙 제1조 단서에 의하여 94.7.1자로 부가가치세면세사업에서 과세사업으로 전환된 사실에 대하여 다툼이 없고, 청구법인의 신고내용은 다음과 같다.

매출세액① 36,062,602 원

매입세액② 93,174,383 원

환급세액(①-②)57,111,781원

재고품매입세액 2,797,323 원

환급신고액 59,909,104 원

부가가치세 과세사업자는 각 과세기간의 매출세액에서 매입세액을 공제하여 그 차액을 납부하거나 환급받는 것이 원칙이고, 또한 각 과세기간 단위로 납부할 세액을 계산하는 과세체계를 고려하면 이 전 과세기간의 매출세액·매입세액에 의하여 당기의 납부할 세액이 변동되지 아니함이 원칙이다. 다만, 과세특례자가 일반과세자로 전환되거나 면세사업자가 과세사업자로 전환되는 경우에는 예외적으로 이전 과세기간 분의 재고품매입세액을 전환 후 6월간의 납부할 세액의 범위에서 공제하도록 하고있다.( 부가가치세법 시행령 제63조의3 제5항, 동법시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 93.12.31) 제6조 제2항 참조) 그런데 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조 제2항이 동법시행령 제63조의3 제5항과 달리 “....재고품매입세액을 전환 후 6월간의 납부할 세액에서 공제한다”라고만 규정하고 납부할 세액에서 공제되지 아니하는 금액은 이를 없는 것으로 보는지 여부를 명시적으로 규정하지 아니하였다고 하더라도 미공제재고품매입세액은 이를 공제할 수 없다고 보는 것이 법적용의 형평에 비추어 타당하다고 판단된다.

따라서 면세사업자가 과세사업자로 전환되면서 재고품매입세액을 신고하고, 전환 후 6월간의 매출세액이 매입세액 보다 작아 환급받을세액이 발생하면 재고품매입세액을 공제할 수 없게 되는 것이고(재경원예규 소비 46015-35, 95.2.7 동지), 청구법인의 부가가치세 신고에 의하면 94년 제2기 중 매출세액이 매입세액보다 작으므로 재고품매입세액 전액은 이를 공제할 수 없는 것이므로 처분청이 이 건 부가가치세를 경정고지한 처분은 잘못이 없다.