가. 청구법인은 2003년 4월에 개업하여 창고업과 화물자동차 운송사업을 영위하는 법인으로 주식회사 OOO유업(이하 “OOO유업”이라 한다)과 제품운송 용역계약을 체결하고 OOO유업이 생산하는 유제품의 수·배송 업무를 담당하였으나, 수·배송 업무를 담당하는 차량의 운행연료인 유류는 OOO유업이 지정하는 OOO주유소와 OOO 주유소(이하 “지정주유소”라 한다)로부터 공급받고, 유류비를 포함한 운송용역 대가를 OOO유업으로부터 지급받아 매출세금계산서를 교부하였고, 청구법인은 운송용역대가 중 차량운송료는 지입차주에게, 유류대는 주유소에 지급하여 지정주유소로부터 매입세금계산서를 교부받았다.

나. OOO지방국세청장은 OOO유업에 대한 세무조사 결과, OOO유업이 청구법인에 위임한 운송용역과 관련하여 OOO유업에 교부한 매출세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 위 과세자료통보에 따라 2011.4.22. 청구법인에게 부가가치세 세금계산서가공·위장 가산세(이하 “사실과 다른 세금계산서 가산세”라 한다) 2007년 제1기 OOO원 및 제2기 OOO원, 2008년 제1기 OOO원 및 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원을 각각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.7.11. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OOO유업에 제품운송용역을 제공하고 운용역의 대가 중 유류비를 OOO유업이 별도로 부담하기로 약정하였고, 동 약정에 근거하여 쟁점세금계산서를 교부하여 유류비를 별도로 지급받았고, 쟁점세금계산서는 OOO유업에 운송용역을 제공하고 교부한 세금계산서이므로 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없으며, 주유소로부터 주유내역을 OOO유업이 직접 통보받은 것은 OOO유업이 청구법인의 운송용역 원가인 유류비를 직접 통제하여 용역원가가 과대 계상되는 것을 방지하기 위한 것이므로 OOO유업이 주유 내역을 직접 통보받은 사실만을 가지고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 가산세를 과세한 당초 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OOO유업과 제품운송 용역 계약을 체결하고 청구법인의 지입 차량과 운전자를 이용하여 OOO유업의 제품을 수·배송하고 있는바, 운송차량에 소요되는 유류는 OOO유업이 현물로 지급하기로 계약을 체결하였으며 이에 따라 OOO유업은 지정주유소를 지정하여 지정주유소와 별도의 유류공급계약을 체결하고 유류를 직접 매입하여 운송차량에 지급하였으므로 OOO유업은 청구법인으로 유류를 매입한 것이 아니라 지정주유소에서 매입한 것으로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이건 과세한 처분은 정당하다.

3. 사실관계 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 재화의 공급 없이 교부한 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 세금계산서 가공·위장·미발급가산세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)부가가치세법

제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2.제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

제22조 【가산세】(2006.12.30, 법률 제8142호로 개정된 것)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 기재된 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 따른 세금계산서를 교부하지 아니한 때

2. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 제16조 제1항의 규정에 따른 세금계산서를 발행한 때

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자 외의 자의 명의로 세금계산서를 발행한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만，대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

제22조【가산세】(2007.12.31, 법률 제8826호로 개정된 것)

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 기재된 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

3의 2. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자 외의 자의 명의로 세금계산서를 교부받은 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

부칙((2007.12.31, 법률 제8826호로 개정된 것)

제3조 【가산세에 관한 적용례】제22조 제3항 및 제8항의 개정규정은 이 법 시행 후 개시하는 과세기간에 대하여 가산세를 부과하는 분부터 적용한다.

다. 심리 및 판단

(1) 이건 과세경위를 보면, 처분청은 청구법인이 OOO유업과 제품운송 용역 계약을 체결하고 청구법인의 지입 차량과 운전자를 이용하여 OOO유업의 제품을 수·배송하고 있는바, 운송차량에 소요되는 유류는 OOO유업이 현물로 지급하기로 계약을 체결하였으며 이에 따라 OOO유업은 지정주유소를 지정하여 지정주유소와 별도의 유류공급계약을 체결하고 유류를 직접 매입하여 운송차량에 지급하였으므로 OOO유업은 청구법인으로 유류를 매입한 것이 아니라 지정주유소에서 매입한 사실이 확인되어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2011.4.22. 청구법인에게 부가가치세(가산세) 2007년 제1기 OOO원 및 제2기 OOO원, 2008년 제1기 OOO원 및 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원을 과세하였으나, 청구법인은 OOO유업에 제품운송용역을 제공하고 운용역의 대가 중 유류비를 OOO유업이 별도로 부담하기로 약정하였고, 동 약정에 근거하여 쟁점세금계산서를 교부하여 유류비를 별도로 지급받았으며, 쟁점세금계산서는 OOO유업에 운송용역을 제공하고 교부한 세금계산서이므로 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없으며, 주유내역을 주유소로부터 OOO유업이 직접 통보받은 것은 OOO유업이 청구법인의 운송용역 원가인 유류비를 직접 통제하여 용역원가가 과대 계상되는 것을 방지하기 위한 것이므로 OOO유업이 주유 내역을 직접 통보받은 사실만을 가지고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이건 과세한 처분은 부당하다고 주장한다.

(2) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 답변서에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다

(가) 처분청은 OOO지방국세청장의 통보내용에 따라 청구법인에 아래 <표1>과 같이 경정·고지(2011.4.11)한 것으로 나타난다.

(OO : OO)

(나) 청구법인이 OOO유업과 체결한 냉장제품운송용역계약서(2007.5.1.)에는 아래와 같은 사실이 나타난다.

제1조(업무의 대행) OOO유업은 OOO유업의 공장에서 생산하는 제품 및 수입품, 기타 용기의 수·배송을 청구법인에게 위임하고 OOO유업이 지정하는 기준의 차량으로 OOO유업과 청구법인의 관리하에 지정장소까지 성실히 수·배송한다.

제10조( 수·배송운임) 냉장제품 운송차량의 노선별 수·배송 운임은 OOO유업의 노선별 단가표에 의한다.

제11조(유류비 지급방법)가. 유류비는 차종별 연비를 적용하여 월 단위로 현물 지급한다

·차종별 연비(1㎞당) 2.5톤-0.19ℓ, 3.5톤-0.194ℓ, 4.5/5톤-0.235ℓ(이하생략)

나.잔여 유류비는 1개월간 보관 주유함을 원칙으로 하며 보관방법은 아래와 같이 적용한다

다. 잔여 유류비에 대한 최대 보관금액은 차종별로 제한한다.

라. 청구법인의 차량은 OOO유업의 지정주유소에서만 주유가 가능하며 타 장소에서의 주유는 절대 인정하지 않는다.

마. 타 차량번호로 대체 주유 시 해당 차량, 대체 차량은 월 총 지원 유류량의 50%는 OOO유업에서 지급하고, 나머지 50%는 청구법인이 부담한다.

바. OOO유업의 유류 지원은 청구법인의 차량이 제품 운송 중에 소모되는 유류(경유)만을 지원하며 타 용도로 사용되는 부분을 평택물류가 부담한다.

(다) OOO유업과 지정주유소, 청구법인 간에 체결한 유류공급계약서(2008.6.1.)에는 아래와 같은 사실이 나타난다.

OOO유업(갑)과 지정주유소(을), 청구법인(병)는 상호 신의에 입각하여 아래와 같이 유류공급 계약을 체결한다.

제1조(유류의 공급)을은 갑이 지정한 차량에 대하여 성실한 자세로 정품·정량 등의 원칙에 입각하여 갑의 차량에대하여 유류를 공급하며 을은 을의 거래(주유권)명세표에 갑의 차량으로부터 서명 확인을 받는다. 단, 갑이 지정한 차량의 변동시에는 그 내역을 을에게 사전 통보토록 한다.

제2조(유류공급단가)①을이 갑에게 납품하는 유류의 공급단가는 인근중유소의 일일 판매가를 월 평균하여 -35원(리터당)할인금액을 적용한다. 단 인근주유소 최저 및 최고단가를 제외한 주유소 평균단가에서 -35원 할인한 금액을 적용한다.

② 인근주유소의 평균단가 산정은 갑의 자료에 의한다.

제5조(대금의 청구 및 지불)①을은 갑이 요구하는 거래내역에 대한 증빙서류를 매월 첨부하여 갑의 사전 승인을 득한후 병에게 대금을 청구한다.

② 갑은 유류대 지급을 익월 15일 병의 은행계좌로 현금 입금하며, 병은 지급받은 당일 을에게 을의 은행계좌로 현금 입금한다.

③ 갑이 지정한 주유량을 초과한 차량에 대하여는 을이 해당 차량 차주에게 대금을 직접 청구 결재토록 한다.

제7조(계약내용의 변경)계약기간 중 갑의 제품수송업무에 관한 운용방침이 변경되어 계약이 변경될 시 갑은 을에게 1개월 전에 통보 후 집행할 수 있다.

제11조(손해배상)을은 을의 귀책사유로 인해 발생된 갑의 손해에 대하여 전액 변상책임과 민·형사상의 모든 책임을 져야한다.

(다) 위 계약내용의 주요내용을 보면, 제품운송차량의 유류공급을 위하여 지정주유소는 월간 제품운송차량의 주유내역을 차종별로 명세서를 작성하여 OOO유업에 통보하며 청구법인에 대금을 청구하는 것이 아니라, OOO유업의 승인을 받아 대금을 청구하며 OOO유업은 청구받은 대금을 청구법인의 계좌로 송금하고, 청구법인은 OOO유업이 송금한 금액을 당일 계좌이체 방법으로 지정주유소로 송금하는 것으로 나타난다.

(라) 계약상 OOO유업이 제품운송에 소요되는 유류를 실물로 제공하고 청구법인은 차량과 운전자를 OOO유업에 파견하여 OOO유업의 제품을 운송하는 것으로 나타난다.

(마) 제품운송에 소유되는 유류는 OOO유업이 지정주유소와 유류공급계약을 별도로 체결하여 차량별로 매입유업에서 정한 기준에 의한 일정량만 지정주유소를 통해 차량에 제공하고 기준량 초과부분은 지정주유소가 지입차주에게 직접 청구하고, 청구법인은 유류 매입과 유류단가결정 등 공급에 일체 관여하지 않은 것으로 나타난다.

(3) 위 사실관계를 종합하여 보면, 처분청은 OOO유업과 지정주유소, 청구법인 등 3자 간 체결한 유류공급계약 및 대금수수 경위를 볼 때, 유류 공급량, 유류단가 결정 등 모든 사항이 OOO유업과 지정주유소 간에 이루어지고 청구법인은 전혀 관여하지 않은 점, 유류는 지정주유소가 OOO유업에게 납품하는 것으로 계약이 체결되었고 이에 따라 지정주유소가 OOO유업의 제품을 운송하는 차량에 주유를 허용하고, 월간 주유내역을 지정주유소에서 집계하여 청구법인을 거치지 않고, 직접 OOO유업에게 통보하여 OOO유업의 승인을 얻은 후 지정주유소가 OOO유업에게 공급한 유류대금이 확정되는 점, 지정주유소의 귀책사유로 OOO유업이 손실을 입는 경우에는 청구법인이 아닌 지정주유소가 OOO유업에 대하여 모든 책임을 지도록 계약이 체결되어 있는 점 및 동 유류공급은 OOO유업이 직접 자기의 책임과 계산으로 지정주유소에서 유류를 매입하여 지입차량에 제공하였다고 보이므로 청구법인이 OOO유업에 교부한 쟁점세금계산서는 유류를 공급하지 않고 발행된 사실과 다른 세금계산서로 보아 이건 부가가치세를 과세하였으나, 청구법인과 OOO유업이 물품운송용역공급업무와 관련한 세금계산서를 수수함에 있어, 지정주유소로부터 유류를 공급받고 그에 따른 세금계산서는 OOO유업에 교부하였다하더라도 유류공급가액에 대한 대금을 청구법인이 OOO유업으로부터 실제 지급받은 사실에는 다툼이 없고, 청구법인은 OOO유업의 물품운송용역을 대행하고 있어 OOO유업의 유류비 절감 및 관리업무에 협조하였을 뿐, 중간의 거래단계에서 어떤 이익을 취하지 아니하고 수령한 유류대금 전액을 전부 지정주유소에 지급한 사실이 나타나고 있어 조세탈루의 의도가 없는 것으로 보이며, 순수하게 OOO유업이 물품운송용역과정에서 발생하는 유류비를 절감하기 위한 차원에서 유류가격 및 사용량을 관리할 목적으로 지정주유소 및 청구법인과 3자간 거래를 유지한 것으로 보이고, 이건은 OOO유업에게 물품운송용역을 제공하는 청구법인이 물품운송용역거래의 중간과정에서 운임 등의 대금 수수와 병행하여 유류대금을 포함하여 세금계산서를 교부한 경우로서 각거래 당사자가 납부 하였어야 할 세액의 합계에는 차이가 없는 점 및 OOO유업과 지정주유소 간의 거래구조는 실질적인 측면에서 중간에 청구법인이 개입되었다 하더라도 OOO유업으로부터 청구법인을 통하여 지정주유소에 유류대금의 지급이 정상적으로 이루어져 전체적인 부가가치세 납부총액이 일치하여 유류의 유통거래질서가 문란하여지거나 국가가 손해를 보았다고도 볼 수 없는 점 등에 비추어 보아 쟁점세금계산서의 수수는 정상거래로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이건 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.