가. 청구인은 OOO 대지 233.9㎡를 매입하여 그 지상에 다세대 주택을 신축하여 OOO 사용승인을 받고, 2007년에 위 다세대 주택 중 4호OOO를 각각 양도하고, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 따라 양도소득세 2007년 귀속분 OOO원 및 2008년 귀속분 OOO원을 감면신청하면서 이와 관련하여 양도소득세 감면세액의 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세 2007년 귀속분 OOO원 및 2008년 귀속분 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 조특법 제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 당초 나대지 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액에 대해서는 감면이 배제되는 것으로 보아, 과다 감면신고된 부분에 대해 OOO 청구인에게 양도소득세 2007년 귀속분 OOO원, 2008년 귀속분 OOO원을 각 경정·고지하고, 농어촌특별세 2007년 귀속분 OOO원 및 2008년 귀속분 OOO원을 각 환급하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 OOO 신축·양도된 다세대 주택 중 5년 이후 양도한 주택 3호OOO의 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 신축주택의 양도에 따른 과세표준 및 세액을 경정하도록 일부 인용결정(조심 2013서497 및 2013서612)하였다.

라. 처분청은 위 심판결정에 따라 청구인에게 고지한 양도소득세를 감액(2007년 귀속분 OOO원 및 2008년 귀속분 OOO원)하고 농어촌특별세를 추가로 고지(2007년 귀속분 OOO원 및 2008년 귀속분 OOO원)하였으며, 청구인은 OOO법원에 양도소득세 부과처분의 취소를 구하는 소송OOO을 제기하였다.

마. OOO지방국세청장은 신축주택에 대한 양도소득세 감면사건 중 법원에서 패소한 사례에 대하여 직권으로 부과처분을 취소할 것을 처분청에 요청하였고, 처분청은 이에 따라 OOO 양도소득세 감액 후 잔존세액 2007년 귀속분 OOO원 및 2008년 귀속분 OOO원을 직권으로 취소(이에 따라 청구인은 OOO 위 행정소송을 취하하였다)하는 한편, 농어촌특별세 2007년 귀속분 OOO원 및 2008년 귀속분 OOO원을 경정·고지하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2007년 및 2008년 귀속 양도소득세 및 농어촌특별세를 신고하였고 이에 따라 신고기한으로부터 5년인 제척기간이 경과한 2015.1.21.에 한 처분청의 이 건 농어촌특별세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다 할 것이므로 부과제척기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구인에 대하여 양도소득세를 결정취소(신축주택 양도소득세 감면)하면서 이에 필수적으로 부가되는 농어촌특별세를 결정고지한 처분은 잘못이 없다.

(2) 청구인에 대한 양도소득세 부과처분의 취소 및 기환급한 농어촌특별세의 부과는 불이익한 처분이 아니고 새로운 처분을 한 것도 아니므로 이 건 심판청구는 부적법하다.

(가) 양도소득세 감면과 관련된 농어촌특별세는 세목 및 목적은 다르나 양도소득세를 결정함에 있어 양도소득세와 동일한 세목코드로 과세된다는 점으로 볼 때 결정취소 및 환급함에 있어 형식상의 문제로 산술상으로는 납세자에게 동일한 금액을 환급하여 주는 것으로 청구인에게 불이익을 주는 처분이라고 할 수 없다.

(나) 처분청은 청구인의 이익을 고려하여 계류중인 소송에 대하여 판결 전에 직권취소 요청에 의하여 당초 신고의 적정성을 인정하여 신고대로 결정취소한 것이고, 동일한 범위 내의 처분을 다시 한 것이므로 새로운 결정이라 할 수 없으며, 이미 직권취소에 의하여 청구인에게 필요한 처분을 하였으므로 청구대상이 존재하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

양도소득세 부과처분에 대한 소송 진행중 신고기한으로부터 5년이 경과한 후에 본세를 직권취소하고 농어촌특별세를 부과한 처분이 부과제척기간을 경과한 위법한 처분인지 여부 및 이 건 심판청구가 부적법한 청구인지 여부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

제26조의2【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(괄호 생략로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(괄호 생략).(후단 생략)

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

(2) 소득세법 제110조【양도소득과세표준 확정신고】① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(괄호 생략) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

(3) 농어촌특별세법

제2조【정의】① 이 법에서 “감면”이란 「조세특례제한법」·「관세법」·「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제

제3조【납세의무자】다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

제5조【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

제7조【신고·납부 등】① 제5조 제1항 제1호에 따른 농어촌특별세는 해당 본세를 신고·납부(중간예납은 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고·납부하여야 하며, 신고·납부할 본세가 없는 경우에는 해당 본세의 신고·납부의 예에 따라 신고·납부하여야 한다. (단서 생략)

제8조【부과·징수】② 제7조에 따라 농어촌특별세의 신고·납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각 호에 따른다.

1. 제3조 제1호의 납세의무자 중 소득세 또는 법인세의 감면을 받는 자와 제3조 제3호·제4호 및 제6호의 납세의무자(괄호 생략)에 대하여는 세무서장이 해당 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 신축한 다세대 주택 4호를 2007년 및 2008년에 양도하고 조특법 제99조의3에 따라 양도소득세 감면을 신청하였고, 처분청이 감면을 부인(청구인이 신고한 농어촌특별세는 환급)함에 따라 행정소송을 제기하였으며, 이후 처분청의 직권취소로 다시 양도소득세 감면을 적용받게 되면서 처분청으로부터 농어촌특별세 과세처분을 받고 이에 불복하여 심판청구를 제기하였는바 이와 관련한 내역을 요약하면 아래 <표>와 같다.

<표> 과세경과 요약

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청의 농어촌특별세 부과처분이 제척기간 5년을 경과하였으므로 위법하다고 주장하나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보는 것이 타당한 점, 처분청이 양도소득세 부과처분과 관련한 소송 진행중 당해 부과처분을 직권취소하는 경우에는 그 날을 「국세기본법」제26조의2 제2항의 판결이 확정된 날로 볼 수 있고, 그 날로부터 1년이 지나기 전까지는 직권취소에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 볼 수 있는 점, 「농어촌특별세법」제8조 제2항 제1호에서 농어촌특별세는 해당 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다고 규정하고 있어 양도소득세의 감액경정에 부수한 농어촌특별세의 증액경정은 가능하다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 이 건 농어촌특별세에 관하여는 「국세기본법」제26조의2 제1항이 아닌 제2항의 국세부과제척기간이 적용(조심 2015서1610,2015.6.22. 같은 뜻임)되므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

한편, 처분청은청구인에 대하여 양도소득세 부과처분을 취소하면서 기환급한 농어촌특별세를 다시 고지한 처분은 불이익한 처분이 아니고 새로운 처분을 한 것도 아니므로 이 건 심판청구가 부적법하다는 의견이나, 양도소득세와 농어촌특별세는 입법 목적 등이 서로 다른 별개의 세목으로서 농어촌특별세 부과처분은 독립된 처분이라 할 것인 점, 청구인이 당초 신고한 농어촌특별세는 처분청의 환급으로 취소되었고 이 건 농어촌특별세는 이후 처분청이 새로 부과처분한 것인 점 등에 비추어 이 건 농어촌특별세의 취소를 구하는 심판청구를 부적법하다고 보기는 어렵다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.