청구법인은 1993.2.17. 개업하여 OOOOO OOO OOO OOOOOO번지에서 유무선통신장비, CCTV 등을 제조하는 업체로서 자료상으로 고발된 주식회사 OOO정보통신(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 세금계산서 2002년 2기 3매 공급가액 300,178,000원, 2003년 1기 3매 공급가액 320,490,000원 합계 620,668,000원(이하 “쟁점금액” 및 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하고 또한 주식회사 OOO으로부터 2003년 1기 1매 공급가액 70,000,000원의 세금계산서를 수취하여 손금산입하여 법인세를 신고하였으나, 처분청은 위의 거래를 가공거래로 보아 손금불산입하여 2005.8.2. 청구법인에게 법인세 2002사업년도 116,310,750원, 2003사업년도 140,322,390원을 경정고지하고 위의 공급가액(2002년 300,178,000원, 2003년 390,490,000)에 부가가치세를 합한 금액을 대표이사에게 상여처분하여 소득금액변동통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.10.7. 이의신청을 거쳐 2006.3.23. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 2002.10월부터 2003.3월 기간동안 수취한 쟁점세금계산서는 관공서, 정부투자기관, 민간기업 수주확대의 입찰을 대비하여 전략적 실적확보 차원에서 저가수주 납품계약한 OO OOOOO 현장 등 민간업체의 영상감시장치 제작에 투입된 컴퓨터주변기기(DVR등) 등 원재료를 용산 및 세운상가에서 성명불상의 덤핑판매업자들로부터 실물매입하고 수취한 매입세금계산서이므로 매입세액공제는 받을 수 없다고 하더라도, 거래품목·매입가액 등 실물거래사실은 관련 증빙으로 보아 틀림이 없을 뿐만 아니라 만일 쟁점금액이 원가로 인정되지 않는다면 정상적인 다른 사업연도에 비하여 제품매출원가율과 제품매출액 대비 재료비 비율이 현저히 낮아 경험칙상으로도 반하는 등 부당하므로 매출에 대응하는 제조원가로 인정되어야 한다.

처분청은 2002년, 2003년 매출액은 이전보다 증가함에도 재료비는 오히려 감소하고 외주가공비가 늘어나는 등 청구법인이 직접 제조하던 부분의 상당량이 외주가공으로 공급된 것으로 보이므로 외주가공부분을 감안한다면 단순히 매출액과 재료비만을 비교한 청구법인 주장은 신빙성이 낮다고 하나, 청구법인의 경우 외주가공비는 직접재료비 외주가공이 아니라 자체 개발이 불가한 일부 시스템에 대해 외부 전문업체에 프로그램 개발을 의뢰한 부분을 일컫는 항목으로 개발인건비 성격이며, 2002년, 2003년은 과적검문소 무인화 단속 프로젝트를 수행하던 연도로서 자동번호 추출프로그램의 자체개발이 불가하여 이에 대한 개발인건비가 외주가공처리되었기 때문에 외주가공비를 재료비에 포함하여 재료비율을 산정함은 타당하지 아니하고, 청구법인은 외주가공비 관련 표본업체 몇 개만을 명시하였던 바, 관련 처분청 의견은 일부만을 보고 섣부른 결론에 이른 것으로 보이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점세금계산서의 실매입처를 밝히지 않고 있고, 통장에서 인출한 대금의 귀속자가 누구인가에 대한 소명도 없었으며, 청구인 주장은 당초 실제거래라고 주장하다가 조사착수후 위장거래를 주장하며 실거래처로 주식회사 OO종합시스템을 지목하여 어음사본을 제시했으나 금융조사결과 OO어음이 아닌 융통어음임이 확인되었고, 쟁점세금계산서는 낮게 책정된 관급계약에서의 정상 이익 창출을 위해 덤핑거래한 것이라고 주장하다가 이의신청 및 심판청구시 향후 입찰대비한 실적확보차원에서 민간업체 영상감시장치에 투입된 원재료라고 주장하는 등 청구주장에 일관성이 없어 그 주장을 신뢰하기 어렵다.

청구법인은 외주가공비가 자체개발이 불가한 일부 시스템에 대해 외부업체에 개발의뢰한 비용이라고 주장하나, 청구법인이 주장한 주요 4개업체의 개발인건비가 2002년, 2003년 전체 외주가공비와 비교하여 현저하게 낮아 청구법인의 주장과 같이 외주가공비가 직접재료비 외주가공이 아닌 자체개발이 불가한 시스템의 개발인건비라고 볼 수 없어 보인다.

매입원가로서 손금을 인정받기 위해서는 매입 및 지출된 내용이 객관적인 증빙서류 등에 의해 확인되어야 하는 바, 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 제3자로부터 6개월에 걸쳐 620,688천원의 공급가액으로 6번의 세금계산서와 거래명세표를 수취한 내역으로 보아 덤핑으로 매입하여 실거래처를 알 수 없다는 주장은 신뢰하기 어려우므로 원재료의 실매입처 또는 대금의 귀속자가 누구인가에 대한 소명이 없는 청구법인의 주장은 이유없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 실물거래를 통해 수취하였는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】

법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

(3) 법인세법 제66조【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인은 청구외법인에 대한 자료상조사시에는 실거래를 주장하였으나 청구외법인이 자료상으로 확정되었고, 청구외법인과의 거래사실에 대한 소명시(2004.12월)에는 주식회사 OO종합시스템으로부터 매입하였다고 주장하면서 지급어음을 제시하였으나 금융조사결과 OO어음이 아닌 융통어음임이 확인되어 본 거래와는 무관한 어음으로 밝혀졌고, 불복단계(과세전적부심사, 이의신청, 심판청구)에서는 덤핑거래로 거래상대방을 알 수 없으나 원재료비율 등을 근거로 쟁점금액 만큼의 원재료를 구입했다고 주장하였다.

(2) 청구법인은 실지매입사실을 주장하며 세금계산서, 거래명세표, 통장인출내역[청구법인의 OO은행 통장 사본(계좌번호 : OOOO OOOOOOOOOOOOO)], 거래처원장 및 지출결의서 등을 제출하고 있고 그 내역은 아래 표와 같이 정리되나, 실매입처에 대해 밝히지 아니하고 있고, 현금 인출로서 인출한 금액을 받은 사람도 확인되지 아니한다.

(OO O O)

(3) 매출액 대비 원가율 등에 대해 청구법인은 아래 표를 제출하고 있고,

<청구법인 수행 제품매출원가율 등 >(OO O OOO, O) O OOOO O OOOOOOOO ( )O OOOOO OOOOO OOO OO O OOO

쟁점금액이 원가로 인정되지 않는다면 정상적인 다른 사업연도에 비해 매출원가율과 매출액대비 재료비비율이 현저히 낮아 경험칙상으로 반하고(쟁점금액 제외시, 매출대비원가율이 2002년 74.9%,2003년 69.2%이고, 매출액대비 재료비비율은 2002년 40.7%, 2003년 35.5%임), 2002년, 2003년은 과적검문소 무인화 단속 프로젝트를 수행하던 연도로서 자동번호 추출 프로그램의 자체개발이 불가하여 이에 대한 개발인건비가 외주가공처리되었기 때문에 외주가공비를 재료비에 포함하여 재료비율을 산정함은 타당하지 않다고 주장{청구법인은 위의 표에서 2002년과 2003년 ‘청구법인수행 제품매출원가율’(74.9%, 69.9%)과 ‘청구법인 수행 제품매출액대비 재료비비율’(66.4%, 60.8%)이 다른 사업연도에 비해 낮고, 쟁점금액을 가공매입으로 보아 매출원가에서 제외하였을 때에는 다른 사업연도에 비해 현저히 낮다고[(제품매출원가율) 65.1%, 57.9% ; (재료비비율) 56.0%, 48.7%)] 주장}하고 있으나,

‘매출액 대비 매출원가율’ 및 ‘매출액 대비 재료비비율’은 부품가격 변동이나 당시 경제상황 변화 등에 따라 변동 가능한 것으로 각 사업연도마다 일정할 수는 없는 것이고, 쟁점금액을 제외한 상태에서 청구법인의 그 비율들을 살펴보아도 1999년～2005년 사이에 크게 변화를 보이고 있는 상황에서 2002년과 2003년의 쟁점금액을 제외하고 계산한 그 비율들이 다른 사업년도에 비해 현저하게 낮다고 할 수는 없어 보인다.

(4) 위와 같이 2002년과 2003년의 쟁점금액 제외시 ‘매출액 대비 매출원가율’ 및 ‘매출액 대비 재료비비율’이 다른 사업연도에 비해 현저하게 낮다고 할 수 없어 보이고, 청구법인이 쟁점세금계산서의 실매입처를 밝히지 아니하고 있으며, 청구법인 통장에서 인출된 현금이 누구에게 귀속되었는지도 확인되지 아니하고, 당초 조사시와 불복청구시에 청구법인의 주장에 일관성이 없어 청구 주장을 신뢰하기도 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점세금계산서를 실물거래에 의해 수취하였다고 하기 어려워 보이므로, 청구법인에게 한 법인세 부과 및 관련 상여처분을 내용으로 하는 소득금액변동통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.