가. 수정산터널 민간투자사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)은 사회간접자본시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투자법’이라 한다) 제4조 제1호의 ‘사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식’{BTO(Build-Transfer-Operate) 방식}으로 부산항과 부산 도심을 연결하는 2.3km 의 왕복 4차선 터널을 건설하여 운영하는 사업이다.

나. 원고(설립 당시 상호가 ‘주식회사 맥쿼리한국인프라스트럭쳐’였으나 2005. 5. 31. ‘수정산투자 주식회사’로 변경되었다. 이하 ‘원고’라고만 한다)는 말레이시아 법인인 맥쿼리 코리안 인프라스트럭쳐 홀딩스(Macquarie Korean Infrastructure Holdings SDN BHD, 이하 ‘MKIH'라 한다)가 수정산터널을 인수하여 운영하기 위하여 2001. 6. 4. 설립한 법인이다.

다. 감사원은 2010. 9.경부터 2010. 11.경까지 최소운영수입보장 방식의 민간투자사업에 대한 사후관리실태를 감사하고, 국세청에 민간투자사업자들의 후순위차입금 이자율의 적정 여부를 조사할 것을 요구하였다. 라.

이에 따라 피고는 2011. 6. 27.부터 2011. 7. 8.까지 원고에 대한 법인세 부분조사를 통해 2009 사업연도 및 2010 사업연도 후순위차입금 이자 산정의 적정 여부를 조사하고, 원고가 주주인 맥쿼리한국인프라투융자회사로부터 후순위차입금을 연 20%의 이자율로 차입한 것은 경제적 합리성을 결여한 특수관계자 간의 거래로서 부당행위계산에 해당한다고 판단한 후, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제52조에 근거하여 원고가 2006 사업연도부터 2010 사업연도의 법인세 신고시 손금으로...

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