2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 리조트 등 부동산개발을 목적으로 하는 업체로서 2007. 4. 13. 필리핀 세부에 99.8% 지분을 투자하여 소외 Phil. XX Development Corp.(이하 '필XX')을 설립하였다.

나. 필XX는 2007. 4. 2. 필리핀 당국으로부터 사업허가증을 교부받고, 필리핀 세부 메들린시에 콘도미니엄, 골프장 등을 건축하여 골프장 운영, 콘도미니엄 및 리조트개발사업(이하 '이 사건 개발사업')을 진행하였는데, 사업초기인 2007. 6. 1. 원고에게 사업계획의 수립, 보고 및 진행, 법률자문 등 국내외 각종 용역계약의 체결 및 관리, 건축 인허가를 득하기 위한 설계 용역 등 제반 업무 수행, 사업자금 조달을 위한 알선 및 주선 등을 위한 사업시행대행용역계약(이하 '이 사건 대행용역계약')을 체결하였다.

다. 원고는 이 사건 대행용역계약을 이행하기 위하여 2006년부터 2009년까지 법무법인, 신용평가회사, 감정평가법인, 건축사무소 등(이하 '국내 용역업체들'이라 한다)으로 부터 법률자문, 사업성 평가, 건축허가를 위한 기본설계용역 등을 제공받으면서 이들에게 부가가치세를 포함한 공급대가를 지급하였고, 이에 따라 2006년 2기 259,300,000원, 2007년 1기 645,000,000원, 2007년 2기 478,000,000원, 2008년 1기 355,550,000원, 2008년 2기 320,143,456원 합계 2,057,993,456원을 해당 과세기간에 공제받을 매입세액(이하 '쟁점 매입세액')으로 부가가치세 신고를 하였다.

라. 피고는 서초세무서장의 원고에 대한 2009년 제1기 확정 부가가치세 현지확인 조사결과에 의거하여 필XX는 형식적으로 존재하는 명목법인에 불과하고, 이 사건 개발사업의 실제 주체는 원고이므로, 쟁점 매입세액은 원고가 해외 개발사업으로서 국내 부가가치세법이 적용되지 않는 이 사건 개발사업을 수행하기 위하여 지출된 비용으로서 국내사업장을 전제로 하는 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 제1호 소정의 '자기의 사업을 위하여 사용된 용역의 공급에 대한 세액'에 해당하지 아니하고, 같은 조 제2항 제2호 소정의 '사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액'에 해당한다는 이유로 쟁점 매입세액을 불공제하여 증가된 부가가치세 과세표준에 가산세를 포함하여 2009. 11. 16. 원고에게 2006년 2기분 금 36,294,220원, 2007년 1기분 86,778,300원, 2007년 2기분 61,852,580원, 2008년 1기분 43,793,090원, 2008년 2기분 37,576,030원 합계 266,294,220원의 각 부가가치세 부과처분을 하였다(이하 '이 사건 부과처분').

마. 원고는 2009. 12. 17. 이 사건 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기 하였으나, 조세심판원은 2011. 3. 17. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3(가지번호 포함, 이하 같다), 4호증, 을 제1, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 부과처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

1) 원고는 독립된 법인체인 필XX와 이 사건 대행용역계약을 체결하고, 그 계약이행의 일환으로 국내 용역업체들로부터 용역을 제공받으면서 부가가치세를 지급하고 이에 따른 세금계산서를 교부받았으므로, 쟁점 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 '자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액'으로 매입세액 공제 대상에 해당한다.

2) 만약 외국법인인 필XX가 이 사건 개발사업을 시행하면서 직접 국내 용역 업체들로부터 용역을 제공받았을 경우를 가정한다면, 국내 용역업체들은 부가가치세법 제11조 제1항 제1호에 의한 영세율의 적용을 받게 되어 필XX는 국내 용역업체 들로부터 부가가치세를 거래징수당하지 않았을 것인데, 과세관청이 국내 용역업체들로 부터는 원고가 실제로 부담한 부가가치세를 걷는 반면, 원고에게는 쟁점 매입세액을 공제대상으로 인정하지 않는 것은 공평의 원칙에 반한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2007. 4. 13. 필리핀 세부 지역에 골프장 등 개발사업을 계획하면서 현지 법인이 인ㆍ허가에 유리하다는 점을 고려하여 745,665,800원을 투자하여 필XX를 설립하였다{이후 여러 차례의 증자를 거쳐 현재까지 원고가 출자한 금액은 2,632,525,800원이다. 한편, XX가 현지에서 채용하여 급여를 지급하고 있는 직원은 현재 약 13명이다).

2) 필XX는 2008. 4. 3. 필리핀 현지 법인으로부터 필리핀 세부 메들린시 일원 약 600,000㎡를 50년간 임차하기로 약정하고, 그 지상에 콘도미니엄, 골프장 등(명칭 'OO 아일랜드')을 건축하기 위하여 2008. 7. 18. 필리핀 행정당국으로부터 콘도미니엄에 대한 건축허가, 2009. 12. 23. 골프장에 대한 건축허가를 각 받고, 2010. 12. 15. 및 2011. 1. 8. 필리핀 법인들에게 골프장 및 클럽하우스의 각 공사도급을 주어 공사를 진행하고 있다.

3) 원고는 2007. 6. 1. 필XX와 이 사건 개발사업과 관련한 사업시행대행계약을 체결하면서 필XX에게 사업진행을 위한 전문용역과 서비스를 제공하고, 필XX로부터 OO 아일랜드의 건축 인ㆍ허가를 취득한 후 1개월 이내에 국내ㆍ외에서 발생하는 직ㆍ간접비용을 보전받으며, 사업자금 조달을 위한 프로젝트 파이낸스가 성사되었을 경우 총 대출취급액의 2%를 용역비로 지급받기로 약정하였다.

4) 원고는 2008. 3. 5. 필XX와 분양대행계약을 체결하여 OO 아일랜드의 건축물 및 부대시설 일체에 대한 분양 및 판매영업을 대행하고, 필XX로부터 총 분양대금의 7%, 부대시설에 대하여는 5%의 분양수수료를 지급받기로 하였다.

5) 원고는 2010. 5. 31. 필XX와 사이에 위 사업시행대행용역계약의 용역기간을 3차 형질변경의 허가 완료 및 허가 받은 1차 형질변경의 기간연장 승인일까지로 연장하기로 하고, 원고의 용역제공 완료 시점에 위 3)항과 같이 약정된 용역비를 지급받기로 하였다.

6) 원고는 2010. 9. 30. 필XX의 사업시행대행용역이 종료되어 이에 대한 용역비로 US $2,602,604.5(2,972,174,218원)을 청구하였고, 2010. 10. 6. 부가가치세법 제11조 제1항 제2호, 제9조 제2항, 제4항, 부가가치세법 시행령 제22조 제l호에 의하여, 2010년 2기분 부가가치세를 예정신고하면서 위 용역비 매출액 2,972,174,218원을 영세율 과세표준으로 신고하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4 내지 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 개발사업 시행 주체의 확정

가) 소비세인 부가가치세의 국제적인 세수분배를 어떻게 할지에 관하여 세계 전체의 소비세 가운데 각 나라가 소비하는 분량을 기준으로 소비세수를 배분하기로 하는 '소비지국 과세 원칙'이 일반적으로 정착되어 있고, 이에 따를 때 재화나 용역을 생산만 하고 소비하지 않는 나라, 즉 수출하는 나라에서는 영세율 제도에 의하여 수출되기 까지 당해 재화나 용역에 부과되었던 자국의 세금을 모두 돌려주어 세부담을 없애주고, 이를 수입하여 소비하는 나라에서는 국내에서 생산된 물품과 마찬가지로 과세하게 된다. 우리 부가가치세법 제11조 제1항 제2호도 이러한 취지에서 사업자가 국외에서 제공하는 용역에 대하여는 영세율을 적용하고 있다.

나) 한편, 이 사건 부과처분은 필XX를 회사로서의 실체가 부인되는 명목법인으로 보고, 실제로 원고가 해외에서 이 사건 개발사업을 수행하였음을 전제로 하는 것이다. 만약 이러한 전제가 충족된다면, 원고가 이 사건 개발사업을 위하여 공급받은 쟁점 매입세액은 대한민국이 부가가치세를 부과할 수 없는 해외에서의 용역공급행위와 관련된 것이므로 국내 사업장을 전제로 하는 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 소정의 '자기 사업을 위하여 사용된 용역의 공급에 대한 세액'에 해당할 여지가 없게 된다. 따라서 이 사건 개발사업을 실질적으로 시행하는 주체가 누구인지를 확정할 필요가 있다.

다) 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정된 것, 이하 같다) 제14조 제1항에서 '과세의 대상이 되는 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.'는 귀속의 실질 규정을 두고 있고, 제3항1)에서 '제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나, 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 본다.'는 조세회피행위 방지 규정을 두고 있다. 만약 어떠한 회사가 자본금이나 아무런 인적 조직과 물적시설을 갖고 있지 아니하고, 그 배후의 주체가 실제로 사업을 관장하고 있다면, 위와 같은 국세기본법 조항에 근거하여 그 명의상의 행위자가 아닌 그 배후자를 거래의 실질적인 주체로 보아 과세처분을 할 수 있다고 할 것이다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2008두10591 판결 등 참조).

"라) 이 사건으로 돌아와 살펴보면, 위 인정사실과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 필XX가 명목 법인(이른바 'paper company')에 불과하고 이 사건 개발사업을 실질적으로 시행하는 주체를 원고라고 평가하기는 어렵다.",① 필XX는 원고로부터 약 2,632,525,800원을 출자받은 법인이고, OO 아일랜드 건설을 위한 이 사건 개발사업과 관련된 공사도급계약을 그 명의로 체결하였으며, 각종 인ㆍ허가의 효과가 귀속되고, 건설된 건축물 및 그 부대시설도 그 명의로 귀속될 것이 예정되어 있다.

② 필XX는 자체적으로 현지 직원 13명을 채용하여 이들을 관리하고 있다.

③ 피고는 을 제3호증의 1(확인서)에 '사실상 개발주체는 원고이나'라는 기재를 근거로 이 사건 개발사업의 실제 시행자가 원고라고 주장하나, 위 확인서에 의하더라도 '필요에 따라 장래에 본 사업을 필XX에 양도한다는 전제 하에 원고가 본 사업의 시행을 대행하여 추진, 진행 중임'라고 기재되어 있음에 비추어, 필XX가 독자적 법인으로서 이 사건 개발사업의 주체임을 전제로 하는 것으로 보인다.

④ 원고가 국내 용역업체들로부터 용역을 제공받으면서 부가가치세를 부담한 이상, 적어도 부가가치세와 관련하여서는 특수목적법인(SPC)인 필XX를 설립하여 사업시행주체로 내세움으로써 조세부담을 감소시킨 것으로 볼 수 없고, 그 밖에 법인세 등 다른 세목과 관련하여 원고에게 어떠한 탈법적인 목적이 있는지에 관하여 피고가 아무런 주장과 입증을 하고 있지 못하고 있는 이상, 필XX가 중간자인 원고를 매개로 국내 용역업체들과 거래하는 형식을 취함으로써 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 국세기본법 제14조 제3항을 적용할 수 있는 사안으로 보이지도 아니한다.

2) 조세공평의 원리에 위반

설령, 원고가 선택한 법형식을 부인하여 원고가 이 사건 개발사업을 실제로 시행한 주체라고 가정할 경우, 원고에게 설계 등의 용역을 제공한 국내 용역업체들은 해외에서 이루어지는 이 사건 개발사업에 필요한 용역을 수출한 자로서 부가가치세법 제11조 제1항 제2호에 의한 영세율의 적용을 받는 사업자가 되므로 그에 따른 매출세액을 납부할 필요가 없는 것임에도, 국가가 이를 수령한 것은 원고에 대한 매입세액 공제를 허용하지 않는 이 사건 부과처분과 모순되는 행태로서 조세공평의 원리에 반한다.

3) 소결론

따라서 쟁점 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 '자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액'으로서 매출세액에서 공제하여야 할 매입세액에 해당한다고 보아야 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.