부가가치세 49,313,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 경기도 포천군 포천읍 OO리 OOOOO에서 나염 공장을 신축하면서 주식회사 OO엔지니어링을 시공자로 하여 폐수정화시설 공사를 하고, 92.8.28자 201,300,000원, 92.10.30자 117,500,000원, 92.11.30자 111,200,000원을 공급가액으로 하는 세금계산서를 교부받아 92년 제2기에 매입세액 공제를 받았는데, 처분청은 위 세금계산서 등이 도급계약서 내용과 다르게 교부되었다하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하고 93.12.22 청구법인에게 92년 제2기분 부가가치세 49,313,000원을 부과하였다. (당초 104,313,000원에서 국세청 심사결정에 의하여 49,313,000원으로 경정감 되었음)

청구법인은 이에 불복하여 적법한 전심절차를 거쳐 94.2.3 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 92.8.28, 92.10.30, 92.11.30 공사기성고에 의하여 각 공급가액을 확정하고 그에 의하여 주식회사 OO은행으로 부터 시설자금 융자를 받아 공사비를 지급하였으며, 완성도기준 지급 조건부 거래에 맞게 세금계산서를 교부받았으므로 처분청이 거래 실질내용을 무시하고 단지 당초 도급계약 내용과 다르다는 이유로 이 건 매입세액을 공제하지 아니한 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견

당초 도급계약서상 도급금액은 447,546,000원인데 실제 지급한 금액은 430,000,000원이며, 도급금액은 공사기성고에 따라 지급하는 것으로 되어 있는데 일정기준 없이 임의로 지급되고 그에 의하여 세금계산서가 수수되었으므로 처분청이 이 건 세금계산서를 공급시기 등이 사실과 다른 세금계산로 보아 매입세액을 공제하지 아니한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 주식회사 OO엔지니어링으로부터 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 매입세액 공제에 대하여 부가가치세법 제17조 제2항 제1호에서 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나, 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.

용역의 공급시기에 대하여 부가가치세법 제9조 제2항에서 “용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다”고 규정되어 있고, 같은법시행령 제22조에서 “법 제9조 제2항에서 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다”고 규정하고 그 제2호에서 “완성도기준지급·중간지급·연불 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때”라고 규정되어 있으며, 같은법시행규칙 제9조에서는 “령 제21조 제1항 제4호 및 령 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각호에 게기하는 것으로 한다”고 하고 그 제1호에서 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우”라고 규정되어 있어, 위 규정에서 의미하는 용역의 공급시기를 요약하여 보면,

① 완성도기준지급조건등의 계약에 의하여 용역의 제공이 완료되기 전에 그 완성도에 따라 대가지급이 확정된 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 용역의 공급시기이고,

② 용역의 제공이 완료된 때는 그 완료된 때가 용역의 공급시기임을 알 수 있다.

다. 청구법인과 주식회사 OO엔지니어링과의 92.7.30자 공사도급계약내용을 보면, 공사도급금액을 총 447,546,000원(1차기성 40% 179,000,000원, 2차기성 40% 179,000,000원, 잔금 20% 89,546,000원)으로, 공사기간은 92.8월 - 92.10월로 계약하고 있는 사실이 확인된다.

청구법인이 주식회사 OO엔지니어링에 공사도급금액을 실제 지급한 내용을 보면 92.8.28 1차기성고 201,300,000원, 92.10.30 2차기성고 117,500,000원, 92.11.30 3차기성고 111,200,000원을 각각 확정하고 동 금액을 주식회사 OO은행으로 부터 시설자금 융자를 받아 92.9.4, 92.11.4, 92.12.17 각각 지급한 사실이 관련서류 및 금융자료에 의하여 확인된다.

청구법인이 주식회사 OO엔지니어링으로 부터 교부받은 세금계산서 내용을 보면, 공급일자는 92.8.28, 92.10.30, 92.11.30로, 공급가액은 201,300,000원, 117,500,000원, 111,200,000원으로 되어 있다.

라. 이 건 건설용역의 공급은 계약내용 및 대금지급내용으로 보아 완성도기준 지급조건 등에 의하여 용역의 제공이 완료되기 전에 그 완성도에 따라 분할하여 대가를 지급하는 경우로서 그 공급시기는 공사기성고를 확정하고 대가의 각 부분을 받기로 한 때인 92.8.28, 92.10.30, 92.11.30 이며, 그 공급가액은 확정된 공사기성고에 의하여 실제로 지급하는 금액인 201,300,000원, 117,500,000원, 111,200,000원이 된다 할 것이다.

처분청은 이 건 건설용역의 공급과 관련하여 청구법인이 교부받은 세금계산서가 당초 도급계약 내용과 다르다고 하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니 하였으나 청구법인과 시공자가 상호 합의하여 계약내용을 변경하고 그에 의하여 실지 거래한 내용에 따라 세금계산서를 교부 받았으면 동 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수는 없다고 판단된다. (시공자인 주식회사 OO엔지니어링 대표 OOO은 당초 도급계약 내용을 청구법인과 합의하여 변경 하였음을 확인하고 있고 그 내용에 따라 주식회사 OO엔지니어링도 관악세무서에 부가가치세 신고를 이행하였다.)

마. 따라서 이 건 심판청구는 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.