청구법인은 1997사업연도에 기술개발준비금 4,100백만원을 설정하여 손금산입한 후, 1998사업연도 1,506백만원, 1999사업연도 2,203백만원 및 2000사업연도 389백만원을 사용한 것으로 신고하고 익금으로 산입하였으며, 일용인건비로 2000사업연도 11,740백만원 및 2001사업연도 21,340백만원을 손금산입하였다.

처분청은 청구법인이 1997사업연도에 설정한 기술개발준비금 중 762,642,877원을 미사용한 것으로 보아 익금산입액을 조정하고, 미사용액과 관련한 1997사업연도 법인세 상당액에 대한 이자상당액 93,530,522원을 추징하고, 일용인건비 중 2000사업연도 366,484,114원 및 2001사업연도 608,799,457원이 가공계상된 것으로 보아 손금부인하는 등 2003.5.8. 청구법인에게 법인세 2000사업연도 672,368,420원 및 2001사업연도 478,515,630원을 결정고지하고, 가공계상된 인건비를 대표자에게 상여처분하여 소득금액변동통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.7.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 1997사업연도 설정준비금 4,100백만원 중 청구법인이 적정하게 사용한 것으로 잘못 신고한 금액이 있다고 하더라도, 동 준비금을 2000사업연도까지 사용지출하면 이를 익금산입하거나 이자상당가산액을 추징할 수 없는 것이다.

처분청이 지적한 부적정사용액을 제외한 각 사업연도의 적정사용액은 1998사업연도 1,445백만원, 1999사업연도 1,501백만원 및 2000사업연도 1,519백만원이므로 1997사업연도 준비금 4,100백만원은 전액 법소정 사용기간인 3년 이내에 적정하게 사용된 것으로 인정하여야 하고, 단순히 개별사업연도 사용지출 내용만을 가지고 적정·부적정을 구분해서 익금산입하거나 이자상당액을 부과하는 처분은 납세자에게 연구인력 및 기술개발을 촉진하기 위하여 세제상 이익을 주고자 하는 법의 취지를 잘못 판단하는 것으로 부당하다.

(2) 처분청은 일용인부의 인건비가 가공계상되고 그 귀속자가 확인되지 아니한다 하여 대표자에게 상여처분하였으나, 청구법인은 임금수령을 위임받은 작업장 대표자의 계좌로 가공계상된 인건비를 포함한 인건비 전액을 송금하는 등 그 귀속자가 분명히 확인되고 있으므로, 처분청이 손금부인하고 귀속이 불분명한 사외유출로 인정하여 대표자에게 상여처분하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 1997사업연도 설정준비금을 1998～2000사업연도 기간동안 고유목적에 사용한 것으로 계상하였으나, 세무조사시 1998사업연도 및 1999사업연도에 부적정사용액이 확인되었으므로 1997년 설정준비금이 일부 미사용된 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 OOOO(주)로부터 수주한 광케이블 등 설치공사를 수행함에 있어 대규모의 일용근로자(2000～2001사업연도 연인원 약 42만명)를 투입한 것으로 장부와 증빙을 작성 비치하고 있으나, 투입인력중에는 음식점·개인용달·육계축산업 등의 사업자등록을 하고 실제 사업을 하는 사업자가 있음을 확인하고 손금부인하였으며, 청구법인도 이를 인정하고 있다.

청구법인이 지출원인이 없는 일용인건비를 허위로 계상하였다면, 비록 동 금액을 특정 예금계좌에 입금을 하였다 하더라도 동 금액은 그 귀속자가 있을 것으로 보는 것이 타당할 것이고, 청구법인이 가공계상(미회수)된 일용인건비의 실질 귀속자를 밝히지 않는 한 동 금액은 그 귀속자가 불분명한 경우에 해당되므로 대표자에게 상여처분하는 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 1997사업연도 설정준비금 중 762,642,877원을 법정 사용기간내에 미사용한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

(2) 인건비가 가공계상되고 그 귀속자가 불분명한 것으로 보아 손금부인 및 대표자 상여처분한 것이 정당한지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제9조【기술개발준비금의 손금산입】① 제조업 광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 기술개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액에 다음 각호의 율을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 대통령령이 정하는 자본재산업(이하 자본재산업 이라 한다) 및 기술집약적인 산업에 있어서는 100분의 5

2. 제1호외의 산업에 있어서는 100분의 3

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 기술개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다.

1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 기술개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업이 아닌 자의 경우에는 제10조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 적용받는 비용을 제외한다)에 지출한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

2. 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

④ 제2항 제2호 또는 제3항의 규정에 의하여 기술개발준비금을 익금에 산입하는 경우에는 제4조 제4항의 규정을 준용한다.

조세특례제한법시행령 제8조【기술개발준비금의 범위등】④ 법 제9조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 기술개발준비금명세서(기술개발준비금을 손금에 산입한 과세연도종료일 이후 3년이 되는 과세연도의 경우에는 기술개발준비금사용명세서를 말한다)를 제출하여야 한다.

(2) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

법인세법시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

3. 인건비

4.～17.(생략)

(3) 법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

법인세법시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출.(단서생략)

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다. 사실관계 및 판단

쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 청구법인은 1997～2000사업연도에 기술개발준비금을 설정하여 손금산입한 후, 법인세 신고시 기술개발준비금 명세서에 의하여 각사업연도별 사용액을 아래표와 같이 처분청에 신고하였는 바, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

기술개발준비금 설정 및 사용액 신고내역

(2) 처분청은 청구법인이 신고한 위 사용액에 대하여 적정사용여부를 조사한 결과, 1997사업연도 설정준비금에 대하여 신고한 사용액 중 1998사업연도 61,277,137원 및 1999사업연도 701,365,740원, 합계 762,642,877이 부적정하게 사용되었음을 확인하고, 동 금액을 준비금의 법정사용기간인 3년내에 미사용한 것으로 보아 2000사업연도에 익금산입하고 이자상당가산액을 추징하였음이 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 1997사업연도 설정준비금 4,100백만원을 소프트웨어 및 데이터베이스 유지·운영·개발비용등에 사용(1998사업연도1,506,807,820원,1999사업연도 2,203,259,990원, 2000사업연도 389,932,190원)하였다고 신고하였으나, 1998사업연도 61,277,137원 및 1999사업연도 701,365,740원이 소모품비, 신문구독료 및 사옥관리수수료 등으로 사용되었음이 청구법인 대표이사의 확인서 등에 의하여 확인된다.

(4) 전시한 조세특례제한법 제9조를 보면, 제1항에서 기술개발준비금의 손금산입에 대하여, 제2항에서 손금산입한 준비금의 익금산입에 대하여 각각 규정하고 있는 바, 제2항 제1호는 당해 준비금을 기술개발비 등 법령이 정한 비용에 지출한 금액, 즉 준비금의 적정사용액에 대한 익금산입방법을 규정하고 있고, 그 제2호는 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때, 즉 미사용액이 있는 경우 동 금액의 익금산입방법에 대하여 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 위 조세특례제한법 제9조 제2항에 의한 익금산입시 준비금의 미사용 여부는 기술개발준비금명세서(또는 기술개발준비금사용명세서)를 제출하도록 한 같은 법 시행령 제8조의 규정에 비추어 볼 때, 청구법인이 설정준비금에 대하여 기술개발준비금명세서에 의하여 각사업연도마다 사용하였다고 신고한 금액에 의하여 판단하는 것이 타당하다고 하겠다.

그러하다면, 청구법인이 1997사업연도 설정준비금에 대하여 1998사업연도 1,506,807,820원, 1999사업연도 2,203,259,990원 및 2000사업연도 389,932,190원을 사용하였다고 신고하였으나, 동 금액 중 1998사업연도 61,277,137원 및 1999사업연도 701,365,740원, 합계 762,642,877이 기술개발비로 적정하게 사용되지 아니하였음이 확인되므로 처분청이 동 금액을 미사용액으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

한편, 청구법인은 1997사업연도 설정준비금에 대하여 신고한 사용액 중762,642,877원이 부적정하게 사용되었다 하더라도 2000사업연도 적정사용액이 1,519,819,990원(사용액 신고 3,625,977,350원-처분청 확인 부적정사용액 2,106,157,360원)이므로 1997사업연도 설정준비금이 3년내에 전액 사용되었다고 주장하나, 2000사업연도 사용액은 청구법인이 신고한 사용액 내역에서 보는 바와 같이 1997사업연도 설정준비금에 대한 사용액은 389,932,190원에 불과하고, 나머지 사용액은 1998·1999사업연도 설정준비금에 대한 사용액이므로 청구법인의 주장은 타당성이 없다고 할 것이다.

쟁점(2)에 대하여 본다.

(1) 처분청은 청구법인의 일용인건비 중 2000사업연도 672,368,420원 및 2001사업연도 478,515,630원이 가공계상되어 사외유출되고, 그 귀속자가 불분명한 것으로 보아 손금부인 및 대표자상여처분하였는 바, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인의 인건비대장에 의하면, 위 가공계상된 인건비는 개인택시·화물·용달·음식업 등 사업자등록이 있는 개인사업자에게 지급된 것으로 기재되어 있다.

(3) 청구법인 대표이사의 확인서에 의하면, 청구법인은 동 인건비에 대하여 2000·2001사업연도에 시행한 용역 및 공사와 관련하여 실제 공사현장에 투입되었는지 여부를 확인하지 못하고 이를 지급하였고, 그 귀속자를 확인할 수 없어 회수불가능한 것으로 되어 있다.

(4) 청구법인은 동 인건비를 작업현장에서 작업반장역할을 하는 자의 계좌로 송금한 후, 실지 작업에 투입된 일용근로자에게 지급하였다고 주장하나, 동 금액이 누구에게 배분되었는지에 대하여는 자료분실 등을 이유로 이를 제시하지 못하고 있다.

(5) 살피건대, 청구법인의 일용인건비 중 2000사업연도 672,368,420원 및 2001사업연도 478,515,630원은 일용근로자로 보기 어려운 사업자등록이 있는 사업자에게 지급되었고, 청구법인도 실지 작업투입여부를 확인하지 못하고 이를 지급한 사실이 있음을 확인하고 있으므로 동 금액은 청구법인의 공사와 관련된 인건비로 인정하기 어려우며, 사외유출된 금액의 귀속자가 불분명할 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 소득처분하는 것이므로 청구법인이 그 귀속자를 소명하지 못하고 있는 이 건에 대하여 처분청이 손금부인 및 대표자 상여처분하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 쟁점(1)에 대하여는 국세심판관합동회의의 의결을 거쳐, 쟁점(2)에 대하여는 국세심판관회의의 의결을 거쳐 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004년 7월 9일

합동회의의장 전 형 수

주심국세심판관 채 수 열

배석국세심판관 김 도 형

이 병 대

윤 영 선

박 만 수

강 인 애

허 병 우

옥 무 석

서 희 열

박 정 우