가. 청구인은 1996.12.24. 취득한 OOOOO OO OOO OOOO O O,OOOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2006.12.28. OOOOOO O OOOOOOOOOO에 양도하고, 2007.2.26. 쟁점토지를 8년 자경농지로 보아 「조세특례제한법」 제69조에 의하여 양도소득세 56,197,150원을 감면하여 납부세액이 없는 것으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 자경하지 아니하였다고 보아 양도소득세의 감면을 거부하고, 2008.8.6. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 62,890,230원을 부과하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 청구인이 고구마, 감자, 옥수수, 깨, 콩, 고추 등을 직접 재배한 토지로서, 청구인이 전문자격사(관세사)이기는 하나 쟁점토지를 취득할 당시 청구인이 경영하는 관세사사무소에 사무장이 있어 시간적 여유가 있었고, 쟁점토지에서 50m 떨어진 곳에 농지를 구입하여 경작하는 배우자의 도움을 받아 1년 6개월 이상 직접 경작하였으며, 이후에 관세사사무소에 관세사 2명을 고용하여 운영하였고 2001년에는 관세사법인을 설립하였으며 법인에 소속된 다른 관세사가 수출입신고를 하였으며, 관세사법인의 대주주, 대표이사 및 대표 관세사로서 시간을 자유롭게 확보할 수 있었다. 쟁점토지는 주소지에서 자동차 등으로 30분 정도 걸리는 거리이고 2000년 OOOO가 개통된 후에는 지리적 한계가 없어졌으며, 「조세특례제한법」 제69조의 규정에 의한 연접지역에 포함되므로 쟁점토지가 섬이라는 지리적 특성을 이유로 자경 사실을 부인하는 것은 부당하며, OOOOOO에 실농보상을 신청하지 않았으나 신청기간에 제한이 없어 차후에 신청할 예정이므로 실농보상 내역이 없다는 이유로 자경 사실을 부인하는 것은 부당하다. 인근주민의 경작사실확인서 및 농지원부에 의하여 자경 사실이 확인되므로 8년 자경 사실을 부인하고 과세한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점토지 보유기간 중 전문자격사(관세사) 및 관세사사무소의 대표로서 사업소득과 근로소득이 있었고, 쟁점토지가 섬이라는 특수성에 비추어 청구인이 상시농업에 종사하였다고 인정할 수 없으며, 경작사실확인서는 구체적인 사실이 기술되지 않았고 증빙서가 첨부되지 않았다. 농지원부는 2002.8.13. 최초로 작성되어 양도일까지의 기간이 4년 정도이므로 감면요건인 8년에 미달하고, 농약, 비료 등 구입내역 등 구체적인 증빙을 제시하지 못하였으므로 자경사실을 인정할 수 없다. 쟁점토지는 OOOOOO로부터 지장물(은행나무 32주 참죽나무 1주)에 대하여 보상받았으나 실농보상은 받지 아니하였고, 주소지인 OOOOO OOO OOO은 쟁점토지로부터 원거리에 있어 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력을 투입하여 경작하였다고 보기 어려우므로 감면을 배제하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

OOOOO OOO에 거주하는 청구인이 OOOOO OO OOO(OOO)의 토지를 8년 이상 자경하였는지 여부

나. 관련 법령

⑴ 조세특례제한법

제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다)「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 의한 한국농촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등" 이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

⑵ 조세특례제한법 시행령(2008. 2. 22, 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것)

제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1.～2. (생략)

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

⑴ 청구인은 1996.12.24. 취득한 쟁점토지를 2006.12.28. OOOOOO O OOOOOOOOOOO에 협의 양도하였으므로 청구인은 쟁점토지를 10년 이상 보유한 사실이 확인된다.

⑵ 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였다고 주장하므로 이를 살펴본다.

㈎ 청구인은 관세사로서 1990년 6월에 OOOOOOOOO OOOOO, OOOOOOOOOO OOOOOOO을 설립하여 2006년에 8명의 관세사를 고용하였으며, 2004년에 (주)OOOOOOO를 설립하여 운영하였던 바, 청구인은 1996년부터 2001년까지의 기간중 OOOOOOOO에서 835,948,195원의 소득이 발생하였고, 2001년부터 2006년까지의 기간중 OOOOOOO O (O)OOOOOOO로부터 잘못된 계산식원의 수입이 발생한 사실이 국세청 소득현황자료 등에 의하여 확인된다.

㈏ 청구인은 OOOOOO로부터 쟁점토지에 대한 실농보상을 받지 아니하였고 은행나무 32주 및 참죽나무 1주에 대한 지장물 보상만 받은 사실이 “보상금내역 조회에 대한 회신”(OOOOOO OOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 의하여 확인되며, 2002.8.13. 최초 작성된 농지원부에는 청구인이 쟁점토지를 자경하는 것으로 기재되었으나 이로부터 양도 시까지의 기간은 8년 미만이다.

㈐ 쟁점토지는 배우자 부모의 거주지이고, 인근 주민인 강OO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO은 확인서에서 청구인이 쟁점토지를 경작하였다는 취지로 진술하였으나, 2000.11.20. OOOO가 개통되기 전까지 OOO는 선박을 이용하여야 접근할 수 있는 섬으로서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작하였다고 인정하기 어렵다.

㈑ 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인은 전문자격사로서 쟁점토지 보유기간 중 관세사법인 등에서 사업 및 근로소득이 발생하였으며, 쟁점토지에 대하여 실농보상을 받은 사실이 없고, 경작사실이 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니하므로 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 것으로 보이지 아니한다.

⑶ 따라서, 처분청이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 농지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세의 감면을 거부한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.