처분청은 청구인이 2002.6.20. 지방세법 제112조제2항제3호에서 규정하고 있는 고급주택인 ○○시 ○○구 ○○동 ○번지 268호 대지 688㎡와 동 지상 주택 476.54㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 2002.7.8. 종교용으로 직접 사용한다는 조건으로 취득세 및 등록세 등을 비과세 받고 2002.7.15. 이 사건 부동산 중 주택 1층 194.13㎡를 구조변경 없이 근린생활시설(종교집회장)로 용도변경을 신청하여 2002.7.23. 용도변경 처리되었고, 그 후 2004.4.9. 처분청의 세무담당 공무원(지방세무서기 ○○○)이 현장을 확인한 결과 이 사건 부동산 주택 2층 152.01㎡는 담임목사(○○○)의 사택으로 사용하고 있으나, 종교집회장으로 용도 변경한 1층은 담임목사 가족들이 주거용으로 사용하고 있으므로 이 사건 부동산의 취득가액(2,200,000,000원)에 지방세법 제112조제2항 및 같은 법 제131조제1항제3호(2)목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 264,000,000원, 농어촌특별세 24,200,000원, 등록세 79,200,000원, 지방교육세 14,520,000원, 합계 381,920,000원(가산세 포함)을 2004.7.14. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ○○선교회로서 가정선교 등을 목적사업으로 하고 있기 때문에 일반 기독교회의 종교집회장과 같이 수십평 내지 수백평 규모의 공간이 필요하지도 않을 뿐만 아니라 선교활동 및 신앙 활동의 장소 역시 특정한 형태나 형식을 갖출 필요 없이 ○○○ 목사의 사진을 숭배의 상징물로 모셔놓고 설교할 수 있는 연대, 마이크, 찬송 반주용 피아노 등을 갖추고 설교, 찬송, 기도 등을 하는 종교단체로서 2002.6.20. 가정교회 및 목사사택으로 사용하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 후 2002.7.15. 이 사건 부동산 중 1층 주택 194.13㎡를 종교용으로 사용하고자 처분청에 용도변경 신청을 하여 2002.7.23. 근린생활시설(종교집회장)로 용도변경 통보를 받고 매주 수요일 및 금요일 밤과 일요일 낮과 밤에 정기적인 예배장소로 사용하고 있는 사실이 교회소식지와 신도 박○○ 집사외 25명의 확인서에서 입증되고 있음에도 처분청에서는 단지 주거용 건물 내에서종교 활동을 하고 있다는 사유만으로 종교집회장 및 목사사택으로 사용하고있는 이 사건 부동산을 고급주택으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과고지 하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 취득한 이 사건 부동산을 종교용에 직접사용하고 있는지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계 법령의 규정을 보면, 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항에서 “취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”라고 규정하고, 그 제2항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다”라고 규정하고 있으며 같은항 제3호에서 고급주택을 정의하고 그 단서에서 “고급주택을 취득한 날부터 30일 이내에 주거용이 아닌 용도로 사용하거나 고급주택이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사에 착공하는 경우 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 지방세법 제107조 및 제127조제1항 본문에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세 등록세를 부과하지 아니한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예·기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 그 단서에서 “취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세를 부과한다”고 규정하고 있으며 같은 법 시행령 제79조제1항에서 대통령령으로 정하는 비영리 사업자를 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 2002.6.20. 이 사건 부동산을 취득한 후 2002.7.15. 처분청에 이 사건 부동산 중 주택1층 194.13㎡를 면적이나 구조변경 없이 근린생활시설(종교집회장)로 용도변경 신청을 하여 2002.7.23. 용도변경 처리되었으나 2004.4.9. 처분청의 세무담당공무원(지방세무서기 ○○○)이 현지 확인한 결과 용도변경한 종교집회장을 종교용으로 사용하지 아니하고 주거용으로 사용하고 있는 것으로 판단하여 이 사건 부동산을 지방세법 제112조제2항제3호에서 규정하고 있는 고급주택으로 보아 취득세는 중과세율(100/1,000)을 적용하고 등록세는 일반세율(30/1,000)을 적용하여 산출한 이 사건 취득세 등을 2004.7.14. 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 이 사건 부동산의 건축물 1층을 근린생활시설(종교집회장)로 용도변경한 후 매주 수요일 및 금요일 밤과 일요일 낮과 밤에 정기적 예배장소로 사용하고 있는 사실이 교회 소식지와 신도 박○○ 집사외 25명의 확인서에서 입증되고 있으므로 이 사건 부동산은 종교집회장 및 목사사택으로 사용하고 있는 것으로 보아 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항의 규정에 의하여 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등은 비과세되어야 한다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 취소를 구하고 있지만, 지방세법 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호에서 종교단체 등이 그 사업에 사용하기 위하여 취득·등기하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세하지만 지방세법 제112조제2항에서 규정하고 있는 고급주택을 취득·등기하는 경우에는 비과세 대상에서 제외하도록 규정하고 있는 바 동 규정에서 그 사업에 사용 범위는 종교단체의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것이고(대법원 2001두878 2002.10.11.), 또한 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003두7392 2004.5.28.) 할 것이므로, 청구인의 경우는 이 사건 부동산을 취득한 후 종교용으로 사용하기 위하여 이 사건 부동산 중 주택 1층 194.13㎡를 근린생활시설(종교집회장)로 용도 변경을 하였으나 2004.4.9. 처분청의 세무담당공무원(지방세무서기 ○○○)의 현지 확인할 당시의 실제 사용관계는 2층은 목사사택으로 사용하고 있고 1층의 종교집회장은 연단1개와 이동식 강의용 칠판1개 그리고 ○○○ 목사 사진이 걸려 있고 대형소파가 정돈되어 있을 뿐, 용도변경 전의 거실, 온돌방, 주인침실이 아무런 구조변경 없이 단순히 건축물관리대장상의 건축물 현황도에 예배실, 기도실, 집무실로 변경 등재되어 있으므로 1층의 종교집회장은 2층에 거주하는 담임목사가 수시로 찾아오는 손님을 맞이하는 장소로 이용되고 있다는 복명서 등을 미루어보면, 비록 일주일에 2～3회 정도 신도들이 예배장소로 사용하고 있다고 하더라도 실제로는 주택 용도로 사용되고 있는 것으로 판단되므로 처분청에서 이 사건 부동산을 지방세법 제112조제2항제3호에서 규정하고 있는 고급주택으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단된다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 10. 27.

행 정 자 치 부 장 관