가. 청구인의 부(父) OOO(이하 “피상속인”이라고도 한다)은 1982.10.22. 매매로 취득한 OOO과수원 3,098㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2009.11.2. 「OOO및 농지관리기금법」 제24조의3 규정에 따라 OOO에 환매조건부로 양도하고, 2009.11.3. 이를 임차하여 사용하다가 2013.3.28. 사망하였다.

나. 청구인은 2016.5.30. 쟁점농지를 OOO로부터 환매로 취득OOO하여, 같은 날 OOO외 1인에게 양도OOO한 다음, 쟁점농지를 상속을 원인으로 취득한 것으로 보고 「조세특례제한법」 제69조에 따른 8년 자경농지(피상속인의 경작기간 통산)로 하여 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 양도소득세 조사결과, 청구인이 쟁점농지를 상속이 아닌 환매로 취득한 것으로 보고 8년 자경감면을 부인하여, 2018.5.9. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.2. 이의신청을 거쳐 2018.11.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점농지 소재지에서 태어나 부모와 생계를 같이 하고 있으며(미혼), 청원경찰로 근무하고 있으므로 부모와 함께 농사를 짓는데 지장도 없었다.

(2) 청구인은 상속재산분할 협의에 의해 쟁점농지에 대한 환매권을 상속받았고, 동 환매권을 행사하여 쟁점농지의 소유권을 취득하였으므로 쟁점농지의 취득일은 상속일인 2013.3.29.로 보아야 하고, 청구인은 그로부터 1년 이상 쟁점농지를 경작하였으므로 8년 자경 감면요건을 갖추었다.

나. 처분청 의견

(1) 피상속인이 「OOO및 농지관리기금법」 제24조의3 제1항에 따라 농지를 양도 후 같은 조 제3항에 따른 임차기간 내에 사망하여 그 상속인이 같은 조 제3항에 따라 해당 농지를 환매한 후 양도하는 경우, 상속인의 경작기간과 피상속인의 경작기간을 통산할 수 없다(국세청 법령해석재산-22442, 2015.6.1. 등).

(2) 청구인은 쟁점농지를 상속이 아닌 환매로 취득한 것이므로 8년 자경 감면요건 중 경작기간은 청구인이 피상속인의 사망일인 2013.3.28.부터 1년 이상 경작하였는지가 아니라, 환매로 취득한 2016.5.30.부터 8년 이상 경작하였는지에 따라 판단하여야 하며, 청구인은 쟁점농지를 환매로 취득함과 동시에 양도하였으므로 8년 자경 감면요건을 충족하지 못한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

피상속인이 「OOO및 농지관리기금법」 제24조의3 제1항 및 제3항에 따라 OOO에 양도한 농지를 임차하여 경작하다가 사망하자, 상속인이 그 농지를 환매하여 양도한 경우, 상속인이 동 농지를 상속받은 것으로 보아 피상속인의 경작기간을 통산할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

제70조의2(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례) ① 「농지법」 제2조에 따른 농업인(이하 이 조에서 "농업인"이라 한다)이 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제24조의3 제1항에 따라 직접 경작한 농지 및 그 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 같은 법 제3조에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 후 같은 법 제24조의3 제3항에 따라 임차하여 직접 경작한 경우로서 해당 농지등을 같은 법 제24조의3 제3항에 따른 임차기간 내에 환매한 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 해당 농지등의 양도소득에 대하여 납부한 양도소득세를 환급받을 수 있다.

② 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 해당 농지 등을 다시 양도하는 경우 그 농지 등에 대하여 「소득세법」제95조에 따른 양도소득금액을 계산할 때 취득가액은 같은 법 제97조에도 불구하고 한국농어촌공사에 양도하기 전 농업인의 해당 농지등 취득 당시 같은 법 제97조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액으로 하고, 취득시기는 같은 법 제95조 제4항 및 제98조에도 불구하고 한국농어촌공사에 양도하기 전 해당 농지등의 취득일로 한다.

③ 제1항에 따라 환급받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급신청을 하여야 한다.

④ 제1항 및 제2항을 적용함에 있어 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세의 감면의 적용방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ①법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」 제3조 제4항에 따라 설치된 도농 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

제67조의2(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제70조의2 제3항에 따라 환급을 받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 환급신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 농지등을 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다)에 양도한 매매계약서 사본

2. 해당 농지등을 한국농어촌공사로부터 환매한 환매계약서 사본

② 제1항에 따라 환급신청서를 제출받은 납세지 관할 세무서장이 환급을 하는 경우에 관하여는 「국세기본법」 제51조를 준용한다. 이 경우 같은 법 제52조의 국세환급가산금에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

③ 법 제70조의2 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」제24조의3 제3항에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 직접 농지등을 경작한 것으로 보아 제66조를 적용한다.

④「한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령」제19조의6 제2항에 따라 농지등의 일부에 대하여 환매를 신청한 경우 제2항에 따른 환급세액은 환매한 농지등에 대하여 납부한 양도소득세에 상당하는 금액으로 한다.

(3) 한국농어촌공사 및 농지관리기금법

제24조의3(경영회생 지원을 위한 농지 매입 등) ① 공사는 자연재해, 병충해, 부채의 증가 또는 그 밖의 사유로 일시적으로 경영위기에 처한 농업인 또는 농업법인의 경영회생을 지원하기 위하여 그 농업인 또는 농업법인이 소유한 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)을 매입하여 그 농업인 또는 농업법인에게 임대할 수 있다.

② 공사는 제1항에 따라 매입한 농지등을 임대하는 경우 임대기간 중에는 그 농지등을 제3자에게 매도하여서는 아니 된다.

③ 제1항에 따라 농지등을 공사에 매도하고 다시 임차한 그 농지등의 전 소유자 또는 포괄승계인은 임차기간이 끝나기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사에 대하여 그 농지등의 환매를 요구할 수 있고, 공사는 그 농지등이 공익사업에 필요하여 수용되는 등 특별한 사유가 없으면 요구에 따라야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 농지등의 매입가격ㆍ환매가격 및 지급방법, 임대기간ㆍ임대료 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 시행령

제19조의4(경영회생 지원을 위한 농지의 매입 등) ① 법 제24조의3 제1항에 따라 자기 소유의 농지 및 농지에 딸린 농업용시설(이하 "농지등"이라 한다)을 공사에 매도하고 이를 임차하려는 농업인 또는 농업법인은 공사에 농지등의 매도 및 임차를 신청하여야 한다.

제19조의5(임대기간ㆍ임대료) ① 공사가 법 제24조의3 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 그 임대기간은 7년으로 한다.

② 공사는 법 제24조의3 제1항에 따라 농지 등을 매도한 농업인 또는 농업법인이 제1항에 따른 임대기간에 경영회생을 하기 어려운 사유가 있다고 인정되는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 3년을 초과하지 아니하는 범위에서 임대기간을 연장할 수 있다.

③ 공사가 제1항에 따라 매입한 농지등을 해당 농업인 또는 농업법인에 임대하는 경우 연간 임대료는 그 농지등의 매입가격에 1천분의 10의 범위에서 농림축산식품부장관이 정하는 비율을 곱하여 산정한 금액으로 하며, 월할 또는 일할로 계산할 수 있다.

제19조의6(농지등의 환매) ① 법 제24조의3 제3항에 따라 농지등의 매도 당시 소유자 또는 그 포괄승계인(이하 "환매권자"라 한다)이 그 농지등에 대하여 환매를 요구하려는 경우에는 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 공사에 환매를 신청하여야 한다.

(5) 농지법 시행령

제3조(농업인의 범위) 법 제2조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지에서 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하거나 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 자

2. 농지에 330제곱미터 이상의 고정식온실ㆍ버섯재배사ㆍ비닐하우스, 그 밖의 농림축산식품부령으로 정하는 농업생산에 필요한 시설을 설치하여 농작물 또는 다년생식물을 경작 또는 재배하는 자

3. 대가축 2두, 중가축 10두, 소가축 100두, 가금 1천수 또는 꿀벌 10군 이상을 사육하거나 1년 중 120일 이상 축산업에 종사하는 자

4. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 자

(6) 민법

제1005조(상속과 포괄적 권리의무의 승계) 상속인은 상속개시된 때로부터 피상속인의 재산에 관한 포괄적 권리의무를 승계한다. 그러나 피상속인의 일신에 전속한 것은 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 「OOO및 농지관리기금법」 제24조의3 규정에 따라, 피상속인과 청구인의 모 OOO는 2009.11.2. 각자 소유한 농지(쟁점농지 포함 9필지)를 OOO에 환매조건부로 양도하였으며(농지 등 매매계약서), OOO는 2009.11.3. 동 농지를 피상속인과 모 OOO에게 7년간 임대하였다.

(2) 피상속인은 2013.3.28. 사망하였으며, 이에 따라 모 OOO는 2014.6.27. OOO와 사이에 임차인을 피상속인에서 OOO로 변경하는 내용의 임대차계약을 체결하였고, 청구인 등 공동상속인(4인)은 2016.5.12. 피상속인의 재산(쟁점농지 등 2필지에 관한 환매권)을 청구인이 단독상속하는데 합의하였다.

(3) 청구인과 모 OOO는 2016.5.30. 환매권을 행사하여 OOO로부터 쟁점농지 등 9필지를 취득하고, 같은 날 그 중 쟁점농지 등 2필지(청구인 1필지, 모 OOO1필지)를 OOO에 양도하고 그것으로 9필지의 환매대금 OOO을 납부하였다.

(4) 청구인과 모 OOO는 각자 양도한 농지를 8년 자경 감면대상으로 하여 양도소득세를 신고하였으며, 처분청은 양도소득세 조사결과 그 중 쟁점농지에 대하여 8년 자경 감면을 부인하였는바, 그 내용은 다음과 같다.

(가) 자경감면 요건의 적정여부

청구인은 피상속인의 경작 기간을 통산하여 8년 이상 쟁점농지 소재지에 재촌하며 자경한 것으로 보아 「조세특례제한법」 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)에 따라 쟁점농지의 양도에 대해 8년 자경 감면으로 신고하였으나, 피상속인이 「OOO및 농지관리기금법」 제24조의3 제1항에 따라 토지를 양도(2009.11.2. 자경감면 신청) 후 임차기간 내에 사망(사망일 : 2013.3.29.)하고 그 상속인이 쟁점농지를 환매로 취득하고 양도하는 경우에는 피상속인의 경작기간을 통산할 수 없다.

(나) 취득시기 및 취득가액의 적정여부

청구인은 2016.5.30. 환매를 원인으로 쟁점농지를 취득하고 양도하면서 취득시기를 피상속인의 사망일(2013.3.29.)로 적용하였으며, 이에 따른 취득가액은 상속개시일 당시 「상속세 및 증여세법」상 평가액(개별공시지가)으로 양도소득세를 신고하였으나, 피상속인의 취득 권리를 이용해 환매로 토지를 취득하였다 하더라도 피상속인으로부터 토지 자체를 상속받은 것이 아니므로 상속 취득과 취득시기를 동일하게 볼 수 없으며, 취득가액 또한 환매취득일을 취득시기로 보아 「상속세 및 증여세법」상 평가액이 아닌 OOO와 환매계약 당시 취득금액을 적용하여 양도소득세를 계산하여야 한다. 또한, 「조세특례제한법」 제70조의2(경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례)에 따른 취득시기에 대해 검토한 바, 당초 양도인(피상속인), 임차인OOO, 환매 취득 후 양도인(청구인)이 각각 상이하므로 특례를 적용할 수 있는 요건이 되지 않아 OOO에 양도하기 전 쟁점농지의 취득일이 아닌 환매로 취득한 날을 취득시기로 보는 것이 타당하다.

(5) 등기사항 전부증명서에 의하면, 쟁점농지의 소유권은 2009.11.2. 매매를 원인으로 피상속인에서 OOO로, 2016.5.30. 환매를 원인으로 OOO에서 청구인으로 이전된 것으로 기록되어 있다.

(6) 청구인은 쟁점농지를 직접 경작하였다며, 농지원부(농업인 : OOO)와 농업경영체 등록확인서(경영주 : OOO경영주 외 농업인 : 청구인)를 증빙으로 제출하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 피상속인의 사망에 따라 쟁점농지에 관한 환매권을 승계취득하였고, 이를 행사하여 쟁점농지를 환매하였는바, 환매는 무상취득인 상속과 달리 매도인이 환매대가를 지급하고 당초 매각한 목적물을 다시 매입하는 새로운 매매계약이므로 환매권 행사에 따른 취득과 상속에 따른 취득을 동일하게 볼 수 없고, 「조세특례제한법」 제70조의2 규정은 농업인이 직접 경작한 농지를 OOO에 양도한 후 임차하여 직접 경작하는 도중에 환매한 경우 OOO에 양도할 당시 납부한 양도소득세를 환급받고, 농업인이 OOO로부터 환매한 농지를 타인에게 양도할 경우 OOO와의 거래가 없는 것으로 보고 그 직전의 취득가액 및 취득시기를 적용하도록 특례를 둔 것이므로, 피상속인이 양도소득세를 납부하거나 환급받은 사실도 없는 등 적용요건이 상이한 본 건에 대해서까지 과세특례를 인정하는 것은 무리라고 할 것이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.