부가가치세법 시행령 제48조의2 (과세표준의 안분계산)

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

"가. 원고는 부동산임대업자로서 울산 ○구 ○○동 ○○○○-92 대 386㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)와 그 지상 연면적 1,002.75㎡의 근린생활시설 지하1층, 지상5층 건물(이하 '이 사건 건물'이라 하고, 위 토지와 건물을 통틀어 지칭할 경우에는 '이 사건 부동 산'이라 한다)을 소외 현진예건 주식회사(이하 '소외 회사'라 한다)에게 매매대금 30억 원에 매도하고, 2006. 4. 17. 그 소유권이전등기를 경료하였다.",나. 그런데, 피고는 원고와 소외 회사 사이에 체결한 매매계약서상 이 사건 토지와 건물의 가액구분이 불분명하다고 보고, 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서 제1호 본문에 기하여 위 매매대금을 계약 당시 소득세법 제99조의 규정에 의한 이 사건 토지 및 건물의 기준시가에 따라 안분 계산하여, 이 사건 건물의 공급가액을 1,975,412,556원으로 산정 한 후 2007. 12. 6. 원고에 게 2006년 제 1기 분 부가가치 세 212,692,560원(가산세 53,117,871원 포함)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2008. 1. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 같은 해 8. 28. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실 및 갑 제1, 2, 4, 11호중(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 을 제10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 당사자들의 주장

피고가 이 사건 처분이 관계법령에 따른 적법한 것이라고 주장함에 대하여, 원고는 이 사건 토지는 26억 원에, 이 사건 건물은 4억 원에 매도하였고, 이와 같이 토지와 건물의 실지거래가액이 구분되어 기재되어 있는 매매계약서를 증빙으로 제출하였음에도 불구하고, 피고가 토지와 건물가액이 구분되지 않은 겸인계약서를 근거로 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 불분명하다는 이유로 이 사건 건물의 공급가액을 달리정하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하다고 주장한다.

나.관계법령

부가가치세법 제13조 (과세표준)

부가가치세법 시행령 제48조의2 (과세표준의 안분계산)

다, 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3호증(을 제2호증과 같다), 갑 제5호증의 l 내지 5, 갑 제6호증(을 제8호증과 같다), 갑 제7호증, 갑 제13, 14호증의 각 1, 2, 을 제4호증, 을 제5호증의 1, 2, 을 제9호증의 각 기재와 증인 장○해의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있다.

(1) 원고는 2002.경 이 사건 토지를 매수한 후, 2003. 1. 6.경 그 지상에 이 사건 건물을 신축하였는바, 위 신축공사에는 5억 5,000만원(부가가치세 5,000만원 포함) 상당이 소요되었다.

(2) 이 사건 토지를 포함한 울산 ○구 ○동 ○○○○ 일원에서 아파트신축사업을 시 행하고 있던 소외 회사는 소외 주식회사 ○○디엔씨(이하 '○○디엔씨'라 한다)와 사이에 위 사업부지 매입 용역계약을 체결하였고, ○○디엔씨는 2005. 9.경 다시 위 용역업무 중 일부를 소외 장○해에게 위임하였다.

(3) 원고는 2006. 2. 27. 위 장○해의 소개로 소외 회사와 사이에, 이 사건 부동산을 대금 30억 원에 매도하되, 이 사건 토지의 매매대금은 26억 원으로, 이 사건 건물의 매매대금은 4억 원으로 각 정하고, 계약금 3억 원은 위 아파트신축사업 부지 중 90%에 대한 매입계약을 완료할 때, 잔금 27억 원은 계약일로부터 8개월 이내 또는 사업승인 후 30일 이내에 각 지급하기로 하는 내용의 매매계약서(갑 제3호증)를 작성하였다[한편, 위 매매계약서의 매수인란에는 "○○디엔씨 외 I 이라고 기재되어 있는바, 원고는 위 계약 당시 내지 적어도 아래와 같이 소외 회사 명의로 매매대금을 지급받음으로써 위 "외 I 은 소외 회사를 의미함을 특정내지 확정할 수 있었다 할 것이다(대법 원 2008. 3. 13. 선고 2007다76603 판결 참조)

(4) 소외 회사는 2006. 3. 7. 원고에게 이 사건 부동산에 관한 매매계약금 3억 원을 지급하였다.

(5) 이후 원고는 2006. 3. 25. 소외 회사와 사이에, 이 사건 부동산을 대금 30억 원에 매도하되, 계약금 3억 원은 계약당일, 잔금 27억 원은 2006. 4. 14. 각 지급하기로 하는 내용의 매매계약서(을 제4호증)올 작성하였는바, 위 매매계약서에는 이 사건 토지와 건물의 거래가액을 구분하는 특약사항은 기재되어 있지않다.

(6) 한편, ○○디엔씨는 원고와의 매수가액 협의에 앞서, 이 사건 토지가액을 621,400,000원으로, 이 사건 건물가액을 1,124,600,000원으로 각 평가한 '보상기준자료'(을 제9호증)을 작성하였다.

라. 판단

(1) 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우 그 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다고 규정하면서, 다만 실지거래가액 중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 보충적으로 건물의 공급가액을 계산하는 기준에 관하여도 규정하고 있는바, 위 보충적 계산기준은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는때에 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서, 세법에 의한 장부 기타의 증빙서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분기장되어 있는 경우에는, 그 기재에 허위 또는 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 적용되지 아니한다고 해석함이 국세기본법 제16조의 근거과세의 원칙에 비추어 보아도 타당하다 고 할 것이다(대법원 1989. 12. 26. 선고 89누169 판결 등 참조).

(2) 그런데, 원고와 소외 회사 사이의 2006. 2. 27.자 매매계약서에 건물가액과 토지가액이 명확하게 구분되어 기재되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 그 건물가 액이 실지거래가액이 아니라고 주장하는 피고가 그 기재가 허위라는 사실에 관한 입증 책임을 부담한다고 할 것인바, 을 제4, 9호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 원고와 소외 회사 사이의 2006. 2. 27.자 매매계약서에 기재된 이 사건 건물가액이 허위라거나 위 매매계약이 실지거래가액 중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당함을 인정할 만한 증거가 없으므로, 이 사건 처분은 위법하다 [오히려 위 인정사실에 의하면, 원고와 소외 회사 사이의 2006. 3. 25.자 매매계약서(을 제4호증)는 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기절차의 이행을 위한 검인용 계약서이고, ○○디엔씨 작성의 '보상기준자료'(을 제9호증)는 매수가액 협의를 위한 내부자료에 불과하다 할 것이다],

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.