가. 청구법인은 1995.10.1. 개업하여 OOO에서 구조용금속제품 제조업을 영위하다가 2016.7.26. 폐업한 법인으로, OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 청구외 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에 대한 법인세 정기조사 과정에서 청구법인이 OOO로부터 2008년 제2기～2011년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 공급가액 OOO원의 가공세금계산서를 교부받은 사실을 확인하여 처분청에 자료통보하였다.

나. 처분청은 청구법인이 가공세금계산서 수취를 통해 사기․기타 부정한 행위로 부가가치세 및 법인세를 탈루한 것으로 보아 2016.5.2. 청구법인에게 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 부가가치세(매입세액 불공제) 합계 OOO원 및 법인세(손금불산입) 합계 OOO원을 경정․고지하면서, 2010년 귀속 OOO원 및 2011년 귀속 OOO원 합계 OOO원을 대표이사 OOO에 대한 상여로 소득처분(5년의 국세부과제척기간을 적용)하고 청구법인과 청구법인 대표이사 OOO에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 이후 처분청은 소득처분과 관련하여 10년의 국세부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다고 판단하여, OOO원을 대표이사 OOO에 대한 상여로 소득처분(10년의 국세부과제척기간을 적용, 이하 2008년 및 2009년을 “쟁점연도”라 한다)하고 2016.11.4. 청구법인과 청구법인 대표이사 OOO에게 추가로 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.11.8. 이의신청을 거쳐 2017.1.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대표자상여처분에 대한 국세부과제척기간과 관련하여, 구 「조세범처벌법」 제9조의2는 소득처분된 금액은 사기․기타 부정한 행위에 해당하지 않는다고 규정되어 있었고, 대표자가 가공세금계산서를 통해 소득을 은닉한 행위는 대표자가 장차 인정상여로 소득처분을 받을 것까지 모두 예상하여 관련 소득세를 포탈하기 위해서 행한 것으로 인정할 수 없는바, 이 건 쟁점연도에 대한 소득금액변동통지에는 5년의 국세부과제척기간이 적용되어야 한다.

(가) 쟁점연도에 대한 소득금액변동통지는 처분청의 소득금액변동통지일(2016.11.4.) 이전에 이미 5년의 국세부과제척기간이 모두 경과하였는바, 이에 대해서는 2011.12.31. 개정된 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 후단(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 10년의 국세부과제척기간을 적용할 수 없다.

관련 판례의 논리에 따르면 청구법인의 대표이사에 대한 소득처분(종합소득세)은 소득금액변동통지일을 기준으로 5년의 국세부과제척기간이 이미 경과하였으므로 개정된 쟁점규정을 적용할 수 없는 것(서울행정법원 2014.1.23. 선고 2013구합10700, 같은 뜻임)인데, 조세심판원 선결정례(조심 2015중5601, 2016.4.28.)는 위 판례와 달리 쟁점규정의 개정일을 기준으로 5년의 국세부과제척기간의 경과 여부를 판단하고 있는바, 심판원 선결정례의 논리를 이해할 수 없다.

(나) 처분청은 이의결정에서 ‘쟁점규정의 개정입법 취지상 공익목적의 중요성을 고려하면 청구사건의 경우 소급효를 요구하는 공익상의 사유가 당사자의 신뢰보호의 요청보다 더 큰 경우’에 해당한다고 판단하였으나, 이는 공익상의 사유에 대한 잘못된 해석으로서 이를 인정할 수 없다.

(다) 또한, 처분청의 과세자료처리보고서에 의하면, 처분청은 2016.5.2. 청구법인에 대한 2010～2011사업연도 법인세 경정 시 쟁점연도에 대한 소득금액변동통지에 대해서는 5년의 국세부과제척기간이 적용되는 것으로 보아 소득금액변동 통지를 생략하였는바, 이는 처분청의 단순 실수가 아니라 확실한 내부근거를 가진 처분임이 분명하다.

(2) 예비적 청구로서, 처분청은 이 건 쟁점연도에 대한 소득처분 시 공급가액OOO에 매입세액OOO을 합한 금액을 대표자 상여로 처분하였으나, 동 부가가치세액은 매입처인 OOO에게 지불된 것으로 대표자에게 귀속되지 않았고, 청구인은 2010년 귀속 종합소득세 부과처분에 대한 심판청구에서 대표자 상여 금액에서 부가가치세액을 제외하여야 한다는 취지로 인용결정OOO을 받은 사실이 있으므로, 이 건 2008～2009사업연도의 소득처분에 대해서도 위 매입세액을 차감하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점연도에 대한 소득처분 금액은 사기 기타 부정한 행위에 의해 청구법인의 수익이 사외로 유출되어 구 「법인세법 시행령」(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분된 것으로서, 쟁점연도에 탈루된 법인세 및 그에 의한 소득금액변동통지는 쟁점규정 개정일인 2012.1.1. 현재 구법상 5년의 국세부과제척기간을 경과하지 않았으므로(부진정소급입법) 이에 대해 쟁점규정(10년의 국세부과제척기간)을 적용하여 소득금액변동통지한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2008년～2009년의 ‘귀속이 불분명한 대표자 상여’에 대해 2011.12.31. 개정된 「국세기본법」 규정에 따라 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 소득금액변동통지한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

② 대표자 상여처분 금액 중 매입처에 지급된 매입세액에 해당하는 금액은 차감되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

부칙 제2조(국세 부과의 제척기간에 관한 적용례) ① 제26조의2 제1항제1호 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일 이후 최초로 「법인세법」 제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.

(2) 법인세법 제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 조사청은 OOO에 대한 조사를 실시하여, OOO의 실질대표자 OOO이 매출처인 청구법인 등 OOO개 업체에 실제 거래금액보다 큰 금액OOO으로 세금계산서를 발행하고, 대금은 부가가치세를 포함한 금액을 계좌로 수취한 후 부가가치세를 제외한 공급가액 상당액을 직원의 부친명의 계좌를 통해 매출처에 다시 되돌려준 사실을 확인하고, 2015.4.22. 실제 거래금액 보다 과다발행된 세금계산서에 대하여 다음 ＜표1＞과 같이 가공세금계산서로 보아 처분청에 통보하였다.

(나) 청구법인은 OOO로부터 되돌려 받은 위 금액에 대해 가공매입으로 인정하였고, 처분청은 이에 대해 10년의 국세부과제척기간 적용대상으로 보아 2016.5.2. 다음 ＜표2＞, ＜표3＞과 같이 각 과세기간과 사업연도의 부가가치세 및 법인세를 경정․고지하면서, 소득처분된 금액에 대해서는 그 귀속이 불분명한 것으로 보아 청구법인의 대표자인 OOO에 대한 상여로 소득처분하였는데, 당초 고지일인 2016.5.2.에는 동 소득처분에 따른 소득금액변동통지가 5년의 국세부과제척기간 적용대상인 것으로 보아 쟁점연도에 대해서는 소득금액변동통지를 하지 않았으나, 이후 2016.11.4. 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 쟁점연도에 대한 소득금액변동통지를 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점연도 귀속 소득처분에 대한 소득세의 부과에 있어서 개정 전 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호의 규정을 적용할 경우 국세부과제척기간(5년)은 각 2014.6.1. 및 2015.6.1.에 종료되는 것으로서, 그 전인 2011.12.31.에 법률의 개정으로 국세부과제척기간이 10년으로 변경되었는바 쟁점연도 귀속 소득처분에 대한 소득세의 부과에 개정법률을 적용하는 것은 입법당시 부과제척기간이 도과하지 않은 부진정소급입법에 해당하고 이는 원칙적으로 허용되는 것이므로, 쟁점연도의 가공매입 금액에 대해 대표자 상여처분하고 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 조사청이 파생한 조사내역상 OOO이 다수의 가공매출처에 가공의 세금계산서를 발행하고 공급대가를 송금받은 후, 부가가치세를 제외한 금액을 가공매출처에 재송금한 것으로 확인되는 이상, 청구법인이 세금계산서 발행자에게 실제 지급한 것으로 인정되는 매입세액은 청구법인에 대한 상여처분 대상금액에서 차감함이 타당한바, 처분청이 쟁점매입세액을 상여처분대상 금액에 포함하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다OOO.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.