처분청은 청구인이 2001. 10. 31. ○○도 ○○시 ○○면 농공단지내에 위치한 ○○리 ○○번지의 공장용지 30,536㎡를 취득하고, 동 지상 공장용 건축물 9,928㎡(공장용지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)는 2001. 10. 17. 청구인의 대표이사인 ○○○로부터 사업양수도 방법에 의하여 취득한 후 소유권이전등기를 필함에 따라, 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 취득·등기한 사업용 재산으로 보아 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나, 이 사건 부동산 취득·등기일로부터 2년이내인 2002. 6. 15. 매각하므로서 이 사건 부동산의 취득가액(954,000,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 22,885,170원, 농어촌특별세 2,097,790원, 등록세 34,327,760원, 지방교육세 6,293,410원과 법인설립등기에 따른 등록세 960,000원, 지방교육세 176,000원, 합계 66,740,130원(가산세 포함)을 2002. 7. 15. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2001. 9. 25. 산업기계 및 농기계제작·판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서, 청구인의 대표이사인 ○○○가 취득하여 소유하고 있던 이 사건 부동산중 건축물을 사업양수도 방법에 의하여 2001. 10. 17. 취득하고, 2001. 10. 31. 이 사건 부동산중 토지를 취득한 다음 같은 날 전라북도 익산시장에게 공장등록을 필한 후 기계장치 등을 설치하고자 하였으나 사업양수도 방법에 의하여 취득한 이 사건 부동산중 건축물을 청구인의 대표이사인 ○○○가 취득하기 전 소유자(주식회사 ○○○)가 기계장치 등 공장시설물 등을 철거도 하지 아니하고 퇴거도 불응함에 따라 법적인 문제 등으로 취득일로부터 7개월이 경과하므로서 부품협력업체(현대자동차주식회사) 등록도 백지화되고 설비발주 등의 자금압박과 금융비용 등을 감당하기 어려워 2002. 6. 15. 이 사건 부동산을 매각하고 그 매각대금을 주거래은행인 ○○은행의 대출금 상환에 사용하였으므로 이와 같은 사유는 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항에서 규정하고 있는 이 사건 부동산을 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 창업중소기업이 부동산을 취득한 후 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 자금압박과 금융비용 등을 감당하기 어렵다는 사유로 취득·등기일로부터 2년이내에 매각한 경우에 기과세면제한 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면, 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일로부터 2년이내에 사업용 재산을 취득하여 등기하는 경우에는 등록세와 취득세를 면제하도록 규정하고, 다만 취득·등기일로부터 2년이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 등록세와 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 2001. 9. 25. 산업기계 및 농기계제작·판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2001. 10. 17. 이 사건 부동산중 공장용 건축물을 취득하고, 2001. 10. 31. 이 사건 부동산중 공장용지를 취득한 다음 같은 날 ○○도 ○○시장에게 공장등록을 필하므로서, 처분청에서는 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 취득·등기한 사업용재산으로 보아 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세를 과세면제하였으나, 이 사건 부동산 취득·등기일로부터 2년이내인 2002. 6. 15. 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하므로서 2002. 7. 15. 기 과세면제한 취득세 및 등록세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 청구인의 대표이사인 ○○○로부터 이 사건 부동산중 건축물을 사업양수도 방법에 의하여 취득하였으나 청구인의 대표이사인 ○○○가 취득하기 전 소유자(주식회사 ○○○)가 기계장치 등 공장시설물 등을 철거하지 아니하고 퇴거도 불응함에 따라 법적인 문제 등으로 취득일로부터 7개월이 경과함에 따라 부품협력업체 등록(○○○○주식회사)도 백지화되고, 설비발주 등 자금압박과 금융비용 등을 감당하기 어려워, 2002. 6. 15. 이 사건 부동산을 매각하여 그 매각대금을 주거래은행인 ○○은행의 대출금 상환에 사용하였으므로 이는 조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항에서 규정하고 있는 이 사건 부동산을 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있지만,

조세특례제한법 제119조제3항 및 같은 법 제120조제3항에서 규정하고 있는 “정당한 사유”라 함은 법인 또는 개인이 당해 사업에 직접 사용하고자 부동산을 취득하였으나 취득이후에 관계법령 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되어 부동산을 취득한 자가 마음대로 사용할 수 없는 외부적인 사유로 인하여 당해 사업에 직접 사용하지 못하는 경우를 뜻하는 것으로서 단순히 자금압박 등 내부적인 사유로 인하여 직접 사용하지 아니하고 매각한 것은 정당한 사유에 해당된다고는 볼 수 없으므로, 청구인의 경우와 같이 청구인의 대표이사인 ○○○로부터 사업양수도 방법에 의하여 취득한 이 사건 부동산중 공장용 건축물의 전소유자가 기계장치 등 공장시설물 등을 철거하지 아니하고 퇴거를 불응하면 관할법원에 소유권에 기한 부동산 명도청구 등을 이행하여야 함에도 이러한 청구 등을 이행하였다는 아무런 입증자료를 제출하지 못하고 있을 뿐만 아니라, 주거래은행인 ○○은행에서 이 사건 부동산 등을 매각하여 대출금을 상환토록 한 문서 등을 제출하지 못하고 있는 점 등으로 미루어 보면, 청구인이 주장하는 금융대출금상환 등은 내부적 사유에 불과하여 정당한 사유에 해당된다고는 볼 수 없으므로 처분청에서 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등을 부과고지한 것은 아무런 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 11. 25.

행 정 자 치 부 장 관