가. 원고는 2007. 10. 15.부터 서울 영등포구 B에서 C병원(이하 ‘이 사건 병원’이라 한다)을 운영하다가, 2012. 2. 27.부터 서울 송파구 D으로 사업장을 이전하여 E병원으로 상호를 변경하였으며, 2009년부터 2011년까지 다음과 같이 종합소득세 신고를 마쳤다.

귀속연도 총수입금액(원) 과세표준(원) 결정세액(원) 2009 4,960,714,974 418,078,605 134,271,342 2010 5,206,199,492 435,284,211 138,972,564 2011 3,927,950,590 120,329,170 26,215,209 합 계 14,094,865,056 973,691,986 299,459,115

나. 피고는 2013. 7. ~ 8.에 걸쳐 원고에 대한 세무조사를 실시하여 보험급여 수급액 중 손해보험사 및 버스택시 지역공제조합 등의 원천세 신고내용과 원고의 종합소득세 신고내용을 비교한 결과 원고가 수입금액을 누락(2009년 귀속분 252,019,313원, 2010년 귀속분 153,026,335원, 2011년 귀속분 92,540,908원)한 것으로 판단하여 2013. 10. 2. 다음과 같이 원고에게 종합소득세 2009년 귀속분 117,314,330원, 2010년 귀속분 70,909,100원, 2011년 귀속분 38,010,640원을 각 경정고지하였다

(이하 포괄하여 ‘이 사건 처분’이라 한다). 귀속연도 총수입금액(원) 과세표준(원) 추가고지세액(원) 2009 5,212,734,287 652,097,918 117,314,330 2010 5,359,225,827 588,310,546 70,909,100 2011 4,067,014,510 264,972,640 38,010,640 합 계 14,638,974,624 1,505,381,104 226,234,070

다. 원고는 이에 불복하여 2013. 11. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2014. 7. 4. “원고에 대한 보험급여 수입금액과 원고의 신고수입금액을 토대로 누락수입금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다”는 취지의 결정을 하였다. 라.

피고는 위 결정에 따라 재조사를 실시한 다음, 2014. 8. 22. 원고에 대하여 이 사건 처분과 동일한 과세표준 및 세액을 내용으로...