가. 청구인은 2004.6.25. 및 2005.2.3. 아래 <표1>의 OOO 소재 토지 10필지 122,061㎡를 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에게 OOO원에 양도하였고, 동생 서OOO 및 배우자에게 명의신탁한 토지는 이들의 명의로 일부 양도소득세를 신고하였으며 나머지 토지의 경우에는 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

<표1> 청구인이 양도한 토지 및 처분청 과세내역

OOO

나. 처분청은 청구인이 양도한 토지의 양도가액을 OOO원으로 하고, 이들 토지의 취득시기를 1989.6.17.로 보아(산135-1은 이의신청 결정에 따라 취득시기가 2003.9.4.로 변경) 기준시가에 의하여 취득가액을 OOO원으로 산정하여, 2012.4.19. 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 OOO원 및 2005년 귀속 양도소득세 OOO원(취득시기 변경으로 일부 감액된 것)을 각 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.17. 이의신청을 거쳐 2014.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인의 양도토지 중 아래 <표2>의 6필지 토지 48,565㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 청구인이 미등기상태에서 OOO(이하 “가구조합”이라 한다)에게 양도[국세심판원 심판결정(국심 1999중2092, 2000.5.4.)에 의해 양도시기가 1993.3.10.로 결정됨]하였다가 동 조합이 사업을 포기하게 되어 2000년 5월경 쟁점토지를 청구인이 다시 매수하기로 약정(약정금액 OOO원)하였고, 이후 아래 <표3>과 같이 토지매입대금 OOO원과 변호사비용 등의 경비 OOO원을 투자하여 합계 OOO원에 재취득한 것이므로, 쟁점토지의 취득시기를 2005년, 양도가액에서 공제할 필요경비를 실제로 지급한 OOO원으로 하여 과세처분을 경정하여야 한다.

<표2> 쟁점토지 및 청구인 주장 필요경비 내역

OOO

(1) 청구인은 1989.6.17. 취득한 OOO 외 7필지 중 토지 66,116㎡을 가구조합에 OOO원에 양도하고, 이 중 17,551㎡는 1995.12.11. 등기를 이전하였으나 나머지 48,565㎡(쟁점토지)는 가구조합의 사정으로 이전 등기를 하지 못하였으며, 1998년 8월경 가구조합 조합원이 처분청에 청구인의 토지 양도사실을 제보하여 처분청이 양도소득세를 과세하였고, 이에 청구인이 불복하여 당시 국세심판원에 심판청구를 하였으며 국세심판원은 미등기상태로 양도된 48,565㎡는 그 양도시기를 1993.3.10.로 결정(국심 1999중2092, 2000.5.4.)하였다. 따라서 쟁점토지는 1993.3.10. 가구조합에 양도되었음이 분명하므로 이러한 사실을 간과하여 처분청이 취득시기를 1989.6.17.로 본 처분은 잘못이다.

(2) 청구인과 가구조합은 1999년경 OOO에 가구관련 전문단지 개발을 공동으로 진행하기로 합의하였고, 청구인이 대표로 있던 OOO을 내세워 1999년 6월 OOO 지정신청을 하였으나, 1999년 8월 가구조합 OOO들이 위 산업단지 지정신청이 가구조합 이사장의 독단적인 행위로서 원인무효라면서 OOO에 이의를 제기하는 등 가구조합과 조합원간의 불화로 인하여 공동개발이 무산되었다.

(3) 이에 가구조합은 청구인으로부터 미등기 상태로 취득한 토지 48,565㎡(쟁점토지)와 가구조합 소유의 사업단지 편입 토지 4,287㎡ 합계 52,852㎡를 재매입하여 주기를 요청하였고 청구인은 산업단지를 단독으로 개발하기 위해 재매입에 응하였다. 가구조합이 요청한 토지 52,852㎡ 중 청구인 명의 미등기 토지 48,565㎡만 재매입하였고 나머지 산업단지 편입토지 4,287㎡는 계약 불이행으로 청구인에게 소유권이 이전되지 아니하였으며, 청구인이 재취득한 토지 48.565㎡는 처분청의 1999년 3월 양도소득세를 과세할 당시의 미등기 토지명세서와 일치한다.

(4) 청구인은 2000년 5월경 가구조합 이OOO 외 OOO과 토지 재매입계약을 하고, 가구조합 이사장 정OOO 및 대리인 김OOO과 매매약정합의서에 의하여 OOO원에 토지를 재매입하기로 하였으며, 이후 위 <표2> 및 <표3>에서 제시한 바와 같이 토지대금으로 OOO원을, 변호사 비용 등으로 필요경비 OOO원 합계 OOO원을 추가로 투자하여 산업단지 개발허가를 단독으로 신청하게 되었다.

(5) 청구인은 위와 같이 재매입한 토지와 당초부터 보유하고 있던 산업단지 내의 토지 약 36,000평의 개발을 위하여 2000년 9월 지구지정을 받았고, 환경영향평가 등 개발허가를 받기 위하여 많은 자금을 투입하였으나 여의치 아니하여 2003년 7월 고OOO에게 산업단지 내 토지와 개발허가권을 OOO원에 양도하기로 하였으나 양도계약 불이행으로 계약을 해제하였으며, 이후 2004년 6월 산업단지 실시승인을 받은 후 2004년 6월과 2005년 2월 두 번에 걸쳐 OOO에게 양도하였다.

(6) 당초 쟁점토지 재매입대금을 OOO원으로 합의하였으나, 가구조합의 청산 등으로 실제 지급액은 OOO원이 되었고, 재매입토지 매매약정합의서에 따라 보상비용 및 변호사 비용으로 OOO원을 지급하였으므로 이들 지출액의 합계액 OOO원을 쟁점토지의 취득가액 및 필요경비로 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인이 제시한 심판청구 결정문(사건번호 1999중2092)을 통해 청구인이 당초 보유하고 있던 토지 중 일부가 OOO 가구조합에 미등기 상태로 양도된 사실이 확인되나 미등기된 토지의 구체적인 명세 등은 확인되지 아니한다.

(2) 청구인이 쟁점토지를 재매입하였다는 주장과 관련하여 재매입한 토지의 명세 및 구체적인 대금지급 내역 등이 확인되지 아니하고, 청구인이 쟁점토지를 청구외 고OOO에게 양도할 당시 가구조합에 채무가 존재하는 것으로 확인되어 재매입하였다는 주장도 불분명하다.

(3) OOO 판결서(사건번호 99가합11288 사해행위취소등)에 따르면 청구인이 OOO의 토지를 청구인이 주장하는 재매입 합의일인 2000.12.19. 이전인 1998.9.24. 청구인 동생 서OOO 명의로 매매예약 가등기를 하였고 그 이후 2003.07.01 소유권을 이전한 사실이 확인되는 점 등을 종합할 때 쟁점토지를 가구조합에 양도하였다가 재매입하였다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점토지를 1993.3.10. 양도한 후 2000.12.19. 다시 취득하였는지 여부 및 재취득에 실제로 소요된 비용 OOO을 양도가액에서 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법률

소득세법(2003.12.30. 법률 제7006호로 개정된 것)

제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우

제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 처분청의 종전 1999.3.16. 양도소득세 과세처분에 불복하여 제기한 심판청구에 대한 우리 원의 결정내용 중 관련 부분을 요약하면 아래 <표4>와 같고, 이에 의하면 청구인이 1993.3.10. OOO 소재 토지 48,565㎡를 소유권이전등기를 하지 아니하고 가구조합에 양도한 사실이 확인된다.

<표4> 종전 심판결정 관련 내용(국심 1999중2092, 2000.5.4.)

OOO

(2) 청구인이 제시한 처분청의 양도소득세 결정내용(1999.3.16. 과세처분 관련)에 첨부된 양도소득금액 계산명세 사본에 의하면 당시 처분청이 과세한 미등기토지 48,565㎡의 지번과 면적은 청구인이 제시한 쟁점토지와 일치하는 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 제시한 가구조합 이사장· 대리인 김OOO(갑)과 청구인측(을)이 2000.12.19. 작성한 합의서(2000년 5월 청구인이 가구조합의 이OOO 외 OOO과 작성한 계약서를 바탕으로 작성된 것임)의 주요내용은 다음과 같다.

OOO

(4) 청구인은 위와 같은 합의에 따라 쟁점토지를 재매입하면서 그 대금으로OOO원을 지급한 지급증빙을 제출하였는바, 수령자별로 금액과 세부내용이 적힌 영수증, 무통장입급증, 변제공탁서(금전)에 의해 청구인이 2000.5.15.경부터 2004년 11월까지 가구조합 조합원 등에게 동 대금을 지급한 사실이 인정된다.

한편, 청구인이 주장하는 나머지 필요경비 OOO원의 경우 이에 대하여도 지출사실을 뒷받침하는 증빙이 제시되었으나, 김OOO에게 위2000.12.19. 작성된 합의서에 따라 지급한 보상비용 OOO원은 조합의 운영경비나 소송비용과 관련하여 지급된 것으로 나타나 쟁점토지의 재매입과는 직접적인 관련이 없어 보이고, 2001.11.10. 및 2000.9.7. 변호사비용으로 지출된 OOO원도 쟁점토지 재매입과 관련이 있는지 불분명한 것으로 보인다. 다만, 2004.7.6. 지출한 변호사 비용 OOO원의 경우 청구인이 제출한 소송약정서에 의하면 그 목적이 가구조합원에 대한 토지대금 공탁 등의 매매대금 지급사무 위임으로 확인되므로 이는 쟁점토지의 재매입에 소요된 부대비용으로 보인다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 1993.3.10. 미등기상태로 가구조합에 양도하여 양도소득세가 과세된 토지 48,565㎡가 쟁점토지와 동일한지 여부 및 쟁점토지를 가구조합으로부터 재매입하였는지 여부가 불분명하다는 의견이나, 종전 심판결정 및 청구인이 제시한처분청의 양도소득세 결정내용(1999.3.16. 과세처분 관련 양도소득금액 계산명세 사본)에 따르면 청구인이 48,565㎡의 쟁점토지를 소유권이전등기를 마치지 아니한 상태에서 1993.3.10. 가구조합에 양도한 사실이 확인되는 점, 청구인이 2000년 5월 가구조합 청산위원과 작성한 계약서와 2000.12.19. 김OOO과 작성한 합의서에 청구인이 가구조합으로부터 쟁점토지를 재매입하기로 한 구체적인 내용이 기재되어 있고, 이에 따라 가구조합 조합원들에게 토지 대금을 지급한 사실이 지급증빙으로 제시된 영수증 등에 의해 확인되고 있는 점, 처분청은 쟁점토지 중 일부가 2003.7.1. 청구인의 동생 서OOO에게 소유권이 이전된 사실을 지적하나 이의신청결정서 등의 심리자료에 의하면 이는 명의신탁인 것으로 나타나 청구인이 쟁점토지를 재취득한 사실과는 관련이 없어 보이는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 가구조합에게 양도하였다가 다시 재취득하였다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.

한편, 청구인의 쟁점토지 재취득가액은 위 (4)에서 본바와 같이 지급사실이 확인되는OOO원은 이를 인정할 수 있어 보이고, 토지대금의 공탁 등의 매매대금 지급사무를 위임하면서 지급한 변호사 비용 OOO원은 쟁점토지의 취득과 관련한 직접적인 비용으로서 필요경비로 보이므로, 결국 쟁점토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 이러한 지출액의 합계액 OOO원이라 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 재취득사실을 인정하지 아니하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 쟁점토지를 재취득하면서 지출한 필요경비 OOO원을 양도가액에서 공제하여 이를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.