가. 청구법인은 2000.11.17. 개업하여 OOO에서 서비스/소프트웨어개발 사업을 영위하는 사업자로서, 주식회사 OOO라 한다)로부터 2002.10.8. 200,000천원(공급가액, 이하 “쟁점1금액”이라 한다), 2002.11.1. 93,600천원(이하 “쟁점2금액”이라 한다), 2003.6.10. 47,500천원(이하 “쟁점3금액”이라 한다) 및 2003.6.30. 29,000천원(이하 “쟁점4금액”이라 하고, 쟁점1 ～ 4금액을 합한 370,100천원을 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하고 법인세 신고시 손금에 산입하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 2002년 제2기 ～ 2005년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 쟁점금액을 포함한 516,700천원의 가공매입세금계산서 및 453,000천원의 가공매출세금계산서를 수수한 것으로보아 2009.6.22. 청구법인에게 2002년 제2기분 부가가치세 55,809,680원,2003년 제1기분 부가가치세 20,674,600원, 2006사업연도 법인세 1,087,770원및 2007사업연도 법인세 5,366,160원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.17. 이의신청을 거쳐 2010.2.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점1금액 관련 제품이 매입되기 전에 매출이 발생하고, 쟁점1금액의 매입처인 OOO 및 매출처인 OOO 대표자)가 가공거래혐의가 있으며, 청구법인이 OOO 대한 매입채무를 OOO에 대한 매출채권으로 대체결제하였다는 이유 등으로 쟁점1금액의 세금계산서를 가공세금계산서로 보았으나,

청구법인은 판매용 제품인 OOO를 개발하기 위하여 2002.10.8. OOO로부터 컴퓨터서버 3대(이하 “쟁점1제품”이라 한다)를 구입하고, 이를 이용하여 OOO를 개발완료하여 2003.3.26. 동 프로그램증을 교부받았다.

이에 앞서, 청구법인은 2001년 OOO 중고서버 1대를 기증받아 청구법인이 교육용(CBD개발방법론)으로 사용하였고, 2002년 1월 OOO 시제품개발을 완료한 후 2002년 6월 프로그램등록을 신청하였으며, 제품의 완벽성을 시험하고 실무사용가능성을 확인하기 위하여 시제품을 일부 판매하였다.

OOO로부터 구입한 쟁점1제품은 계약 후 3월이 경과한 후에 도착되었을 뿐만 아니라, 일부 부품이 설치되지 아니하여 그 부품이 미국으로부터 도착하는데 2개월정도 소요되었으며, 또한, 쟁점1제품이 정상적으로 가동되기까지는 더 많은 시간이 소요되었기 때문에 쟁점1제품에 대한 대금지급이 지연된 것이고, 매입채무 200,000천원을 매출채권 205,000으로 대체결제한 것은 당시 OOO의 부도설이 파다하여 3개사의 합의하에 대체결제합의서를 작성하여 이행한 것이다.

처분청은 청구법인이 일괄확인한 확인서를 가공거래의 증빙으로 제시하고 있으나, 동 확인서는 5개월간 장기세무조사의 고통에서 벗어나고자 신중히 검토하지 못한 채 서명한 것이고, 청구법인이 쟁점1제품을 폐기하였다고 주장하면서 감가상각비를 계상한 점을 들어 가공거래가 확인된다는 처분청의 의견이나, 이는 폐기된 자산을 경리직원의 잘못으로 감가상각비를 계상한 것이며, 또한, 본제품의 개발에 앞서 투자위험을 방지하고 판매가능성을 확인하기 위하여 시제품을 미리 판매한 것에 대하여 처분청은 이를 가공거래의 이유로 보고 있으나, 이는 처분청이 IT분야에 대한 인식 부족에 따른 것이고, 쟁점1제품은 개발제품판매실적증빙서, 컴퓨터서버실물사진, 제품폐기확인서, 구입대금대체결제 합의서 등에 의하여 실지거래가 확인된다.

(2) 청구법인은 2002.11.1. OOO로부터 컴퓨터 H/W 및 S/W(이하 “쟁점2제품”이라 한다)를 매입하고 매입대금을 결제한 금융증빙 및 쟁점2제품 중 일부를 주식회사 OOO”이라 한다)에 매출한 증빙을 제시하였으나, 처분청은 OOO가 가공거래혐의가 있고, OOO으로부터 장기간 매출대금을 회수하지 아니하였으며, 청구법인이 OOO에 발송한 대금지급독촉서류가 청구법인이 심판청구시 제시한 것과 OOO이 처분청에 제시한 것이 다르다는 이유 등으로 쟁점2금액의 세금계산서를 가공세금계산서로 보았는 바,

청구법인은 2003.1.28. 쟁점2제품에 대한 대금을 OOO 명의의 OOO은행계좌로 송금하였다. 또한, 청구법인은 OOO에 대한 매출채권 80,000천원을 회수하기 위하여 2003.8.12. 대금결제독촉서류를발송하였고, 2009.6.22. OOO으로부터 2009.12.31.까지 50%, 2010.6.30.까지 50%를 상환하겠다는 내용으로 대금분할상환확약서를 교부받았으며, OOO 소유의 부동산에 대하여 2009.8.26.가압류하여 다른 채권자들과 함께 경매를 진행중에 있음에도 처분청이 위 사실관계를 오해하고 있고, 대금지급독촉서류는 당초 잘못 발송한 내용을 보완하여 재발송한 것을 각각 보관하다가 두가지 서류가 제출된 것으로서 이 또한 처분청이 사후에 임의로 작성한 것으로 오해한 것이므로 처분청이 위와 같은 사유로 인하여 쟁점2금액의 세금계산서를 가공세금계산서로 보는 것은 부당하다.

(3) 청구법인은 OOO로부터 2003.6.10. 컴퓨터서버 1대를 47,500천원, 2003.6.30. 컴퓨터서버 1대를 29,000천원, 합계 76,500천원의 제품(이하 “쟁점3제품”이라 한다)를 매입하여 이를 2003.6.30. OOO에 72,500천원에 공급하였고, 이에 대하여 처분청은 매입금액보다 매출금액이 적고, 일부금액이 대체결제되었다는 이유로 쟁점3제품의 거래를 가공거래로 보았으나,

청구법인은 쟁점3제품의 대금을 2003.10.24. OOO 명의의 OOO은행계좌에 43,681천원 및 36,575천원을 입금하고, 잔액 3,894천원(공급대가)은 OOO에 대체결제하였다. 상거래상 지속적인 거래유지 등을 위하여 일부거래에서는 손해를 보고 나중에 보상을 받는 경우가 흔히 발생함에도 처분청은 이를 인정하지 않고 단지 매출대금이 매입금액보다 적고, 잔액 3,894천원을 OOO가 대체결제하였다는 이유만으로 쟁점3제품의 거래를 가공거래로 본 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2002.10.8. OOO로부터 컴퓨터서버 3대를 매입하고 매입한 서버를 이용하여 2003.3.26. OOO를 개발완료하여 프로그램증을 교부받았다고 주장하나,

처분청의 조사시 청구법인이 제시한 OOO 관련 매출내역서에 의하면, OOO 관련 매출은 2001년 3월부터 발생하여 위 청구주장은 모순된다.

또한, 청구법인은 쟁점1제품을 OOO에 의뢰하여 2007년도에 폐기처분하였다고 확인서를 제출하였으나, 쟁점1물건은 청구법인이 2008사업연도에 감가상각비를 계상하고 있어 청구주장은 신뢰하기 어렵다.

청구법인이 OOO에 대한 매입채무 200,000천원과 상계처리한OOO에 대한 매출채권 205,000천원(2003.5.30. 74,500천원, 2003.6.30. 72,500천원, 2003.8.30. 29,000처원, 2003.9.30. 29,000천원)에 대하여 보면, 위 청구법인의 매출시에 OOO는 이미 매입이 없는 가공매출처로 확정된 상태였다.

청구법인은 쟁점1제품에 대한 매입채무 200,000천원의 지급을 미루어 오다가 OOO가 부도위기에 이르자 2004.12.27. 청구법인, OOO가 대체결제 합의계약을 체결하여 상계처리하였다고 주장하나, OOO는 법인사업자가 아닌 개업사업자로서 2003년 귀속 매출액이 852,068천원임을 고려해 볼 때 200,000천원을 대체결제하기로 하였다는 청구주장은 신빙성이 없고, OOO의 외형부풀리기에 OOO 등과 함께 관여한 법인으로 청구법인이 쟁점1제품을 OOO로부터 매입하였다는 주장은 신빙성이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점2제품을 OOO로부터 매입하여 청구법인의 고정자산으로 사용하고 일부는 OOO에 매출하였다고 주장하면서 OOO에 송금한 금융증빙 및 잔액에 대한 대체결제(OOO) 합의서를 제시하고 있으나,

청구법인이 OOO 예금계좌에 입금한 금융거래 내역을 확인한 바에 의하면, 2003.1.28. ～ 2003.10.24. 기간동안 입금한 183,216천원은 같은 날 OOO은행 예금계좌에 101,860천원, 청구법인의 매출처인 OOO 명의의 예금계좌에 78,056천원이 이체되어 각각 같은 날 OOO 명의의 예금계좌로 100,760천원, OOO 명의의 예금계좌로 78,056천원이 이체된 후, 같은 날 현금으로 출금된 점으로 보아 이는 쟁점2, 3제품에 대한 대금지급이 아니라 단지, 정상거래를 가장하기 위하여 금융거래를 조작한 것으로 보인다.

청구법인은 쟁점2제품의 일부를 OOO에 매출하고 대금지급 독촉 및 가압류를 하였다고 주장하나, 청구법인이 위 증빙으로 제시한 ‘대금결제 부탁의 건 대외공문(제2003-11호)’은 청구법인이 2003.8.12. OOO에 발송하였던 서류와 문서번호는 동일하나 내용 및 형식이 달라 사후에 임의로 작성한 것으로 보이고, 청구법인의 대표자 OOO은 조사시 쟁점금액에 대하여 가공거래로 시인하였다가 심판청구시 이를 번복하고 있으며, OOO은 쟁점2제품 중 일부를 2002.11.30. 및 2002.11.4. 공급받은 것으로 되어 있음에도 청구법인은 조사일(2009.3.4. ～ 2009.4.21.)이후 작성된 대금분할상환약정서(2009.6.22.)와 부동산 가압류(2009.8.11.) 서류를 제시하고 있어 이는 신빙성 있는 증빙으로 볼 수 없다.

(3) 청구법인은 쟁점3제품을 OOO로부터 매입하여 OOO에 매출하였다고 주장하나, 청구법인이 OOO에 송금한 것으로 되어 있는 금융자료는 위 사실관계에서 본 바와 같이 조작된 것으로 보이고, 매출채권을 회수하지 않고 매입채무와 상계처리하는 등 가공거래의 대금지급 형태를 보이고 있는 점 등에 비추어 쟁점3제품을 실지로 매입하였다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액 상당의 매입세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 감가상각비를 부인하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령 등

(1) 부가가치세법

제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법

제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO로부터 쟁점금액 상당의 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하고 법인세 신고시 손금에 산입하였고, 처분청은 위 매입세금계산서를 가공세금계산서로 보아 이 건 과세처분한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청의 과세근거는 아래 (가) ～ (마)와 같다.

(가) 청구법인에 대한 조사종결복명서에는 2002년 제2기 ～ 2003년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 청구법인이 OOO에 지급한 공급대가 407,110천원의 매입대금 지급내역을 조사한 바에 의하면, 2003.1.28. 102,960천원을 OOO은행 예금계좌에 입금된 것은 여러 자금세탁과정을 거쳐 OOO(청구법인의 주주 OOO이 대표자임)가 현금으로 인출하는 등의 방법으로 금융거래를 조작하고 가공매출 대금과 상계처리 하였으므로 쟁점금액을 가공매입으로 확정한다고 기재되어 있다.

(나) 처분청이 제시한 자금흐름도에는 청구법인 명의의 OOO은행 예금계좌OOO 명의의 OOO은행 예금계좌 → (주) OOO 명의의 예금계좌 → 현금인출 등과 같은 방법으로2003.1.28. 입금한 102,960천원, 2003.8.5. 입금한 43,681천원, 2003.10.24.입금한 36,575천원에 대한 자금흐름이 조사되어 있다.

(다) 청구법인의 대표이사 OOO은 2002년 제2기부터 2005년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 자료상 혐의자 조사시 실물거래 없이 3개 업체에 453,000천원의 매출세금계산서를 발행하고, 같은 기간 중에 실물거래 없이 2개 업체로부터 516,700천원(쟁점금액 포함)의 가공매입 세금계산서를 수취하여 부가가치세 및 법인세를 신고한 사실을 확인하고 있다.

(라) OOO세무서장의 OOO에 대한 조사서에는 OOO가 청구법인에게 발행한 293,600천원은 가공매출혐의자료로 조사되어 있고, OOO는 가공매출 비율이 21%, 가공매입 비율이 26%로 확인되어 자료상으로 판정한다고 기재되어 있다.

(마) OOO 매출내역서에는 OOO 관련 매출이 2001년 3월부터 발생한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인이 제시한 증빙은 아래 (가) ～ (나)와 같다.

(가) 쟁점금액의 매입·매출내역서에는 쟁점금액 상당의 제품을 매입하여 그 일부를 매출한 내역과 대금(공급대가)의 지급내역이 기재되어 있다.

(나) 각 제품별 증빙은 아래 1) ～ 3)과 같다.

1) 쟁점1제품 관련 증빙은 아래 가) ～ 사)와 같다.

가) OOO 개발연혁서에는 2001년 1월 OOO로부터 중고서버 1대를 기증받아 2002년 1월에 시제품 개발을 완료하고, 2002년 10월에 쟁점1제품을 매입하여 2003년 3월에 프로그램등록증을 교부받은 것으로 기재되어 있다.

나) 시스템공급계약서에는 2002.9.9. OOO는 청구법인에게 OOO서버 3대를 200,000천원에 공급하는 것으로 약정되어 있다.

다) 프로그램등록증에는 2003.3.26. 프로그램심의 조정위원회위원장이 청구법인에게 OOO 프로그램 등록증(등록번호 OOO을 교부한 것으로 기재되어 있다.

라) 감가상각비 명세서에는 청구법인은 2008사업연도에 쟁점1제품을 감가상각한 것으로 기재되어 있다.

마) 청구법인은 서버실물을 촬영한 사진을 제시하고 있다.

바) 서버폐기사실확인원(2009.4.21.)에는 OOO은 청구법인으로부터 쟁점1제품의 폐기요청을 받고 2007년 6월에 건네받아 폐기한 사실이 있음을 확인하고 있다.

사) 대체결제합의서(2004.12.27.)에는 OOO에 지급해야 할 223,894천원에 대하여 OOO가 청구법인에게 지급해야 할 225,500천원 중 223,894천원을 OOO에 대체지급하는 것으로 상계처리하고 잔금 1,606천원을 현금으로 청구법인에게 지불하기로 한다고 기재되어 있다.

2) 쟁점2제품 관련 증빙은 아래 (가) ～ (마)와 같다.

가) 소프트웨어 패키지 공급 계약서(2002.9.1.)에 의하면, OOO는 청구법인에게 OOO시스템을 93,600천원(공급가액)에 납품하는 것으로 약정되어 있다.

나) 대금지급 금융자료에는 2003.1.28. 청구법인 명의의 예금계좌OOO로 102,960천원이 송금된 것으로 나타난다.

다) 대금결제독촉서류에는 청구법인이 OOO에게 80,000천원의 물품(쟁점2제품의 일부 매출)대금 지급을 5차례 요청하고 있는 것으로 나타난다.

라) 대금분할상환확약서(2009.6.22.)에는 OOO은 청구법인에게 지급할 80,000천원을 2009년 12월말까지 50%, 2010년 6월말까지 50%를 상환하는 것으로 기재되어 있다.

마) OOO 소유의 부동산 가압류 결정서에는 2009.8.26. 서울남부지방법원(사건번호 2009카단9667) 판사 OOO 청구법인이 OOO에 대하여 물품대금 88,000천원을 공탁하고 가압류하도록 결정한 것으로 나타난다.

3) 쟁점3제품 관련 증빙은 아래 가) ～ 나)와 같다.

가) 쟁점3제품에 대한 입금금융자료에는 청구법인 명의의 예금계좌OOO에서 2003.10.24. OOO은행계좌로 43,681천원 및 36,575천원이 입금된 것으로 나타난다.

나) 청구법인의 거래처원장에는 위 가)의 입금금융자료상의 금액이 지급되고 잔액이 3,894천원이 남아 있는 것으로 기재되어 있다.

(4) 살피건대, 청구법인은 실지로 OOO로부터 쟁점1 ～ 3제품을매입하고 쟁점금액 상당의 세금계산서를 수취하였다고 주장하고 있으나,

청구법인의 대표이사 OOO은 처분청 조사시 쟁점금액에 대하여 가공거래로 확인하였다가 이 건 심판청구시에는 이를 번복하고 있고, OOO가 부도설이 있는 OOO로부터 대체결제받았다는 것이 이해되지 않으며, 청구법인은 매출채권을 장기간 방치하면서 내용증명 등을 보낸 사실이 확인되지 않는 점,

청구법인은 쟁점1제품을 폐기처분하였다고 주장하면서 이 후 사업연도에 쟁점1제품의 감가상각비를 계상하고 있고, 쟁점1제품의 공급자 OOO 등과 함께 관여한 것으로 조사되어 있는 점,

처분청의 금융자료 추적조사 결과, 쟁점2, 3 제품에 대한 대금지급 금융증빙은 정상거래를 가장하기 위하여 조작된 것(청구법인의 주주 오태권이 주주로 되어 있는 법인이 현금으로 인출함)으로 조사되어 있는 점,

청구법인이 쟁점2제품에 대한 증빙으로 제시한 대금분할상환약정서(2009.6.22.)와 부동산 가압류(2009.8.11.) 등은 조사일(2009.3.4. ～ 2009.4.21.)이후에 작성된 것이어서 신빙성 있는 증빙으로 보기 어려운 점 등으로 보아 쟁점금액의 세금계산서가 실지거래에 의한 세금계산서라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점금액 상당의 세금계산서를 가공세금계산서로보아 매입세액을 불공제하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.