청구인은 청구인 등 156명이 1998.7.29. 신축한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지 소재 건물 49,566.03㎡중 청구인 소유로 등기된 32,645.26㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)에 대한 등록세 납부시 일반세율을 적용하여 산출한 세액으로 신고 납부하였으나, 처분청에서는 이를 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당되는 것으로 보아 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부 세액을 차감한 등록세 1,035,081,760원과 교육세 189,764,980원, 합계 1,224,846,740원(가산세 포함)을 1999.12.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 등록세 등 부과 처분의 취소를 구하면서 그 이유로

대도시내 등록세 중과세 요건이 되는 “지점”이라 함은 사업자등록을 한 후 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원과 이에 필요한 물적시설을 갖추고 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소여야 할 것이나, 청구인은 분양 및 임대업을 영위하기 위하여 이건 건물을 취득하고 사업자등록을 하였으나, 대외적인 거래업무는 인근에 있는 본점에서 수행하고 있고, 청구인의 대표이사가 이건 건물의 20층을 임대사용하고 있는 (주)ㅇㅇ 대표이사를 겸직하고 있어 청구인의 직원들이 교육과 지시사항·결재 등의 사유로 당해 장소를 수시 왕래하고 있을 뿐 이건 건물에 직원을 상주시키고 있지 않으며, 건물 관리 또한 (주)ㅇㅇ라는 별도의 법인이 이건 건물 19층에 입주하여 관리를 하고 있는데도, 처분청에서는 일부 직원들이 이건 건물에 상주하면서 분양 및 임대사업을 하고 있는 것으로 보아 등록세를 중과세한 것은 부당하고, 설사 이건 건물이 등록세 중과세 대상이 되는 지점에 해당된다하더라도 이건 건물 면적 32,645.26㎡ 중 21,831.83㎡는 유통산업발전법에 의한 유통산업이 영위되고 있는 집단 판매장이기 때문에 지방세법시행령 제101조제2항제8호의 규정에 의하여 등록세 중과세에서 제외되어야 할 것이므로, 판매장 면적을 제외한 10,813.43㎡에 대해서만 등록세를 중과세 하여야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 대도시내에서의 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당되는지의 여부와 유통산업용 건물로 볼 수 있는지의 여부에 그 다툼이 있다 하겠다.

먼저 관련법령의 규정인 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제138조제1항제3호 및 같은법시행령 제101조와 제102조를 종합해보면, 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 법인 또는 지점 등의 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후 5년내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기에 대해서는 등록세를 5배 중과세하되, 유통산업발전법에 의한 유통산업(이 경우 유통산업발전법 등 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장 등의 전부 또는 일부를 임대하는 경우에는 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로 본다)의 경우에는 등록세 중과대상에서 제외하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1976.2.16. 설립된 도소매 및 수출입업, 부동산매매 및 임대업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, 1998.7.15. 이건 건물 소재지에 사업자등록을 한 후 같은해 7.29. 이건 건물을 신축 취득하여 그중 지하 2층부터 지상 9층까지는 유통산업발전법 제8조 및 같은법시행규칙 제4조제4항의 규정에 의한 대규모점포 개설등록을 필한 판매장으로, 지상 10층부터 20층까지는 업무용 건물로 사용 중에 있으며, 판매장의 경우 일부만 임대하였을 뿐 대부분의 판매장은 분양하였고, 업무용 건물은 전체면적을 모두 임대하고 있으며 처분청에서 1999.9.30. 이건 건물에 대한 현장 조사시 청구인이 이건 건물 20층 일부에 4명의 직원을 상주시키면서 별도의 책상 등 사무용비품을 구비하고, 은행업무와 경리·임대관리 및 분양 업무 등의 사무를 수행하고 있어 지방세법시행규칙제55조의2에서 규정하고 있는 지점으로서의 요건을 충족시키고 있다고 보아 이건 등록세를 중과세 추징하였음을 알 수 있다.

이에 대하여 보면, 대도시내 지점 등의 설치에 따른 부동산의 등록세 중과세 요건인 “지점”이란 각 세법의 규정에 의하여 사업장으로 등록한 후 실질적으로 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업을 행하는 장소를 말하는 것으로, 이는 영업활동 내지 대외적인 거래업무를 처리하기 위한 인원을 상주시킴은 물론 이에 필요한 물적시설을 갖추고 실제로 그러한 활동이 행하여지고 있는 장소를 말한다고 해석함이 상당하므로 본점 이외의 장소에서 경리·인사·재산관리업무 등 영업활동 또는 대외적인 거래와 직접적인 관련이 없는 내부적 업무만을 처리하고 있는 경우에는 등록세의 중과세 요건인 지점 또는 분사무소에 해당하지 않는다(같은 취지의 대법원 판결 1993.6.11. 92누10029)할 것인바, 이건과 관련하여 처분청에서 제출한 자료를 보면 이건 건물에 주소를 두고 있는 청구외 (주)ㅇㅇ의 사무실 내에 책상 및 PC를 설치하고 청구인의 직원 3명을 상주시켜 업무를 처리하고 있다면서 청구인과 (주)ㅇㅇ의 상호가 함께 기재된 직원의 명함을 그 증거로 제시하고 있으나, 청구인은 이 명함에 대하여 임대업무를 담당하는 직원이 홍보 등을 목적으로 2개 법인의 명칭을 병기한 것이라고 주장하고 있고, 이러한 사항 이외에는 이건 건물에 사무실을 설치한 후 청구인의 직원을 상주시켜 대외적인 영업활동 등 독립된 조직으로서의 업무를 처리한 증빙자료가 없음은 물론, 이건 건물의 20층은 청구외 (주)ㅇㅇ가 임차하여 사무실로 사용하고 있는 부동산으로서 (주)ㅇㅇ가 청구인과 관계회사라 하더라도 다른 법인이 임차 사용하고 있는 사무실내에 별도의 지점이 있다고 볼 만한 구획된 사무실이나 안내간판 등이 설치되지 않은 점과, 청구인의 본점이 이건 건물로부터 도보로 약 10분정도 거리에 위치하고 있고 이건 건물의 관리업무를 별도의 법인인 (주)ㅇㅇ가 수행하고 있는 점, 그리고 청구인의 전체 직원이 19명(대표이사 포함)에 불과할 뿐만 아니라 업무자체가 단순(관리팀과 분양사업팀)하여 이건 건물에 임대업무를 수행하기 위한 별도의 지점을 설치할 필요가 있었다고 보기 어려운 점 등을 종합해 보면, 청구인이 이건 건물의 20층에 사업자등록을 하고 그 소속 직원이 처분청 공무원의 현지확인시 그 장소에 있었다는 사실만 가지고는 이건 건물에 지점을 설치한 것으로 보기가 어려운 것이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2000. 2. 23.

행 정 자 치 부 장 관