가. 청주한씨 OOO 종중(이하 “청구법인”이라 한다)은 2014년 8월 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중으로, 2015.2.25. 경기도 OOO 외 3필지를 OOO에 양도한 후 양도차익에 대해 2015.4.30. 비영리법인의 양도소득과세표준을 예정신고하고 2015사업연도 법인세 OOO원을 납부하였다가 2015.8.3. 기신고한 토지의 양도대금이 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따른 비영리법인의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분에 따른 수입으로 과세대상이 아니라는 이유로 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 양도한 토지 중 경기도 OOO, 같은 곳 42-3(이하 “쟁점토지”라 한다)은 농지로서 청구법인의 고유목적사업에 사용될 수 없다고 보아 기납부한 법인세 중 일부만 환급하고 2015.10.20. 쟁점토지와 관련된 법인세의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.1.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점토지는 청구법인의 관리하에 종중회장인 한OOO이 직접 경작해서 발생한 수익을 기제사 비용, 금초 및 사초 비용 등에 충당해온 위토(제사 또는 이와 관련된 사항들을 집행하는 데 드는 비용을 충당하기 위한 토지)로 양도시까지 비영리법인인 종중의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이므로 쟁점토지의 양도차익은 과세대상에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

(가) 종중은 선대의 묘소 및 재산관리, 종원의 친목도모를 목적으로 만들어진 공익성이 없는 임의단체로서 종중 임야의 경우 선대의 묘소가 위치하고 있다면 묘소를 포함한 주변의 토지에 대해서 고유목적에 사용된 것으로 볼 수 있으나, 농지의 경우 종중의 성격으로 볼 때 단순히 재산관리를 목적으로 하는 대상에 불과할 뿐 작물재배를 고유목적사업으로 하고 있는 경우는 없으므로 농지에 대한 자경이나 임대를 불문하고 고유목적사업에 직접적으로 사용한 토지로 볼 수 없다.

(나) 쟁점토지가 제사와 관련된 비용을 충당하기 위한 위토에 해당되므로 고유목적사업에 사용한 것으로 보아도 작물수확으로 얻은 이익의 극히 일부만이 제사 비용에 사용되어졌을 것이고, 제사 비용에 사용한 사실을 확인할 수 있는 장부나 객관적인 증빙이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 3년 이상 청구법인의 고유목적사업에 사용되었는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제2조(수익사업의 범위)②법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구법인은 청주한씨OOO 종중으로 2014.8.27.「국세기본법」상의 법인으로 보는 단체로 승인을 받았고, 같은 날 사업자등록(부동산업, 임대 및 부동산관리업)을 하였으며, 2015.2.25. 쟁점토지를 양도한 내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점토지의 양도내역

(단위 : 천원, ㎡)

(나) 청구법인 규약의 주요 내용은 다음과 같다.

(다) 청구법인에 대한 경정청구 검토보고서를 보면 “쟁점토지는 지목이 전으로 청구법인의 대표자 한OOO이 수용일 현재까지 과수원으로 경작해 온 농지이며, 위토로 사용되어 종중의 고유목적사업에 직접 사용되었으므로 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 종중은 종중 묘소의 수호 및 재산의 관리, 종원 상호간의 친목유지를 목적으로 하고 있어 과수를 경작하여 생기는 농작물로 제사 등에 사용하였다는 사실만으로는 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없어 과세대상에 포함하여 법인세를 과세하는 것이 타당하다”고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점토지의 처분으로 인하여 생기는 수입이 비영리법인인 청구법인의 과세 소득에 해당하지 않기 위하여는 「법인세법」제3조 제1항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항 전단에 따라 청구법인이 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하여야 할 것이나, 쟁점토지는 지목이 전으로 농지이고, 농지의 경우 종중의 성격으로 볼 때 단순히 재산관리를 목적으로 하는 대상에 불과하여 고유목적사업에 직접적으로 사용한 토지로 볼 수 없는 점, 쟁점토지 관련 수입을 제사 비용에 사용한 사실을 확인할 수 있는 장부나 구체적이고 객관적인 증빙이 없어 고유목적사업으로 사용한 자산으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다고 판단된다.

따라서, 쟁점토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.