가. 원고는 1999. 9. 15. 설립되어 문서관리장비 판매 및 수출입업 등을 영위하는 법인이고, B은 원고가 설립된 이후 현재까지 원고의 대표이사로 재직하고 있다.

나. 피고는 2013. 1. 30.부터 2013. 5. 12.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 2002년부터 2004년, 2006년, 2010년에 해외 거래처로부터 제품을 수입하여 국내 거래처에 납품하는 과정에서 해외 거래처로부터 지급받은 중개수수료 1,066,513,007원에 대하여 법인세 및 부가가치세 신고를 누락하였고, 2003년 제2기부터 2006년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 아이티밸류(이하 ‘아이티밸류’라 한다)와 C회사로부터 실물거래 없이 공급가액 1,741,815,360원의 허위 세금계산서를 수취하여 관련 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하고, 위 공급가액을 원가로 손금산입하여 부가가치세 및 법인세를 신고한 사실을 확인하였다.

다. 피고는 2013. 9. 3. 원고의 중개수수료 신고 누락금액을 익금산입하고, 허위 세금계산서 수취에 따른 매입세액을 불공제하고 가공원가를 손금불산입하여 2003년부터 2006년까지 각 사업연도별로 부가가치세 및 법인세를 경정고지하는 한편, 익금산입한 중개수수료 신고 누락금액 중 수입장비 정산대금으로 확인된 금액만을 기타사외유출로 소득처분하고, 나머지 중개수수료 신고 누락금액 및 허위 세금계산서 수취분 공급가액(이하 ‘이 사건 소득금액’이라 한다)을 그 귀속자인 원고의 대표이사 B에게 상여로 소득처분(이하 ‘이 사건 소득처분’이라 한다)한 후, 2013. 9. 3. 원고에게 별지 1 목록 기재 각 소득금액변동통지를 하였다

(이하 ‘이 사건 각 소득금액변동통지’라 한다). 라.

원고는 2013. 9. 16. 이 사건 각...